Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

III. Trimester hamilelerde servikal sitomegalovirus atılım sıklığının immun floresan destekli hücre kültürü ve pcr yöntemleri ile araştırılması

Kırklareli ilinden elde edilen Dobrava-Belgrade Orthohantavirus izolatının yeni nesil dizileme ile tüm genom dizilemesi ve genetik karakterizasyonu

Ortohantavirüsler insanlara çoğunlukla, bu virüslerin taşıyıcıları da olan, küçük memeliler aracılığı ile bulaşmaktadır. Orthohantavirüsler bulundukları bölgelere göre genetik çeşitlilik gösterdikleri için, bu virüslerin tüm genom dizileme (TGD) ile genetik karakterizasyonlarının yapılması, olası enfeksiyon etkeni orthahantavirüsün tam anlamıyla belirlenmesinde büyük önem taşımaktadır. Daha önce ekibimiz tarafından İğneada, Kırklareli ilinden toplanan kemiricilerden 8 tanesinde Dobrava-Belgrade orthohantavirus (DOBV) pozitifliği belirlenmiştir. Bu pozitiflikler, kemiricilerin akciğer dokularından yapılan yapılan polimeraz zincir tepkimesi (PZT) ve sanger dizileme ile saptanmıştır. Bu çalışma kapsamında, DOBV'ün her üç segmentinin de tüm genom dizilemesinin yapılması hedeflenmiştir. Bu kapsamda, ribozomal RNA eliminasyon ve RNA kütüphane hazırlık kitleri ile kütüphane hazırlığı yapılmıştır. Oluşturulan kütüphaneler Illumina MiSeq sistemine alınarak dizileme işlemi gerçekleştirilmiştir. Elde edilen dizilerin farklı izolatlar ile filogenetik analizleri yapılmıştır ve DOBV İğneada izolatının farklılıkları ortaya konmuştur. Bu çalışma sonucunda, Türkiye'den ilk defa DOBV tüm genom dizileri elde edilmiştir. Bu çalışmada elde edilen diziler direkt taşıyıcı konak dokusundan elde edilmiştir ve böylece, L segment için ilk defa hücre kültürü yapılmadan diziler elde edilmiştir. Bununla birlikte, elde edilen dizilerin filogenetik analizleri sonucunda, Türkiye'de Kırklareli ilinde bulunan DOBV izolatı Yunanistan'ın DOBV Ano-Poroia suşu ile en yakın ilişkili olarak bulunmuştur. Aynı zamanda, yapılan "SimPlot" analizleri sayesinde yerel DOBV izolatının Balkanlarda hangi izolatlar ile benzerlik gösterdiği ortaya konmuştur.

Düzce bölgesinde hayvan ve hayvansal ürünlerle uğraşan ve uğraşmayan iki farklı grupta brucella seropozitifliğinin araştırılması

Bu çalışma, Düzce ve çevresindeki köylerde risk gruplarında Brucellaseropozitiflik oranlarının saptanması amacıyla, Haziran 2004- Mayıs 2005 tarihleriarasında yapıldı. Çalışma grubu, il merkezindeki mandıralarda çalışan 26 (7 kadın, 19erkek) işçi ve köylerde hayvancılıkla uğraşan 296 (199 kadın, 97 erkek) kişi olmaküzere toplam 322 kişiden; kontrol grubu ise, risk grubunda olmayan 150 (95 kadın,55 erkek) kişiden oluşturuldu.Çalışmaya katılanların serumları örnekleri inaktive edildikten sonraörneklerinin hepsine lam aglütinasyon testi (Rose Bengal , RHSM Antijenleri, Ankara,Türkiye) ve pozitif bulunan örneklere standart tüp aglütinasyon testleri (RHSMAntijenleri, Ankara, Türkiye) uygulandı. 1/ 160 titre ve üzeri olan değerler pozitifkabul edildi. Çalışmada elde edilen tüm verilerin istatistiksel analizi için SPSS 11.0Windows 98 paket programı kullanıldı. Grupların karşılaştırılmasında Ki- Kare (χ2)testi kullanıldı ve p≤ 0.05 olan değerler istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi.Mandıra çalışanı 26 kişide lam aglütinasyon testi ile pozitiflik saptanmazken,köylerde geçimini hayvancılıkla sağlayan 296 kişinin 38 (%12.84)' inde; kontrolgrubundaki 150 kişinin 15 (%10)' inde pozitif sonuç bulunmuştur. Çalışma ve kontrolgrupları arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmamıştır (p> 0.05). LamAglütinasyon testi pozitif bulunan 38 kişinin 1 (%0.3)' inde 1/640 titrede, kontrolgrubunda pozitif bulunan 15 kişinin 1 (%0.7)' inde 1/160 titrede Standart tüpaglütinasyon testi (STA) testi ile pozitiflik saptanmıştır. Çalışma ve kontrol gruplarıarasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmamıştır (p>0.05). Yapılan istatistikselanalizler sonucunda; hayvancılıkla uğraşan gruptaki kadın ve erkekler arasında,kontrol grubundaki kadın ve erkekler arasında ve genel olarak çalışma ve kontrolgruplarındaki kadınlarla erkekler arasında istatistiksel olarak herhangi bir farkolmadığı saptandı (p>0.05).Sonuç olarak; yaptığımız çalışmada, çalışma ve kontrol grubunu oluşturankişilerde Brucella seropozitiflik oranları çok düşük ve benzer oranlar saptanmış (p>0.05) olup, bu bulgular, daha önce T. C. Sağlık Bakanlığı ile T.C. Tarım ve KöyişleriBakanlık'larınca Bolu Bölgesinden bildirilen sonuçlar ile benzer bulunmuştur. Buçalışma Düzce' de insan brucellosis seropozitiflik oranlarını gösteren ilk çalışmaolması açısından önemlidir. Bölgemizde bulduğumuz bu düşük seropozitifliği, hayvanbrucellosis oranlarındaki düşüklüğe, sütlerin kaynatılarak tüketilmesine ve Düzce İlTarım Müdürlüğü'nün düzenli çalışmasına bağlı olduğu kanısına düşünüldü.Anahtar Kelimeler: Brucella seropozitifliği, Düzce, Hayvancılıkla uğraşanlar,Mandıra çalışanları

Yöremizde yüzeyel mantar enfeksiyonlu hastalardan izole edilen dermatofitoz etkenleri

Çalışmamızda Erzurum ve çevresindeki dermatofit enfeksiyonlarından sorumlu etken patojenlerin sıklığını belirlemeyi amaçladık. Atatürk Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma Hastanesi Dermatoloji kliniğinden Mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen yüzeyel mantar enfeksiyonu ön tanısı almış toplam 503 hastadan 548 adet saç, deri ve tırnak örnekleri alındı, örnekler %20 lik KOH ile muamele edildikten sonra lam-lamel arası nativ ve ayrıca laktofenol pamuk mavisi ile boyanarak direk mikroskobik yöntemle incelendi, örneklerden ayrıca saboraud dextrose agar (SDA), mycobiotic dextrose agar (MDA) ve potato dextrose agar(PDA) besiyerlerinde kültürler yapılarak 37° C de ve oda sıcaklığında 4 hafta süre ile inkübasyona bırakıldı. Kültürler daha sonra makroskobik ve mikroskobik olarak değerlendirildi. 503 hastanın yaş gruplarına göre dağılımında büyük çoğunluğun (338 hasta, %67.2) 20-49 yaş grubunda yer aldığı; cinsiyet dağılımında ise erkek hastaların (336 kişi, % 66.4) kadınlardan (169 kişi, %33.6) daha fazla olduğu görüldü. Hastalar, klinik tutulumlarına göre en fazla T. pedis (%28.0), daha sonra sırasıyla T. corporis (%24.1), T. ungium (%15.5), T. inguinalis, (%14.5), T. manum (%13.9) ve T. capitis (%4.0) şeklinde tanı almışlardı. Direk mikroskobi ve kültür incelemeleriyle dermatofit etken saptanan 138 örnekteki mantar türlerinin 135'inin (%97.8) Trichophyton, ikisinin (% 1.5) Microsporum ve birinin de (%0.7) Epidermatopyton cinsine ait olduğu gözlendi. Bu cinslerin tür dağılımında en fazla T. rubrum (100 örnekte, %72.5), ikinci olarak T. mentagrophytes (23 örnekte, %16,8) ve daha sonra da 1-5 örnek arasında değişmek üzere T.schoenleinii, T. violaceum, T. tonsurans, M. canis ve E. floccosum'un yer aldığı görüldü. Klinik tutulum açısından en fazla T.pedis olguları gözlendi. T. rubrum, T. capitis dışındaki tüm klinik şekillerde en sık karşılaşılan etken olurken T. capitis'te en fazla rastlanan etkenini, schoeinleinii olduğu saptandı. Bulgularımızın genel olarak yurdumuzun değişik bölgelerinde yapılan çalışmalarla benzerlik gösterdiği, bu bakımdan bölgesel farklılığın dermatofitoz enfeksiyonların epidemiyolojisinde çok fazla etkili olmadığı sonucuna varıldı.