Collective dynamics of protein complex structures: Scoring and prediction

Kenetlenme algoritmaları protein komplekslerinin yapılarının belirlenmesinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu algoritmaların en onemli kısımlarından biri puanlamadır. Hangi yapının ger¸cek yapıya en yakın oldugunu gormek icin puanlama algoritmaları kullanılır. Her yıl kenetlenme ve puanlama algoritmaları gruplar arası bir deney ile test edilir (CAPRI, Critical Assessment for Prediction of Interactions). Bu ¸calı¸sma boyunca ger¸cek protein kompleksleri dinamik ozelliklerine gore Gaussian ve Anizotropik Ag Yapı modelleri (GNM ve ANM) kullanılarak karakterize edilmeye calı¸sılmı¸stır. Amac, elde edilen bilgileri kullanarak bir puanlama fonksiyonu yaratmaktır. Aminoasitlerin kok ortalama kare sapmaları, eklem (hinge) aminoasitlerin pozisyonları, baglı ve serbest haldeki yapısal hareketler arastırılmıstır. Sonuclar, proteinlerin baglandıktan sonra arayuzlerindeki hareketliligin azaldıgını ve arayuz dısındaki bolgelerde arttı˘gını, baglanma sonrasında ANM modlarında kayma goruldugunu ve serbest haldeki dinamiklerin kompleks haldeyken de korundugunu, eklem aminoasitlerin arayuzlerde onem arz ettigini gostermektedir. Bu ozelliklerden yola cıkılarak iki yazılım gelistirilmistir. CLAMshell, yapıları dinamik temelli ozelliklerle sınıflandırma aracıdır; HiPlane, eklem aminoasitlerden gecen bir duzlem cizip baglanan yapıların birbirlerine gore yonelimini karakterize eden bir aractır. Gelistirilen yazılımların da yardımıyla, eski CAPRI deneylerinin sonuclarını ve gercek kompleks yapılarını kullanarak bir puanlama sistemi elde edilmeye calısılmıstır.