Paralog-specific gene copy number discovery within segmental duplications

Genom dizileme ve analizinde gelişen teknolojiyle birlikte, insan genomundaki değişimlerin ana kaynağının yapısal varyasyonlar olduğu belirginleşti. Çeşitli hastalıklara yol açması bakımından önemli olmalarına rağmen, halen bütün tip ve uzunluktaki yapısal varyasyonları bulan bir algoritma bulunmamaktadır. Yapısal varyasyon keşfi problemli bir alan olarak kalmıştır çünkü sıklıkla segmental duplikasyonların, DNA üzerinde birden fazla bulunan yüksek oranda benzerlik gösteren segmentler, üzerinde bulunmaktadır. Araştırmacılar bütün genomun yaklaşık %5'ine karşılık gelen bu bölgeleri araştırmalarda karmaşıklık getireceği için kapsam dışında bırakmıştır. Sadece birazı bu alanlarda çalışma yapmıştır, ancak onlar da okumaların birden fazla lokasyonla eşleştirildiği özel bir dizi hizalama dosyası kullanmıştır. Bu çalışmada okumaların tek bir lokasyonla eşleştirildiği dizi hizalama dosyası kullanarak segmental duplikasyonlarda paralog-özgü kopya sayısı varyasyonu keşfi yapan ParaCoND algoritmasını sunuyoruz. Tekrarlı bölgelerdeki paralogları birbirinden ayıran tekli özel nükleotidleri (TÖN) kullanıyoruz. Metodumuz okuma derinliğine dayanmaktadır ve sadece duplikasyon ve silme işlemlerini tespit etmekle sınırlıdır. Genlerin mutlak kopya sayılarını sadece TÖN okuma derinliğini kullanarak hesapladık. Ayrıca, aynı segmental kopyada bulunan genler için paraloga özgü mutlak kopya numaralarını da hesapladık.