pAnox1 plazmitinin replikatif özelliklerinin in siliko ve in vitro deneylerle analizi

Bu çalışmada, Anoxybacillus gonensis 05S15 bakterisinin barındırdığı bir plazmit olan pAnox1'in kodladığı transkriptlerin in siliko ve in vitro analizler ile replikatif özellikleri araştırılmıştır. pAnox1 plazmiti tarafından kodlandığı bilinen 3 transkript (ORF-1, ORF-3, ORF-5) için in siliko ve in vitro analizler gerçekleştirildi. Transkriptlerin proteine dönüşüp dönüşmediğinin belirlenmesi için yapılan çalışmalarda; plazmit curing, SDS-PAGE ve gümüş boyama analizleri sonucunda ORF-1 transkriptin bir protein kodladığı belirlendi ancak ORF-3 ve ORF-5 transkriptlerinin proteine dönüşüp dönüşmediği belirlenemedi. pAnox1 tarafından kodlanan ORF-1 transkriptin 903 bp, ORF-3 transkriptin 499 bp, ORF-5 transkriptin 211 bp kodladığı ortaya çıkarıldı. Kantitatif gerçek zamanlı PCR ile pAnox1'in hücre içindeki kopya sayısı yaklaşık olarak 127±2 olarak tespit edildi. pAnox1'in replikasyondan sorumlu proteini pET28a(+) vektörüne klonlandı, E.coli'de overekspres edildi ve saflaştırıldı. Biyoinformatik biyoinformatik analizler ve Docking simülasyonları ile plazmitin ori bölgesi, düzenleyici bölgeleri, Rep proteninin bağlanma özellikleri tespit edildi. Yapılan analiz sonucunda ORF-1 tarafından kodlanan transkriptin 37,3 kDa (313 aa) büyüklüğünde, ORF-3' ün 8,16 kDa (71 aa) büyüklüğünde ve ORF-5'in 7,59 kDa (67 aa) büyüklüğünde proteinler oluşturabileceği belirlendi.