Kronik spontan ürtiker hastalarında bağırsak mikrobiyomunun metagenomik DNA profili

Giriş ve Amaç: Bağırsak mikrobiyomu (mikroorganizmaların genetik materyalinin tamamı); gastrointestinal sistemimizde (GİS) bulunan geniş bir bakteri, virüs, mantar ve protozoa topluluğudur. İntestinal mikrobiyotanın yararlı bakterilerinin bazı vitamin ve aminoasitlerin üretimi, bağışıklık sisteminin gelişmesi ve aktif halde tutulması gibi pek çok önemli görevi vardır. Disbiyozis, herhangi bir nedenle mikrobiyota kompozisyonunun değişmesi veya bozulması ve buna bağlı olarak fonksiyonlarının kaybolmasıdır. Diyet, ilaçlar (antibiyotikler, proton pompa inhibitörleri vb.), alkol, sigara ve beslenme alışkanlıkları gibi çeşitli etkenler intestinal mikrobiyotayı olumsuz etkileyebilmekte ve disbiyozise neden olmaktadırlar. Yapılan çalışmalarda bağırsak disbiyozisi; diyabet, hipertansiyon, obezite, otizm, inflamatuar bağırsak hastalıları ve depresyon gibi birçok hastalıkla ilişkilendirilmektedir. Mikrobiyom analizleri; akne vulgaris, sedef hastalığı ve atopik dermatit gibi bazı dermatolojik hastalıkların patogenezini açıklamak için de kullanılmıştır. Dermatolojik hastalıkların patogenezinde deri mikrobiyomunun dışında bağırsak mikrobiyomunun da rol oynadığı ortaya konulmuştur. Kronik ürtiker altı haftadan uzun süren, eritemli, ödemli, kaşıntılı plaklarla seyreden, bazen anjiyoödemin eşlik ettiği bir deri hastalığıdır. Toplumun neredeyse %1'ini etkiler, bu hastaların yaklaşık 2/3'ünü kronik spontan ürtiker (KSÜ) hastaları oluşturur. Kronik spontan ürtiker etiyolojisinde ilaçlar, gıdalar, enfeksiyonlar, sistemik hastalıklar gibi pek çok neden yer alabilirken idiyopatik de olabilir. Kronik spontan ürtiker, uyku bozukluğu ve iş gücü kaybına neden olarak yaşam kalitesini olumsuz etkilemektedir. Bu çalışmada, etiyolojisi açıklığa kavuşmamış olan KSÜ hastalığı ile bağırsak mikrobiyomu arasındaki olası ilişkinin sağlıklı bireylerle karşılaştırılarak belirlenmesi, KSÜ patogenezine ışık tutulması, yeni tanı ve tedavi yaklaşımlarına yardımcı olunması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bilinen bir sistemik ve/veya dermatolojik hastalığı olmayan, benzer yaş grubunda olan, en az 4 haftadır ilaç (antibiyotik, proton pompası inhibitörü vb), probiyotik/prebiyotik kullanmamış olan 20 KSÜ hastası ve kontrol grubu olarak aynı şartları taşıyan 10 sağlıklı birey bu çalışmaya dahil edilmiştir. Fekal örneklerden nükleik asit izolasyonunu takiben bakteriyel 16S ribozomal RNA (rRNA) geni hedef dizilemesi, universal bakteri 16S primerleri (V3-V4) kullanılarak Illumina MiSeq sistemi ile gerçekleştirilmiştir. Biyoinformatik işlemlerden sonra istatistiksel analizler (LefSe, alfa ve beta çeşitlilik) yapılmıştır. Varsayılan ayarlarla (p<0.05 ve LDA skoru>2) gruplar arasında önemli farklılık gösteren taksonlar belirlenmiştir. Bulgular: Kronik spontan üriker hastalarındaki Firmucites/Bacteroidetes oranının sağlıklı kontrol grubuna göre daha düşük olduğu saptandı (KSÜ hastalarında;0.95, sağlıklı gönüllülerde;1,69). Kronik spontan ürtiker hastalarında; Bacteroidetes Filumu ile Lachnospiraceae, Ruminococcaceae, Clostridiaceae family ve Intestinibacter, Megasphaera, Sutterella genus üyesi bakterilerin anlamlı düzeyde artmış olduğu görüldü (p<0.05 ve LDA skoru>2). Sağlıklı gönüllülerde ise; Bifidobacteriaceae, Lachnospiraceae, Ruminococcaceae, Veillonellaceae, Prevotellaceae, Coriobacteriacea family ile Clostridiales order ve Succinivibrio genus üyesi bakteriler istatistiksel olarak anlamlı düzeyde daha yüksek oranda saptanmıştır (p<0.05 ve LDA skoru>2). Alfa çeşitlilik analizinde, iki grup arasında anlamlı bir fark görülmemiştir (PD, Shannon ve Simpson indekslerine göre). Beta çeşitlilik analizinde iki grup arasında farklılık saptanmıştır (PC1 maksimum varyasyon oranı; Bray-Curtis Plot; %22.23, Bray Curtis Plot (Genus Level); %35.79). Sonuç: Dizi analizi sonuçlarında göre; KSÜ hastalarında Bacteroidetes, sağlıklı gönüllülerde ise Actinobacteria filumu üyeleri anlamlı oranda yüksek ve Firmucites/Bacteroidetes oranı ise KSÜ hastalarında daha düşük bulunmuştur. Sonuçta; KSÜ hastalığı ile bağırsak disbiyozisi arasında ilişki olduğu saptanmış olup, KSÜ patogenezinde disbiyozis önemli bir etken olarak değerlendirilebilir ve tedavide prebiyotik veya probiyotikler denenebilir. Literatürde bu konuyu irdeleyen yalnızca bir çalışmaya ulaşılabildiğinden, daha büyük ve kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır.