Method development and optimization for nucleic acid detection platforms

Genellikle NAT olarak kısaltılmış olan nükleik asit testi, genetik materyalin teşhisi veya tedavisi hakkında rehberlik sağlamak için amplifikasyon ve algılama gerektiren bir tekniktir. Her canlı maddenin genetik materyali DNA veya RNA'dan oluşmasına rağmen, genom dizilerinde farklılıklar vardır. Bu genetik varyasyon, NAT'ı, genetik olarak değiştirilmiş organizmaları (GDO), bulaşıcı hastalıkları, kanseri, genetik bozuklukları ve mitokondriyal bozuklukları tanımlamak için ideal bir teknik haline getirerek tanı teknolojilerini geliştirmeye yardımcı olur. Nükleik asit amplifikasyonu, genetik materyalin tespitini sağlamak için özel ekipman ve teknik uzmanlığa sahip bir laboratuvar ortamı gerektirir. Döngü Aracılı İzotermal Amplifikasyon (LAMP) gibi izotermal yöntemler standart Polimeraz Zincir Reaksiyonundan (PCR) teknik olarak daha kolaydır. LAMP, NAT uygulamaları için ideal özelliklere sahiptir. Bunların yanı sıra LAMP, reaksiyon ürünlerinin çıplak gözle tespit edilmesini sağlayan, hedef gen mevcudiyetinde sağlamlık ve pirofosfat üretimidir. Örneklerde sunulan polimeraz inhibitörleri amplifikasyon sürecini etkilemez. En önemlisi, LAMP basitleştirilmiş numune hazırlama ile basit hedef-yanıt teşhis sistemleri için pratik bir uygulamadır. Bu tezde, LAMP, tespit platformlarının güçlü teşhis yönlerini öne çıkarmak ve bunların topluma faydaları üzerine vurgu yapmak için geliştirilmiş ve optimize edilmiştir. Üzerinde çalıştığımız sistemler, hedef DNA'yı LAMP yöntemi kullanarak büyütür. 30 dakikadan daha kısa bir sürede, pH'a bağlı boyalarla reaksiyona girer, gerçek zamanlı ve çıplak gözle kolorimetrik DNA saptamasını sağlar. LAMP reaksiyonlarından DNA fragmanlarının saptanması, termal döngüleyicide ve cihazlarımızda paralel olarak gerçekleştirilmiştir. Hassas, oldukça ucuz ve kullanıcı dostu olduğu için LAMP, NAT platformları için avantajlı bir yöntem olarak öne çıkmış, bu tezde yapılan deneylerle de desteklenmiştir. Ek olarak, koloni-LAMP yöntemi ile DNA izolasyonuna gerek duyulmadan patojenlerin tespit edilmesi tek bsasamakta sağlanmıştır.