Val-Met dipeptidinin moleküler mekanik ve kuantum kimyasal yöntemlerle konformasyon analizi

Bu çalışmada protein sindirimi ya da protein katabolizmasının atık ürünü olan Valine- Metiyonin dipeptidi hem deneysel hem de teorik olarak incelenmiştir. Valin ve Metiyonin aminoasitlerinin literatürdeki geometrik parametrelerinden yararlanılarak dört farklı Val-Met konformasyonu oluşturulmuştur. Bu dört farklı konformasyonun optimize geometrileri ve toplam enerjileri DFT/B3LYP fonskiyonu kullanılarak 6-31G(d,p), 6-31++G(d,p) ve 6-311++G(d,p) baz setleri ile hesaplanmıştır. Elde edilen en kararlı iki konformasyonun titreşim dalga sayıları 6-311++G(d,p) baz seti kullanılarak hesaplanmıştır. Potansiyel enerjinin titreşim kiplerine dağılımı (PED), MOLVİB programı kullanılarak elde edilmiş ve her bir titreşim dalgasayısına karşılık gelen titreşim modları belirlenmiştir. Ek olarak, Chem3d programı kullanılarak Alingers'MM2 kuvvet alanı uygulanarak Moleküler Dinamik Simülasyon ile 113 konformasyon elde edilmiştir. Moleküler Dinamik Simülasyon ile belirlenen bu konformasyonlara ait enerji değerleri ab-initio hesaplamalarından Yoğunluk Fonksiyon Teorisi (DFT) yöntemi, B3LYP fonksiyonu 6-311++G(d,p) baz setinde hesaplanmış ve olası iki konformer belirlenmiştir. Çalışmanın deneysel kısmında, Jasco 300E FT-IR spektrometre (2cm-1 çözünürlükte) ve NRS 3100 Dispersif Mikro Raman spektrometre kullanılarak moleküllerin spektrumları çekilmiştir. Elde edilen hesaplama sonuçları ve deneysel sonuçlar karşılaştırmalı olarak tablolar halinde verilmiştir.