Analyzes and WEB interfaces for protein subcellular localization and gene expression data

Moleküler biyolojideki son gelişmelerle ortaya cıkan büyük olşekli verilerden enu s ş u u ücyüksek oranda yararlanabilmek işin bunlarla organize şekilde ilgilenmek; veri-u c stabanları, arayüzler, veri gürüntüleme ve yorumlama araşları geliştirmek gerek-u ou u c smektedir. Protein hücre işi yerleşimi ve mikrodizi gen anlatım ifadesi deneyselu c sbiyolojici işin bir yol haritası olmadan once yoğun hesaplamalar gerektiren ikic ü galandır. Protein hücre işi yerleşimi protein işlevini aşıklamak aşışından ünemlidir.u c s s c cs oBu şalışmada, MEP2SL (model organisms proteome subcellular localizationcsdatabase) adında, model organizmaların tüm proteinleri işin kendini güncelleyenu c uaranabilir ve verileri bilgisayara aktarılabilir bir veritabanı yapılmıştır. Bu verita-sbanı, dokuz cokhücreli organizma işin bilinen deneysel yerleşim bilgisinin yanısıraş u c stahmine dayalı yerleşim bilgilerini barındırmaktadır. MEP2SL tahmine dayalısyerleşim sonuşları yüksek verimli deneysel maya yerleşim bilgileriyle uyumlu-s c u sluk güstermektedir. Ayrıca iki farklı veri kümesinde dürt farklı yerleşim tahmino u o saracı doğruluk oranlarına güre daha iyi sonuşlar vermektedir. Bu bulgular güzg o c oouününe alındığında MEP2SL sistemi pek cok arama, verileri bilgisayara aktarmag şseşeneği yanısıra daha fazla bilgiye yünelik araşları ve bağlantılarıyla berabercg o c gprotein hücre işi yerleşim bilgisi işin bir referans kaynağı olabilecek niteliktedir.u c s c gMikrodizi teknolojisi tüm genomun aynı anda incelenmesi işin uygun bir ortamu chazırlamaktadir. Bu calışmada Affymetrix HG-U133 Plus 2.0 dizileri işin DEGşs c(differentially expressed genes) adında, analiz ve veri geri aktarımı arayüzlerine usahip, ürün uzerinde kurulabilen ve aşık kaynak kodlu ayrımsal gen ifadeleri veri-ou ü ctabanı kurulmuştur. DEG, veritabanı ile tamamlanması sonucu sürekli veri depo-s ulamaya imkan sağlar. Ayrıca orün uzerine kurulabilme ozelliğiyle verilerini ortakg üu ü ü gerişime aşık sunuculara gündermek istemeyen kullanıcılar işin yararlı bir araştır.s c o c cAnahtar süzcükler : protein hücre işi yerleşimi üngürüsü, mikrodizi gen ifadesi,ou u c s o ouuşok hücreli model organizmalar, orün arayüzü ve veritabanı, proteom.c u üu uuv