E. coli'de porin proteinlerinin biyofilm oluşumunda rollerinin araştırılması

Biyofilmler, çevresel stres koşullarına karşı mikroorganizmaların oluşturduğu yaşam formlarıdır ve mikroorganizmalar için büyük bir avantajdır. Bu çalışmada Escherichia coli'nin biyofilm oluşumunda dış membranında bulunan porin proteinlerinin (OmpA, OmpC, OmpF, OmpG, OmpT, LamB ve PhoE) rolleri araştırımıştır. Ayrıca bu rolde çevresel faktörlerden pH (5.5, 6.0, 6.5, 7, 7.5 ve 8) ve bazı metallerin (Bakır, Nikel, Çinko) varlığının biyofilm oluşumuna etkisi de incelenmiştir. Elde edilen verilere göre, yabani tip E. coli'de görülmemesine rağmen ompA, ompC ve lamB mutant E. coli'nin farklı pH değerlerinde biyofilm oluşturduğu gözlemlenmiştir. pH 5.5, 6.0, 7, 7.5 ve 8 ortamlarında katı-sıvı ara fazında ompC mutant E. coli suşu biyofilm oluşturmaktadır. ompA mutant E. coli suşu ise hava-sıvı ve katı-sıvı ara fazlarında pH 6.5, 7, 7.5 ve 8 ortamlarında orta seviyede biyofilm oluşturmaktadır. lamB mutant E. coli suşu sadece pH 7 ve 7.5 ortamlarında katı-sıvı ara fazında biyofilm oluşturduğu tespit edilmiştir. E. coli W3110 ve ompF, ompG, ompT ve phoE porin mutantlarında farklı pH ortamlarında biyofilm oluşumu tespit edilmemiştir. Farklı metallerin varlığında yapılan biyofilm denemelerinde ise bakır, nikel varlığında cam tüpte ompA ve lamB mutant E. coli suşlarında biyofilm oluşumu metalsiz ortam denemeleriyle aynıdır. Bu yüzden bakır ve nikel varlığının biyofilm oluşumunda rollünün olmadığı tespit edilmiştir. Fakat ompC mutant E. coli suşunda bakır ve nikel varlığında daha kuvvetli biyofilm oluşumu tespit edilmiştir. Çalışmada kullanılan bir başka metal olan çinko varlığında ompA, ompC ve lamB mutant E. coli suşlarında ise ilginç bir sonuç alınmıştır. Çinko olmadığı zaman bu mutant suşlarda biyofilm oluşumu görülürken, çinkonun varlığında biyofilm oluşmadığı tespit edilmiştir. Yabani tip E. coli W3110, ompF, ompG, ompT ve phoE mutant suşlarında çalışılan tüm metallerde biyofilm tespit edilmemiştir. Dolayısıyla ompA, ompC ve lamB genlerinin yokluğu biyofilm oluşturma mekanizmasını tetiklediği tespit edilmiştir.