Genome-wide effects of DNA replication on nucleotide excision repair of UV-induced DNA lesions

Replikasyon, onarılmamış DNA hasarlarının kansere yol açabilecek mutasyonlara dönüşmesine neden olabilir. Nükleotid kesip çıkarmalı onarımı, UV ile indüklenen hacimli DNA katımlarını ortadan kaldırarak melanom kanserlerini önleyen önde gelen onarım mekanizmasıdır. Ancak, replikasyonun Nükleotid kesip çıkarmalı onarımındaki rolü henüz açığa kavuşturulmamıştır. Son zamanlarda geliştirilen yöntemler Damage-seq ve XR-seq sırasıyla, hasar oluşumu ve nükleotid kesip çıkarmalı onarımı olaylarını çeşitli koşullar altında haritalandırabilmektedir. Burada, Damage-seq ve XR-seq yöntemlerini hücre döngüsünün erken ve geç S fazlarında senkronize edilip UV ile indüklenen HeLa hücrelerine uyguladık. HeLa hücrelerinin hasar ve onarım olaylarını replikasyon orijini ve replikasyon alanlarıyla birlikte analiz ettik. Hem erken hem de geç S fazlı hücrelerde, erken replikasyon alanlarının geç replikasyon alanlarına göre daha verimli bir şekilde onarıldığını bulduk. Sonuçlar ayrıca onarım verimliliğinin replikasyon orijinleri etrafında DNA'nın öncü ipliklerini desteklediğini ortaya koydu. Dahası, replikasyon orijini etrafındaki ipliklerin onarım etkinliğinin melanom mutasyonlarının sayısı ile ters orantılı olduğunu gözlemledik.