Escherichia coli elongasyon faktörü Tu'nun fosforilasyonu üzerine çalışmalar

Bilinen bütün canlı hücreler yaşayabilmek ve çoğalabilmek için gerekli yapısal ve işlevsel proteinlerini kendileri sentezlemek zorundadır.Bu nedenle protein sentezi yaşamın merkezinde konumlanır.Prokaryotik veya ökaryotik bütün hücrelerde protein sentezi ribozomlar üzerinde gerçekleşir.Sentezlenecek olan proteinlerin aminoasitleri ise ribozomlara EF-Tu.GTP.aminoacyl-tRNA'dan oluşan bir üçlü bileşikteki transfer RNA molekülleri ile taşınır. EF-Tu hem prokaryotik hem de ökaryotik hücrelerde in vivo koşullarda fosforile edilir. E. coli elongasyon faktörü Tu'nun T382'inci (treonin) aminoasidinin fosforile olması sonucu enzimin aminoasil-tRNA bağlama özelliğini kaybetmektedir. EF-Tu'nun T382 fosforilasyonu yoluyla bakteriyel protein sentezi etkin bir şekilde düzenlenebilmektedir. Henüz hiçbir ögesini bilmediğimiz bu sinyal yolağını tanımlayabilmek için EF-Tu'yu özgün olarak T382'den fosforile edecek kinazların tanımlanması bu aşamada önem kazanmaktadır. Translasyon, EF-Tu T382‟ nin fosforilasyonu ile hızlı bir şekilde durdurulabilmektedir. Bakteriler bu mekanizmayı kullanarak uyku haline girebilir ve antibiyotik karşısında bakteriyel sürekliliği sağlayabilir. Translasyonu engelleyen sinyal yolağındaki kinazın bulunması bakteriyel sürekliliği engelleyen yeni antibiyotiklerin üretilmesine olanak sağlayacaktır. Hatta bu mekanizmanın aydınlatılması kanser tedavilerinde de kullanılabilir, Çünkü; kanser hücreleri de uyku haline giren bakteriler gibi yavaş büyüyen ve ilaç tedavisine kapalı hücrelerdir. Aynı zamanda kanser hücreleri uyku halindeki bakteriler gibi ilaç tedavisi kalktığında tekrar hızlı bir şekilde büyüyüp kötü huylu tümörler oluşturabilmektedir. Bu amaç doğrultusunda aday genler literatür taraması ve biyoinformatik yöntemler kullanılarak belirlendi. Aminoasit benzerliği için BlastP ve PSI-Blast, yapısal benzerlik için FATCAT programı kullanıldı. Literatür taraması sonunda hipA geni ilk aday gen olarak belirlendi. Biyoinformatic araştırmalar sonucunda yegI ve argK genleri diğer aday genler olarak seçildi. Saflaştırılmış kinazlar ve saf EF-Tu ile fosforilasyon deneyleri yapıldı. Anti-fosfotreonin antikoru ile fosforilasyonlar gözlemlendi. Fosforilasyonun T382‟ ye özgü olup olmadığı T282D mutantı ile kontrol edildi. Saflaştırılan kinazların EF-Tu‟ yu T382‟ den fosforile edemediği gözlendi.