Bilimsel belgelerden çıkarılmış biyomedikal ilişkiler için anlamsal açıklamaların ontoloji temelli temsili

Bilimsel literatürün büyük hacmi dolayısıyla, araştırmacıların, makalelerin içlerinde gömülü olan bilgileri tanımlaması ve kullanması zorluk teşkil etmekte ve otomatik çıkarma ve işlemeyi gerekli kılmaktadır. Otomatik işleme, çıkarılan bilgi ontolojilerle temsil edilen bağlantılı veri kaynaklarıyla birleştirilebileceği düşünüldüğünde özellikle önemli hale gelmektedir. Bağlı Açık Veri (LOD) kaynaklarında temsil edilen geniş bilgi alanı, anlamsal arama ve çıkarım yoluyla çok sayıda bilgi keşfi fırsatı sunar. Bu tez, bilimsel makalelerde gömülü biyomedikal varlık ilişkilerini çıkarmayı ve bunları makine tarafından işlenebilir bir şekilde anlamsal olarak temsil etmeyi amaçlamaktadır. Bu amaçla, biyomedikal varlık ilişkilerini ve bunların bilimsel makalelerdeki kökenini temsil eden Biomedical Entities Evidences (BEE) adlı bir ontoloji önerdik. Yaklaşımın uygulanabilirliğini ifade etmek için kimyasal-protein çok sınıflı ilişkileri ve kimyasal-hastalık ikili ilişkilerini çıkardık. Bu ilişkileri BEE ontolojisi aracılığıyla temsil ettik. Ontoloji tabanlı semantik temsilin faydalarını göstermek için, birkaç LOD kaynağını ve ontolojilere ve özel kurallara dayalı çıkarsanan verileri kullanan bir semantik uygulama prototipi geliştirdik. Bu prototip, değişen karmaşıklıklarda bilgi alma görevlerini gerçekleştirerek anlamsal temsilin faydalarını değerlendirmek için kullanıldı.