Kırklareli ilinden elde edilen Dobrava-Belgrade Orthohantavirus izolatının yeni nesil dizileme ile tüm genom dizilemesi ve genetik karakterizasyonu

Ortohantavirüsler insanlara çoğunlukla, bu virüslerin taşıyıcıları da olan, küçük memeliler aracılığı ile bulaşmaktadır. Orthohantavirüsler bulundukları bölgelere göre genetik çeşitlilik gösterdikleri için, bu virüslerin tüm genom dizileme (TGD) ile genetik karakterizasyonlarının yapılması, olası enfeksiyon etkeni orthahantavirüsün tam anlamıyla belirlenmesinde büyük önem taşımaktadır. Daha önce ekibimiz tarafından İğneada, Kırklareli ilinden toplanan kemiricilerden 8 tanesinde Dobrava-Belgrade orthohantavirus (DOBV) pozitifliği belirlenmiştir. Bu pozitiflikler, kemiricilerin akciğer dokularından yapılan yapılan polimeraz zincir tepkimesi (PZT) ve sanger dizileme ile saptanmıştır. Bu çalışma kapsamında, DOBV'ün her üç segmentinin de tüm genom dizilemesinin yapılması hedeflenmiştir. Bu kapsamda, ribozomal RNA eliminasyon ve RNA kütüphane hazırlık kitleri ile kütüphane hazırlığı yapılmıştır. Oluşturulan kütüphaneler Illumina MiSeq sistemine alınarak dizileme işlemi gerçekleştirilmiştir. Elde edilen dizilerin farklı izolatlar ile filogenetik analizleri yapılmıştır ve DOBV İğneada izolatının farklılıkları ortaya konmuştur. Bu çalışma sonucunda, Türkiye'den ilk defa DOBV tüm genom dizileri elde edilmiştir. Bu çalışmada elde edilen diziler direkt taşıyıcı konak dokusundan elde edilmiştir ve böylece, L segment için ilk defa hücre kültürü yapılmadan diziler elde edilmiştir. Bununla birlikte, elde edilen dizilerin filogenetik analizleri sonucunda, Türkiye'de Kırklareli ilinde bulunan DOBV izolatı Yunanistan'ın DOBV Ano-Poroia suşu ile en yakın ilişkili olarak bulunmuştur. Aynı zamanda, yapılan "SimPlot" analizleri sayesinde yerel DOBV izolatının Balkanlarda hangi izolatlar ile benzerlik gösterdiği ortaya konmuştur.