Genetik düzenleyici ağların matematiksel modellenmesi ve evrimsel analizi

Matematiksel modelleme yontemleri, Sistem Biyolojisi ve Sentetik Biyoloji alanmdaki ara§tirmalarm vazgegilmez bir unsuru haline gelmi§tir. Biyolojik sistem-leri inceleyen bilgisayar simiilasyonu gah§malan, deneysel gah§malara tamamlayici bir yontem olarak hipotezin geli§tirilmesi-dogrulanmasi dongiisiinde kullanilmaktadir. Bu gah§ma, gen ekspresyonu modellerini baz alan genetik duzenleyici dinamik-lerin modellenmesi ve analizi hakkmdadir. Cah§mamiza rastgele olu§turulmu§ gen aglannm osilasyon dinamigine bagh bir istatistiksel analizle ba§hyoruz. Sonrasinda sta-bil periyodik osilasyonlar yapan bir grup gen sistemi tasarlayarak, bilgisayar simulasy¬onu aracihgiyla bu sistemlerin davram§mdaki zamana bagh geli§imleri inceliyoruz. Ara§tirmamiz, genlerin regiilasyonunun aktivasyon ya da baskilanma etkile§imiyle saglandigi, rastgele olarak olu§turulmu§ bir gen sistemi ile ba§latihyor. Sonrasinda, gen-ler arasi etkile§imsel mutasyonlar uygulamyor. Mutasyonlar sonrasi d6nu§me ugrayan sistemler, bir evrimsel algoritma aracihgiyla hedeflenen dinamiklere yakmsamalarma bakilarak bir segime tabii tutuluyor. Bu yontemle, genler arasi duzenleyici yapilar donu§turiilerek, hedeflenen osilasyon periyoduna sahip sistemler in§a edilmis, oluyor. Ek olarak, kaotik dinamige sahip bir gen modeli ele alarak, modeldeki bir parametre varyasyonuna kar§ihk sistemdeki dinamik degi§iklikleri gozlemliyoruz. Bu yontemle, spesifik varyasyonlar altmdaki benzer sistemlerin karakteristiginin nasil be-lirlenebilecegini gosteriyoruz. Anahtar Sozcukler: Dinamik Sistemler, Genetik Duzenleyici Aglar, Evrimsel Algo¬ritma, Matematiksel Modelleme, Cikarsama, Optimizasyon.