2
Arşivlenen Tez
0
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Anabilim Dalı
Dışkıda giardia intestinalis tanısında üç yöntemin (mikroskobik inceleme, direkt floresan antikor testi, immunokromatografik yöntem) karşılaştırmalı olarak değerlendirilmesi
Kamçılı bir protozoon olan G. intestinalis'in neden olduğu giardiosis tüm dünyada ve özellikle de gelişmekte olan ülkelerde en sık rastlanan protozoon hastalığı olarak bildirilmektedir. Endüstriel ülkelerde %2-5 arasında, gelişmekte olan ülkelerde %20-30'a varan oranlarda yayılış gösterdiği belirtilmektedir. Özellikle gelişmekte olan ülkelerde ve çocuklarda salgınlar yapabilmekte ve ciddi sosyoekonomik kayıplara yol açabilmektedir. Bu kayıpların önlenebilmesi için şüphesiz ilk adım doğru ve hızlı tanı koyarak hasta veya taşıyıcı kişilerin saptanması ve uygun şekilde tedavi edilmesinin sağlanmasıdır. Ülkemizde de son yıllarda yapılan çalışmalar incelendiğinde farklı bölgelerde %0,8'den %54,8 e kadar değişebilen oranlar bildirilmiştir. Dışkıdaki parazitin tanısında mikroskobik bakı, çeşitli boyama yöntemleri, Direkt Fluoresan Antikor Tekniği (DFA), Enzyme Linked Immunosorbant Assay (ELISA), immunokromatografik (IK) ve Polymerase Chain Reaction (PCR) gibi birçok yöntem kullanılmaktadır. Bu yöntemlerin duyarlılık ve özgüllüğü ile ilgili çok fazla çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışmanın amacı G.intestinalis tanısında sıklıkla kullanılan direkt mikroskobik inceleme ve konsantrasyon yöntemi sonrası direkt mikroskobik inceleme ile DFA ve IK yöntemlerinin paraziti saptama açısından birbirine olan üstünlüğünü saptamak ve tanı için en uygun olabilecek yöntemi araştırmaktır. Çalışmaya parazit araştırılması amacıyla laboratuvarımıza gönderilen dışkı örneklerinden nativ-lugol ve/yeya formol-etil asetat çöktürme yöntemi ile G.intestinalis saptanan 25 ve kontrol grubu olarak parazit saptanmayan 25 örnek dahil edilmiştir. Dışkıların mikroskobik incelemeleri yapıldıktan sonra, DFA ve IK yöntemleri ile çalışılmak üzere -20 ºC'de saklanmıştır. Saklanan dışkılar DFA (CeLLabs, Crypto/Giardia-Cel IF) ve IK (RIDA QUICK, Cryptosporidium /Giardia Combi Dipstick) testleri ile üretici firmaların önerileri doğrultusunda çalışılmıştır. Çalışmamızda nativ-lugol ve/yeya formol-etil asetat çöktürme yöntemi ile G.intestinalis saptanan 25 dışkının tamamında DFA ile parazit görülmüştür. IK yöntemi ile 24 dışkıda parazite özgü bant saptanırken, bir dışkıda saptanamamıştır. Kontrol grubundaki G.intestinalis saptanmamış olan 25 dışkının tamamında hem DFA hem de IK yöntemi ile parazit saptanmamıştır. Sonuç olarak, G.intestinalis tanısında mikroskobik bakı referans olarak alındığında DFA'nın özgüllük ve duyarlılığının %100, IK'in duyarlılığının %96, özgüllüğünün ise %100 olduğu belirlenmiştir. Çalışmamızda, IK yönteminin, kolay uygulanabilmesi deneyimli personel ve laboratuvar alt yapısı gerektirmemesi, hızlı sonuç vermesi gibi avantajlı yönleri nedeni ile tanı laboratuvarlarında ve ayrıca kitle taramalarında kullanılacağı düşünülmüştür. Ayrıca IK'nın kit birim fiyatı maliyetinin 12.8 TL ile kit birim fiyatı 25.5 TL olan DFA'ya göre daha uygun maliyetli olduğu düşünülmüştür. DFA yönteminin ise alt yapısı güçlü laboratuvarlarda deneyim gerektirmeyen personel tarafından değerlendirebileceği, ancak maliyetinin geleneksel yöntemlere göre fazla olduğu kanısına varılmıştır. Anahtar kelimeler: DFA, Direkt mikroskobik inceleme, Giardia intestinalis, IK.
Pneumocystis jirovecii isolatlarındaki genotipik varyasyonların ve sülfonamid ilaç direncinin araştırılması
İnsana özgü bir tür olan Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii), immun sistemi zayıflamış kişilerde Pnemocystis jirovecii pnömonisi (PCP) olarak bilinen, ölümle sonuçlanabilen ciddi interstisyel pnömonilere neden olabilmektedir. Organizmanın tanısında direkt mikroskobi altın standarttır. Düşük organizma yükünün gözlendiği durumlarda PCR gibi moleküler yöntemlere de ihtiyaç duyulmaktadır. Çalışmamızda İzmir ili ve çevresinden elde edilen P. jirovecii isolatlarındaki mtLSU-rRNA ve DHPS gen polimorfizmi araştırıldı. Bu amaçla hastane kökenli hastaların bronkoalveolar lavaj (BAL) örnekleri ve otopsi vakalarının akciğer doku örneklerinden elde edilen toplam 157 P. jirovecii isolatı incelendi. Nested PCR sonrasında Sanger sekanslama ile mtLSU-rRNA genotiplendirmesi yapılırken, RFLP yöntemiyle DHPS polimorfizmi değerlendirildi. mtLSU-rRNA genotiplendirmesi yapılabilen 138 P. jirovecii isolatı arasında genotip 2, %58 ile en sık karşılaşılan genotip olarak bulundu. Genotip 2' den sonra en sık saptanan genotipler sırasıyla genotip 3 (13%), genotip 1 (11,6%) ve genotip 4; (5,1%) olarak bulunurken genotip 5 (0.7%) sadece bir otopsi örneğinde saptandı. Bunun yanısıra 16 (%11,6) olguda ikili veya üçlü koenfeksiyonlar mevcuttu. Yaş, cinsiyet, immun durum ve PCP/kolonizasyon farklılığı gibi özelliklerin genotip dağılımında etkili olmadığı gözlenirken; solid organ tümörlerindeki genotip 2 baskınlığı ve akciğer hastalığı olanlardaki miks enfeksiyon yüksekliği istatistiksel olarak anlamlıydı. DHPS geni, çalışmaya alınan 157 örneğin 137 (%87.3)'sinde çoğaltılabildi. RFLP sonucunda 135 örnekte herhangi bir mutasyona rastlanmazken (vahşi tip); hastane kökenli iki (%1.5) örnekte vahşi tip ve 57. kodon mutasyonun birlikte olduğu miks enfeksiyon (vahşi tip + mut 57) saptandı. Bu çalışmada ilaç direnci ile ilişkilendirilmiş olan DHPS gen mutasyonlarının toplumumuzda bulunabildiği gösterilirken; mtLSU-rRNA genotiplerinin dağılımı ile ilgili önemli epidemiyolojik veriler elde edilmiş oldu. Öte yandan çalışmamız real-time PCR'ın P. jirovecii laboratuvar tanısında etkili bir yöntem olduğunu ortaya koymuştur. Konvansiyonel n-PCR yönteminin çok düşük yoğunluktaki etken varlığında real-time PCR'a göre daha başarısız olduğu gösterilmiştir.