4
Arşivlenen Tez
0
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Anabilim Dalı
Interrogating the role of arginine methyltransferases in radiation response in glioma
Radiotherapy (RT) is an important survival-prolonging treatment for glioblastoma (GBM), a largely incurable primary malignant brain tumor. The treatment failure relies on the adaptation of tumor cells to treatment and resistance, which is a major reason for inevitable recurrence. Understanding the molecular mechanisms behind this adaptive resistance and designing effective therapeutic strategies are of utmost priority. Therefore, finding epigenetic modulators of RT response, in other words, "radiosensitizers", is crucial for GBM patients. This thesis investigates the effects of Arginine methyltransferase family (PRMT) inhibition on the RT response of glioblastoma cells. PRMTs are among histone-modifying enzymes, which provides methylation of arginine residues on histones, thereby regulating transcriptional activity. While PRMTs have been functionally implicated in cancer and there is a considerable effort for various PRMT inhibitors as anti-cancer drugs, combinatorial effects of PRMT inhibitors and RT have not been well-characterized in GBM. Our interest in PRMT inhibitors stems from our lab's previously conducted unbiased chemical screen with epigenetic drugs, which identified several PRMT inhibitors as radiosensitizers in GBM cells. In this thesis, this finding was further explored in detail. First, effects of PRMT inhibitors as single agents were tested on GBM cell lines and optimal doses of drugs were selected to be further explored. To assess the combined efficacy of PRMT inhibitors and RT, cell viability analyses were conducted on U373 GBM cells treated with various radiation doses and various PRMT inhibitors (MS023, MS049, SGC707, and LLY283). Particularly, the drug MS023, targeting the Type-I PRMT family, exhibited a significant impact on survival and reduced proliferation capacity of GBM cells when combined with RT. Additionally, as a complement to the chemical approach, CRISPR/Cas9-based genetic ablation was employed to reduce the expression of genes encoding relevant PRMT enzyme family members. The combined effect of PRMT inhibition and RT was comprehensively examined through these diverse experimental approaches. In the subsequent stage of the thesis, the molecular mechanisms underlying the relationship between PRMT inhibition and RT response were explored by using RNA sequencing and the effects of MS023 and ionizing radiation on the transcriptome of GBM cells were defined. The results indicate that PRMT inhibition modulates the expression of genes related to the functioning of cell cycle and mitosis, which may partly account for the radiosensitization potential of these drugs in GBM. These findings establish a foundational framework for identifying RT resistance mechanisms and devising innovative combination therapy strategies tailored for GBM. The observed effects of PRMT inhibition on RT response offer promising avenues for future research and potential clinical applications.
Sodıum laurate ile oluşturulmuş tromboanjitis obliterans (TAO) modelinde levosimendan uygulamasının etkinliğinin araştırılması
Giriş: Winiwarter-Buerger Sendrumu ya da Buerger Hastalığı olarak da bilinen Tromboanjitis Obliterans; orta ve küçük boyuttaki arter, ven ve yandaş sinirlerin segmenter, enflamatuvar tutulumu ile seyreden oluşum mekanizması halen net şekilde ortaya konulabilmiş olamayan, nonaterosklerotik bir hastalıktır. Patofizyolojisinde tütün kullanımı ile tetiklenebileceği öne sürülen immün süreç ile başlayan, arter ve venlerde akut inflamasyon ve trombüs formasyonu patolojik bulgu olarak yer alır. Tedavisinde antienflamatuvar, antikoagülan ve bazı vazodilatörler kullanılmaktadır. Çalışmamamızın amacı oluşturacağımız TAO modelinde enflamatuvar ve trombotik yolaklar üzerinden hastalağın şiddetine, aynı zamanda periferik bir vazodilatatör olan kalsiyum kanal duyarlaştırıcı Levosimendan (Simdax®, Daiichi Sankyo, Japan) etkisini biyokimyasal ve immünohistokimyasal veriler ile gözlemlemek olarak öngörülmüştür. Literatürde Levosimendan periferik vazodilatasyon mekanizması üzerinden TAO etkilerinin gözlemlendiği bir çalışma olmadığından, çalışmamızdan anlamlı sonuçlar elde ettiğimiz takdirde kardiyak olarak geniş kullanım alanlarına ulaşmış olan Levosimendan, Buerger hastaları için alternatif ve yeni bir tedavi olarak düşünülebilecektir. Materyal Metot: Proje için ortalama ağırlıkları 280-320 g olan 24 adet Wistar Albino cinsi erkek sıçan rastgele 4 guba ayrılmıştır. 1. grup kontrol grubu (cerrahi girişim yapılmış ancak işlem yapılmamış), 2. grup TAO grubu, 3. grup TAO+düşük doz Levosimendan (Simdax®, Daiichi Sankyo, Japan), 4. grup TAO+yüksek doz Levosimendan grubudur. Tüm sıçanların femoral arterleri cerrahi insizyon kullanılarak eksplore edilmiştir. Femoral arter proksimaline yerleştirilen arteriyel klemple femoral arterin kan akımı engellenmiştir. Ardından 1. gruba 0,1 cc salin enjekte edilip kapatılmıştır. 2. , 3. ve 4. gruptaki tüm hayvanlara 10mg/cc de olacak şekilde dozu ayarlanmış olan Sodium Laurate-Salin solüsyonundan her birine 0,1 cc olacak şekilde enjekte edilmiştir. Arteriyel klempler 15 dk bekletildikten sonra kaldırılmıştır. 3. gruptaki sıçanlara Sodium Laurate injeksiyonunu takiben 2. saatte Levosimendan düşük doz (12 mcg/kg %0,5 dekstroz 10cc ile) ve 4. gruptaki sıçanlara Levosimendan yüksek doz (24 mcg/kg %0,5 dekstroz 10cc ile) intraperitoneal enjekte edilmiştir. Sonraki 7 gün boyunca Levosimandan uygulaması (düşük doz Levosimendan grubu ve yüksek doz Levosimandan grubu için) aynı doz ve uygulama şekli ile devam edilmiştir. 1 hafta boyunca yapılan günlük gözlemler ile TAO oluşumu tüm sıçanlar için sınıflandırılmıştır. 1 hafta sonra tüm hayvanlar sakrifiye edilmek üzere tekrar anestezi altına alınmıştır. Sıçanların femoral arter dokularından biyopsi ile yapılan immünohistokimyasal incelemelerle MMP-3 (matrix metalloproteinase-3), MMP-9 (matrix metalloproteinase-9), ICAM-1 (intracelluler adhesion molecule-1), VCAM-1 (vascular cell adhesion molecule-1) bakılmıştır. Biyokimyasal olarak sıçanların plazmalarında RAGE (receptor for advanced glycationend proudocts), ET1 (endothelin 1), TXB2 (tromboksan B2), 6K-PGF1-alfa (6-ketoprostoglandin F1-alfa), HMGB1 (high mobility group box protein 1) düzeyleri ELISA yöntemi ile ölçülmüştür. Bulgular: TAO oluşturulan sıçanların serum örneğinde kontrol sıçanlara göre, RAGE %51; Endotelin-1 %58; Tromboksan B2 %57 oranında artış, buna karşılık 6K-PGF1-alfa ve HMGB1 düzeylerinde bir değişiklik saptanmadı. TAO+DD tedavi grubu serum örnekleri, kontrol grubundaki sıçanlar ile karşılaştırıldığında RAGE, Endotelin-1, Tromboksan B2, 6K-PGF1-alfa ve HMGB1 düzeylerinde bir değişiklik saptanmadı. Oysa; TAO oluşturulan sıçanlara göre; RAGE %43; Endotelin-1 %80; Tromboksan B2 %57 oranında azalış, buna karşılık 6K-PGF1-alfa ve HMGB1 düzeylerinde bir değişiklik saptanmadı. TAO+YD tedavi grubunda, kontrol grubundaki sıçanlar ile karşılaştırıldığında Endotelin-1 düzeylerinde anlamlı bir artış görülürken, RAGE, Tromboksan B2, 6K-PGF1-alfa ve HMGB1 düzeylerinde bir değişiklik saptanmadı. TAO oluşturulan sıçanlara göre; RAGE %57; Tromboksan B2 %67 oranında azalma, buna karşılık Endotelin 1, 6K-PGF1-alfa ve HMGB1 düzeylerinde bir değişiklik saptanmadı. Düşük doz tedavi grubunun biyokimyasal ve morfolojik olarak tedaviye yanıtının yüksek doz grubuna kıyasla daha iyi olduğunu, bununla beraber her iki tedavi grubunda da tedaviye yanıtın iyi olduğunu gözlemledik. TAO oluşturulan grupta, gözlemlenen immünohistokimyasal incelemelerde femoral arter çeperinde enflamatuvar (yangılı) belirteçler olan MMP3, MMP9, ICAM ve VCAM tutulumunu gözlemledik. Sonuç: Sonuç olarak; elde etiğimiz biyokimyasal, immünohistokimyasal veriler ve gözlemlediğimiz morfolojik bulgular ile Levosimendanın TAO tedavisinde etkinliğinin olumlu olduğunu gözlemledik. Çalışmamızın; TAO'nun tedavisinde Levosimendan etkinliğinin araştırılması ve doz çalışmalarının yapılması için düzenlenecek olan farklı ve yeni çalışmalara olumlu veriler sağladığını düşünmekteyiz.
Polifenolik bileşiklerin amiloid beta plak çözündürme etkinliklerinin diferansiye-SH-SY5Y hücrelerinde araştırılması ve diferansiye hücrelerin kan-beyin bariyer bütünlüğüne etkisinin in vitro olarak incelenmesi
Giriş: Alzheimer hastalığı (AH), özellikle beynin hipokampus ve korteks bölgelerini etkileyen nörodejenereatif bir hastalıktır. AH'nın kompleks patogenezi nedeniyle günümüzde henüz bir tedavisi bulunmamaktadır. Son yıllarda AH'de rol oynayan amiloid plak oluşumunu engelleyen/çözünmesini sağlayan çalışmalara odaklanılmıştır. Doğal polifenoller de sahip oldukları özellikleri ile bu alanda potansiyel ajanlar olarak öne çıkmaktadırlar. Amaç: •Farklı ajanlar kullanılarak SH-SY5Y hücrelerinde en iyi nöronal diferansiyasyonu sağlayan uygulamanın ve süresinin belirlenmesi. •EGCG, Punicalagin, Ellagic asid, Gastrodin/kombinasyonlarının Aβ agregasyonu çözündürme etkinliklerinin belirlenmesi. •Diferansiye edilmiş nöronal hücreler ile in vitro ikili, üçlü hücre kültürü ile kan beyin bariyer (KBB) modellerinin oluşturulması ve modellerin karşılaştırılması. • Polifenollerin Aβ1-42 plaklarını çözündürme etkinliklerinin oluşturulan KBB'inde incelenmesi. Yöntem: SH-SY5Y hücrelerinin diferansiyasyonu morfolojik inceleme ve immunfluoresan mikroskopi ile doğrulandı. Polifenollerin ve Aβ1-42 plaklarının diferansiye SH-SY5Y hücre canlılığına etkisi WST-1 analizi ile saptandı. EGCG, Punicalagin, Ellagic asid, Gastrodin/kombinasyonlarının Aβ agregasyonunu çözündürme etkinlikleri alan emisyon taramalı elektron mikroskobi, Tiyoflavin T ve agrege Aβ ELISA yöntemleri ile belirlendi. Üçlü ve ikili hücreler kullanılarak KBB modeli oluşturuldu ve KBB bütünlüğü transendotelyal elektrik direnci (TEER) değerleri ile değerlendirildi. Oluşturulan KBB'den polifenollerin geçişi Folin Ciocalteu yöntemi ile, Aβ çözündürme etkinlikleri Tiyoflavin T ve agrege Aβ ELISA analizleri ile değerlendirildi. Bulgular: SH-SY5Y hücrelerinin diferansiyasyonun RA+BDNF+dc-AMP+KCI+B27'den oluşan ortam içeriği ile 10 gün muamele edilmesi sonucunda gerçekleştiği saptandı. Polifenollerin hücrelerde % 90 canlılık gösteren dozlarında Aβ1-42 çözündürme etkinlikleri farklı zaman dilimlerinde değerlendirildi. Tüm polifenollerin farklı dozlarda Aβ plaklarını çözündürdüğü saptandı. Kombinasyon-1 ve Kombinasyon-2'nin tekli polifenol uygulanmalarına oranla 24 saate daha fazla oranda Aβ çözündürme etkisi olduğu saptandı (sırasıyla, %75 ve %64). Oluşturulan üçlü kültür modelinin, ikili modellere göre daha yüksek TEER değerine sahip olduğu saptandı ve KBB modeli için daha uygun olduğuna karar verildi (p<0,05). Aβ1-42 toksisitesi oluşturulan KBB modelinde, uygulanan polifenoller ile TEER değerlerinde artış olduğu ve membran bütünlüğünde iyileşme olduğu saptandı. Sonuç: Yapılan çalışmalar sonucunda, diferansiye SH-SY5Y hücreleri ile üçlü kültür sistemi kullanılarak in vitro AH modelini yansıtan bir KBB'i oluşturulmuştur. Oluşturulan üçlü KBB modelinde belirlenen Kom 1 ve Kom 2 polifenol uygulamalarının KBB'inden geçerek Aβ1-42 plaklarını çözündürdükleri saptanmıştır. Diferansiye hücreler ile ilk kez oluşturulan ve doğrulanan üçlü KBB modelinin ve polifenol kombinasyonlarının in vivo'ya daha yakın sonuçların elde edileceği in vitro araştırmalara ve AH tedavi stratejilerinin geliştirilmesine katkı sağlayacağını düşünmekteyiz.
Ankara bilkent şehir hastanesi sağlık çalışanlarında hepatit B virüs (HBV), hepatit c virüs (HCV), insan immun yetmezlik virüsü (HIV) seroprevalansı ve farkındalığının belirlenmesi
Amaç: Ankara Bilkent Şehir Hastanesi'nde çalışmakta olan sağlık çalışanlarının hepatit B virüsü (HBV), hepatit C virüsü (HCV) ve insan immun yetmezlik virüsü (HIV) seroprevalansını belirleyerek bu enfeksiyonların yaygınlığını ve sağlık çalışanlarının bağışıklık durumunu saptamak, hepatit B aşı gereksinimini belirlemek, bununla birlikte sağlık çalışanlarının HBV, HCV, HIV bulaş yolları ve korunmaya yönelik davranış bilgisi ve bu virüslerle enfekte hastalara karşı tutumunu değerlendirerek sağlık çalışanları için yeterli eğitim programları ve uygulama kılavuzları geliştirilmesi için kanıta dayalı öneriler sunmaktır. Gereç ve yöntem: 1 Ekim 2022 - 1 Mayıs 2023 tarihleri arasında Ankara Bilkent Şehir Hastanesi'nde çalışan hastalarla ve hasta çevresi (kan, doku ve vücut sıvıları ve bu maddelerle kirlenmiş tıbbi malzeme, ekipman veya çevresel yüzeyler) ile direkt teması olan doktor, hemşire, ebe, anestezi ve laboratuvar teknisyeni, fizyoterapist veya diş hekimlerinden oluşan 5138 sağlık çalışanının HBV, HCV ve HIV serolojik belirteçleri ve HBV'ye karşı aşılanma durumu incelenmiş; doktor ve hemşire meslek gruplarından 909 sağlık çalışanına HBV, HCV ve HIV bulaş ve korunma yolları bilgisi ve hastalara karşı tutumları hakkında yapılandırılmış bir anket uygulanmıştır. Analizlerde "IBM SPSS Statistic 22" programı kullanılmıştır. p<0,05 değeri istatistiksel olarak anlamlı kabul edilmiştir. Bulgular: Çalışmamızda sağlık çalışanlarında HBsAg prevalansı %1, anti-HCV prevalansı %0,019, anti-HIV prevalansı %0,1 olarak saptanmıştır. HBV aşılanma oranı %97,7; aşılanma sonrası antikor düzeyine bakılma oranı %89,7 olarak saptanmıştır. 12 adet bulaş ve korunma yolları bilgisi sorusunun doğru cevap ortancası 9'dur. 4 adet bulaşı önlemeye yönelik davranış bilgisi sorusunun doğru cevap ortancası 3'tür. Sağlık çalışanları arasında KDA yaralanma oranı %52 ve en sık yaralanma şekli enjektör kullanımı esnasında olarak bulunurken KDA yaralanma oranı doktorlar arasında hemşirelerden istatistiksel olarak anlamlı şekilde daha yüksek bulunmuştur (p<0,005). Bulaş ve korunma yolları bilgisi sorularına doktorlar hemşirelere göre istatistiksel olarak anlamlı şekilde daha fazla oranda doğru cevap verirken; bulaşı önlemeye yönelik davranış bilgisi sorularına ise hemşireler anlamlı şekilde doktorlardan daha yüksek oranda doğru cevap vermiştir (p<0,005). HIV ve HBV/HCV hastalarına bakım verme esnasında daha az kaygı duyanların ve bakım verme konusunda daha istekli olanların bulaş ve korunma yolları hakkında daha fazla bilgiye sahip olduğu saptanmıştır (p<0,05). Sonuçlar: Kan yoluyla bulaşan patojenler açısından yüksek risk altında olan sağlık çalışanları arasında HBV enfeksiyonuna yönelik bulaş yolları, aşı ve profilaksi varlığı bilgi düzeyinin yüksek olması hem aşılanma oranlarına hem de HBsAg prevalansının azalmasına yansımıştır. Anti-HIV prevalansının önceki çalışmalardan yüksek bulunması son yıllarda genel toplumda artan HIV prevalansının bir yansıması olarak değerlendirilip bu konu hakkında daha fazla önleme ihtiyaç olduğunu gösterebilir. Katılımcılar arasında bulaş yolları ve korunma bilgisi sorularına verilen doğru cevap oranlarına bakıldığında güvenli enjektör kullanımı, HIV ve HCV profilaksisi hakkındaki bilgi düzeyinin daha düşük olarak saptanması eğitim faaliyetlerinin bu yönde arttırılması gerektiğini gösterirken bulaş ve korunma yolları hakkında bilgi düzeyi arttıkça kaygı oranının azalması ve bakım verme isteğinin artması farkındalığın ve eğitimin önemine vurgu yapmaktadır.