Bcl-xL post-translasyonel modifikasyonlarının ve keteniminyum tuzlarının moleküler modellenmesi

Hesapsal kimya, kuantum mekanik (QM) ve moleküler mekanik (MM) gibi farklı yaklaşımları kullanarak sistemlerin yapısal özelliklerinin deşifre edilmesinde önemli bir rol oynamaktadır ve dinamik çevrelerini taklit ederek bilgiler vermektedir. Bu tez, moleküler dinamik (MD) simülasyonları yoluyla Bcl-xL deamidasyonunun incelenmesi ve keteniminyum tuzlarının QM yöntemleriyle araştırılması olmak üzere iki ana konuyu içermektedir. Post-translasyonel modifikasyonların (PTM'ler) araştırılması, proteinlerin yapıları ve işlevleri üzerindeki rollerinin anlaşılması için önemlidir. PTM'lerden biri olan deamidasyon, anti-apoptotik Bcl-xL'in biyolojik fonksiyonunun düzenlenmesinde kullanılan çok önemli bir anahtardır. Tezin ilk bölümünde, MD simülasyonları ile Bcl-xL'deki deamidasyon kaynaklı konformasyonel değişiklikler araştırılmıştır. MD sonuçları, deamidasyonun allosterik olarak Bcl-xL'in konformasyon, etkileşim ve dinamiklerinde önemli değişikliklere neden olduğunu ve muhtemel olarak işlevini bozduğunu göstermektedir. Bu çalışmanın sonuçları, Bcl-xL deamidasyonun neden olduğu hücre ölümünün altında yatan mekanizma hakkında benzersiz bir bakış açısı sağlayacaktır. Ketenlerin nitrojen analoğu keteniminyum tuzları, yüksek elektrofilikliği, reaktivitesi ve bölgesel seçiciliği nedeniyle çeşitli organik yapıların sentezi için yaygın olarak kullanılan bir ara üründür. Tezin ikinci bölümünde, KI'ların oluşumu ve kullanıldığı tepkimeler DFT çalışması ile incelenmiştir. [2 + 2] siklokatılma ve elektrohalkalaşma tepkimelerinde deneysel olarak gözlenen reaktivite farklılıkları, farklı analiz teknikleriyle rasyonelleştirilmiştir. Bu çalışmanın sonuçlarının keteniminyum tuzlarının oluşum mekanizmaları ve reaktivite farklılıklarının anlaşılmasına ve sentetik uygulamalara yardımcı olması beklenmektedir.