Kronik hepatit C hastalarında pyrosekanslama yöntemi ile hepatit C virusu (HCV) genotiplerinin belirlenmesi

Kronik viral hepatitler, günümüzde en önemli halk sağlığı problemlerindendir. Dünyada yaklaşık olarak 170-210 milyon kişinin Hepatit C Virusu (HCV) ile enfekte olduğu düşünülmektedir. Akut ve kronik hepatit, siroz ve hepatosellüler karsinoma gibi hastalıklar için en önemli risk faktörlerinden biri olan HCV, karaciğer hastalıklarının % 25-40 kadarından sorumludur. HCV, nükleotit dizileri birbirlerinden % 30'a kadar farklı olabilen 6 ana genotipe ve 80'den fazla subtipe ayrılmaktadır. Genotipler, HCV enfeksiyonunun nasıl seyredeceğinin öngörüsünü sağlayamaz ancak virusun genotipleri tedaviye yanıt kriteri olarak ve tedavi süresinin belirlenmesinde yol göstericidir. HCV genotiplerinin belirlenmesinde doğrudan dizi analizi, Ters Hibridizasyon, Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), tipe özgü Polymerase Chain Reaction (PCR), Pyrosekanslama ve Serotiplendirme gibi yöntemler uygulanmaktadır. Bunlardan Pyrosekanslama, DNA sentezi esnasında açığa çıkan pirofosfatların saptanması esasına dayanan yeni gerçek zamanlı kantitatif dizi analizi tekniğidir. Bu tezde, Pyrosekanslama yöntemi ile Elazığ ilindeki kronik hepatit C öntanısı/tanı olan hastaların HCV genotiplerinin belirlenmesi amaçlandı. Bu çalışmaya, Kronik Hepatit C ön tanısı / tanı ile takip edilen Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Merkez Laboratuvarına gönderilen 50 hastanın serum örnekleri dahil edildi. Anti-HCV yönünden pozitif olan bütün örneklerin HCV-RNA düzeyleri gerçek zamanlı PCR yöntemi (Taqman 48, Roche) ile araştırıldı. Örneklerden RNA izolasyonu üretici firmanın önerileri doğrultusunda otomatik izolasyon sistemi (EZ1, Qiagen) ile yapıldı. Örneklerde HCV genotip analizi Pyrosekanslama yöntemi ile belirlendi. HCV genotiplerinin 46 (% 92,0)'si genotip 1; 1 (% 2,0)'si genotip 3 olarak bulundu. Genotip 1 olarak bulunan 46 örneğin 41'i genotip 1b; 5'inin genotip 1a olduğu belirlenirken, 3'ünün alt tipi belirlenemedi. Sonuç olarak, hepatit C ile enfekte kronik hastalarda en yaygın genotipin 1b olduğu saptandı. Pyrosekanslama yöntemi ile HCV genotiplerinin belirlenmesi diğer DNA dizi analizi yöntemlerine kıyasla oldukça kısa sürmektedir. Bu durum ise rutin laboratuvarlarda uygulama kolaylığı sağlamaktadır. Pyrosekanslama yönteminin test birim fiyatı DNA dizi analizi yöntemlerinin test birim fiyatına yakın olup, ters hibridizasyon testlerine kıyasla ucuzdur. Fiyat ve süre açısından bakıldığında, tedaviye yanıt kriteri olarak ve tedavi süresinin belirlenmesinde önemli bir kriter olan HCV genotipleme için Pyrosekanslama yönteminin uygulanabileceği kanaatine varıldı. Anahtar kelimeler: Hepatit C virusu, kronik hepatit C, genotip, Pyrosekans