Transcript variants of CELF2 gene as unique prognostic indicators in breast cancer

Meme kanseri (MK) tüm dünyada kadınlarda en sık görülen malign tümördür. Bu hastalık için bir tedavi bulmanın yanı sıra, klinisyenlerin uygun tedaviyle müdahale etmesine ve MK'nin ilerlemesini önlemesine yardımcı olabilecek prognostik biyobelirteçleri belirlemek de önemlidir. Mevcut biyobelirteç tanımlama yöntemleri, esasen çok genli prognostik imzalara dayanır. Fakat tümörlerin yüksek heterojenliği nedeniyle, bu çoklu gen imzalarının tutarlılığı şüphelidir. Sonuç olarak temel amacımız, MK'de güvenilir bir prognostik biyobelirteç belirlemek için kapsamlı bir analiz yapmaktı. Daha önce, sekiz karnitin metabolitinden oluşan bir grup ve SAH, MK'de kötü bir prognozla bağlantılıydı (Dr. Waqas Akbar, Yayınlanmamış Veriler). Korelasyon analizi kullanarak bu metabolitlerle ilişkili genleri keşfettik ve ardından CELF2'yi MK'de iyi bir prognostik biyobelirteç olarak tanımladık. CELF2 geninin prognostik rolunu RNA-Seq ve Microarray veritabanlarinda insilico doğruladık. CELF2 1554569_a_at probeset'inin, olumlu bir prognoz yönü ile ilişkisi açısından 202157_s_at probset'inden daha tutarlı olduğunu gösteriyoruz. Diğer probset ile karşılaştırıldığında, CELF2 – 202157_s_at daha yüksek seviyelerde ve daha geniş bir doku aralığında ifade edilir. İn-vitro immünohistokimya doğrulama deneyleri sırasında CELF2 ekspresyonu ile prognoz arasında açık ve anlamlı bir ilişki bulamadık. Bunun, poliklonal anti-CELF2 antikorumuzun daha az tutarlı 202157_s_at CELF2 probset'i tanımasından kaynaklanabileceğini varsaydık. Bu hipotezi test ederken, farklı prognozla ilişkili, probset'e özgü CELF2 transkript varyantları olduğunu keşfettik. Prognoz tahmini doğruluğunu iyileştirmek için, iyi ve daha az elverişli CELF2 prognostik transkriptlerinin ifade düzeylerini birleştirerek bir Risk Puanı modeli oluşturduk. Model,VI hastaları başarılı bir şekilde sınıflandırdı ve Düşük Riskli grupta Yüksek Riskli gruba kıyasla daha yüksek bir genel sağkalım öngördü. Genel olarak, bulgularımız bir genin her özel transkript varyantının farklı prognoz yönleriyle ilişkili olabileceğini düşündürmektedir. Bu nedenle, bir gen transkript düzeyinde prognostik ilişkilerin incelenmesinin, gelecekte kanserde daha sağlam biyobelirteçlerin ve terapötiklerin geliştirilmesi için zengin bir kaynak olabileceğini öneriyoruz.