Reconstitution of RNA polymerase ii subunits and analysis of their interaction with pic components

Mediator Kompleksi, RNA polimeraz II transkripsiyonunda görev alan genel bir düzenleyici proteindir. Bu Mediatör Kompleks, düzenleyici sinyalleri aktivatörlerden promotör bölgesindeki başlangıç öncesi kompleksine iletir. Mediator Kompleksi olmadığında Polimeraz II transkripsiyonu başlayamaz. Literatürde Mediator Kompleksinin Polimeraz II'nin CTD bölgesine bağlandığı gösterilmiştir, bu da Mediator Kompleksinin enhancer bölgesinden promotör bölgesine nasıl transkripsiyon döngüsünü oluşturduğunun göstergesidir. [1][2] Cevher Labı olarak Mediator Kompleksinin, izole edilmiş Polimeraz II'ye, hangi alt birimi ile bağlandığını bulduk. Bu buluşlar henüz yayımlanmadığı için, Pol II ile etkileşime giren bu altbirim MEDX olarak bahsedilecektir. Bu projede, Polimeraz II'nin hangi alt biriminin MEDX ile etkileşime girdiğini bulmayı amaçlıyoruz. Bunun için, Polimeraz II'nin 5 alt birimini (RPB4, RPB5, RPB6, RPB9, RPB12) rekombinant olarak sentezledik, izole ettik ve bunları biyokimyasal olarak analiz ettik. MEDX'in, Polimeraz II'nin 5 alt birimiyle immunopresipitasyonu ilginç sonuçlar verdi. Sentezlenen 5 proteinden 4'ü MEDX ile etkileşim gösterdi. Polimeraz II'nin diğer alt birimlerini de sentezleyip, MEDX ile etkileşiminin analizlerine devam edilecektir. Ökaryotik transcripsiyonuna farklı bir bakış açısı olarak, Mediator Kompleks ile etkileşime geçerek Polimeraz II transkripsiyon sistemine sinyal ileten aktivatörler üzerinde çalışıyoruz. Nükleer Reseptörler hormonlar aracılığıyla dışardan gelen sinyalleri ileten geniş bir aktivatör ailesidir. Hormon bağlanması üzerine hücre çekirdeğine giren aktivatörler, promotör bölgesisin üst tarafındaki enhancer sekanslarına bağlanırlar. Daha sonra Mediator Kompleksini buraya yükleyerek preinitiation kompleks'in oluşumunu başlatırlar. Nükleer Reseptör ailesinden biri olan Androjen reseptörü ve Mineralokortikoit reseptörleri klonladı ve böcek hücrelerinde rekombinant olarak sentezlendi. Amacımız, Mediator Kompleksi'nin aktivatör olarak bu reseptörlerle nasıl etkileşim kurduğunu ve transkripsiyonu nasıl başlattığını keşfetmektir. Mediator Kompleksinin her bir alt biriminin farklı bir aktivatörle etkileşime girdiği tahmin edilmektedir, bu sebeple bağlanan her bir aktivatör Mediator Kompleksini farklı mekanizmalarla kontrol etmektedir.