Methods and tools for visualisation and management of SBGN Process Description maps

Çizgeler, ilişkisel bilgiyi modellemek amacıyla yazılım mühendisliğinde, ilişkisel veritabanlarında, sosyal ve biyolojik ağların gösteriminde yaygın olarak kullanılırlar. Bilginin etkin kullanımı için otomatik yerleştirme, interaktif ortamda değişiikliklerin yapılabilmesi ve kalabalık çizgelerin karmaşıklıklarının yönetilmesi, çizge gösterimi için gerekli yöntemlerdir. Çizge gösteriminde interaktif ortamda değişiklik yapma ve diyagramlama teknikleri, grafiksel kullanıcı arabirimlerindeki gelişmelerle birlikte önemli ve etkin hale geldi. Gösterilmek istenen bilginin artışı ile birlikte, bu ağların analizi ve elde edilmek istenen ilişkisel verinin kullanımı oldukça zorlaşmaktadır. Bu problemi çözmek için, karmaşık ve alana özgü karmaşıklık yönetimi tekniklerinin geliştirilmesi ve sağlanması gerekmektedir. Systems Biology Graphical Notation (SBGN), biyokimyasal ve hücresel proseslerin görselleştirilmelerini standart bir şekilde ifade edebilmek amacıyla, biyokimyacılar ve bilgisayar uzmanları tarafından, yıllardır süregelen bir çalışma ile geliştirilmektedir. SBGN, etkileşim ağlarının kesin ve belirsizliğe yer vermeyecek şekilde gösterimi amacıyla, somut ve detaylı bir sembol listesi sağlayan bir görsel dil ya da notasyondur. Ayrıca, SBGN bu tarz bir grafiksel bilginin nasıl yorumlanması gerektiğini de izah eder. SBGN proses dili, biyolojik yolaklardaki entitilerin, biyolojik reaksiyonları temsil eden proseslerden nasıl etkilendiğini açıklar. Aynı entitiyi birkaç defa aynı diyagramda göstererek, biyokimyasal entiti ağında yer alan bütün moleküler etkileşimlerin gösterimi yapılır. Bu çalışmada, SBGN-PD diyagramlarının etkin bir şekilde gösterimi ve analizi için metotlar ve araçlar geliştirdik. Özellikle, büyük SBGN-PD diyagramlarının karmaşıklıklarının etkin bir şekilde yönetilmesi amacıyla yeni algoritmalar sunduk. Bu algoritmalar, karmaşıklık y ̈onetimi teknikleri uygulandıgında SBGN-PD diyagramlarının bütünlüğünü koruyacak şekilde tasarlandı. Ek olarak, bu metotların kullanıldığı yazılım bileşenleri ve web tabanlı araçlar üretildi. Bu araçlar gelişmiş ve modern web teknolojilerini ve kütüphanelerini kullanmaktadırlar.