Characterization of the PATZ1 BTB domain

BTB bölgesi, iyon kanalları, degradasyon sinyal kompleksleri ve DNA transkripsiyon sistemi dahil olmak üzere çeşitli büyük protein komplekslerinin koordinasyonunda görev alan, çok fonksiyonlu ve korunmuş bir protein etkileşim alanıdır. ZBTB proteinleri bir N-terminal BTB alanına ve ardından değişken sayıda Çinko Parmaklarına sahiptir ve transkripsiyon faktörü olarak çalışır. Hücresel proliferasyon, immün hücre soy farklılaşması ve kanser gelişiminin düzenlenmesinde rol alan 49 insan ZBTB proteininin dizi ve yapı açısında oldukça benzer BTB bölgesi bulunur. Bunların arasında PATZ1 proteininin BTB bölgesinin merkezinde, eşsiz ve işlevi bilinmeyen 31 amino asit uzunluğundaki sekans ile öne çıkmaktadır. PATZ1'in merkezi sarımı memelilerde bulunmaktadır, ancak balıklarda yoktur. Her hücrede ifade edilen PATZ1, çok sayıda kanser türünde rol oynayan ve p53 tümör baskılayıcısına müdahale eden bir transkripsiyon faktörüdür. Bu tez çalışmasında, PATZ1 BTB alanının eşsiz yapısal özelliklerinin belirlenmesi, öncelikle hem fare hem de zebra balıklarında (PDB ID'leri: 6GUV ve 6GUW) bir homodimer olarak kristal yapısının çözümü ile gerçekleştirilmiştir. Merkezi sarım, nükleer co-repressor NCOR1'e bağlanma açısından test edildi. ZBTB'lerin dinamiklere dayalı bir sınıflandırmasını oluşturmak için, yeni protein yapılarının moleküler dinamikleri daha önce bilinen diğer proteinlerle karşılaştırarak incelendi. Son olarak, ZBTB proteinlerini ile BTB dimerizasyon potansiyeli, bağışıklık sistemi hücrelerininin mRNA ifade verileri kullanılarak hesaplamalı olarak araştırıldı. Anahtar Kelimeler: BTB alanı, PATZ1 transkripsiyon faktörü, Protein kristalizasyon, Dimerizasyon, Moleküler Dinamikler