Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Sepsis ve bakteriyemi hastaları ile kontrol grubunda kan kültürü, serum C-reaktif protein (CRP) ve prokalsitonin (PCT) düzeylerinin karşılaştırılması

1.ÖZET SEPSİS VE BAKTERİYEMİ HASTALARI İLE KONTROL GRUBUNDA KAN KÜLTÜRÜ, CRP VE PCT DÜZEYLERİNİN KARŞILAŞTIRILMASI Anahtar Sözcükler: Sepsis, bakteriyemi, CRP, PCT, kan kültürleri Yüksek mortalite ve morbidite nedeni olan sepsis sendromu; tanısı kesin laboratuvar verilerinden çok klinik gözlemle konulabilen bir durumdur. Günümüze dek tanı için; kültür sonuçları, lökosit sayısı ve CRP düzeyindeki yükseklik gibi veriler kullanılmıştır; ancak bu verilerin hiçbiri tek başına tanı koymada yeterli bulunmamıştır. Bu kriterlere ek olarak 1993 yılında bakteriye! sepsis tanısında kalsitonin ön hormonu olan prokalsitoninin kullanımı gündeme gelmiştir. Prokalsitoninin sepsis tanısı için duyarlı ve özgül olduğu öne sürülmektedir. Bu çalışmamızda Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde Ocak 1999-Aralık 2000 tarihleri arasında 25 sepsis ve 25 bakteriyemi öntanısı konmuş 50 hasta ile biyokimya laboratuvarına başvuran ve infeksiyon yönünde herhangi bir yakınması olmayan 25 kontrol olgusunda prokalsitonin, CRP ve kan kültürü sonuçları karşılaştırıldı. Alınan kan örnekleri kültür için BACTEC 9240, CRP için Behring nefelometre ve PCT için Berthold Lumat LB 9507 cihazlarında çalışıldı. Elde edilen değerler gruplar arası farklılıklar açısından değerlendirildi. Sepsis hastalarının %88'inde kan kültüründe üreme gözlenirken %100'ünde yüksek CRP ve PCT düzeyleri saptandı. Bakteriyemi hastalarının %100 kan kültüründe üreme ve %92'sinde CRP yüksekliği ile %12'sinde PCT yüksekliği saptandı. Kontrol grubundaki kişilerde kan kültürü üremesi ve PCT yüksekliği saptanmazken, %32 oranında CRP yüksekliği saptandı. Kontrolgrubunda, bakteriyemi grubu ve sepsis grubunda ortalama CRP ve PCT değerleri açısından anlamlı bir fark bulundu. Kan kültürü üremesi CRP yüksekliği ile ilişkili bulunmazken üremenin PCT yüksekliği ile ilişkili olduğu belirlendi. Klinik tanı alan olgularda CRP ve PCT'nin sepsis açısından duyarlılık ve özgüllüğü irdelendiğinde CRP'nin duyarlılığı %100 ve özgüllüğü %40, PCT'nin duyarlılığı %100 özgüllüğü %70 bulundu. Ekonomik nedenlerle tek örnekle çalışılmasının özgüllüğün düşük olmasına neden olabileceği düşünüldü Buna göre PCT'nin, özellikle bakteriyel sepsis tanısı için kullanılabilecek değerli bir kriter olduğu ortaya çıkmaktadır.

Hepatit B virus genotiplerinin S geninin nükleotid dizi analizi ve RFLP yöntemleri ile belirlenmesi

1. ÖZET Hepatit B virus genotiplerinin S geninin nükleotid dizi analizi ve RFLP yöntemleri ile belirlenmesi Anahtar Sözcükler : HBV, Genotip, PZT, RFLP Hepatit B virus (HBV) infeksiyonları ülkemiz açısından önemli bir sağlık sorunu olmasına karşın, genotip dağılımına ilişkin yeterli veri yoktur. Bu tez çalışmasında, laboratuvarımızda HBV-DNA olumlu bulunan 23 örnekte DNA dizi analizi ve RFLP yöntemleri ile genotiplendirme yapılmıştır. Bu amaçla serum örneklerinden proteinaz - K / fenol- kloroform yöntemi ile ekstrakte edilen HBV-DNA dizileri " S " genine özgü öncüller kullanılarak PZT yöntemi ile çoğaltıldı. Toplam 541 nükleotidlik bir bölgenin (256-796) çoğaltıldığı bu tepkimenin analitik duyarlılığı 19 kopya /mL olarak belirlendi. Etanol çökeltme yöntemi ile saflaştırılan PZT ürünleri "Sequitherm Excel II DNA Sequencing" kiri ve LI-COR dizileme aygıtı kullanılarak dizilendi. Bu yolla 356 ile 775. pozisyonlar arasında kalan 420 bazlık diziler elde edildi. Bu diziler, Gen-Bank'ten elde edilen ve genotipleri belli diziler ile evrimsel uzaklıkları açısından karşılaştırılarak, "Neighbour- Joining" yöntemi ile filogenetik ağaç oluşturuldu. Bu analiz sonucu, incelenen 23 örneğin tamamının genotip D içinde kümelendiği görüldü. Bilgisayar yardımı ile diziler aminoasit koduna çevrilerek HBsAg subtipleri belirlendi. Yirmibir örnekte ayw2, iki örnekte ise ayw3'e uyan diziler saptandı. Diğer yandan, dizileme yaklaşımlarının zaman alıcı ve pahalı olması gözönüne alınarak epidemiyolojik çalışmalara uygun, hızlı ve kolay uygulanabilir bir RFLP yöntemi geliştirildi. Bu amaçla Gen-Bank'ten elde edilen ve genotipleri belli 68 HBV-DNA dizisinde 256-796. pozisyonlar arasındaki bölgenin restriksiyon haritalaması yapıldı. Elde edilen veriler ışığında Mva I, Rsa I ve Hinf I enzimlerinin tek ve birarada kullanılması ile oluşan restriksiyon kalıplan belirlendi. Çalışmaya alman 23 serum örneğinin tamamında genotip D'ye özgün kalıplar saptandı.

Yoğun bakım hastalarından izole edilen mayalar ve antifungal ajanlara duyarlılıkları

1.ÖZET Yoğun Bakım Hastalarından izole Edilen Mayalar ve Antifungal Ajanlara Duyarlılıkları Gelişen dahili ve cerrahi sağaltım uygulamaları, organ nakilleri gibi yeni sağaltım teknikleri ve invaziv tanı girişimleri gibi nedenlerle fırsatçı mantar infeksiyonları yönünden risk grubuna giren hasta sayısı artmaktadır. Yoğun bakım üniteleri (YBÜ) en yüksek hastane infeksiyonları oranlarının saptandığı bölümlerdir. Bu bölümlerde yatan hastalar fırsatçı mantar infeksiyonları yönünden daha fazla risk altındadırlar. Bu infeksiyonlardan en sık soyutlanan etkenler Candida türleridir. Maya türlerinin virülans ve antifungal ilaçlara direnç durumunda değişiklik göstermesi, YBÜ hastalarında mantar infeksiyonlarının yüksek mortalite ve morbiditeyle sonuçlanması gibi nedenlerle bu ünitelerdeki hastalardan soyutlanan maya izolatlarında tür dağılımı, duyarlılık paterni ve direnç oranlarının belirlenmesi önemlidir. Çalışmamızda YBÜ hastalarına ait klinik örneklerden soyutlanan 113 maya izolatının tür tanımlaması, koloni görünümü, çimlenme borusu yapımı, mısır unu tween 80 ağardaki görünüm ve üreaz aktivitesi araştırılarak yapılmıştır. Suşların amfoterisin B, flukonazol, itrakonazol ve ketokonazole duyarlılıkları NCCLS M27-A standartlarına uygun olarak çalışılan mikrodilüsyon yöntemi ile belirlenmiştir. Çalışmamızda yer alan 113 maya izolatının 55'i C. albicans, 22'si C. glabrata, 13'ü C. tropicalis, yedisi Trichosporon spp., altısı C. parapsilosis, dördü C. krusei, üçü C. guilliermondii, ikisi C. kefyr ve biri G. candidum olarak tanımlanmıştır. Yapılan antifungal duyarlılık testlerinin sonuçlarına göre, suşiarımızda MİK değerleri amfoterisin B, flukonazol, itrakonazol ve ketokonazol için sırası ile 0.06-1 ug/ml, 0.125-64 ug/ml, 0.015-8 ug/ml ve 0.03-8 ug/ml arasında belirlenmiştir. İzolatlarımızda amfoterisin B direnci saptanmazkenCandida türlerinde flukonazol ve itrakonazol direnci sırası ile %8.6 ve %13.3 oranlarında bulunmuştur. Sonuç olarak, YBÜ hastalarından soyutlanan maya izolatlarının tanımlaması ve antifungal duyarlılık araştırmalarının gerekli olduğunu düşünmekteyiz. Çalışmamız verilerine göre amfoterisin B'nin halen etkin bir antifungal ilaç olduğunu söyleyebiliriz. C. glabrata türündeki artış ve bu türde azol grubu ilaçlara yüksek oranda direnç saptanmış olması önem taşımaktadır. C. glabrata dışındaki Candida türlerinde de azol direnci saptamamıza rağmen tür tanımlaması ile birlikte değerlendirildiğinde azol türevlerinin sağaltımda kullanılabileceğini görüşündeyiz. Anahtar kelimeler: Yoğun bakım ünitesi, maya mantarları, antifungal duyarlılık, mikrodilüsyon yöntemi

Hastane kökenli entorobacteriaceae üyelerinde beta laktamazların araştırılması ve tiplendirilmesi

1. ÖZET Hastane Kökenli Enterobacteriaceae Üyelerinde Beta-Laktamazların Araştırılması ve Tiplendirilmesi Hüseyin TAŞLI Genişlemiş spektrumlu beta-laktamazlar (GSBL) Türkiye de dahil tüm dünyada yaygın olarak bulunmakta ve gittikçe büyüyen bir sorun olarak karşımıza çıkmaktadır. Sıklıkla klinik Enterobacteriaceae izolatlan tarafından sentezlenen enzimlerdir ve çalışılan hastaneye ve kullanılan yöntemlere göre GSBL oluşturan bakteriler ve oranlan değişmektedir. Bu çalışmada klinik Enterobacteriaceae kökenlerinde fenotipik ve genotipik yöntemlerle plazmid kökenli TEM, SHV tipi beta-laktamazlann ve bunların GSBL türevlerinin araştırılması, ve de DNA dizi analizi ile GSBL enzimlerinin tiplendirilmesi amaçlanmıştır. Dokuz Eylül Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesinde, Nisan-Aralık 2000 tarihleri arasında klinik örneklerden soyutlanan 91 Klebsiella pneumoniae, 53 Escherichia coli, beş Enterobacter cloacae, beş Klebsiella oxytoca, üç Enterobacter aerogenes, üç Morganella morganii ve iki Citrobacter Jreıındii olmak üzere toplam 166 ampisilin dirençli köken incelenmiştir. Bu kökenlerin %38'inde GSBL varlığı saptanmış olup, bu oran K.pneıtmoniae ve E.coli kökenlerinde sırasıyla %57.1 ve %17 olarak bulunmuştur. Konjugasyon deneyi ile kökenlerin %44.6'sının dirençlerini alıcı E.coli K-12 kökenine aktarabildikleri görülmüştür. GSBL aktarım oranı ise %73 düzeyinde gerçekleşmiştir. Transkonjugantlarda, büyüklükleri 7-212 kb arasında olan 18 farklı plazmid ve 36 farklı plazmid profili elde edilmiş, en sık (%33.9) büyüklüğü 67 kb olan plazmid gözlenmiştir. İzoelektrik odaklama bulgularına göre transkonjugant enzim ekstrelerinin 1-4 ayrı bant içerdiği, bunların arasında izoelektrik noktalan 5.4 (%52.7) ve 7.6 (%28.4) olan bantların en sık olduğu görülmüştür. PCR ile transkonjugantlann %52.7'sinde TEM, %74.3'ünde SHV, %32.4'ünde TEM ve SHV genleri birlikte saptanmıştır. TEM genleri E. coli (%87.5), SHV genleri ise X pneumoniae 'da (%93.3) daha yüksek oranlarda bulunmuştur. Transkonjugantlarda saptanan toplam 46 GSBL' den 45' inin SHV tipi olduğu SHV PCR/Nhel restriksiyon analizi ile gösterilmiştir. Transkonjugantlann 18'inde (dokuz TEM + SHV, dokuz SHV) PCR ile çoğaltılan TEM ve SHV genlerinin dizi analizi sonucunda bir örnekte SHV-1, beş, yedi ve beş örnekte sırasıyla GSBL özelliğinde SHV-2, SHV-5 ve SHV- 12 saptanmıştır. TEM-l'in, dört örnekte SHV-2, üç örnekte SHV-5 ve iki örnekte SHV-12 ile birlikte yer aldığı görülmüştür. Bu çalışma ile, ulaşılabilen kaynaklara göre ülkemizde DNA dizi analizi ile SHV tipi GSBLTerin tiplendirilmesi ilk kez uygulanmıştır. Dünyada belirli ülkelerde saptanan SHV-1 2'nin hastanemizde de bulunduğu gösterilmiştir. Anahtar kelimeler: Beta-laktamaz, TEM, SHV, Enterobacteriaceae.

Hemodiyaliz hastalarında hepatit G virusu (HGV-GBV/C) infeksiyonunun cDNA polimeraz zincir tepkimesi ile gösterilmesi ve HGV genotiplerinin belirlenmesi

HGV, 1995 yılında moleküler klonlama ile tanımlanmış, Flaviviridae ailesi içerisinde yer alan bir RNA virüsüdür. Tüm dünyada yaygın olarak bulunan HGV, temel olarak parenteral yolla bulaşır. Virus nedeni bilinmeyen hepatit olguları, kan aktaranı yapılan hastalar, damar içi uyuşturucu kullananlar ve hemodiyaliz sağaltımı alan hastalarda yüksek sıklıkla saptanmaktadır. Bu çalışmada, Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Hemodiyaliz Ünitesi'nde sağaltım alan 42 hasta, hemodiyaliz ünitesinde görevli 17 sağlık çalışanı ve dermatoloji polikliniğine başvurmuş 158 kontrol olgusunda, HGV-RNA varlığı ters transkriptaz-cDNA polimeraz zincir tepkimesi yöntemi ile araştırıldı. HGV izolatlannın 5'-kodlamayan bölgelerinin DNA dizileri Sanger* in "dideoksinükleotid terminasyon yöntemi" ile belirlendi. Bunların, bilinen diziler ile karşılaştırmalı filogenetik analizleri yapılarak, genotipleri ve aralarındaki filogenetik ilişkiler tanımlandı. Hemodiyaliz sağaltımı alan 42 hastanın beşinde (%12), 17 sağlık çalışanının birinde (% 5,8) ve 158 kontrol olgusunun ikisinde (%1,2) HGV-RNA saptandı. Kontrol grubuna göre hemodiyaliz hastalarında HGV infeksiyonu anlamlı olarak yüksek olmasına karşın (p<0,05), HGV-RNA olumluluğu ile tanımlanan risk faktörleri arasında istatistiksel bir ilişki belirlenemedi. Hemodiyaliz hastalarından ve hemodiyaliz hemşiresinden izole edilen genomik dizilerin genotip 2, kontrol grubundan izole edilen bir HGV izolatının ise genotip 4 HGV türlerine ait olduğu saptandı. Hemodiyaliz biriminden üç izolatın ayrı bir küme oluşturduğu belirlendi. Bu izolatlarda, daha önceden belirlenenlerden farklı olarak, -180 ve -177 nükleotid pozisyonları arasında dört nükleotidlik benzer bir insersiyon varlığı saptandı. Bütün bu veriler, söz konusu üç hastada HGV nin ortak bir kaynaktan köken almış olabileceğini ve HGV ye bağlı nozokomiyal infeksiyonlann olası olduğunu düşündürmektedir.Anahtar Sözcükler: GBV/C-HGV, HGV-RNA, Filogenetik analiz, Genotip, Hemodiyaliz.

III. Trimester hamilelerde servikal sitomegalovirus atılım sıklığının immun floresan destekli hücre kültürü ve pcr yöntemleri ile araştırılması

Kırklareli ilinden elde edilen Dobrava-Belgrade Orthohantavirus izolatının yeni nesil dizileme ile tüm genom dizilemesi ve genetik karakterizasyonu

Ortohantavirüsler insanlara çoğunlukla, bu virüslerin taşıyıcıları da olan, küçük memeliler aracılığı ile bulaşmaktadır. Orthohantavirüsler bulundukları bölgelere göre genetik çeşitlilik gösterdikleri için, bu virüslerin tüm genom dizileme (TGD) ile genetik karakterizasyonlarının yapılması, olası enfeksiyon etkeni orthahantavirüsün tam anlamıyla belirlenmesinde büyük önem taşımaktadır. Daha önce ekibimiz tarafından İğneada, Kırklareli ilinden toplanan kemiricilerden 8 tanesinde Dobrava-Belgrade orthohantavirus (DOBV) pozitifliği belirlenmiştir. Bu pozitiflikler, kemiricilerin akciğer dokularından yapılan yapılan polimeraz zincir tepkimesi (PZT) ve sanger dizileme ile saptanmıştır. Bu çalışma kapsamında, DOBV'ün her üç segmentinin de tüm genom dizilemesinin yapılması hedeflenmiştir. Bu kapsamda, ribozomal RNA eliminasyon ve RNA kütüphane hazırlık kitleri ile kütüphane hazırlığı yapılmıştır. Oluşturulan kütüphaneler Illumina MiSeq sistemine alınarak dizileme işlemi gerçekleştirilmiştir. Elde edilen dizilerin farklı izolatlar ile filogenetik analizleri yapılmıştır ve DOBV İğneada izolatının farklılıkları ortaya konmuştur. Bu çalışma sonucunda, Türkiye'den ilk defa DOBV tüm genom dizileri elde edilmiştir. Bu çalışmada elde edilen diziler direkt taşıyıcı konak dokusundan elde edilmiştir ve böylece, L segment için ilk defa hücre kültürü yapılmadan diziler elde edilmiştir. Bununla birlikte, elde edilen dizilerin filogenetik analizleri sonucunda, Türkiye'de Kırklareli ilinde bulunan DOBV izolatı Yunanistan'ın DOBV Ano-Poroia suşu ile en yakın ilişkili olarak bulunmuştur. Aynı zamanda, yapılan "SimPlot" analizleri sayesinde yerel DOBV izolatının Balkanlarda hangi izolatlar ile benzerlik gösterdiği ortaya konmuştur.

Düzce bölgesinde hayvan ve hayvansal ürünlerle uğraşan ve uğraşmayan iki farklı grupta brucella seropozitifliğinin araştırılması

Bu çalışma, Düzce ve çevresindeki köylerde risk gruplarında Brucellaseropozitiflik oranlarının saptanması amacıyla, Haziran 2004- Mayıs 2005 tarihleriarasında yapıldı. Çalışma grubu, il merkezindeki mandıralarda çalışan 26 (7 kadın, 19erkek) işçi ve köylerde hayvancılıkla uğraşan 296 (199 kadın, 97 erkek) kişi olmaküzere toplam 322 kişiden; kontrol grubu ise, risk grubunda olmayan 150 (95 kadın,55 erkek) kişiden oluşturuldu.Çalışmaya katılanların serumları örnekleri inaktive edildikten sonraörneklerinin hepsine lam aglütinasyon testi (Rose Bengal , RHSM Antijenleri, Ankara,Türkiye) ve pozitif bulunan örneklere standart tüp aglütinasyon testleri (RHSMAntijenleri, Ankara, Türkiye) uygulandı. 1/ 160 titre ve üzeri olan değerler pozitifkabul edildi. Çalışmada elde edilen tüm verilerin istatistiksel analizi için SPSS 11.0Windows 98 paket programı kullanıldı. Grupların karşılaştırılmasında Ki- Kare (χ2)testi kullanıldı ve p≤ 0.05 olan değerler istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi.Mandıra çalışanı 26 kişide lam aglütinasyon testi ile pozitiflik saptanmazken,köylerde geçimini hayvancılıkla sağlayan 296 kişinin 38 (%12.84)' inde; kontrolgrubundaki 150 kişinin 15 (%10)' inde pozitif sonuç bulunmuştur. Çalışma ve kontrolgrupları arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmamıştır (p> 0.05). LamAglütinasyon testi pozitif bulunan 38 kişinin 1 (%0.3)' inde 1/640 titrede, kontrolgrubunda pozitif bulunan 15 kişinin 1 (%0.7)' inde 1/160 titrede Standart tüpaglütinasyon testi (STA) testi ile pozitiflik saptanmıştır. Çalışma ve kontrol gruplarıarasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmamıştır (p>0.05). Yapılan istatistikselanalizler sonucunda; hayvancılıkla uğraşan gruptaki kadın ve erkekler arasında,kontrol grubundaki kadın ve erkekler arasında ve genel olarak çalışma ve kontrolgruplarındaki kadınlarla erkekler arasında istatistiksel olarak herhangi bir farkolmadığı saptandı (p>0.05).Sonuç olarak; yaptığımız çalışmada, çalışma ve kontrol grubunu oluşturankişilerde Brucella seropozitiflik oranları çok düşük ve benzer oranlar saptanmış (p>0.05) olup, bu bulgular, daha önce T. C. Sağlık Bakanlığı ile T.C. Tarım ve KöyişleriBakanlık'larınca Bolu Bölgesinden bildirilen sonuçlar ile benzer bulunmuştur. Buçalışma Düzce' de insan brucellosis seropozitiflik oranlarını gösteren ilk çalışmaolması açısından önemlidir. Bölgemizde bulduğumuz bu düşük seropozitifliği, hayvanbrucellosis oranlarındaki düşüklüğe, sütlerin kaynatılarak tüketilmesine ve Düzce İlTarım Müdürlüğü'nün düzenli çalışmasına bağlı olduğu kanısına düşünüldü.Anahtar Kelimeler: Brucella seropozitifliği, Düzce, Hayvancılıkla uğraşanlar,Mandıra çalışanları

Yöremizde yüzeyel mantar enfeksiyonlu hastalardan izole edilen dermatofitoz etkenleri

Çalışmamızda Erzurum ve çevresindeki dermatofit enfeksiyonlarından sorumlu etken patojenlerin sıklığını belirlemeyi amaçladık. Atatürk Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma Hastanesi Dermatoloji kliniğinden Mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen yüzeyel mantar enfeksiyonu ön tanısı almış toplam 503 hastadan 548 adet saç, deri ve tırnak örnekleri alındı, örnekler %20 lik KOH ile muamele edildikten sonra lam-lamel arası nativ ve ayrıca laktofenol pamuk mavisi ile boyanarak direk mikroskobik yöntemle incelendi, örneklerden ayrıca saboraud dextrose agar (SDA), mycobiotic dextrose agar (MDA) ve potato dextrose agar(PDA) besiyerlerinde kültürler yapılarak 37° C de ve oda sıcaklığında 4 hafta süre ile inkübasyona bırakıldı. Kültürler daha sonra makroskobik ve mikroskobik olarak değerlendirildi. 503 hastanın yaş gruplarına göre dağılımında büyük çoğunluğun (338 hasta, %67.2) 20-49 yaş grubunda yer aldığı; cinsiyet dağılımında ise erkek hastaların (336 kişi, % 66.4) kadınlardan (169 kişi, %33.6) daha fazla olduğu görüldü. Hastalar, klinik tutulumlarına göre en fazla T. pedis (%28.0), daha sonra sırasıyla T. corporis (%24.1), T. ungium (%15.5), T. inguinalis, (%14.5), T. manum (%13.9) ve T. capitis (%4.0) şeklinde tanı almışlardı. Direk mikroskobi ve kültür incelemeleriyle dermatofit etken saptanan 138 örnekteki mantar türlerinin 135'inin (%97.8) Trichophyton, ikisinin (% 1.5) Microsporum ve birinin de (%0.7) Epidermatopyton cinsine ait olduğu gözlendi. Bu cinslerin tür dağılımında en fazla T. rubrum (100 örnekte, %72.5), ikinci olarak T. mentagrophytes (23 örnekte, %16,8) ve daha sonra da 1-5 örnek arasında değişmek üzere T.schoenleinii, T. violaceum, T. tonsurans, M. canis ve E. floccosum'un yer aldığı görüldü. Klinik tutulum açısından en fazla T.pedis olguları gözlendi. T. rubrum, T. capitis dışındaki tüm klinik şekillerde en sık karşılaşılan etken olurken T. capitis'te en fazla rastlanan etkenini, schoeinleinii olduğu saptandı. Bulgularımızın genel olarak yurdumuzun değişik bölgelerinde yapılan çalışmalarla benzerlik gösterdiği, bu bakımdan bölgesel farklılığın dermatofitoz enfeksiyonların epidemiyolojisinde çok fazla etkili olmadığı sonucuna varıldı.

Candida türlerinin restriksiyon enzim analizi ile identifikasyonu

İmmun baskılanmış hastalarda en sık rastlanan ve en önemli fungal patojenler mayalar olup; bunlar arasında da en sık Candida türlerinin izlendiği bildirilmektedir. Klinik örneklerden soyutlanan Candida türünün belirlenmesi, antifungal ilaçlara duyarlılık hakkında bilgi verdiği gibi ampirik sağaltım seçimine de ışık tutabilmektedir. Bu nedenle soyutlanan suşların hızlı, güvenilir ve doğru identifikasyonu büyük önem taşımaktadır. Çalışmamız, ciddi klinik tablolardan soyutlanan ve klasik yöntemler ile tanımlanmış olan Candida albicans ve non-albicans Candida türlerinin daha hızlı ve güvenilir identifikasyonu amacıyla restriksiyon enzim analizi yönteminin uygulanması ve sonuçların karşılaştırılması amacıyla planlanmıştır. Araştırmamıza Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Mikoloji laboratuvarına gönderilen sistemik örneklerden soyutlanan toplam 146 Candida suşu (40 C. albicans, 27 C. parapsilosis, 26 C. tropicalis, 25 C. glabrata, 11 C. kefyr, 10 C. krusei, 7 C. guilliermondii) ile birlikte C. albicans ATCC 14053, C. parapsilosis ATCC 90018 ve C. krusei ATCC 6258 numaralı kalite kontrol suşları dahil edilmiştir. Çalışmaya alınan tüm Candida suşları %50 gliserol içeren beyin kalp infüzyon buyyonunda -80°C'de stoklanmıştır. Sabouraud dekstoz agar'a iki kez pasajlanan suşlar 37°C'de 24- 48 saat inkübe edilmiştir. Üreyen suşlar çimlenme borusu testi, mısır unu tween 80 agar, CHROMagar Candida (CHROMagar, Fransa) besiyerlerindeki morfolojik özellikleri ve API 20C AUX (Biomérieux, Fransa) otomatik identifikasyon işlemi sonucuna göre tanımlanmıştır. Tüm Candida suşlarının DNA eldesi ?Nucleospin Tissue Kit? (Macherey-Nagel, Almanya) ile EDTA, litikaz ve sorbitol tampon kullanılarak üretici firma önerileri doğrultusunda gerçekleştirilmiştir. Daha sonra uygulanan polimeraz zincir tepkimesi için ITS1, 5.8S rDNA ve ITS2 bölgelerini hedef alan öncül1 ve öncül3 kullanılmıştır. Amplifikasyon ürünleri ?GeneMark PCR Clean-Up Kit? kullanılarak saflaştırılmış ve takiben MwoI enzimi ile restriksiyon enzim analizi uygulanmıştır. İncelenen C. albicans suşlarının 36 tanesinde 141, 184 ve 261 bç `lik üç adet bant saptanırken, dört suşun 184 bç, 141 bç ve yaklaşık 165 bç, 95 bç'lik dört adet bant oluşturduğu gözlenmiştir. Çalışmaya alınan C. parapsilosis ve C. tropicalis suşları aynı enzim ile kesim sonucunda sırasıyla 336, 146, 88 bç'lik ve 325, 154, 97 bç'lik üçer adet bant oluşturmuştur. Bu iki türün birbirinden ayırt edilebilmesi için ek olarak BslI enzimi ile de kesim yapılmış ve C. parapsilosis suşları 413, 94, 63 bç'lik üç bant oluştururken, C. tropicalis suşları için 326, 187 ve 63 bç'lik bantlar izlenmiştir. Araştırmamıza alınan C. glabrata suşları MwoI enzimi ile kesim sonucunda 414, 174, 171, 86, 80 bç'lik bantlar oluştururken, C. kefyr suşları için 370, 430 bç'lik iki adet bant ve C. krusei suşları için 289, 134, 83, 54 bç'lik dört adet bant elde edilmiştir. MwoI enzimi ile kesilen yedi adet C. guilliermondii suşunun beş tanesi 355 ve 302 bç'lik, kalan iki suş ise yaklaşık olarak 390 ve 300 bç'lik iki adet bant oluşturmuş; BslI enziminin kullanılmasıyla söz konusu iki suşun diğer beş suştan tamamen farklı bir kesim paterni gösterdiği saptanmıştır. C. albicans suşlarında MwoI enzimi ile uygulanan yöntemin duyarlılık, özgüllük, pozitif ve negatif prediktif değerleri sırasıyla %90, %100, %100, %96,4 olarak elde edilmiştir. Aynı yöntemin C. parapsilosis ve C. tropicalis türleri için bu değerler sırasıyla %100, %78,2- 81,5, %49,1- 50,9, %100 olarak saptanmış; BslI enziminin kullanılmasıyla ise tüm değerler %100'e yükselmiştir. C. glabrata, C. kefyr, C. krusei ve C. guilliermondii türleri için MwoI enziminin kullanıldığı restriksiyon enzim analizi duyarlılıkları %100 iken, özgüllükleri %98,6- 100, pozitif prediktif değerleri %71,4- 100 ve negatif prediktif değerleri %100 olarak saptanmıştır. Çalışmada yer alan C. albicans suşlarından MwoI enzimi ile diğerleriyle farklı bölgelerden kesilerek dört bant oluşturan dört ve aynı bölgelerden kesilerek üç bant oluşturan iki adet suş ile farklı ve aynı bölgelerden kesilen ikişer adet C. guilliermondii suşuna çift yönlü dizi analizi uygulanmış ve sonuçlar Bio-Edit version 7.0 programı ile değerlendirilmiştir. Dizi analizi sonuçları incelendiğinde, MwoI enzimi ile farklı kesim paterni gösteren C. albicans suşlarının üçünde adenin yerine guanin nükleotidinin geldiği nokta mutasyonu, bir tanesinde de insersiyon/delesyon tipi mutasyon saptanmıştır. Bu mutasyonlar sonucunda suşlarda MwoI enziminin kesim bölgesine uyan nükleotid dizilimi meydana geldiği ve böylelikle kesim sonucunda diğer suşlardan farklı olarak dört adet bant oluştuğu gözlenmiştir. C. guilliermondii suşlarına ait dizi analizi sonuçları değerlendirildiğinde, her iki enzimle de diğer suşlardan farklı bölgelerden kesilen iki adet suşun Gen bankasında DNA dizisi verilen C. guilliermondii var guilliermondii dizilerine göre (% 66,6) C. guilliermondii var membranaefaciens suşlarına gerek nükleotid dizilimi ( % 91,2) gerekse aminoasit dizilimi açısından çok daha fazla benzerlik gösterdiği belirlenmiş ve bu suşlar C. guilliermondii var membranaefaciens olarak kabul edilmiştir. Araştırmamızda, Candida türlerinin identifikasyonu için altın standart olarak kabul edilen klasik yöntemlerle tanımlamada sorun yaşanan Candida türlerinin identifikasyonunda veya hızlı tanımlama gerektiğinde MwoI ve BslI enzimleri ile uygulanan restriksiyon enzim analizinin kullanabileceği, ancak bu yöntemde de bazı farklılıkların izlenebileceğinin göz önünde bulundurulması gerektiği sonucuna varıldı. Anahtar Sözcükler: Candida türleri, identifikasyon, restriksiyon enzim analizi

İçme sularında aeromonas varlığının araştırılması

Bu arastırmada, Afyonkarahisar ilindeki toplam 70 su örneğinden izole edilen Aeromonas cinsi bakterilerin varlığı, sıklığı ve antibiyotik direnç paternleri incelendi. ?ncelenen 70 su örneğinin 16'sı (%22,9) kaynak suyu, 54'ü (%77,1) sehir sebeke suyu idi. Etkenlerin izolasyonunda seçici besiyeri olarak Ampisilinli kanlı agar kullanıldı. Elde edilen izolatların tanımlanması Aerokey-II yöntemi ve Becton Dickinson(BD)-Phoneix-100 otomatize sistemi ile 2 farklı sekilde yapıldı. Aeromonas izolatlarının direnç paternleri Clinical and Laboratory Standarts Instutute (CLSI) 2006`ya göre değerlendirildi. Su örneklerinin 6'sında (%8,6) Aeromonas türü saptandı. Aerokey-II yöntemine göre izolatların dağılımı; 3'ü (%50.0) A.hydrophila, 2'si (%33,4) A.caviae ve 1'i (%16,6) a.veronii biovar sobria seklinde olup, BD-Phoneix Sistemi verilerine göre izolatların dağılımı; 1'i (%14,3) A.hydrophila, 3'ü (%42,9) A.caviae, 2'si (%28,6) A.sobria ve 1'i (%14,3) A.veronii seklindeydi. Sonuç olarak, Aeromonas izolatlarının elde edildiği örneklerin önemli bir bölümünün kaynak suları olduğu düsünülürse bu durumun toplum sağlığı açısından büyük bir risk teskil edebileceği kanaatindeyiz.

Klebsiella pneumoniae ve escherichia coli suşlarında genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz genlerinin klonlanması

Amaç: Bu çalışmada, kan kültürlerinde üretilmiş, fenotipik testler ve PZR ile farklı genişlemiş spektrumlu beta laktamazlar ürettiği belirlenmiş klinik Klebsiella pneumoniae ve Escherichia coli izolatlarındaki blaCTX-M, blaSHV, blaTEM genlerinin klonlanması amaçlanmıştır. Yöntem: Çalışmaya, Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesinde 2004 yılında kan kültürlerinden izole edilen toplam 21 E. coli ve K. pneumoniae suşu alındı. Suşlarda blaCTX-M, blaSHV, blaTEM varlığı PZR ile araştırıldı. Aralarından farklı GSBL'ler üreten altı izolat seçildi ve bu izolatlar klonlama çalışmalarına alındı. Klonlama için T/A klonlama yapan ''InsTAclone? PCR Cloning Kit'' kullanıldı. Doğru genlerin klonlandığının anlaşılması amacıyla koloni PZR yapıldı. Klonlanan genin varlığını göstermek için dizi analizi öncesi klonlardan plazmid izolasyonu yapıldı. Seçilen suşlardan blaCTX-M, blaSHV, blaTEM genlerinin nükleotid dizilerinin belirlenmesi için dizi analizi yaptırıldı. Bulgular ve Sonuç: Çalışmaya alınan toplam 21 suşta GSBL pozitifliği saptandı. PZR sonucu CTX-M-1 pozitif olan suşların sayısı 18, TEM pozitif olan suşların sayısı 11, SHV pozitif olan suşların sayısı 9 olarak saptandı. Seçilen izolatlardaki bla genlerinin klonlanması sonucunda, PZR ürününü alan vektörlerde lacZ geni inaktive edildiği için LB agarda laktoz negatif, beyaz koloniler; PZR ürününü almayan vektörlerde ise laktoz pozitif mavi koloniler oluştu. Koloni PZR ile klonların aktarılan gen açısından pozitif olduğu bulundu. Dizi analizi sonuçlarına göre CTX-M klonlarında CTX-M-3 ve CTX-M-15, SHV klonlarında SHV-5 ve SHV-12 ve TEM klonlarında ise TEM-1 bulundu. Sonuçlarımıza göre GSBL üreten TEM klonlarının seçiminde başarısız olunduğu düşünüldü.

Anti nükleer antikorların farklı yöntemlerle bakılması ve alt gruplarının karşılaştırılması

1ÖZETOtoimmün hastalıklar, organizmanın kendi doku ve hücrelerine karşı immünyanıt gelişmesi sonucu oluşmaktadır ve bu hastalıkların tanısında otoantikorlar büyükönem taşımaktadır. Anti nükleer antikor (ANA) adı verilen, hücre nükleusu ve/veyasitoplazmasındaki nükleer yapılara karşı gelişen otoantikorlar, bağ dokuhastalıklarında (BDH) önemli bir tanı kriteridir. Günümüzde, ANA pozitifliğininsaptanması amacıyla geliştirilmiş bir çok yöntem bulunmaktadır. Ancak, en eskiyöntem olarak bilinen indirek immünfloresans antikor (IFA) tekniği, hala en yaygınkullanılan yöntem olma özelliğini korumaktadır. Son yıllarda, serum fizyolojik ileekstrakte edilebilen nükleer antijenlere karşı gelişen antikorlarının (anti ENA),BDH'ta, hastalık tipinin belirlenmesi ve şiddetinin takibinde önem taşıdığıvurgulanmaktadır. ANA pozitifliğinin yanında, alt grupların birbirinden ayırtedilmesi amacıyla geliştirilmiş yeni tekniklere ihtiyaç duyulmaktadır.Çalışmamızda, farklı kliniklerden laboratuvarımıza gönderilen, 85 (%72.6)kadın, 32 (%27.4) erkek olmak üzere toplam 117 hasta serumunda IFA, Dot Blot veELISA teknikleriyle ANA pozitifliği araştırılmıştır. IFA referans yöntem kabuledilerek, mikroskobik boyanma şekilleri ve titreler dikkate alınmış, Dot blot tekniğiile alt grup tayini yapılmış, ELISA ile total anti ENA antikorlarına bakılmıştır.Çalışmamız neticesinde, IFA yöntemi ile 81 (%72.6), Dot Blot tekniği ile 98(%83.8) ve ELISA ile 56 (%47.9) hastada ANA pozitifliği belirlenmiştir. Duyarlılıkdeğerleri, Dot Blot için %81.2, ELISA için %71.7 olarak bulunmuştur. Özgüllükdeğerleri, Dot Blot yönteminde %50.0 iken ELISA tekniğinde %85.7 olarakhesaplanmıştır.Sonuç olarak, ANA pozitifliğinin belirlenmesinde tek bir yöntemle tanıyagidilmesinin gerçekçi bir uygulama olmadığı bilinmektedir. Dot Blot yöntemiyle,subtiplerin ayırt edilebilmesinin, hatta aynı hastada birden fazla alt grubunsaptanabilmesinin mümkün olduğu görülmüştür. Ancak IFA ile düşük titrelerde biledoğrulanamayan pozitifliklerle karşılaşılması, bu yöntemin tek başınaPDF created with pdfFactory trial version www.pdffactory.com2kullanılmasının sakıncalarını ortaya koymuştur. ELISA tekniğinde kısa süre içindefazla sayıda hasta serumuyla çalışılabilmekle beraber kalitatif bir değerlendirmeimkanı elde edilebilmiştir. Ancak, alt grupların birbirinden ayırt edilebilmesimümkün olmamıştır. Bu açıdan, IFA yöntemi ile beraber bir veya birkaç testin birarada kullanılmasının, sonuçların güvenilirliği açısından uygun olduğunudüşünmekteyiz.Anahtar Kelimeler: Anti nükleer antikor, anti ENA, indirekt immünofloresansantikor, Dot Blot, ELISA, otoimmün hastalık, otoantikor.PDF created with pdfFactory trial version www.pdffactory.com

Flukonazole dirençli candıda albıcans izolatlarında sitokrom p450 14?-demetilaz enziminde değişikliklere yol açan mutasyonların araştırılması

Yaşamı tehdit eden fungal infeksiyonların sıklığında görülen artış, günümüzde önemli bir sorun oluşturmaktadır. Özellikle flukonazolün yaygın ve tekrarlanarak kullanımı klinik yanıtsızlık ile sonuçlanan direnç sorununa yol açmıştır. Çalışmamız flukonazole dirençli C. albicans suşlarında direnç mekanizmalarının araştırılması amacıyla planlanmıştır. Çalışmamıza yedi adet flukonazole Di/DBD, 10 adet flukonazole duyarlı C. albicans suşu ile kontrol suşları dahil edilmiştir. C. albicans suşlarının antifungallere duyarlılıkları CLSI M27-A2 standartlarına uygun olarak mikrodilüsyon yöntemi ile incelenmiştir. Buna göre araştırmamıza alınan flukonazole Di/DBD yedi C. albicans suşunun biri dışında tümü flusitozine dirençli, tümü AmB'ye duyarlı, biri dışında tümü itrakonazol ve ketokonazole dirençli, diğer bir tanesi dışında yine tümü klotrimazole duyarlı olarak bulunmuştur. Çalışmaya alınan tüm suşlara polimeraz zincir tepkimesi ile çoğaltılan 673 bç'lik ürününün varlığı belirlendikten sonra PagI enzimi ile Y132H mutasyonunun varlığının belirlenmesi amacı ile kesim uygulanmıştır. İncelenen flukonazole dirençli/doza bağımlı duyarlı ve duyarlı tüm suşlarda Y132H mutasyonunun bulunmadığı sonucuna varılmıştır. Tüm suşlara dizi analizi uygulanmış ve sonuçları incelendiğinde, Di/DBD suşlardan üç tanesinde daha önce flukonazole direnç gelişiminde rolü olduğu bildirilmiş K143R, G464S, G465S ve V488I mutasyonları belirlenmiştir. Ayrıca sadece bu grup suşlarda belirlenen S412T ve R469T mutasyonlarının da dirençte rolü olabileceği ancak bu mutasyonların ileri çalışmalar ile değerlendirilmesi gerektiği düşünülmüştür. Direnç ile ilişkili diğer bir mekanizma olan atım pompalarının araştırılması için subtrat ve inhibitör etkili maddeler kullanılarak CLSI M27-A2 standartlarına uygun mikrodilüsyon yöntemi ile duyarlılık çalışması uygulanmıştır. Yapılan bu çalışma değerlendirildiğinde, üç adet D.E.U Hastanesi'nden soyutlanmış flukonazole dirençli C. albicans suşunda atım pompa ekspresyonundaki artışın direnç gelişiminde etkili olabileceği düşünülmüştür. Sonuç olarak; çalışmamıza alınan Di/DBD C. albicans suşlarında flukonazole direnç gelişiminde etkili mekanizmaların ERG11 genindeki K143R, G464S, G465S, V488I gibi mutasyonlar ile atım pompalarının fazla ekspresyonu olduğu, ancak bu suşlarda flukonazole direnç gelişiminde etkili diğer mekanizmaların da araştırılması gerektiği görüşüne varılmıştır.

Hepatit C virusunun "core" proteinin prokaryotik hücrede ifade ettirilip saflaştırılması

Hepatit C virusu (HCV) zarflı, tek iplikli bir RNA virusudur. Dünya Saglık Örgütünün tahminlerine göre dünyada 170 milyon kisinin HCV ile infekte oldugu tahmin edilmektedir. HCV ciddi morbidite ve mortalitesi yanı sıra, tedavi maliyetlerinin yüksekligi ile de önemli bir saglık sorunudur. HCV poliproteininden kodlanan ilk protein özyapı (core) proteinidir. Bu protein virusun yapısına katılması dısında, hücresel islevleri de virus lehine düzenleyebildigi gözlenmistir. Bu nedenle bu proteinin virusun patogenezinde rol aldıgı düsünülmektedir. Çalısmada, özyapı proteinin ilk 178 aminoasidini kodlayan DNA dizisi PZT ile çogaltıldı. PZT ürünü önce pGEM-T Easy TA vektörüne klonlandı. Ardından bu vektörden BamHI ve HindIII ile kesilip pQE-30'a klonlandı. Ekspresyon, E. coli M15 (prep4) susunda OD600=0.7'de 1mM IPTG ile uyarılarak 3 saat süre ile yapıldı ve bakteriler santrifüj ile pellet haline getirip 8M ürede çözündü. Protein saflastırılması afinite kromotografisi (Ni-NTA matriks) ile yapıldı. Ekspresyon ve saflastırılmıs protein, ?Western Blot? ile ECL substrat kullanılarak saptandı. Ekspresyon ve saflastırma sonrasında beklenen 21kDa'luk bant büyüklügü elde edildi. Çalısmada, özyapı proteinin ilk 178 aminoasidi E. coli'de eksprese edilmistir. Bu saflastırılmıs protein patogenez çalısmalarında, serolojik test hazırlanmasında kullanılabilecektir. Ayrıca klonlanan vektörler PZT'de pozitif kontrol olarak kullanılabilir. Bu çalısmada ile elde edilen bilgiler, gelecekte yapılacak prokayotik ekpresyon çalısmaları için zemin olusturacaktır.

Brucella suşlarında antibiyotik duyarlılıklarının farklı yöntemlerle belirlenmesi

ÖZETBRUCELLA SUŞLARINDA ANTİ YOTİ DUYARLILIKLARININBİ KFARKLI YÖNTEMLERLE BELİRLENMESİBruselloz, Ortadoğ ve bölgemizde hala endemik olan bir infeksiyonuğıolarak genişkitleleri etkilemektedir. Brucella türlerinin intrasellülerhastalığyerleş nedeniyle tedavide çeş sorunlar yaşimi itli anmaktadı Hastalıa bağ ciddir. lıkomplikasyonları ve relapsları önlenebilmesi için hücre içine iyi penetre olann nantibiyotiklerle kombine tedavi gereklidir.ş ınÇalımamızda temel geçim kaynağnı hayvancık olduğ Afyonlı ubölgesinden ve çevre illerden gelen brusellozlu hastaları kan kültürlerinden izolenedilen 50 B.melitensis suşunun çeş antibiyotiklere olan duyarlıkların farklıitli lı nıyöntemlerle belirlenmesi amaçlandı Brucella ş ları karş altı farklıı. uş naantibiyotiğ in vitro etkinlikleri agar dilüsyon, mikrodilüsyon ve E test olmakinüzere üç yöntem kullanılarak araşrı . Daha sonra elde edilen sonuçlar uyumtıldıı rı .açından karş tıldısı laşş ndaki uyuma bakı ğnda; streptomisin,ıÇalımamızda testler arası ldısiprofloksasin, doksisiklin ve trimetoprim/sufometoksazol için mikrodilüsyon veagar dilüsyon testleri arasındaki uyum %100, agar dilüsyon ve E test yöntemleriarasındaki uyum %100, mikrodilüsyon ve E test yöntemleri arasındaki uyumş%100, her üç test yöntemi arasındaki uyum ise %100 olarak saptanmı r.tıRifampisin için mikrodilüsyon ve agar dilüsyon testleri arasındaki uyum %78,agar dilüsyon ve E test yöntemleri arasındaki uyum %82, mikrodilüsyon ve E testyöntemleri arasındaki uyum %84, her üç test yöntemi arasındaki uyum ise %74şolarak saptanmı r. Azitromisin için mikrodilüsyon ve agar dilüsyon testleritıarasındaki uyum %100, agar dilüsyon ve E test yöntemleri arasındaki uyum %96,mikrodilüsyon ve E test yöntemleri arasındaki uyum %94, her üç test yöntemişarasındaki uyum ise %94 olarak saptanmı r.tıBu bulgulara göre; brusellozda test edilen antibiyotikler ve testlerle ilgiliuluslararası standardizasyon olmamakla birlikte, E test yönteminin daha pratikbirıtedavi yaklaş nıen kı zamandaıbir metod olduğ bruselloza karşu, mı sabelirlemede yol gösterici olabileceğkanına varı .i sı ldıAnahtar kelimeler: Brucella, agar dilüsyon, mikrodilüsyon, E test

Okul öncesi bakımevlerinde A grubu beta hemolitik streptokok taşıyıcılığı

1ÖZETA grubu Beta hemolitik streptokoklar (AGBHS) doğal kaynağı olan insanlararasında solunum yoluyla geçebilen, sıklıkla farenjit etkeni olarak izole edilen, grampozitif bakterilerdir. Çocukluk çağında farinkste taşıyıcılık oranı coğrafi bölgeler vemevsimlere göre değişmektedir.Bu çalışma; Afyonkarahisar ili okul öncesi bakımevlerindeki 4-6 yaş grubuçocuklarda üst solunum yolu enfeksiyonlarına sebep olan AGBHS yaygınlığınısaptamak amacı ile yapıldı.İl merkezinde bulunan toplam 43 okulda 607'si erkek, 527'si kız olmak üzere1134 öğrenciden boğaz kültür örnekleri alındı. Bu öğrencilerden alınan farinkssürüntü örnekleri %5'lik koyun kanlı agarlara ekilerek 37ºC'de bir gece inkübeedildi. AGBHS'lar koyun kanlı agarda hemoliz, koloni, gram boyama morfolojisi vekatalaz negatiflik özellikleri ile ayırt edildi. AGBHS'lar, Basitrasin duyarlılığı velateks aglütinasyon yöntemleri kullanılarak identifiye edildi.İncelenen öğrenciler arasında AGBHS prevalansının %7,1 olduğu saptandı.Yaşadığı evde sigara içilen çocuklarda bu oranın %8,6, gece uyku problemiyaşayanlarda %13, üçten fazla kardeşi olanlarda %10,7 ve 6 yaşındaki çocuklarda buoranın %7,9 olduğu saptandı. Sağlık ve eğitim sektöründe çalışan annelerin çocuklarıile babası sağlık sektöründe çalışan çocuklarda AGBHS taşıyıcılık oranının diğermeslek gruplarına göre yüksek olduğu görüldü. Diğer faktörler gibi anne ve babamesleğinin de AGBHS taşıyıcılığı açısından risk faktörü olabileceği düşünüldü.Anahtar Kelimeler: AGBHS, Taşıyıcılık, Okul Öncesi BakımevleriPDF created with pdfFactory trial version www.pdffactory.com

Farklı şehirlerde izole edilen enterobacterıaceae üyelerinde CTX-M tipi genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üretimi ve moleküler epidemiyolojisinin incelenmesi

Amaç: Bu çalışmada Kasım 2002- Temmuz 2003 arasında ülkemizdeki 7 farklı merkezden izole edilen ve genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üreten Enterobacteriaceae üyesi bakteriler arasında CTX-M (Sefotaksimaz) tipi GSBL üretiminin prevalansı, yayılımdan sorumlu genetik elemanların özellikleri ve CTX-M üreten suşların klonal yakınlıkları araştırılmıştır. Yöntem: Çalışmada, Kasım 2002 ? Temmuz 2003 tarihleri arasında Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi, Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi, Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi, İstanbul Üniversitesi Çapa Tıp Fakültesi, Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi, Karadeniz Teknik Üniversitesi Tıp Fakültesi, Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde izole edilmiş ve her merkez başına rastgele seçilmiş 10 izolat olmak üzere Enterobacteriaceae ailesi üyesi 70 genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten izolat kullanılmıştır. Suşların tür dağılımı 31 Escherichia coli, 24 Klebsiella pneumoniae, bir Klebsiella oxytoca, dört Enterobacter cloacae, iki Enterobacter aerogenes, beş Klebsiella ornitholytica, iki Proteus mirabilis ve bir Shigela sonnei şeklindedir. İzolatlarda blaCTX-M, blaTEM ve blaSHV varlığı Polimeraz Zincir Tepkimesi (PZT) ile araştırılmıştır. blaCTX-M pozitif izolatlar arasından seçilen 21 suşta CTX-M enziminin tipi dizi analizi ile belirlenmiştir. CTX-M üreten bakterilerin klonal yakınlıkları Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus ?PZT (ERIC PZT) yöntemiyle saptanmış, blaCTX-M'in geçişinden sorumlu elemanın özelliklerini anlamak için, konjugasyon ve plazmid ekstraksiyon deneyleri gerçekleştirilmiştir. Bulgular ve Sonuç: İncelenen izolatlarda sırasıyla blaCTX-M, blaTEM ve blaSHV saptanma oranları %75.7, %81.4 ve % 91.4'tür. Türlere göre dağılıma bakıldığında E.coli izolatlarının %77.4'ü K.pneumoniae izolatlarının %83.3'ü, K.ornitholytica izolatlarının %100'ü E. aerogenes izolatlarının %50'si, E.cloacae izolatlarının %50'si ile çalışmaya alınan tek S.sonnei izolatı CTX-M üretmektedir. P.mirabilis izolatlarında CTX-M saptanmamıştır. Dağılım merkezlere gore farklı olmakla birlikte CTX-M tipi enzim prevalansının % 50 (Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi)-%100 (Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi) arasında değiştiği izlenmiştir. ERIC-PZT ile klonal ilişki değerlendirildiğinde merkezlerde ikili ve üçlü kümeleşmeler bulunmakla birlikte genel olarak farklı merkezlerden izole edilen suşlar arasında klonal bir yayılım saptanmamıştır. Transkonjugasyon ve plazmid ekstraksiyon deneyleri ile blaCTX-M, aktarımın 46-85 kb büyüklüğündeki plazmidlerle olduğu görülmüştür. Yapılan dizi analizi çalışması sonucunda tüm merkezlerde CTX-M-3 varlığı saptanmıştır. Sonuç olarak CTX-M tipi genişlemiş spektrumlu beta-laktamazlar ülkemizde özellikle K.pneumoniae ve E.coli suşlarında yaygın olarak bulunmaktadır. Farklı merkezler arasında ortak bir klonun yayılımı söz konusu değildir.

Afyonkarahisardaki dört farklı hastane ortamlarında Aspergillus araştırması ve izole edilen Aspergillus'ların antifungal duyarlılıklarının saptanması

Aspergillus'lar, dünyanın özellikle kuzey yarım küresinde, Antartika dahil olmak üzere dünyanın her tarafında yaygın olarak bulunan küf grubu filamantöz mantarlardır. Bu cins içinde patojen ve fırsatçı patojen olan türler bulunmaktadır. Özellikle immün sistemi baskılanmış hastalarda, yüksek mortalite ile sonuçlanan invaziv hastalıklara yol açabilmektedirler. Çalışmamızda Afyonkarahisar bölgesinde, merkeze bağlı dört hastanenin on farklı ünitesinden hava örnekleri toplayarak, ortamda bulunan Aspergillus türleri ile ısı ve nem gibi çevre şartlarının Aspergillus spor yoğunluğu üzerine olan etkilerinin araştırılması, izole edilen Aspergillus'ların CLSI M38-A mikrodilüsyon yöntemiyle antifungal duyarlılıklarının saptanması amaçlanmıştır.Hava örnekleri, Air/IDEAL 90 mm biocollector (BioMerieux, Fransa) cihazı kullanılarak toplanmıştır. Bu örneklerin ilk kültürleri 40 mg Gentamisin ilaveli PDA ve subkültürleri ise Czapex-Dox agarda gerçekleştirilmiştir. Mikolojik yöntemler ile toplam 118 Aspergillus suşu [%59'u A. fumigatus, %12'si A. niger, %16'sı A. versicolor, %4'ü A. terricola, %1'i A. flavus, %1'i A. parvulus, %1'i A. ochraceus, %1'i A. sydowi, %1'i A. fischeri, %2'i A. aureolatus, %2'de A. carneus] izole ve identifiye edilmiştir. Çalışmamızda A. fumigatus, A. niger ve A. versicolor en sık izole edilen türlerdir.Tüm Aspergillus suşlarının %72'si ANS Araştırma ve Uygulama Hastanesi ve Göğüs Hastalıkları Hastanesinden izole edilmiştir. Aspergillus'ın %48'i sonbahar, %15'i de yaz döneminde izole edilirken, A. fumigatus'ların %64'ü sonbahar, A. versicolor'ların %53'ü de yaz dönemindeki çalışmalarda saptanmıştır. Sonbahar döneminde, 8 farklı türde, 57 Aspergillus suşu izole edilmiştir. Hastane bölümlerinde yapılan çalışmalarda, tüm izolatların %38'i hastane içinden, %14'ü göğüs hastalıkları servisi hasta odasından, %24'ü yoğun bakımlardan ve %6'da diyaliz ünitelerinden saptanmıştır.İzole edilen tüm suşlarda, itrakonazol, vorikonazol, flukonazol ve amfoterisin B'ye karşı antifungal duyarlılık çalışması yapılmıştır. Duyarlılık sınırı ?2 ?g/ml kabül edildiğinde tüm suşların %100'ü flukonazol'e dirençli saptanmıştır. Sırasıyla itrakonazol, vorikonazol ve amfoterisin B en etkili antifungaller olarak bulunmuştur.Anahtar kelimeler: Aspergillus, hastane, nem, antifungal duyarlılık.

Mycobacterium tuberculosis' e ait ESAT-6 ve CFP-10 proteinlerinin ekspresyonu, farklı hasta gruplarında IFN-&#947; ve IL-10 yanıtlarının saptanması

Son yıllarda latent tüberküloz hastalığının tanısında Mycobacterium tuberculosis'e ait antijenlerin yer aldığı IFN-? testleri kullanılmaya başlanmıştır. Bu testlerde kullanılan ESAT- 6, CFP-10 ve PPD gibi antijenik uyaranlara karşı, çoğu yardımcı T lenfositler tarafından sentezlenen IFN-? düzeyleri ölçülmektedir. M. tuberculosis'e ait RD1 operonu tarafından sentezlenen ESAT-6 ve CFP-10 antijenlerinin birlikte kullanıldığı IFN-? testlerinin duyarlılık ve özgüllüklerinin, tüberkülin deri testine kıyasla daha yüksek olduğu saptanmıştır. Ayrıca bu testlerde, BCG aşısı ve geçirilmiş tüberküloz dışı mikobakteriyel enfeksiyonlara bağlı yanlış pozitiflik oranları daha düşüktür. Latent tüberküloz hastalığının tanısında kullanılan tüberkülin deri testine kıyasla, daha iyi sonuçlar elde edilse de bağışıklık sistemi baskılanmış bireylerde, çocuklarda, akciğer dışı tüberküloz olgularında ve tüberküloz hastalığının endemik olduğu bölgelerde, IFN-? testlerinin duyarlılık ve özgüllükleri azalmaktadır. Hastaların klinik bulgularına bağlı olarak IFN-? yanıtlarında değişkenlik olması, bu testlerin kullanım alanını latent tüberküloz hastalığı tanısıyla sınırlamaktadır. Bu nedenle özellikle tüberküloz hastalığının endemik olduğu ülkelerde yaygın olarak kullanılamamaktadır. Bu çalışmada M. tuberculosis'e ait ESAT-6 ve CFP-10 proteinleri klonlandı ve M15 Esherichia coli suşunda eksprese edildi. Ni-NTA agaroz afinite kromatografi tekniği ile saflaştırıldı. Elde edilen ESAT-6 ve CFP-10 proteinlerine karşı farklı hasta gruplarında ortaya çıkan IFN-? ve IL-10 yanıtları ile ?IFN-? / ?IL-10 oranları saptandı. İyileşen tüberküloz hastaları, fibronodüler lezyonu olanlar, plevral efüzyonu olanlar, kaviter lezyonu olanlar, çoklu kaviter lezyonu olanlar, milier tutulumu olanlar ve nükseden tüberküloz hastaları olarak gruplandırılan 78 hastanın sonuçları 34 kişiden oluşan sağlıklı kontrol grubuyla karşılaştırıldı. Ayrıca sonuçlar, kontrol gurubu içerisinden ülkemizin tüberküloz enfeksiyonu prevalansına uygun oranda IFN-? yanıtları yüksek olan 10 kişinin çıkartılmasıyla elde edilen 2. kontrol grubuyla da tekrarlandı. ?IFN-? ve ?IL-10 yanıtları ile ?IFN-? / ?IL-10 oranlarının, prognostik değeri olduğu bilinen klinik, radyolojik ve laboratuvar bulgularıyla uyumlu oldukları saptandı. IFN-? testlerine ek olarak IL-10 gibi sıvısal ya da regülatör yanıtın göstergesi olan sitokinin ölçülmesinin, ayrıca tüberküloz basiline karşı geliştirilen bağışık yanıt durumunu göreceli olarak ortaya koyan ?IFN-? / ?IL-10 oranlarının belirlenmesinin testin duyarlılık ve özgüllüğünü arttırdığı saptandı.

Solunumsal patojen virusların IFAT ve multiplex PCR yöntemleri ile tanısı

XIIÖZETAntiviral tedavinin planlanmas›, hastane içi yay›l›m› önlemek, enfeksiyontakibi ve gözetimini sağlamak, hastane giderlerini ve hastanın hastanede kalış süresiniazaltmak gibi sebeplerden dolay› respiratuvar viruslerin taranmas› ve tan›s›n›nkonmas› oldukça önemlidir. Solunum yolu enfeksiyonu semptomlar› gösterençocuklarda, floresan antikor tekniği veya kültürle izolasyon gibi standart laboratuvarmetotlar› ile viruslar % 13- % 45 oranlar› aras›nda tespit edilebilmektedir. Buçalışmada, akut solunumsal hastalık semptomları gösteren çocuklardan alınannazofarengial sürüntü ve kan örneklerinde iki farkl› yöntemle solunumsal viruslar veonlara karşı gelişen IgM antikorlarının araştırması ile klinik tanının desteklenmesiamaçlanmıştır.Yeni geliştirilmiş ve kullanıma girmiş olan Multipleks kantitatif ReversTranskriptaz (RT) PCR Enzim Hibridizasyon Assay (Hexaplex Plus; Prodesse, USA)yöntemi ile nazofarengeal örneklerden tek tüpte Respiratuvar Sinsityal Virus (RSV),İnfluenza Virus Tip A (FluA), İnfluenza Virus Tip B (FluB), Parainfluenza Virus Tip1, 2 ve 3 (PIV1, PIV2 ve PIV3) ve Human Metapneumo Virus (hMPV) araştırılmıştır.Bu test yedi farklı solunumsal virusun araştırılması ve kantitasyonunda her virus içinkorunmuş bölgelerden hazırlanmış altı ve yarım primerler karıştırılarakhazırlanmıştır. Floresan antikor tekniği (FAT-Euroimmun GmbH, Almanya) ile deRSV, FluA H1N1, FluA H3N2, FluB, PIV1, PIV2, PIV3 ve Adenovirus (AdV)'ekarşı kanda oluşmuş IgM antikorları araştırılmıştır.Çalışma, bir yıllık dönemde, 46 hastadan alınan kan örnekleri venazofarengial sürüntü örnekleri ile gerçekleştirilmiştir. Örnek toplanan hastalarınyaşları 1 ay- 13 yaş arasındadır (ortalama 16.4 ± 4.5 ay). Örneklerin % 52'si erkek, %48'i bayan hastalardan oluşmaktadır.Alınan 46 kan örneğinden 13 tanesi (% 28.3) FAT ile (MPV hariç), aynısayıda nazofarengial sürüntü örneğinden 8 tanesi (% 17.4) multiplex PCR yöntemi ile(AdV hariç) bir veya daha fazla say›da respiratuvar virus aç›s›ndan pozitif olaraksaptanmıştır (P<0.001). Pozitif bulunan sonuçlar; multiplex PCR ile 8 FluA, 1 FluB,5 hMPV, 3 PIV3 ve 1 RSV; FAT yöntemi ile 9 FluA H1N1, 8 FluA H3N2, 8 FluB, 3PIV3 ve 2 RSV olarak saptanmıştır. Bulunan sonuçlar multiplex PCR ve FATkarşılaştırılması açısından değerlendirildiğinde; Multiplex PCR ve/veya FAT'dapozitif bulunan sonuçlar›n sadece PCR'da pozitif bulunan sonuçlara oran›; RSV içinXIII1/2 (% 50), FluA için 8/9 (% 88.9), FluB için 1/8 (% 12.5) ve PIV3 için 3/3 (% 100)olarak belirlenmiştir.Sonuç olarak; Multiplex PCR ve FAT yöntemlerinin, çocuklarda respiratuvarviral patojenlerden kaynaklanan solunum yolu hastal›klar›n›n h›zl› laboratuartan›s›nda tercih edilebilir olacağı kanısına varılmıştır.Anahtar sözcükler: Solunumsal viruslar, IFAT, Multiplex PCR

Afyon bölgesindeki anne ve yenidoğanlarda toksoplazma antikor profilinin farklı yöntemlerle araştırılması

AFYON BÖLGESİNDEKİ ANNE VE YENİDOĞANLARDATOKSOPLAZMA ANTİKOR PROFİLİNİN FARKLI YÖNTEMLERLEARAŞTIRILMASIDR. NİLAY KIYILDIÖZETKonjenital toksoplazmoz gebelik sırasında anneden geçen genellikle belirtisiz ve fetustaşiddetli konjenital defektler oluşturan bir infeksiyondur. Çalışmamızda bölgemiz anne vekordon kan örneklerinde farklı yöntemlerle toksoplazma seropozitifliğinin saptanmasıamaçlanmıştır. Doğum sırasında 130 anne ve göbek kordonundan alınan kan örneklerindeİndirekt Floresan Antikor (IFAT), Vitek Immuno Diagnostic Assay System (VIDAS) veMultilyte Analyt Platform (MAP) teknikleri kullanılarak toksoplazma IgM ve IgG antikorlarıaranmıştır. Seropozitiflik oranları IFAT yöntemi ile IgG, IgM sırasıyla; anne kanlarında%33.8, %6.9, kordon kanı serumlarında %30, %0 olarak, VIDAS yöntemi ile anne kanlarındaIgG, IgM sırasıyla %33.8, %3, kordon kanı serumlarında %32.3, %0 olarak, MAP yöntemiile IgG, IgM sırasıyla anne kanlarında %33.8, %1.5, kordon kanlarında ise %32.3, % 0.0oranlarında bulunmuştur.VIDAS ile IgG ve IgM'i pozitif olan 4 olgu, IFAT ile IgG ve IgM'i pozitif olan 9 olguavidite çalışmasına alınmıştır. VIDAS ile iki olguda yüksek avidite, bir olguda da düşükavidite saptanmıştır. Bir olguda değerlendirme yapılamamıştır. IFAT incelemesinde VIDASile uyumlu olarak iki olguda yüksek avidite, bir olguda da düşük avidite saptanırken, 6 olgudadeğerlendirme yapılamamıştır. IFAT yöntemi ile değerlendirme yapılamayan serumlardayalancı pozitiflik açısından antinükleer antikor (ANA) pozitifliği aranmış ve 5 serumda ANApozitifliği saptanmıştır.Çalışmamızda kullandığımız üç yöntem birbirlerine göre birtakım avantaj vedezavantajlar sergilemektedir. Ancak saptanan seropozitiflikler açısından önemli bir farklılıkbulunamamıştır. Ticari olarak piyasada mevcut olan ve yeni geliştirilen toksoplazma kitlerininsensitivite ve spesifitelerinin, bu test kitlerinde daha spesifik antijenlerin kullanılmasıylaartırılabileceği düşünülmektedir.

Antibiyotiğe bağlı hastane ve toplum kökenli clostridium difficile araştırılması

7ÖZETClostridium difficile, asemptomatik taşıyıcılık, psödomembransız kolit,psödomemranöz kolit (PMC), fulminant kolit/toksik megakolon gibi çok çeşitliklinik tablolara neden olabilen gram pozitif, anaerop, sporlu bir basildir. Yoğunbakımlarda antibiyotik kullanımı ile bağırsak florasının bozulmasından C.difficilesorumlu tutulabilmektedir. Çalışmada poliklinik, klinik ve yoğun bakım hastalarındaantibiyotik kullanımına bağlı olarak gelişen ishal hastalarında C.difficile'nin etkenolup olmadığının farklı yöntemlerle araştırılması amaçlanmıştır.Çalışmaya, 2005 yılı boyunca hastanemizin polikliniklerine başvuran, klinikve yoğun bakım servislerinde yatan 18-80 yaş arası hastalar ile taşıyıcılıklarınınaraştırılması açısından yoğun bakım çalışanları ve gıda personeli dahil edilmiştir. Budönemde 45'i (% 49.4) erkek olmak üzere toplam 91 hasta ile 21'i (% 77.8) erkektoplam 27 kontrol grubundan bilgileri içeren anket formu yanı sıra dışkı örnekleritoplanmıştır. Hasta dışkı örneklerinden C.difficile; kültür, kültürde üreyenkolonilerden lateks aglütinasyon, Toksin A lateks ve Toksin A+B ELISAyöntemleriyle araştırılmıştır. Hasta dışkı örneklerinden 13'ünde (% 14.2) kültür,4'ünde (% 4.3) toksin A lateks, 13'ünde (% 14.2) ise Toksin A+B ELISA yöntemiylepozitiflik saptanmıştır.Sonuç olarak; yoğun antibiyotik kullanımına bağlı gelişen ishal hastalarındaC.difficile'nin önemli olduğu, kültür ya da Toksin A+B ELISA yöntemi ilearaştırılmasının uygun olacağı ayrıca antibiyotik kullanımı konusunda hekimlerin vetoplumun bilinçlendirilmesi gerekliliği kanısına varılmıştır.Anahtar kelimeler: İshal, Clostridium difficile, Toksin A lateks, Toksin A+BELISA.PDF created with pdfFactory trial version www.pdffactory.com

Enterobacteriaceae izolatlarında CTX-M tipi genişlemiş spektrumlu ß-laktamaz (GSBL) enzim pozitifliği ve dağılımı

Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üreten Enterobacteriaceae ailesinin üyeleri, günümüzde en önemli nozokomiyal patojenler arasındadır. Beta-laktam antibiyotikleri hidrolize ederek inaktif hale getiren beta-laktamaz enzimi üretimi, başta Enterobacteriaceae üyeleri olmak üzere birçok bakteri türünün en önemli direnç mekanizmalarından birisidir. Baskın CTX-M genotiplerinde görülen dağılım, coğrafyaya bağlı olarak değişiklik göstermektedir. Aralarında İngiltere ve Hindistan'ın da bulunduğu birçok ülkede CTX-M 15 çok yaygın görülmekte iken, Latin Amerika'da CTX-M 2, İspanya ve Uzakdoğu'da ise CTX-M 9 ve CTX-M 14 baskındır. Bu çalışmada; Afyon Kocatepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi Ahmet Necdet Sezer Uygulama Araştırma Hastanesi'nde farklı kliniklerden laboratuara gönderilen nozokomiyal suşlar, laboratuvarda konvansiyonel yöntemlerle identifiye edilmiş, daha sonra otomatize sistemlerle (Phoenix®, Bekton Dickinson Diagnostics), MicroScan® (Dade Behring Inc.) doğrulanmış, GSBL üretimleri çift disk sinerji yöntemi ile araştırılmış ve antibiyogramları belirlenmiştir. İncelenen 100 GSBL pozitif suştan 65 tanesi CTX-M universal primerleri ile polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemiyle pozitif bulunmuştur. Bununla birlikte grup spesifik primerlerle yapılan PCR reaksiyonları sonucu 61 suş CTX-M 1 (61.0%), 1 suş CTX-M 9 (1%) ve 1 suş CTX-M 2 (1%) yönünden pozitif olarak saptanmıştır. PCR reaksiyonları ile 50/82 Escherichia coli (% 61,0), 12/14 Klebsiella pneumoniae (% 85,7), ve 1/2 Citrobacter freundii (% 50,0) izolatları CTX-M pozitif bulunurken, Morganella morganii ve Enterobacter cloacae izolatlarında pozitiflik gözlenmemiştir. Daha sonra amplikonlar CTX-M tiplerinin belirlenmesi için sekanslanmış ve gen bankası verileri ile karşılaştırılmıştır. Buna göre, CTX-M 1 pozitif suşlardan sırasıyla CTX-M 15 (31 suş), CTX-M 28 (17 suş), CTX-M 3 (9 suş), CTX-M 22 (2 suş), CTX-M 33 (2 suş), CTX-M 42 (2 suş), homolojileri tespit edilmiştir.Sonuç olarak; Afyonkarahisar bölgesindeki nozokomiyal suşlardan en sık CTX-M 15, ikincil sıklıkta da nadiren gözlenen CTX-M 28 formunun varlığı belirlenmiş olup bu verilerin daha ileri çalışmalar ile desteklenmesi gerektiği kanısına varılmıştır.

Tekrarlayan düşük etiyolojisinde antifosfolipid antikor sendromu belirteçlerinin araştırılması

Antifosfolipid antikor sendromu (AFAS), tekrarlayan gebelik kaybı ile seyreden ve genel populasyonda sıklıkla ortaya çıkan bir durumdur. Antifosfolipid antikor sendrom'lu bireyleri tanımlamak için en önemli yol serolojidir. Bu yüzden, hamilelik komplikasyonları bulunan hastanın kanında antifosfolipid antikor (APA) saptanması, antifosfolipid antikor sendromu'nun teşhisi için esas adımdır.Bu çalışmada tekrarlayan düşük geçiren 120 gebe kadına ait serum örnekleri Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA) yöntemi kullanılarak, antikardiyolipin (AKA), antibeta2-glikoprotein I (antiß2-GPI), antifosfotidilserin (anti-PS), antiannexin, antiprotombin antikorları IgG, IgM, IgA tipleri açısından araştırılmıştır. Ayrıca hasta serumlarında Veneral Disease Research Laboratory (VDRL) sifiliz testi, antinükleer antikor (ANA) ve antiDNA parametreleri de çalışılmıştır.Pozitif sonuç veren hastalarda en sık yükselen antikor tipi %75 oranında AKA olarak bulunmuştur. Bunu %50.8 oranında antiannexin V antikorları, %25 antiprotombin, %10 antiß2-GPI ve %3.3 anti-PS antikorları takip etmiştir. Yükselen antifosfolipid antikorlarından özellikle izole IgM tipi, izole IgG veya IgA antikorlarından daha yüksek bulunmuştur. Yaptığımız çalışmada fosfolipid bağlayıcı proteinler olan antiß2-GPI, antiprotrombin ve antiannexin'in birliktelikleride görülmüştür. Antiß2-GPI IgG ile AKA IgG %10.7 oranında birlikte, antiß2-GP1 IgM ile AKA IgM %3.9 oranında birlikte pozitif, antiannexin V IgM ile anti-PS IgM %8.3 oranında korele bulunmuştur. Ayrıca %19.0 oranında anti-PS IgM ile antiprotrombin IgM korele bulunmuştur. Hastalarda %83.3 oranında ANA pozitifliği, %9.2 VDRL pozitifliğine rastlanmıştır. Ancak antiDNA pozitifliğine rastlanmamıştır.Bu bulgulara göre, tekrarlayan düşük geçiren kadınlarda AFAS'ın tanısında antifosfolipid antikorlarının araştırılmasının önemi açıktır. Erken tanı ve tedavi, tekrarlayan düşük yapan kadınlara bebek sahibi olabilme şansı vermektedir.Tekrarlayan gebelik kaybı, aile için üzüntü verici bir durum olmakla birlikte etyolojisinin bilinmemesi hekimler açısından da önemli bir konudur. Ayrıca tanı ve tedavisinin sınırlı olması nedeniyle de önemlidir. Tüm bu nedenlerle serumda APA aranmasının, bu tip durumların tanısında önemi büyüktür.Sonuç olarak, tekrarlayan düşük geçiren kadınlarda AFAS'ın tanısı için serumda APA'ların rutinde bakılması gerektiğini düşünmekteyiz.

AKÜ Ahmet Necdet Sezer Araştırma ve Uygulama Hastanesinde yoğun bakımdan izole edilen bakterilerde GSBL oranının yıllara göre dağılımı

Yoğun bakım üniteleri genellikle altta yatan ağır hastalığı bulunan hastaların yatırıldığı, invaziv girişimlerin sıkça uygulandığı birimlerdir. Yoğun bakım ünitelerinde infeksiyon hızının yüksek olmasının sebepleri arasında, sıklıkla uygulanan invaziv girişimler ve hastane infeksiyonları ile alet kullanım oranları arasında pozitif bir korelasyon olması yer alır.Bu çalışmanın amacı; yoğun bakım ünitelerinde karşılaşılan direnç sorunlarının ve GSBL pozitifliğinin hastanemizde yıllara göre saptanma oranını belirlemek ve gerekli önlemlerin alınmasına yardımcı olmaktır. Antibiyotik duyarlılıklarını belirlemek için Kirby Bauer Disk Diffüzyon Tekniği ile CLSI kriterleri esas alınarak incelenmiştir. GSBL pozitifliğini anlamak amacıyla ise Çift Disk Sinerji Testi uygulanmıştır.Bizim yaptığımız 5 yıllık çalışma periyodunda yoğun bakım ünitelerinden 629 suş saptanmıştır. Saptanan bu suşların %15.2'si kan, %28.5'i trakeal aspirat, %23.7'si idrar, %24.1'i yara yeri, %1.7'si balgam, %4.8'i kateter, %2'si de sonda ucu kültürlerinden izole edilmiştir. Örneklerin servislere göre oranları ise; %35.1'i anestezi, %23.5'i dahiliye, %10.8'i kalp-damar, %2.5'i beyin cerrahisi, %16.7'si genel cerrahi, %10.2'si göğüs, %1'i çocuk servisi şeklindedir.Çalışmamızda GSBL dağılımı (Toplam 629 suş için) yıllara göre 2004 %17, 2005 %21.8, 2006 %27.3, 2007 %18, 2008 %16.5 oranında gerçekleşti. Etkene göre dağılımı ise E.coli %13.3, Klebsiella %1.5, Enterobacter %0.4 ve Pseudomonas %3.8 oranında saptanmıştır.Çalışmamızda; 2006 yılındaki GSBL artış sebebinin o yıl hastanede yapılan onarımdan kaynaklandığı sonucuna varılmıştır. 2007 ve 2008 yıllarındaki artışların sebebi ise hastanemizdeki yatak sayısının üç katına çıkmış olmasıdır. Yoğun bakım ünitelerindeki GSBL oranlarının düşürülmesi ve kontrol altına alınabilmesi için Hastane Enfeksiyon Kontrol Komitesinin daha etkin çalışması, kontrol periyotlarının sıklaştırılması gerektiği kanısına varılmıştır.Anahtar kelimeler: GSBL, bakteri direnci, antibiyogram, yoğun bakım.

Akut ishal yakınmalı çocuklarda rotavirus, enterik adenovirus ve nörovirus sıklığı

Giriş ve amaç: Enterik virüsler (özellikle Rotavirüs, norovirus ve adenovirüs) bakteriyel olmayan akut gastroenteritlerin en sık nedeni olarak bildirilmiştir. Bu çalışmada gastroenteritli çocuklarda neden olan viruslerin sıklığının belirlenmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Çalışma, Afyon ilindeki ishal etkeni virüsleri belirlemek üzere Ocak ve Aralık 2009 tarihleri arasında toparlanan örneklerde gerçekleştirilmiştir. Altı yaş altında (yaş ortalaması 2.18 ± 1.64 yıl) 150 çocuktan alınan dışkı örnekleri standart kültür yöntemleri ile patojen bakteriler ekarte edildikten sonra ELISA ile rotavirus / adenovirus ve norovirus (Ridascreen ve Biomeriux) açısından test edilmiş, yine 95 hasta örneği de RT PCR ile rotavirus açısından değerlendirilmiştir.Bulgular: 2009 yılında Afyonkarahisar ilinde gastroenterit nedeniyle hastaneye getirilen 6 yaş altı 150 çocuğun %40'ında rotavirus, 92 çocuğun %22.8'inde norovirus ELISA ile pozitif saptanmış, rotavirusun RT PCR ile araştırıldığı 95 olgunun da %15.8'inde pozitiflik belirlenmiştir. Viral gastroenterit ile gelen çocukların % 6.5'unda da karışık norovirus-rotavirüs enfeksiyonu gözlenmiştir. Çalışılan 122 hastanın altısında adenovirus pozitif bulunmuştur(%4.91). Adenovirus, Rotavirus birlikte pozitifliği 1 örnekte, Rotavirus, Nörovirus beraberliği 4 örnekte bulunmuştur.Tartışma: Rotavirus, gastroenteritlerin halen en sık etkendir. Norovirus kusmanın ön planda olduğu olgularda daha sık etken olabilmektedir. Norovirus için enfeksiyonun şiddeti düşük olmakla beraber rotavirus ile ortak enfeksiyonda artış gözlenmektedir.

Klinik örneklerden izole edilen klebsiella suşlarının antibiyotiklere duyarlılıkları

Klebsiella pneumoniae izolatlaı ; üriner sistem enfeksiyonları, üst solunum yolu enfeksiyonları ve hastane enfeksiyonlarının önemli bir ajanıdır. Çalısmamızda; Şubat 2010 ? Aralık 2010 tarihleri arasında, Afyonkocatepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuarı Bakteriyoloji Bölümüne çeşitli kliniklerden gönderilen ve enfeksiyon süpheli hastalardan alınan idrar.balgam.trekeal aspirat,katater ucu ve yara örneklerinden toplam 98 adet K. Pneumoniae ve 2 K.oxytoca suşu izole edilmis ve bazı antibiyotiklere karsı direnç durumları ve Genişlemiş Spektrumlu Beta Laktamaz (GSBL) üreten suş sayıları belirlenmiştir.İncelenen tüm suşlar ticarcillin (%100) ve Piperacilline (%92.5) dirençli bulunmuştur.Aminoglikozid grubu antibiyotiklerden Amikacine GSBL üreten suşlarda %2 direnç gözlenmiş, GSBL üretmeyen suşlarda ise direnç gözlenmemiştir, Tobramycine GSBL üreten suşlar %58 oranında dirençli iken GSBL üretmeyen suşlarda direnç gözlenmemiştir ve Gentamicine GSBL üreten suşların %45, GSBL üretmeyen suşların ise %13 oranında dirençli oldukları görülmüstür.Sefalosporin grubu antibiyotiklerden Ceftazidime GSBL üreten suşların %83,GSBL üretmeyen suşların %20, Ceftriaxona GSBL üreten suşların %90 GSBL üretmeyen suşların %23 oranında dirençli oldukları görülmüstür.Karbepenem grubu antibiyotiklerden Ertapeneme GSBL üreten suşlarda %46,GSBL üretmeyen suşlarda %15, İmipenem ve Meropeneme GSBL üreten suşların % 34 , GSBL üretmeyen suşların %9 oranında dirençli oldukları görülmüştür.Çalışmamızda incelenen Klebsiella suşlarının % 55 oranında GSBL varlığı tespit edilmiştir. En fazla örnek Anestezi Yoğun Bakım Ünitesinden (%44) gelmiş, en fazla GSBL pozitifliği ise Göğüs Hastalıkları servisi ve Beyin Cerrahisinden (%71) gelen örenklerde tespit edilmiştir.En yüksek GSBL tespit ettiğimiz klinik örnek ise trakeal aspirat olmuştur.GSBL üreten suşlarda diğer antibiyotiklere direnç oranındada artış olduğu sonucuna varılmıştır. Dolayısıyla bu tip suşların özellikle yoğun bakım ünitelerinde düzenli izlenmesi ve kontrol önlemlerinin alınması gerekmektedir.

Klinik Acinetobacter baumannii izolatlarında direnç genlerinin moleküler yöntemlerle araştırılması

Karbapenemleride içeren çok geniş bir spektrumda birçok antimikrobiyal ajana genellikle dirençli olan Acinetobacter baumannii önemli nozokomiyal infeksiyon etkenlerindendir. Karbapenemler çoklu ilaç direncine (ÇİD) sahip suşlar ile oluşan Acinetobacter infeksiyonlarının tedavisinde önemli bir seçenek olarak kabul edilirler ve genişlemiş spektrumlu ß-laktamazlar gibi ß-laktamaz enzimlerinin çoğundan etkilenmezler. Bununla birlikte oksasilinazlar (OXA) gibi karbapenem hidrolize eden enzimlerin görülmesiyle etkinlikleri giderek azalmaya başlamıştır. Acinetobacter türlerinde karbapenem direncinin temel sebebi OXA-türü ß-laktamazlardır ve bunlardan OXA-51 türevleri, OXA-58 ve OXA-23 en çok görülenidir. Özellikle bu enzimlerin birden fazlasının bir arada olması ÇİD fenotipinin ortaya çıkmasına neden olur.Bu çalışmada, bir yıllık süreçte hastanemizde toplanan A. baumannii suşlarının antimikrobiyal duyarlılıkları ve karbapenem dirençli suşların epidemiyolojisi değerlendirilmiş yanısıra bu dirençten sorumlu olası mekanizmalardan biri olan OXA türü karbapenemazların varlığı araştırılmıştır.Temmuz 2008 - Haziran 2009 tarihleri arasında Afyon Kocatepe Üniversitesi Araştırma Uygulama Hastanesinde, farklı kliniklerden gönderilen çeşitli örneklerden izole edilen 121 A. baumannii suşu bu çalışmaya alınmıştır. İzolatların tümü konvansiyonel yöntemlerle tanımlanmış, otomatize sistemlerle doğrulanmıştır. Antibiyogram duyarlılık testleri Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ve otomatize sistemlerle birlikte gerçekleştirilmiştir.Bakterinin DNA'sı iki farklı yöntemle izole edilmiş, öncelikle konvansiyonel PCR ile blaOXA genleri için optimizasyon çalışmaları yapılmıştır. Optimizasyonu takiben real time PCR ile OXA karbapenamaz enzimlerinden 4 gruba ait (blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51 ve blaOXA-58) genlerin varlığı araştırılmıştır.Duyarlılık testleri sonucunda, izolatların çoğu kolistin ve tigesiklin dışındaki birçok antimikrobiyal ajana dirençli bulunmuştur. ÇİD suşlarla oluşan infeksiyonlarda genellikle tercih edilen karbapenem grubu antibiyotiklere direnç oranlarının da oldukça yüksek olduğu gözlenmiştir. Karbapenem direncinden sorumlu OXA türü enzimlerden tür spesifik blaOXA-51 geni izolatların tümünde, yanısıra blaOXA-58 geni izolatların %19, blaOXA-23 genide izolatların %17,4 kadarında saptanmıştır.Sonuç olarak, bu suşlarda yaygın klinik kullanıma sahip olan antibiyotiklere direnç oranlarının oldukça yüksek olduğu gözlenmiş, karbapenem direncinin temel nedeni olarak blaOXA genlerinin varlığı gösterilmiştir. Bu çalışma hastanemizdeki ilk çalışma olup A. baumannii izolatlarında karbapenem direnci ve epidemiyolojisi ile ilgili yapılacak diğer çalışmaların öncüsü niteliğindedir.

Enterokoklarda antibiyotik direnç profilinin belirlenmesi

Bu çalışmada Şubat 2009-Mayıs 2010 tarihleri arasında Ahmet Necdet Sezer Araştırma ve Uygulama Hastanesi Mikrobiyoloji laboratuarımıza gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen 100 enterokok suşunun antibiyotik direnç profilleri çalışmada incelenmiştir.Bu suşların türleri Vıtek2(Biomeriux, Fr) otomatize cihaz ile belirlenmiş daha sonra E-test metodu ile tekrar çalışılmış direnç profilleri ve antibiyotik duyarlılıkları saptanmıştır. İzole edilen 100 enterokok suşunun 56'sı E.fecalis, 40'ı E.faceum, ikisi E.casseliflavus, biri E.gallinarum, biri E.avium olarak belirlenmiştir.Enterokok İzole edilen hastaların 77(%77) yatan hasta 23(%23) ayaktan poliklinik hastası idi. Suşların 43'ü idrar, 25'i yara, 26`sı kan, 6'sı periton mayi, biri vajen mataryelinden izole edilmiştir. Suşlardan yirmisi yoğunbakım, ondokuzu genel cerrahi, onbeşi çocuk hastalıkları, onikisi dâhiliye, onu enfeksiyon, beşi göğüs hastalıkları, üçü kardiyoloji, üçü kalp damar cerrahisi, biri kadın hastalıkları ve doğum kliniklerinde izlenen hastalardan izole edilmiştir.İncelenen antibiyotiklerden AMP, CN, IPM, CIP, MOX, E, CL, TEC, LZD, VA, TE ait direnç profili ve antibiyotik duyarlılıkları Vıtek2 cihazı ile incelendi. Yanısıra AMP, CN, İMP, P, CİP, VA, LZD, TEC, MIC değerleri E ?test ile belirlendi; direnç dağılımı ise söyle sıralanıyordu: %60 P, %58 AMP, %56 CN, %49 IPM, %47 CİP. Buna karşın VA, LZD ve TEC ise direnç görülmemiştir.Enterokokların önemli nozokomiyal patojenler den biri olduğu göz önüne alındığında tür tayininin, antibiyotik duyarlılığının, araştırılması gerektiği açıktır. Sonuçlardan orta duyarlı veya dirençli suşlar saptandığında MIC değerlerinin belirlenmesinin mutlaka gerekli olduğu belirtilmiştir. Hastanemiz verilerindeki yüksek direnç oranları da bu duruma işaret etmektedir.Anahtar kelimeler: E.fecalis, E.faceum, Vitek2, E-test, Glikopeptit direnci.

Klinik örneklerden izole edilen pseudomonas aerugınosa suşlarının antimikrobiyal ajanlara direnci

P. aeruginosa hastane infeksiyonuna neden olan önemli bir etkendir ve çoklu direnç gösteren izolat sıklığı giderek artmaktadır. Çalışmamızın amacı, klinik örneklerden izole edilen P.aeruginosa suşlarının çeşitli antibiyotiklere direncinin belirlenmesidir.Yapmış olduğumuz çalışmada Afyon Kocatepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastenesinde çeşitli servislerden gelen örneklerden Ocak 2010 ve Eylül 2011 tarihleri arasında izole edilen P. aeruginosa suşlarının çeşitli antibiyotiklere karşı duyarlılık durumları incelenmiştir. Bakterilerin izolasyonu için konvansiyonel biyokimyasal test prosedürleri kullanılmıştır. Tüm izolatların antimikrobiyal direnç durumları CLSI önerilerine uygun olarak Mueller-Hinton besiyerinde disk difüzyon yöntemiyle ve VITEK 2 Compact ile değerlendirilmiştir.Toplam 218 P. aeruginosa suşu idrar, balgam, trakeal aspirat, kateter, yara yeri ve diğer örneklerden izole edilmiştir. İncelenen suşların duyarlılık oranları aşağıdaki gibidir; Amikasin %85,8, Gentamisin %86,2, Siprofloksasin %74,8, Levofloksasin %59,6, Meropenem %61, İmipenem %61,9, Seftriakson %3,2, Sefotaksim %3,2, Seftazidim %5, Trimetroprim/Sulfametoksazol %4,6, Sefoprerazon/Sulbactam %9,2, Piperasilin/Tazobaktam %8,7, Amoksisilin/Klavulanat %4,6, Sefepim %44 ve Tetrasiklin %4,1.Bu duyarlılık oranlarının, önceki yıllara göre gösterdiği değişim, en uygun tedaviyi planlamak ve dirençli suşların seleksiyonunu önlemek için antibiyotik duyarlılık testlerinin sonuçları mutlaka göz önünde bulundurulması gerektiğine işaret etmektedir.Anahtar Kelimeler : P. aeruginosa, antibiyotik direnci.

Kan örneklerinde polimeraz zincir tepkimesi yöntemi ile Candida DNA'sının saptnması

It is known that even after appropriate treatment, the prognosis of candidemia is poorand candidemia has high mortality rates. The blood culture which is accepted as the goldstandard for the diagnosis, can remain negative in %42 of the cases. Therefore rapid andreliable diagnosis of candidemia is very important to start the antifungal treatment. The aim ofour study was to standardize the polymerase chain reaction (PCR) method by using simulatedsamples in order to detect Candida species in blood samples of candidemia suspected cases.In this study, simulated samples were prepared by using blood samples of healthyvolunteers which were inoculated into tubes with EDTA and BACTEC 9240 blood culturebottles in which no growth was detected and standard strains as C. albicans ATCC 90028, C.tropicalis ATCC 1021, C. parapsilosis ATCC 90018, C. krusei ATCC 6258, Escherichia coliATCC 35218, Staphylococcus aureus ATCC 25923 and clinical isolates of Aspergillusfumigatus, C. kefyr, C. glabrata, C. lusitaniae, C. guilliermondii, Rhodotorula sp.Furthermore, blood culture samples of 23 patients whose blood culture bottles signaled aspositive and showed growth of Candida in agar plates were examined.DNA extraction of all samples were performed according to the standard procedureproposed by the MN Nucleospin Tissue Kit (Macherey-Nagel, Germany) for tissue samples;following the pre-treatment with erythrocyte, leukocyte and fungus cell wall lysis buffers.DNAs were amplified with the PCR method, using synthetic oligonucleotide primers selectedfrom the 5S rDNA region and PCR products were ?electrophoresed? in 2% agarose gel.Presence of a 105 base pair product was considered as positive.The lowest detection limit of PCR has been determined as 100-1000 CFU/ml Candidafor our simulated samples. The presence of a 105 bp band has been observed in samplesprepared with all Candida strains included in the study. Blood samples spiked with E. coli, S.aureus, A. fumigatus and Rhodotorula sp. and negative blood samples has been found asnegative in terms of Candida DNA. The same 105 bp product has been observed in the PCRproducts of blood culture samples with Candida growth.The PCR method applied in this study takes approximately 7 hours, whereas thedetection of Candida growth takes at least 24-48 hours by routine blood culture method. Alsothe application of this method to both blood samples and samples obtained from BACTEC9240 blood culture bottles seems to be an advantage. The cost of this method per patient isdetermined to be approximately 8 YTL and this amount is very small when compared with thecost of wrong or unnecessary antifungal therapy and hospital expenses.As a result, it has been determined that Candida DNA from either blood or BACTECblood culture samples, taken from candidemia suspected cases, can be detected in a shortertime by PCR using PCon 1 and PCon 2 primers which are spesific for 5S rDNA gene.Key words: Candida, blood, PCR

Hastane kökenli gram-negatif bakterilerde PER-1 enziminin moleküler epidemiyolojisi

Amaç: Yaklaşık beş yıllık bir dönemde Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesinde izole edilenseftazidime dirençli Gram-negatif bakterilerde, blaPER-1'in görülme sıklığını ortaya koymak vebu genin genetik yerleşimini araştırmak hedeflenmiştir.Yöntem: 1998-2003 yılları arasında izole edilen 289 adet seftazidime dirençli Gram-negatifbakteride blaPER-1 varlığı PZT ile araştırıldı. PER-1 üreten bakterilerin klonal yakınlıkları ERIC-PZT yöntemiyle belirlendi. blaPER-1'in genetik yerleşimini anlamak için, konjugasyon,plazmitten kurtarma deneyi ve integron-PZT gerçekleştirildi. Her ERIC-PZT paternine ait örneksuşlarda, blaPER-1 ve sınıf-1 integronların korunmuş bölgelerine özgü primerler kombine edilerekgerçekleştirilen PZT ile blaPER-1 geninin integronla ilişkisi araştırıldı. Elde edilen PZTürünlerinin, doğrudan iki yönlü olarak DNA dizi analizi yapıldı.Bulgular ve Sonuç: ncelenen suşlarda PER-1 üretim oranları, 98-2000 dönemi, 2001, 2002 ve2003 yılları için sırasıyla, % 32.3, % 33.9, %14.9 ve %37.9 olarak saptandı. P. aeruginosasuşlarının % 46.2'sinde ve A. baumannii suşlarının % 35.9'unda blaPER-1 varlığı belirlenirken birA. faecalis izolatında da blaPER-1 saptandı. ERIC-PZT sonuçları, P. aeruginosa (X ve Y) ve A.baumannii (A ve B) izolatları arasında belirlenen iki ana klonun, saptanan yüksek prevalanstansorumlu olduğunu ortaya koydu. Farklı ERIC-PZT paternlerini temsil eden suşlardagerçekleştirilen konjugasyon ve plazmitten kurtarma deneyleri, blaPER-1'in kromozomal kaynaklıolduğuna işaret ediyordu. Bir P.aeruginosa izolatında, sınıf-1 integron ve blaPER-1'e özgüprimerlerin kombinasyonu ile gerçekleştirilen PZT sonucunda ürün elde edilmesi ve sonrasındayapılan doğrulama çalışmaları, bu izolatta blaPER-1 geninin bir sınıf-1 integronla ilişkili olduğunugösterdi. Hastanemizde izole edilen seftazidim-dirençli P. aeruginosa ve A. baumannii suşlarındaPER-1 enziminin yaygın olduğu, bu enzimi üreten birçok suşun ?klonal ilişkili? oluşununhorizontal yayılıma işaret ettiği, blaPER-1'in ilk defa sınıf-1 integronlarla ilişkili olduğunungösterilmesinin, bu genin yayılımını hızlandırabileceği sonucuna varıldı.Anahtar kelimeler: Gram-negatif, PER-1, epidemiyoloji, sınıf-1 integron