TRPV1 reseptörünün kapsaisin, capsazepin ve ilgili agonistler ve antagonistlere bağlanmasının modellenmesi

Kapsaisin, acı biberde bulunan doğal bir bileşik ve dorsal kök gangliyonlarında bulunan Vanilloid reseptör protein olan TRPV1'in bir agonistidir. TRPV1 acı ve ısı algılanmasından sorumlu proteindir. Kapsazepin, sentetik bir bileşik ve TRPV1'in ilk bilinen antagonistidir. Kapsazepin, kapsaisinin TRPV1'e bağlanmasını engelleyerek protein aktivasyonunu ve ortaya çıkan ağrı hissini önler. Bu çalışmada, kapsaisin ve kapsazepinin farklı şekilsel yapıları, hangi yapıların en düşük bağlanma enerjisini verdiğini bulmak ve benzer konformasyonlardaki analog moleküllerin sonuçlarını gözlemlemek için Autodock4 kullanılarak rigid docking ile TRPV1 proteininin aktif bölgesine yerleştirilir. Kapsaisin ve kapsazepinin rigid docking konformasyonları yapılır ve sonuçların tutarlılığı analog molekül bağlaması ile karşılaştırılarak kontrol edilir. Bu amaçla, çalışma için analog molekül olarak resinferatoksin, gingerol, nonivamide, nordihydrocapsaicin ve 6-şogaol agonistleri ve sb-366791 antagonisti seçilmiştir. Gingerol, şogaol, dihydrocapsaicin, nonivamide ve sb-366791 yerleştirme sonuçlarına göre benzer bağlanma enerjilerine sahiptir. Nordihydrocapsaicin ve resiniferatoksin, kapsaisin benzeri konformasyonlarda daha iyi bağlanma enerjileri vermiştir. Genel olarak, tüm analog moleküllerin protein ile daha fazla hidrojen bağı yaptığı gözlenmiştir.