Kanser sürücü genlerinin arasındalık bazlı aykırılık tanımı ve rastgele yürüyüşle tespiti

Son yıllardaki kanser genom çalışmaları yüksek sayıda kanser genomu için detaylı moleküler veri üretmiştir. Ortaya çıkan önemli bir problem bu verileri kullanarak kanser sürücü genleri tespit etmektir. Bu tezde, genomik veriyi protein-protein etkileşim ağlarıyla birleştirerek kanser sürücü genleri tespit eden BetweenNet isimli işlemsel bir yöntem önerilmektedir. BetweenNet, hastaya özgü oluşturulmuş ağları arasındalık merkeziliği tabanlı bir metrik ile inceleyerek etkinliği değişmiş aykırı genleri bulmaktadır. Mutasyona uğramış genlerle etkinliği değişmiş genlerin arasındaki ilişkileri iki parçalı bir çizgede tanımlayıp, bu çizgede rastgele yürüyüş algoritması uygulayarak mutasyona uğramış genleri sürücülük potansiyeline göre sıralamaktadır. BetweenNet yöntemi varolan benzer yöntemlerle akciğer, meme ve pan-kanser verileri kullanılarak karşılaştırılmıştır. Değerlendirmelerimiz BetweenNet'in bilinen kanser genlerini bulmada daha başarılı olduğunu göstermektedir. Ayrıca, bilinen kanser genleriyle BetweenNet tarafından sıralanan genlerin Gene Ontology terimleri ve referans ağlar bakımından birbiriyle önemli derecede örtüştüğü tespit edilmiştir.