Modeling the solvent effect in free radical polymerization and deamidation of peptides

Bu çalışmanın ilk kısmında, etil metakrilat (EMA) ve etil ?-hidroksil metakrilatın (EHMA), çözücü içindeki serbest radikal polimerizasyonları; ikinci kısımda ise üç farklı dipeptitin çözücü içindeki deamidasyonları Yoğunluk Fonksiyonları Teorisi (DFT) ile incelenmiştir.Bu çalışmanın birinci kısımda, EMA ve EHMA monomerlerinin yoğun ortamda ve çözücü içindeki serbest radikal polimerleşmesi davranışını anlamak için yayılma kinetikleri modellendi. Metakrilatlar serbest radikal polimerleşmesinde genel olarak kullanılan monomerler arasındadır ve diş malzemesi, bio malzeme, yapıştırıcı, optik yapıştırıcı, astar, optik-lif astar ve birçok başka özeliklerde kullanılabilirler. Hidroksil fonksiyonelli metakrilatlar ise hidrofilik olmaları, çapraz bağlanma yapabilmeleri ve daha sonraki tepkimeler için fonksiyonel olarak kullanılabilmeleri sebebiyle ilgi çekiyorlar. Monomerlerin hesaplanan yayılma hız sabitleri ve deneysel hız sabitleri arasındaki eğilim, en uyumlu olarak MPWB1K/6-311+(3df,2p) yöntemiyle bulunmuştur.Bu çalışmanın ikinci kısımda, peptitlerdeki deamidasyon tepkimeleri incelendi. Doğada bulunan yirmi tane amino asit arasında iki tanesi, asparajin (Asn) ve glutaminin (Gln) fizyolojik ortamda istikrarlı olmadıkları bilinmektedir. Amino asit kalıntısının arka omurgasındaki amid grubu kırılak aspartik asit (Asp) ve glutamik asit (Glu) oluşturur. Asn ve/veya Gln içeren peptit ve proteinlerin de farklı birincil yapıları var ise, deamidasyon yarılanma zamanlarının da çok farklı olduğu bulunmuştur. Bu sebeple, bu çalışmanın ikinci kısmında farklı üç peptit model olarak seçilerek birincil yapının deamidasyon üzerindeki etkisi çalışılmıştır.