Urasil ve 5-sübstitüye türevlerinin yapılarının kuantum kimyasal yöntemlerle incelenmesi ve bazı termodinamik niceliklerinin hesaplanması

Urasil, RNA' nın yapısında bulunan dört nükleobazdan birisidir. Urasil ve 5-XU (X=F, Cl, Br, I, CH , NO , NH ) türevlerinin, ilgi çekici biyolojik ve kemoterapotik özellikler sergilediği tespit edilmiştir. Bu çalışmada, urasil ve 5-XU (X=F, Cl, Br, I, CH , NO , NH ) türevlerinin Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi (DFT), B3LYP metodu ve 6-31G(d,p) ve 6-311++G(3df,pd) baz setleri kullanılarak minimum enerjili yapıları elde edilmiştir. Minimum enerjili yapılardan başlayarak, titreşim dalgasayıları hesaplanmıştır. Urasil halkasının 5. konumuna farklı yerleşimlerin atomik yük, geometrik yapı ve titreşim dalgasayılarına etkisi incelenmiştir. Urasil ve urasilin türevlerinden 5-aminourasil molekülünün bütün totomerik yapıları optimize edilmiş ve en kararlı totomerik yapıları belirlenmiştir. Ayrıca G2,G3 ve G3B3 Gaussian metodları kullanılarak urasil ve 5-XU (X=F, Cl, Br, I, CH , NO , NH ) türevlerinin termodinamik özellikleri incelenmiştir. Bütün hesaplar Gaussian 09 programında yapılmıştır. Hesapların deneysel sonuçlarla karşılaştırması yapılmıştır. Yapılar, titreşim dalgasayıları ve entalpi, ısı kapasitesi gibi termodinamik nicelikler deneyle karşılaştırılmış ve hesaplanan yapı ve niceliklerin deneysel büyüklüklerle uyum içinde olduğu görülmüştür.