Kistik fibrozis teşhis ve tedavisinde kullanılacak RNA sekansında ileri veri analizleri

KF çok çeşitli klinik ve genetik varyantları olan, yaşamı sınırlayan, OR geçişli bir genetik hastalıktır. Epitelyal hücre zarı boyunca anormal klorür ve sodyum taşınmasına katkıda bulunan kromozom 7q'da'ki KF transmembran iletkenlik düzenleyicisindeki gen mutasyonlarından kaynaklanmaktadır. YND platformu tabanlı RNASeq tekniklerinin geliştirilmesi sonucunda son on yılda büyük ilerlemelerin kaydedilmesiyle bu teknikler sayesinde birçok biyolojik alanda araştırmalar hızlanmıştır. Bu çalışmada, RNASeq transkriptomik analizi yapılan, 2 ayrı veri kaynağından elde edilen toplamda 44 KF örneklerinde kendi belirlediğimiz pipeline ile birlikte RNASeq datasında mutasyon taraması ve ayrıntılı bir transkriptom yanıtın varlığının ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Birinci veri kaynağımızda epitelyal disfonksiyonu incelemek için birkaç in vitro KF modeli geliştirilerek stromal değişikliklere odaklanılarak morfolojik ve transkriptomik özellikler araştırılmıştır. İkinci veri kaynağımızda 'modifiye edici genlerin' olası etkisi nedeniyle, benzer KFTR mutasyonlarına sahip hastalar arasında bile hastalık şiddeti değişken olduğu için bu genleri belirlemek için, orta ve ağır akciğer fenotipi olan KF hastalarında analizler uygulanmıştır. Çalışmamızda kulladığımız 2 veri kaynağından varyant arama için kullandığımız GATK aracı ile daha fazla varyant elde ettik. Bu da literatür ile uyumludur. Her iki veri kaynağımızda yaptığımız varyant çağırma sonrasında, KF ile RNASeq datalarda anlamlı bir sonuç bulunamamıştır. Transkriptom analizimizde ise ilk veri kaynağnda toplamda 426 transkript 2D, 352 transkript de 3D durumunda, 2. veri kaynağımızda da 140 transkriptin yeniden düzenlendiği gösterilmiştir. İlk veri kaynağıyla uyumlu olarak WNT2 ve TBX4 genlerinin up regüle olduğu bulunmuştur. Diğer veri kaynağıyla uyumlu olarak çalışmada EGR1 ve CXCL8 genlerinin down regüle olduğu saptanmıştır. Literatür ile uyumlu olarak ZNF683 geninin ağır KF örneklerinde aşırı ekspresyona uğradığını gösterdik.