Momordica charantia bitkisinin içerdiği triterpenlerin vaskülarizasyonda görevli proteinlerle etkileşimlerinin in silico ortamda değerlendirilmesi

Anjiyogenez; tümör oluşum sürecinde yer alan oldukça önemli bir süreçtir. Bu süreçte yer alan ve tirozin kinaz reseptör ailesinin bir üyesi olan VEGFR1, tümör hücrelerinde VEGFA, VEGFB gibi ligandların reseptörü olarak bilinmektedir. SPARC proteini ise son zamanlarda çeşitli kanser türlerindeki metastazın etkeni olarak gösterilmektedir ve ayrıca anjiyogenezde de VEGF ligandlarının reseptörü olabileceği de gösterilmiştir. Agresif tümörlerde bu iki proteinin ekspresyonunun yüksek olduğu bilinmektedir. Momordica charantia; geleneksel tıpta oldukça sık kullanılan değerli bir bitkidir. Bitkinin çeşitli bölgelerinden elde edilen triterpenlerin, in vitro kanser çalışmalarında ümit vaad ettiği görülmektedir. Çalışmamızda; bu bitkideki olası triterpenlerin belirlenmesi adına literatür taraması yapılmış; meyve ve çekirdekte bulunan triterpenler seçilmiştir. Bu triterpenlerin 3D yapı dosyaları PubChem'den elde edilmiştir. Ligandların yapı dosyaları çeşitli programlar ile (Molecular Operating Environment, Chimera) hazırlanmış ve uygun dosya formatına çevrilmiştir. VEGFR1 ve SPARC proteinlerinin X-ray Difraksiyon ile oluşturulmuş yapı dosyaları RCSB Protein Data Bank'ten elde edilmiştir. Bu yapı dosyaları uygun programlar kullanılarak (Chimera, AutoDock Tools, Discovery Studio Visualizer) moleküler doking çalışmasına uygun hale getirilmiştir. AutoDock Tool ile doking işlemi gerçekleştirilmiş ve AutoDock Vina programı kullanarak sonuçlar skorlanmış, uygun pozlar seçilmiştir. In silico analizler sonucunda ortaya çıkan verilere göre; M.charantia bitkisinden elde edilebilecek çeşitli triterpenlerin, VEGFR1 ve SPARC proteinlerini ortak olarak inhibe edebileceği görülmüştür.