Kantitatif kütle spektrometri tabanlı proteomik için istatistiksel yöntemler ve araçlar

Yüksek hassasiyeti, uygulama çeşitliliği ve hızlı sonuçlarıyla öne çıkan kütle spektrometrisi organik ve biyokimyasal moleküllerin içerdikleri yapıların aydınlatılması, peptitlerin, proteinlerin ve oligonükleotitlerin mol kütlelerinin tayin edilmesi gibi maddelerin bağıl kütleleri üzerinden atom bileşimi ve dizilimi bulmak için moleküler ve hücresel biyoloji için vazgeçilmez bir araçtır.MSstats, hedefli ve veriden bağımsız proteomiklerdeki proteinlerin ve peptitlerin istatistiksel göreceli olarak nicelendirilmesi için açık kaynaklı bir R paketidir. Karmaşık tasarımlarla kromatografi esaslı kantifikasyon ile MS deneyleri için farklı bol proteinlerin tespit edilmesini, boşluk sınırı ve tespit sınırı (LOB / LOD), kalite kontrolün izlenmesi ve sistem uygunluk testi (SST) açısından MS testlerinin karakterize edilmesini sağlar. Kullanıcıların MSstats paketini kullanmak için R kurulumu yapmaları, R programlama dilini biliyor olmaları veya çevrimiçi olarak sunulan MSstats-Shiny'i kullanması gerekmektedir. Ancak birçok kullanıcı R programlama dilini bilmemektedir. Öte yandan, R programlama dilini bilen birçok kullanıcı ise R kurulumu ve kodlaması esnasında vakit kaybı yaşamaktadır. Bunların yanı sıra MS deney sonuçlarının mahremiyeti göz önünde bulundurularak çevrimiçiortamda değil sadece kendi lokal makinalarında kullanmak isteyen kullanıcılarda bulunmaktadır. Bu tezde, MSstats paketini herhangi bir programlama bilgisi olmadan, kurulumsuz ve çevrimdışıolarak kullanılabilecek,kullanım kolaylığı ile kullanıcılara vakit kazandıracak, analizlerin dışa kapalı lokal bilgisayarda yapılması ile mahremiyetde sağlayacak bir masaüstü uygulaması geliştirilmiştir.Bu araç, R ve Java programlama dillerinin senkronize çalışması ile geliştirilmiştir.Java ve R programlama dilleri ile MSstats-J-Plugin adında bir arayüz hazırlanmıştır. Bu arayüz sayesinde sonuçlar işlenerek, anlamlandırılmakta, görselleştirilmekte ve nihayetinde kullanıcıya sunulmaktadır.MSstats-J-Plugin'de kütle spektrometre verilerinin analizi dört temel adımda gerçekleştirilir. Bunlar "veri yükleme", "veri işleme", "grup karşılaştırma" ve "örnek boyutu tasarlama"dır. Ücretsiz ve açık kaynak kodlu olarak geliştirilen MSstats-J-Plugin, internet ortamında herkesin erişime açık olarak tasarlanmıştır.