Automated layout of process description maps drawn in systems biology graphical notation

Gelişen teknolojiyle birlikte genom bilimi üzerindeki ilgi arttı. Günümüzdeki ileri düzey çalışmalar ve yüzyıllardır süregelen moleküler biyoloji araştırmaları birleşince yüksek miktarda yolak verisi oluştu. Bu modeller, bağıntıları nedenlere bağlayıp, yüksek hacimli veri analizinde kullanılarak, birçok karmaşık hastalığı aydınlatabilir. Bu çalışmalardaki anlam belirsizliğini önlemek ve düzenliliği sağlamak amacıyla standart bir notasyona ihtiyaç duyuldu. Systems Biology Graphical Notation (SBGN), bir grup biyokimyacı, modelleme uzmanı ve bilgisayar bilimcisi tarafından, bilim adamlarının hücresel süreçler de dahil olmak üzere pek çok ağ yapısını standart ve belirsizliğe yer vermeyen bir şekilde yansıtması için geliştirilmiştir. SBGN üç dilden oluşur: proses, varlık ilişki ve etkinlik akış. Bu araştırma, bu dilin proses diyagramları kolu üzerine yoğunlaşmaktadır. Otomatik yerleştirme, çizgelerle temsil edilen bilginin açıkça görselleştirilmesini sağlamakta yaygın şekilde kullanılır. Biyolojik yolakların içiçe yapılar (nükleoplazma vb.) içerdiğini göz önünde bulundurarak, bu yapıları destekleyen kuvvet-yönlendirilmiş bir otomatik yerleştirme metodu olan Compound Spring Embedder (CoSE) algoritmasını kullandık. Bu algoritma yapısını kullanarak, özelleştirilmiş bir SBGN-PD yerleştirme algoritması geliştirdik. SBGN-PD yerleştirme algoritması genel olarak; kompleks üyelerinin ve bağlantısı olmayan moleküllerin düzgünce döşenmesi, proses düğümlerinin substrat ve ürün bağlantılarının, ilgili proses düğümlerinin zıt taraflarına yerleştirilmesi ve bu işlemlerin algoritmanın kuvvet-yönlendirilmiş yapısını bozmadan yapılmasını içerir.