Next generation sequencing of a novel Loigolactobacillus coryniformis FOL-19 isolated from cheese and comparative genomic analysis with other L. coryniformis strains

Loigolactobacillus coryniformis, çeşitli ekolojik nişlerden izole edilen laktik asit bakterilerinin bir üyesidir. Tulum peynirinden yeni bir L. coryniformis suşu olan FOL-19'u izole ettik ve Illumina NextSeq kullanarak FOL-19 için tüm genom dizilimi gerçekleştirdik. Ardından, FOL-19'un kimchi, silaj, fermente et, ahır havası ve süt ürünlerinden izole edilen aynı türe ait mevcut on tam genom dizisine karşı genomik karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Ortalama genom büyüklüğü 2.93 ±0.1 Mb, GC içeriği %42.96 ±0.002, CDS sayısı 2905 ±165, tRNA sayısı 56 ±10 ve CRISPR element sayısı 6.55 ±1.83 olarak elde edilmiştir. L. coryniformis'te hem Tip I hem de II Cas kümeleri gözlenmiştir. Sadece bir suşun (CECT 5711) Carnocin CP52 bakteriyosin gen kümesini kodladığı tahmin edilmiştir. CRISPR elementlerinin ve Cas kümelerinin varlığı, L. coryniformis'in yeni CRISPR tabanlı araçlar için bir rezervuar olma konusunda umut verici bir potansiyele sahip olduğunu göstermektedir. Bu bulgular, biyoteknolojik uygulamalar için L. coryniformis suşlarının genomik karakterizasyonu için, endüstriyel olarak ilgili özellikleri belirlemek üzere genom güdümlü suş seçimi yoluyla bir adım öne çıkmaktadır.