Comparative transcriptome analyses of a standard strain and clavulanic acid overproducing industrial strain of s. Clavuligerus

Streptomyces clavuligerus, sefamisin C (SC) ve güçlü β-laktamaz inhibitörü klavulanik asit (KA) dahil olmak üzere tıbbi açıdan önemli β-laktam antibiyotiklerinin üreticisidir. Bu çalışmada, ardışık klasik mutajenezle geliştirilmiş endüstriyel bir KA aşırı üretici suş olan DEPA ile referans suş olan NRLL3585'in karşılaştırmalı transkriptomik analizi için genom çapında RNA dizi analizi yapılmıştır. Amacımız, klavulanik asit üretiminin karmaşık düzenleyici mekanizmaları hakkındaki daha fazla bilgi edinmek ve gen teknolojileri kullanılarak yeni üretici suşlar geliştirilebilmesi (rasyonel yaklaşımlar) için yeni hedefler göstermektir. RNA dizi analizi sonuçlarına göre, KA biyosentezi genleri, arginin biyosentezi, G3P sentezi, klavam biyosentezi ve KA üretiminde herhangi bir rolü olan diğer ek yapısal genler / gen kümeleri, bunlara ek olarak da, AdpA, TetR/AcrR ve CarD gibi temel düzenleyicilerin ekspresyon seviyeleri anlamlı biçimde artmış ya da azalmıştır bu. Daha sonra, transkriptom sonuçlarının, daha önce laboratuvarımızda yapılmış olan nanoLC/MS MS temelli karşılaştırmalı proteomik analizi sonuçları ile entegrasyonu gerçekleştirilmiştir. Entegre (bütünleştirici) transkriptomik ve proteomik analizlerden elde edilen pozitif korelasyon, Streptomyces clavuligerus'ta KA aşırı üretimi ve regülasyon mekanizmaları hakkında edindiğimiz bilgileri doğrulamıştır.