DNAJC9 geninin meme kanserindeki ifadesi, genetik/ epigenetik alterasyonları ve prognostik değeri

Meme kanseri, dünyada kadınlar arasında görülme sıklığı en yüksek kanser türüdür. Heterojen yapıda ve kemoterapiye direnç mekanizmaları geliştirebilen bir kanser türü olması sebebiyle, meme kanserinin tedavisine, tanısına ve prognozuna yönelik hedef genlerin belirlenmesi önemlidir. Isı şoku proteinleri (HSP) son yıllarda sıklıkla kanserlerle ilişkili gösterilmektedir ve birçoğu biyobelirteç ve anti-kanser ilaç hedefi olarak önerilmiştir. DNAJC9, HSP ailesi üyesidir ve önceki çalışmalarda DNAJC9 ifadesi karsinogenez ve radyoterapi direnci ile ilişkili bulunmuştur. Bu çalışmada, DNAJC9 geninin ifadesi, genetik alterasyonları, promotor metilasyon düzeyi ve meme kanserinde sağ-kalıma etkisi meme hücre hatlarında ve meme kanseri klinik örneklerinde analiz edilmiştir. DNAJC9 geninin mRNA ifadesi, meme hücre hatlarında (BT-20, SK-BR-3, MDA-MB-231, ZR-75-1, MCF 10A) multipleks semi kantitatif-RT-PCR ve kantitatif-RT-PCR (Q-RT-PCR) yöntemleri ile incelenmiştir. MDA-MB-231 hücre hattındaki DNAJC9 mRNA seviyesi, tümörijenik olmayan meme epitel hücre hattına (MCF 10A) göre yüksek (>2kat) bulunmuştur. BT-20, ZR-75-1, SK-BR-3 hücre hatlarında, MCF 10A 'ya kıyasla anlamlı bir ifade farklılığı gözlenmemiştir. Meme kanseri klinik örneklerindeki DNAJC9 ifadesi, meme kanseri alt tiplerini de kapsayacak şekilde Breast Cancer Gene-ExpressionMiner (bc-GenExMiner v4.8) in siliko aracını kullanarak incelenmiştir. DNA mikroarray ve RNA-seq verisetlerine göre; DNAJC9 mRNA ifadesi, basal-benzeri, HER2-E, luminalB alt tiplerinde, normal meme-benzeri örneklere kıyasla anlamlı olarak daha yüksek bulunmuştur (P < 0.0001). DNAJC9 geninin genetik alterasyonları meme hücre hatlarında ve meme kanseri klinik örneklerinde, sırasıyla, dizileme yoluyla ve Sanger-COSMIC veri tabanında araştırılmıştır. Meme hücre hatlarında, DNAJC9 geninin kor promotor bölgesinde mutasyon tespit edilmemiştir. Sanger COSMIC (v95) veri tabanındaki bilgilere göre meme kanseri klinik örneklerinde de mutasyon oranı oldukça düşüktür (<%1). DNAJC9 geninin promotor bölgesi metilasyon durumu, birleşik bisülfitrestriksiyon analizi (COBRA) yöntemi ile meme hücre hatlarında analiz edilmiş ve metilasyon tespit edilmemiştir. Promotor metilasyon düzeyi, UALCAN in siliko aracı ile klinik örneklerde de incelenmiştir. Meme kanseri klinik örneklerinde, alt tiplere ait örneklerde ve normal örneklerde promotor bölgesi hipometile bulunmuştur (beta değeri<0.25). Çalışmanın son kısmında, DNAJC9 geninin mRNA ifadesinin hasta sağkalımına etkisi, DNA mikroarray ve RNA-seq veri setlerinde, Breast Cancer Gene-ExpressionMiner (bc-GenExMiner; v4.8) in siliko aracını kullanarak incelenmiştir. DNAJC9 mRNA ifadesi, meme kanseri hastalarında, tam sağ kalım (OS), hastalıksız sağ kalım (DFS) ve uzak metaztazsız sağ kalım (DMFS) değerlerini olumsuz etkilemektedir. Sonuç olarak, yüksek DNAJC9 ifadesi meme kanserinde olumsuz sağ kalım değerleri ile ilişkilidir ve bir biyobelirteç adayı olarak önerilebilir. Promotor metilasyonunun DNAJC9 gen ifadesine etkisinin olmadığını düşünmekle birlikte, histon modifikasyonları, miRNA'lar, antisens-RNA'lar gibi diğer epigenetik etmenlerin DNAJC9 ifadesine olan etkileri araştırılmalıdır. DNAJC9 geninin meme karsinogenezindeki öneminin daha iyi anlaşılması için fonksiyonel araştırmalara da ihtiyaç vardır.