Hastalıkların mayada sistem bazlı bir yaklaşım ile incelenmesi

Gen fonksiyolarının anlaşılması Mendeliyen hastalıkların altında yatan moleküler mekanizmaların aydınlatılması açısından büyük önem taşımaktadır. Biyokimyasal ve moleküler işlevlerin organizmalar arasında korunuyor olması, genlerin fonksiyonlarının anlaşılması için model organizmaların kullanılmasına olanak sağlamaktadır. Organizmalar arasında korunmakta olan bir genin mutasyonunu taşıyan bir model organizma ile yapılacak çalışma sadece o genin işlevinin değil ayrıca o genin organizma düzeyindeki işlevinin de ortaya çıkmasını sağlayacaktır. Maya ve insan arasında büyük ölçüde korunan bakır mekanizması, bu mekanizmadaki aksaklıklardan kaynaklanan hastalıkların çalışılması için mayayı ideal bir model organizma haline getirmektedir. Bu tezin amacı, Wilson ve Menkes hastalıklarıyla ilişkilendirilmiş olan genlerin mayada ortoloğunun bulunmasından yararlanılarak, sistem bazlı bir yaklaşımla bakır mekanizmasındaki bozukluklardan kaynaklanan hastalıkların anlaşılmasıdır. Bu amaçla, CCC2 ve ATX1 genlerinin yokluğunun genom düzeyindeki etkileri sistem bazlı bir yaklaşımla incelenmiştir. Bakır homeostazındaki bozuklukların etkilediği diğer yolizlerinin aydınlatılabilmesi için gen anlatım düzeyleri protein-protein ve protein-DNA etkileşim ağ yapıları ile birlikte incelenmiştir. Gen anlatım düzeyinde CCC2 geninin delesyonuna karşı verilen tepkinin bakır derişimine bağlı olarak incelenmesi, bu genin yokluğundan kaynaklanan aksaklıkların, değişik bakır düzeylerinde ortaya çıkartılmasını sağlamıştır. Analizler ayrıca ATX1 ve CCC2 genlerinin yokluğuna karşı verilen gen anlatım düzeyindeki tepkinin farklılıklarını ortaya koymuştur. Kemostat kültüründe gerçekleştirilen deneyler sonucunda elde edilen veriler, hücrelerin uzun ya da kısa süre bakır eksikliğine maruz bırakılmalarının etkileri arasındaki farkın anlaşılmasını sağlamıştır.