34
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Archived Theses
Kolorektal kanserde macc1-as1 gen mutasyonlarinin moleküler yöntemlerle araştirilmasi
Kolorektal kanser, batıda en sık gözlenen ölüm nedenlerinden biridir. Yakın zaman önce keşfedilmiş MACC1 (metastaz-bağlantılı kolon kanser -1), HGF/Met yolağının anahtar düzenleyicisidir ve kolorektal kanserde yüksek oranda ifade olmaktadır. MACC1 geninin altıncı intronunda MACC1-AS1 karşıt anlamlı RNA bölgesi bulunmaktadır. Bu çalışmada, kodlanmayan MACC1-AS1 RNA?sının ikincil yapısı RNAFold, MACC1 mRNA?sı ile arasındaki sarmal oluşumu ise IntaRNA adlı programlarla analiz edilmiş ve MACC1 gen ifadesinin kontrolünde rol almaya uygun yapısı nedeniyle kolorektal kanserde gözlenen MACC1?in yüksek ifadesi ile ilişkili olabileceği kanısına varılmıştır. Konu ile ilgili açık bir bilgi bulunmamaktadır . Dolayısıyla, bu çalışma MACC1?in kodlanmayan bölgesindeki (MACC1-AS1) olası genomik değişimler ve kolorektal kanser gelişimi arasındaki bağlantıyı araştıran ilk çalışmadır. Bu çalışma 104 kontrol ve 96 kolorektal kanserli bireyin katılımıyla gerçekleştirilmiştir. Kan örneklerinden elde edilen genomik DNA PCR (Polymerase Chain Reaction) yöntemiyle çoğaltılmış ve Tek Zincir Konformasyon Polimorfizmi (SSCP) ile analiz edilmiştir ve kodlanmayan MACC1-AS1 bölgesindeki olası değişiklikleri araştırmak için dizin analizi gerceklestirilmistir. Kontrol ve hasta örneklerinde ekzon 1?de, üç farklı banddan (1, 2, 3) oluşan 6 genotip (1, 2, 3, 1&2, 1&3, 2&3) gözlemlenmiştir. Dizin analizi neticesinde genotip 1?in bir A eklenmesi ve ayrıca GT eklenmesi (rs200028381), genotip 2?nin ise G>A yer değişimi ve A eklenmesi barındırdığı görülmüş; ancak, genotip 3?te bir farklılık bulunamamıştır. Ancak, bu değişimler ve kolorektal kanser arasında anlamlı bir ilişki gözlenememiştir. Bu çalışma moleküler teknikler kullanılarak kolorektal kanserde MACC1-AS1 gen mutasyonlarının araştırıldığı ilk çalışmadır. Ancak kolorektal tümörler ve MACC1-AS1 RNA ifadesi arasındaki bağlantıyı anlayabilmek amacıyla immünohistokimya, Western blotlama ve mRNA ifade analizi gibi ileri analizlere ihtiyaç olduğu görülmüştür.
Ovariektomize sıçanların uterusu üzerinde proteazom önleyici bortezomib (Velcade)'nin koruyucu etkileri: Histolojik ve immünohistokimyasal çalışma
Bortezomib, intrasellüler proteinlerin birçoğunun degradasyonundan sorumlu olan proteozomugeri dönüşümlü olarak inhibe ederek, antitümör özellikler gösteren bir ajandır. Bortezomib bazı yan etkileri veya kemoterapik etkileri bilinmesine rağmen yaşlanma periyodunda (menopoz sonrası) proteozom inhibisyonunun farklı dokulardaki etkileri üzerine literatürde yeterince araştırma bulunmamaktadır. Bu nedenle çalışmada, menopoz sonrası bortezomib kullanım güvenliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Bortezomib'in post-menopozal etkileri overektomize Sprague Dawley cinsi dişi ratlarda araştırıldı. Çalışma her grupta 6 denek olmak üzere sağlıklı kontrol, overektomi grubu ve overektomi+bortezomib gruplarından oluşturuldu. Overler çıkarıldıktan 0.2 mg/kg bortezomib inrtaperitonal olarak haftada 2 gün olmak üzere 4 hafta boyuncauygulanmıştır. Bu ratların uterus dokuları morfometrik, histopatolojik ve immünohistokimyasal yöntemler ile incelendi. Östrojen eksikliğinin hem endometriyumda hemde miyometriyumda belirgin atrofiye sebep olduğu gözlendi. Bortezomib uygulaması, endometriyumu kısmen koruduğu hem morfometrik hemde histopatolojik açıdan tesbit edildi. Yapılan immünohistokimyasal incelemede, proteozom inhibisyonuna rağmen endometriyumda sitoplazmikNF-κB aktivitesinin etkileri gözlendi. Bu bulguların ışığında, bortezomib'in post-menopozal dönem süresince kullanımının kısıtlı bir koruyucu etkisinin olduğunu söylenebilir.
Febril nötropenik hastalarda fungal etkenlerin varlığının farklı mikrobiyolojik yöntemlerle araştırılması
Nötropenik hastalarda fungal enfeksiyonların prognozu erken tanı ile yakından ilişkilidir. Bu çalışmada febril nötropenik hastalarda fungal etkenlerin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamıza Dahiliye Hematoloji Kliniğinde Febril Nötropeni tanısıyla takip edilen hematolojik maligniteli, kemoterapötik ilaç kullanan 101 erişkin hasta (64'ü kadın, 37'si erkek) dahil edildi. Hastalardan en az bir en çok beş olmak üzere, en fazla 199 atak boyunca gönderilen klinik örneklerde direkt mikroskobik inceleme ve kültür yapıldı. Bu hastaların her atağında, bir hafta içinde ardışık iki kere gönderilen serum örneklerinde ELİSA yöntemi ile galaktomannan (GM) antijeni ve plazma örneklerinde real-time PCR yöntemi ile Aspergillus fumigatus ve Candida albicans DNA'sı araştırıldı. Avrupa Kanser Araştırma ve Tedavi Örgütü/Mantar Çalışma Grubu sınıflandırmasına göre takip edilen 199 atağın %1,5'u kesin invaziv aspergilloz (İA), %4'ü kandidemi olmak üzere, toplam %5,5'u kesin invaziv fungal enfeksiyon (İFİ), %4'ü yüksek olasılıklı İA, %4'ü düşük olasılıklı İA olarak tanımlandı. Kalan %86,5'i İFİ açısından riskli bulunmadı. Kan kültürü gönderilen 194 atağın %4.1'inde, kateter kültürü gönderilen 12 atağın ise %25'inde Candida spp. üredi. GM antijen testinin index değeri 0.5ng/ml olarak kabul edildiğinde; GM antijeni %86.43 atak boyunca negatif, %7.03 atakda bir pozitif, %5.52 atak da ardışık iki ve daha fazla pozitif, %1 atakda herhangi iki serumda pozitif bulundu. Hastaların 199 atağından %98.5'inde C. albicans DNA'sı saptanmazken, %1'inde bir pozitif, %0.5'inde ardışık iki ve daha fazla pozitiflik saptandı. Atakların %81.9'unda A. fumigatus PCR sonuçları negatif, %16.08'inde bir pozitif, %1'inde herhangi iki serumda pozitif, %1 atakta ise ardışık pozitiflik saptandı. Kesin İA olarak tanımlanan üç hastanın, GM antijen testi her üç hastada da ardışık pozitif bulundu. A. fumigatus PCR testleri ikisinde negatif, birinde ardışık pozitif bulundu. Febril nötropenik hastalarda fungal etkenlerin saptanması için konvansiyonel, serolojik ve moleküler yöntemlerin birlikte kullanılması gerektiğini düşünmekteyiz.
TRPM2 iyon kanallarını kontrol eden miRNA'ların glioblastoma multiforme doku örneklerinde gen ifadesi ve glioblastoma kültür hücrelerinde TRPM2 kanallarının elektrofizyolojik karakterizasyonu
TRPM2 İYON KANALLARINI KONTROL EDEN miRNA'LARIN GLİOBLASTOMA MULTİFORME DOKU ÖRNEKLERİNDE EKSPRESYONU VE GLİOBLASTOMA KÜLTÜR HÜCRELERİNDE TRPM2 KANALLARININ ELEKTROFİZYOLOJİK KARAKTERİZASYONU Nurcan ŞAHİN DEMİR Yüksek Lisans Tezi, Fizyoloji Anabilim Dalı Tez danışmanı: Prof. Dr. Ramazan BAL Haziran 2014, 46 sayfa Dünya sağlık örgütü, Glioblastoma multiformeyi (GBM) şiddetlerine göre 4 evreye ayırmıştır. Bunlar evre I, evre II, evre III ve evre IV tür. Bu sıralamaya göre I. evre tümörler en az şiddetli, IV. evre tümörler ise en agresif tümörler olarak bilinmektedir. TRP iyon kanallarının çok çeşitli doku ve hücre gruplarında iyon dengelenmesi ve farklı uyartılara karşı hassas olabilme gibi çeşitli fizyolojik olaylardan sorumlu olduğu bilinmektedir. TRP iyon kanallarının çoğunluğu seçici olmayan katyon kanallarına sahip iken, bazıları Ca2+ iyonlarını oldukça seçici bazıları da Mg2+ iyonlarına karşı geçirgen özellik taşımaktadır. MikroRNA (miRNA) lar yaklaşık 18-24 nükleotid uzunluğunda küçük RNA molekülleridir. miRNA'lar hücrede proliferasyonu, hücre farklılaşması veya hücre ölümü gibi homeostatik süreçlerde önemli roller oynarlar. Yapılan çalışmalarda miRNAların bazılarının tümör baskılayıcı özelliklerinin yanı sıra bazı miRNA larında onkogenik özelliklerinin olduğu gösterilmiştir. Bu çalışmanın amacı, farklı evrelerdeki glioblastoma hastalarından alınan arşiv materyallerinde TRPM2 genini hedefleyen miR-4755-3p ve miR-423-5p nin ifadesi seviyeleri RT-PCR tekniğiyle araştırılmıştır. Glioblastoma hücre hattı olan U87 de TRPM2 iyon kanallarının varlığı, yama-kenetleme (patch-clamp) tekniği ile gösterilmiştir. Normal beyin dokusu olmadığından 4. evredeki hastaların miR-4755-3p ve miR423-5p ifade değerleri 1 olarak kabul edilmiş ve diğer evredeki hastaların miR-4755-3p ve miR423-5p ekspresyon değerleri evre 4 e göre kıyaslanmıştır. miR-4755-3p ve miR-423-5p nin ekspresyonlarının evre 2 de azaldığı gözlenmiştir. Tüm hücre (whole-cell) akımı kısmen N-(p-amylcinnamoyl) anthranilic acid (AAC) (50µM) tarafından inhibe edilmiştir. ACA'ya duyarlı bu akım, TRPM2 akımı olarak tanımlanmıştır. Anahtar Kelimeler: Glioblastoma, Kanser, miRNA, Patch-Clamp, TRPM2
Antinükleer antikorların immünolojik tanı yöntemleri ile araştırılması
Konnektif Doku Hastalıkları'nın birçoğunda çok sayıda otoantikor varlığı gösterilmiştir. ANA başlığı altında toplanan, hücre nükleusu ve/veya sitoplazmasındaki nükleer komponentlere karşı gelişen antikorlar; Romatoid Artrit, Sistemik Lupus Eritematozus, Sjögren Sendromu, Dermatomiyozit/Polidermatomiyozit gibi sistemik otoimmün hastalıkların tanısında çok önemlidir. ANA pozitifliğinin saptanması amacıyla farklı yöntemler kullanılmaktadır. Çalışmamıza Dahiliye Romatoloji Bilim Dalı'nda konnektif doku hastalığı ön tanısı ile araştırılan 145 (%75.9) kadın, 46 (%24.1) erkek olmak üzere toplam 191 hasta dahil edildi. Hastalardan alınan serum örneklerinde anti nükleer antikor'ları, IFA ve İmmünoblot yöntemleri ile araştırıldı. IFA yöntemiyle hastaların 76'sında (%39.8) ANA pozitifliği saptandı, 115 (% 60.2) hastada ANA negatif olarak belirlendi. Pozitif saptanan hastaların 28 (%36,8)'i homojen, 11', (%14.5) ince granüler, 10'u (%13.2) nükleolar, 8'i (%10.5) homojen/sitoplazmik, 7'si (%9.2) iri granüler, 3'ü (%4.0) ince granüler /nükleolar, 2'si (%2.6) Jo-1, 2'si (%2.6) anti-sentromer, 2'si (%2.6) nüklear dot, 1'i (%1.3) nüklear dot/ sitoplazmik, 1'i (%1.3) nükleer membran, 1'i (%1.3) sitoplazmik patern olarak belirlenmiştir. İmmünoblott yöntemiyle hastaların 95'inde (%49.7) bir yada birden fazla alt grup antikoru pozitif, 96'sında (%50.3) negatif olarak saptandı. ANA saptanması için IFA yöntemi altın standart olarak kabul edildiğinde; immunoblot yönteminin sensivitesi % 77.63, spesifitesi %68.70, pozitif prediktif değeri %62.11, negatif prediktif değeri %82.29 olarak saptandı. Sonuç olarak IFA yöntemi ile nükleer ve stoplazmik antijenlere karşı gelişen birçok antikor saptanabilmesine rağmen, iyi deneyim gerektirmektedir. İmmünblot tekniği ile alt gruplar ayırt edilebilmektedir. IFA ve immunblot testlerinin tamamlayıcı testler olarak laboratuarlarda birlikte kullanılması gerektiğini düşünmekteyiz.
Hastayı algılama ve hasta kavramı oluşturma bağlamında türk ve fransız hekimlerin karşılaştırılması
Tez çalışması çerçevesinde Türk ve Fransız hekimlerin hastalarını nasıl algıladıkları ve zihinlerinde nasıl bir hasta kavramı oluşturdukları hakkında karşılaştırmalı bir değerlendirme yapılmıştır.Bu bağlamda 50 Türk ve 25 Fransız hekim üzerinde yürütülen araştırmanın sonuçları kısa ve genel olarak aşağıdaki gibi ifade edilebilir:Türk hekimler insani meziyetlerini ve zaaflarını işlerine daha fazla yansıtmakta, hastalarını kimi olumsuz niteliklere sahip ve yetersiz olarak değerlendirmekte, tıbbi ilişkide paternalist davranmaya eğilim göstermektedir.Fransız hekimler ise profesyonel kimliklerini ön planda tutmakta, hastalarının tıbbi ilişkide avantaj sağlayan nitelikleri taşıdığını düşünmekte ve onlardan bu ilişkide daha yüksek aktivite beklemekte, özerkliğe saygı konusunda duyarlı davranmaktadır.Anahtar Sözcükler: Hasta kavramı, Hasta-hekim ilişkisi, Tıp etiği, Sağlık sosyolojisi.
Hipertansif ve normotansif bireylerde anjiyotensin dönüştürücü enzim ve G proteini sinyal düzenleyici 2 genlerindeki polimorfizmlerin incelenmesi
Amaç: Hipertansiyon yol açtığı morbidite ve mortaliteden dolayı önemli bir halk sağlığı problemidir. Etiyolojisine göre primer (esansiyel) ve sekonder hipertansiyon şeklinde iki gruba ayrılmaktadır. Sekonder hipertansiyon daha az sıklıkta görülmekte olup, nedeni belirlenebilirdir. Esansiyel hipertansiyonun temel nedeni bilinmemektedir. Biz de çalışmamızda, esansiyel hipertansiyonun genetik etiyolojisini aydınlatmaya yönelik, ACE I/D polimorfizmi ve RGS2 gen polimorfizmlerinin hipertansiyonla ilişkisini araştırmayı amaçladık. Gereç ve Yöntem: Çalışmamıza 53 esansiyel hipertansiyonlu ve 53 normotansif olmak üzere 106 birey dahil edildi. ACE I/D polimorfizmi ARMS yöntemiyle değerlendirilir iken RGS2 gen polimorfizmlerini incelemek üzere için dizi analizi yapılmıştır. Bulgular: Hipertansiyon aile öyküsü, alkol kullanımı ve beden kitle indeksi ile ilişkili saptandı (p<0,05). ACE I/D polimorfizminin hem beden kitle indeksi hem de hipertansiyon arasında anlamlı bir ilişki saptanmadı (p>0,05). RGS2 geninde, 2?si yeni olmak üzere 10 adet polimorfizm saptandı. RGS2 geninde saptanan polimorfizmler ile hipertansiyon arasında anlamlı bir ilişki saptanmadı (p>0,05). Sonuç: Hipertansiyonun ACE I/D polimorfizmi ve RGS2 gen polimorfizmleri ilişkisini anlamsız saptadık. RGS2 geninin 5? üstü bölgesinde, başka çalışmalarda rastlamadığımız 2 adet yeni polimorfizm saptadık. Bu çalışma bir ön çalışma niteliğinde olup, daha geniş hasta grubunun genetik analizinin yapılması ve saptanacak değişimlerin gen ifadesi üzerindeki etkilerinin değerlendirilmesi literatüre katkı sağlayacaktır. Anahtar Sözcükler: Anjiyotensin Dönüştürü Enzim, Esansiyel hipertansiyon, G proteini sinyal düzenleyici 2, I/D polimorfizmi.
Çocuklarda viral solunum yolu enfeksiyonlarının multipleks real-time polymerase chain reaction (PCR) ve direkt immunfloresan test ile araştırılması
Viral solunum yolu enfeksiyonları, bütün dünyada çocuklarda morbidite ve mortalitenin önemli bir sebebidir. Bu çalışmanın amacı alt solunum yolu enfeksiyonu sebebiyle hastaneye yatırılan çocuklarda viral enfeksiyonların sıklığının multipleks real-time PCR ve direkt immunfloresan assay (DFA) ile araştırılmasıdır. Eylül 2012 ve Mart 2013 tarihleri arasında 17 yaş ve altındaki 158 çocuktan flocked eküvyon (Copan Diagnostics, Italy) ile nazofaringeal sürüntü örnekleri toplanmıştır. Örnekler 13 solunum yolu virusunun tespiti için multipleks real-time PCR (ARVI Screen Real-TM, Sacace, Italy) ve respiratory syncytial virus (RSV), human metapneumovirus (hMPV), adenovirus ve parainfluenza virus (PIV) antijeni tespiti için DFA testi (Argene SA, France) ile analiz edilmiştir. Multipleks real-time PCR test ile 158 hastadan 114?ünün (%72.2) en az bir virus için pozitif olduğu bulunmuştur. Koenfeksiyon bütün hastaların 49?unda (%31) gözlenmiştir. Rhinovirus en yaygın virus olup 44 (%27.8) hastada tespit edilmiştir, bunu RSV (%17.7), adenovirus (%17.7), hMPV (%10.1), PIV 4 (%9.4), PIV 1 (%7.5), human bocavirus (%6.3), human coronavirus (HCoV) OC43/HKU1 (%4.4), PIV 2 (%3.1), PIV 3 (%3.1) ve HCoV 229E/NL63 (%1.8) izlemiştir. Real time PCR testine göre DFA testinin sensitivitesi RSV, hMPV, adenovirus ve PIV için sırasıyla %85.7, %75, %46.4 ve %70.4 ve spesifitesi %96.2, %96.5, %89.4 ve %94.7 bulunmuştur. Sonuç olarak çalışma grubumuzda viral solunum yolu enfeksiyonları %72.2 gibi yüksek bir oranda tespit edilmiştir. Gereksiz antibiyotik tedavisinin azaltılması ve nozokomiyal virus yayılımının önlenmesi için viral solunum yolu enfeksiyonlarının erken tanısında multipleks real-time PCR testinin yapılması önerilir ve daha hızlı test olan DFA testi de özellikle RSV ve hMPV için kullanılabilir.
Akciğer kanseri ve sigara içimi ile soluble human leucocyte antıgen-g seviyeleri arasındaki ilişkinin araştırılması
Akciğer kanseri 20. yüzyılın sonlarında itibaren önlenebilir ölümler arasında giderek artan bir orana sahip olmaya başlamıştır (1). Global olarak akciğer kanseri erkeklerde en fazla tanı konan ve en sık ölüme neden olan kanserdir. Bayanlarda ise en sık tanı alan dördüncü kanserdir ve en sık ikinci kanser kaynaklı ölüm nedenidir. (2). HLA-G ilk kez trofoblastlarda gösterilmiştir. İmmun sistemi baskılayıcı özelliği nedeniyle dolaşımdaki formu sHLA-G birçok araştırmacı tarafından farklı malignitelerde biobelirteç özelliği yönüyle araştırma konusun olmuştur. Çalışmamızda gruplar arasında sHLA-G seviyelerini karşılaştırarak akciğer kanseri için bir biyobelirteç olup olamayacağını ve sigara kullanımının sHLA-G seviyeleri üzerine etkisini belirlemeyi amaçladık. Çalışmaya kabul ve red kriterlerine göre akciğer biyopsi materyali patolojik olarak malign sonuçlanan 62, benign sonuçlanan 18 hasta ve sigara kullanan 40 ve kullanmayan 31 sağlıklı birey dahil edilerek dört grup oluşturulmuştur. Gruplar arasında ve grup içinde sHLA-G seviyeleri ile hastların sigara içme alışkanlıkları, yaşları ve patoloji sonuçları ile ilişkileri araştırılmıştır. Yapılan analizler sonucunda sigara kullanmayan kontrol grubu ile malign tanı almış hasta grubu arasında sHLA-G seviyeleri bakımından istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmuştur. Diğer değişkenler için ise gruplar arasında anlamlı fark elde edilememiştir. sHLA-G ile ilgili birçok malign hastalıkta çalışmalar yapılmış olup akciğer kanserleri üzerinde etkisi ile ilgili çalışmalar kısıtlıdır. Çalışmamız sonucunda elde ettiğimiz verilere göre sHLA-G akciğer kanseri tanısını kolaylaştıracak bir biyobelirteç olarak görülmektedir ve seviyeleri sigara kullanımından bağımsızdır.
Antifungal ajanların candida türleri ile uyarılmış periferal kan mononükleer hücrelerinden sitokin salınımına etkisi
Geniş spektrumlu antibiyotiklerin daha yaygın kullanımı, organ nakillerinin daha sık yapılması gibi nedenler bağışıklık sistemi baskılanmış hastaların sayısının ve bu tür hastalarda kandidoz varlığının her geçen gün artış göstermesine neden olmaktadır. Candida infeksiyonuna karşı oluşan bağışıklıkta, sitokinler de dahil olmak üzere, pek çok faktör rol oynamaktadır. Antifungal ajanlar immün hücrelerele etkileşime girebilmektedir. Bu çalışmamızda; vorikonazol, kaspofungin ve itrakonazol gibi antifungal ajanların. C.albicans ve C. krusei ile uyarılan insan periferal mononükleer hücrelerinden (MNH) sitokin salınımında oluşturduğu değişikliklerin belirlenmesi amaçlanmıştır.İnsan MNH izolasyonu Ficoll-hypaque density gradient centrifugation yöntemi ile yapıldı. İnsan MNH kültür üst sıvılarında IL-2, IL-6, IL-10, IL-17, IL-22, IL-23, IFN-? ve TGF-ß sitokin düzeyleri ELISA yöntemi kullanılarak belirlendi.Çalışmamızın sonuçlarına göre vorikonazol, itrakonazol ve kaspofungin varlığında IL-2, IL-6, IL-22, IL-23, IFN-? düzeylerinde istatistiksel olarak anlamlı artış, IL-10 ve IL-17 düzeylerinde istatiksel olarak anlamı bir değişiklik gözlenmemiş olup, TGF-ß düzeyinde ise azalma gözlenmiştir.Çalışmamızın sonuçları, Candida türleri ile uyarılmış insan MNH'leri üzerine antifungal ajanların immunomodülatör etkisi olduğunu düşündürmektedir. Antifungal ajanlarla MNH etkileşimi Th1 tip sitokin yanıtı oluşumuna neden olmuştur. İmmün hücrelerden sitokin salınımı da fungal patojenlerin yok edilmesinde önemlidir. Bu nedenle, sitokinler özellikle Candida infeksiyonlarının tedavisinde antifungal ajanlarla beraber kullanılabilecek yeni tedavi yaklaşımı olarak önem taşımaktadır.