Türkiye'de patates ve domates bitkilerinde stolbur hastalığına neden olan fitoplazmaların moleküler tanısı ve karakterizasyonu

Türkiye'de uzun zamandan beri görülen stolbur benzeri bir hastalık patates üretiminde Doğu (Erzurum) ve Güneydoğu (Şanlıurfa) illerinde, domates üretiminde ise Marmara bölgesinde ciddi verim ve kalite kaybına neden olmaktadır. Bu çalışma için hastalıkların görüldüğü tarlalar ve çevresinden, domates, patates ve çeşitli otlar toplanmıştır. P1/P7 ve R16F2n/R16R2 fitoplazma evrensel primerleriyle gerçekleştirilen semptom gösteren bitkilerin DNA'larının template olarak kullanıldığı reaksiyonlarda nested-PCR ile beklenen boyutta bantlar (F2nR2) çoğaltılmıştır. Elde edilen F2nR2'ler klonlanıp sekanslanmış ve iPhyClassifier programı kullanılarak sanal restriksiyon parça uzunluğu polimorfizmi (RFLP) analizleri yapılmıştır. F2nR2'lerin beklendiği gibi fitoplazma kökenli ve RFLP motiflerinin önceden bilinen grup ve alt gruplardan farklı olduğu bulunmuştur. Buna göre en yüksek benzerlik katsayısını patates ile ilişkilendirilen fitoplazma için 0.94 ve domatesle ilişkilendirilen için ise 0.97 ile 16SrXII-A alt grubunun referans suşu paylaşmışlardır. Böylece fitoplazmaların iki ayrı ve yeni 16SrXII alt grubunun temsilcisi oldukları gösterilmiştir. Buna ilaveten Türkiye'de domates ve patateste stolbur hastalığına neden olan fitoplazmalara spesifik yeni primer çiftleri geliştirilip, etmenlerin alternatif konukçularının belirlenmesinde başarılı şekilde kullanılmıştır. Bu primer çiftleri, Türkiye'de domates ve patates bitkileri üzerinde stolbur hastalığına neden olan fitoplazmaların hızlı tanısı, farklı bölgelerdeki alternatif konukçu bitki ve vektör böcek türlerinin saptanması ve hastalığın etkili mücadelesi için gerekli stratejilerin belirlenmesi amacıyla kullanılabilir.