Karşılıklı dışlama kullanılarak kanser sürücü gen modüllerinin bulunması

Büyük kanser kohortlarından alınan genomik analizler, sadece mutasyon profillerine dayalı olarak sürücü genlerin tanımlanmasını engelleyen mutasyonel heterojenlik prob- lemini ortaya çıkarmıştır. Bu sorunu çozmenin bir yolu, genlerin fonksiyonel modüllerde birlikte hareket ettiği bilgisini kullanmaktır. Mevcut protein-protein etkileşim ağlarında bulunan bağlantı bilgisi, genlerin mutasyon frekansları ve kanser mutasyonlarının mutual exclusivity ozelliği ile birlikte el alınarak kanser sürücü modüllerinin etkin bir şekilde bulunması için kullanılabilir. Bu tezde, protein-protein etkileşim ağlarında mevcut olan bağlantıları, karşılıklı dışlama ve kapsam bilgileriyle birleştirerek ayrıt ağırlıkları tanımlayan ve daha sonra bu ağırlıkları kullanan MEXCOwalk adında bir rastgele yürüyüş algoritması onerilmektedir. MEXCOwalk TCGA pan-kanser verileri üzerinde bilinen kanser genlerini bulma, normal ve tümor orneklerini sınıflandırma ve belirli kanser türleri için zenginleşmiş mutasyon profillerine sahip gen setlerini modül olarak tanımlama açıarıindan var olan yontemler- den daha iyi performans gostermektedir. Ayrıca, MEXCOwalk pan-kanser verilerinde nadiren mutasyona uğramış kanser genlerini tespit etmede de başarılı olmuştur. Tezin, ikinci kısmında, mevcut karşılıklı dışlama bulma algoritmalarını değerlendirme amacıyla ağ merkezli yenilikçi bir yontem geliştirilmiş; iyi çalışan karşılıklı dışlama bulma algorit- malarının çıkıları MEXCOwalk ayrıt ağırlıklarında kullanıdığında performansın daha da iyileştiği gozlemlenmiştir.