9
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Antimikrobiyal peptitlerin antikanser özelliklerinin In Siliko yöntemler ile araştırılması
Amaç: Bu çalışma, antimikrobiyal peptitlerin (AMP) kanser tedavisindeki potansiyellerinin öngörülebilmesi amacıyla çeşitli in-silico yöntem ve araçları kullanarak bir süreç geliştirmeyi hedeflemektedir. Geliştirilen bu süreç sonucunda 10.000 AMP'nin antikanser etkinliklerinin ve fizikokimyasal özelliklerinin tahmini gerçekleştirilecektir. Ayrıca, sonuçların AMP'lerin olası ikili etkilerine ışık tutması beklenmektedir. Yöntem: Ana (eğitim) veri seti kullanılarak araştırmacı tarafından özellik seçimi yapılmış olup bir makine öğrenimi modeli eğitilmiştir. Bu model antikanser etkinliğinin tespit edilmesi için çalışmanın temelini oluşturmaktadır. Model performansı temel başarı metrikleri ile ölçülmüştür. Sonuçların normal dağılım gösterme durumları Shapiro-Wilk testi ve farklı veri setlerindeki performansları da MANOVA testi ile değerlendirilmiştir. Bunun yanı sıra, peptit sekanslarının kümeleme işlemleri, fizikokimyasal özelliklerin tahmini ve üç boyutlu homoloji modellemesi için kullanılan bağımsız araçlar da bu sürecin bir parçası olarak entegre edilmiştir. Bulgular: En başarılı model, rastgele orman algoritması ile amino asit ve dipeptit kompozisyonu özellik kombinasyonuyla elde edilmiştir. Geliştirilen makine öğrenimi modeli bağımsız (validasyon) veri setinde %79,5 doğruluk göstermiştir. Eğitilen modelin ana ve bağımsız veri setlerindeki performansları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmamaktadır. Ayrıca, deneysel veri setinde test edilen 10.000 peptitten antikanser etkinliği tespit edilen ve optimal fizikokimyasal özellik gösteren 1648 peptit keşfedilmiştir. Sonuç: Elde edilen bulgular, AMP'lerin antikanser özelliklerinin daha iyi anlaşılması ve bu peptitlerin kanser tedavisindeki potansiyel uygulamalarının geliştirilmesi için değerli bilgiler sunmaktadır.
Temozolomid (TMZ) dirençli ve normal Glioblastoma Multiforme (GBM) hücre hatlarında donafenib ve radyoterapi uygulamasının hücre sağkalımı açısından değerlendirilmesi
Amaç: Glioblastoma Multiforme (GBM), merkezi sinir sisteminin (MSS) en agresif ve sık görülen malign beyin tümörüdür. Donafenib (DNF), küçük moleküllü bir multikinaz inhibitörüdür. Çalışmamız, DNF'nin Raf/MEK/ERK sinyal yolağını kullanabileceği hipotezinden yola çıkarak; radyoterapi (RT) ve Temozolomid (TMZ) uygulamasıyla DNF'nin; tümör hücre sağkalımı ve bu yolak üzerindeki etkisinin değerlendirilmesi üzerine kurgulanmıştır. Yöntem: Çalışmamızda kullanılan GBM hücre hatları; TMZ'ye duyarlı U87MG ve dirençli T98G hücre hatları olarak belirlendi. Deney gruplarımız; Kontrol (K), Çözücü (Ç), TMZ, DNF, TMZ+DNF, TMZ+DNF+RT ve kliniği taklit etmek adına RT, TMZ+RT'ye ek olarak DNF+RT gruplarından oluşturuldu. TMZ ve DNF'nin proliferatif etkisini belirleyerek IC50 değerlerini hesaplamak için MTT ile analiz yapıldı. RT uygulaması için hücrelere günlük 2 Gray (Gy) olmak üzere 5 gün boyunca toplam 10Gy ışın verildi. Yine aynı gruplarda tümör hücrelerinin hareket potansiyelleri, hücrelerde oluşturulan yara izi deneyi ile migrasyon analizi yapılarak yorumlandı. Ek olarak, deney gruplarında p-ERK 1/2 ve Aktif Kaspaz-3 protein ekspresyon seviyeleri Western Blot analizi ile değerlendirildi. Bulgular: DNF'nin GBM hücre hatlarında, IC50 değeri çalışmamızla ilk kez belirlendi. DNF ve TMZ'nin bireysel ve kombine uygulamasının tümör hücre proliferasyonunu azalttığı görüldü. Aynı zamanda DNF, TMZ ve eş zamanlı RT uygulaması tümör hücre sağkalımını azalttı. Hücrelerde oluşturulan yara izi ile tümör hücrelerinde hareket potansiyellerinin kısıtlandığı gösterildi. Ayrıca DNF'nin, p-ERK 1/2 sinyal yolağını kullanıp kullanmadığı ve tümör hücrelerinin apoptoza gidip gitmediği ilk kez değerlendirildi. Sonuç: Çalışmamız; klinikte uygulanan tedavilere (TMZ+RT) ek hem bireysel hem de kombine uygulanan ve daha önce hiç GBM hücrelerinde etkinliği değerlendirilmemiş olan DNF'nin, tümör hücrelerinde anti-proliferatif etkinliğinin olabileceğini göstermiştir. Anahtar Kelimeler: Glioblastoma Multiforme, Temozolomid, Radyoterapi, Donafenib
Kanser hücre hatlarında OTX015 (MK-8628/Birabresib) ilaç yanıtının makine öğrenme modeli ile tahmini
Amaç: Deneysel süreçlerin optimize edilmesi, zaman ve maliyetin önemli ölçüde azaltılması, sağlık hizmetlerinde bireyselleştirilmiş tedavilere katkıda bulunulması için bileşik yanıtını temsil eden IC50 değerlerini tahmin etmek adına makine öğrenimi modelleri geliştirmeye ve bu modellerin Bromodomain Ekstra Terminal İnhibitörü olarak görev yapan OTX015'e ve farklı 6 bileşiğe (RVX-208, PFI-1, JQ1, I-BRD9, I-BET-762 ve AZD5153) uygulanarak performanslarının değerlendirilmesine odaklanılmıştır. Yöntem: Kanser hücre hatlarının gen ekspresyon seviyeleri ile OTX015 ve diğer bileşiklerin, kanser hücreleri için IC50 değerlerinin, R programı kullanılarak makine öğrenmesi modelleri oluşturuldu. Modeller, hiperparametre optimizasyonu ile iyileştirildi. Eğitilen modeller, daha önce hiç görmedikleri doğrulama verileri kullanılarak test edildi. Modellerin performansları, gerçek değerler ile tahmin değerlerinin mutlak farklarının ortalaması kullanılarak değerlendirildi. Bulgular: Çalışma, kanser hücre hatlarının gen ekspresyon seviyelerini ve bileşiklerin IC50 değerlerini kullanan makine öğrenmesi modellerinin analizleri sonucu özellikle SVM modelinin hem laboratuvar çalışmaları öncesi kanser hücre hatları için hem de bireyselleştirilmiş IC50 değerlerinin tahmin edilmesinde düşük hata skorları ile tutarlı ve genellenebilir bir performans sergilediği göstermektedir. Sonuç: Sonuçlar, makine öğrenme modellerinin ilaç keşfi süreçlerinde ve kişiselleştirilmiş tıptaki kullanılabilirliğini ortaya koymaktadır. Bu modeller, maliyetleri azaltarak hızlı sonuçlar sağlayabilir, bireyselleştirilmiş IC50 değerleri sunabilir; ancak daha güvenilir sonuçlar için modellerin geliştirilmesi, ek veri toplanması ve farklı bileşikler ile değerlendirilmesinin yanı sıra gerçek dünya verileri ile de deneyler yapılması gerekebilir. Anahtar Kelimeler: makine öğrenmesi, tahmin yöntemleri, kanser, ic50, r programlama
Çoklu ilaç dirençli Pseudomonas aeruginosa izolatlarına karşı litik bakteriyofajın izolasyonu, karakterizasyonu ve fajın n-asetil sistein ile biyofilm üzerindeki etkisi
Amaç: Kistik fibrozis (KF) hastalarında baskın enfeksiyon kaynağı olan Pseudomonas aeruginosa izolatlarına karşı etkili litik bakteriyofaj izole etmek ve bu fajın N-asetil sistein (NAC) ile birlikte P. aeruginosa biyofilm oluşumu üzerindeki etkisini değerlendirmek. Yöntem: Bu çalışmada, bakteriyofajlar geleneksel kültür yöntemleri kullanılarak izole edilmiştir. Biyolojik karakterizasyon kapsamında fajın litik spektrumu, pH stabilitesi, termal stabilitesi, enfeksiyon çokluğu, tek adımda büyüme ve patlama boyutu belirlenmiştir. Genomik karakterizasyon, faj DNA ekstraksiyonu, restriksiyon fragman uzunluğu polimorfizmi (RFLP) ve faj genom analizini kapsamıştır. KF P. aeruginosa izolatlarının in vitro biyofilm oluşumu, kristal viyole boyama ile mikrotitre plak testi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Bulgular: MLPa10 fajı, KF hastalarından izole edilen P. aeruginosa, özellikle P. aeruginosa 1Pa ve P. aeruginosa 316Pa, indikatör konak olarak kullanılarak kanalizasyon suyundan izole edilmiştir. KF hastalarından izole edilen klinik P. aeruginosa izolatlarının %94,11'ine karşı bakteriyofaj MLPa10, güçlü litik aktivite göstermiştir. Fajın latent ve patlama süreleri sırasıyla 30 ve 40 dakika, patlama boyutu ise 89 PFU/enfekte hücre olarak ölçülmüştür. MLPa10 fajı, pH 6 ve pH 8'de ve 1 saat boyunca 40, 50, 60°C'de stabil kalmıştır. Bu fajın genom analizi, taksonomik olarak Caudoviricetes sınıfından litik bir faj olarak olduğunu çıkarmıştır. Faj genomunda, hiçbir virülans faktör veya antimikrobiyal direnç geni tespit edilmemiştir. Çalışma, MLPa10 fajının KF P. aeruginosa izolatlarının %76,9'unda olgun biyofilmleri etkili bir şekilde azalttığını ve aynı zamanda olguların %65,38'inde biyofilm oluşumunu engellediğini göstermiştir. Ek olarak, NAC tek başına da biyofilmlere karşı etkinlik göstermiştir. Bununla birlikte, MLPa10 fajı NAC ile birleştirildiğinde daha düşük etkinlik göstermiştir. Sonuç: MLPa10 fajının kapsamlı karakterizasyonu, KF P. aeruginosa enfeksiyonlarına karşı terapötik bir ajan olarak kullanılma potansiyelinin altını çizmektedir.
Feniramin hidrojen maleat'ın antikanser etkilerinin ilaç yeniden konumlandırma kapsamında akciğer kanseri modeli üzerinden in vitro ve in siliko değerlendirilmesi
Amaç: Tezin amacı, yeni ilaçların geliştirilmesinde maliyet ve zamanı önemli ölçüde azaltan ilaç yeniden konumlandırma yöntemiyle belirlenmiş, halihazırda alerji tedavisinde sıklıkla kullanılmakta olan H1 reseptör antagonisti Feniramin Hidrojen Maleat'ın (FHM) anti-kanser potansiyelini in siliko ve in vitro deneylerle açığa çıkarmaktır. Yöntem: FHM'nin tedavide kullanılan ilaçlar ile benzerlikleri DrugCentral 2023 web server ile analiz edilmiştir. Apoptoz dışsal yolağında bulunan FasL Reseptörü ile etkileşimi in siliko olarak ligand/protein moleküler docking yöntemiyle incelenmiştir (BIOVIA Discovery Studio Visualizer). FHM'nin sitotoksik etkileri İnsan akciğer kanseri hücre hattı A549 hücreleri üzerinde in vitro olarak araştırılmıştır. Bulgular: Drug Central 2023 web serverda yer alan L1000 gen profil benzerlik analizine göre RMSD (Root Mean Square Deviation) değeri 1'in altında olan 213'ü antikanser etkili toplam 13106 ilacın FHM'ye benzer olduğu görülmüştür. Moleküler docking analizine göre feniramin, reseptör proteininin 3. aktif bölgesine bağlanarak üç boyutlu konformasyonunu değiştirebilme potansiyelinde olup dışsal kaynaklı apoptoz sinyalini başlatma potansiyelindedir. FHM'nin hücre canlılığı üzerindeki etkisi MTT yöntemi ile araştırılmıştır. İlacın koloni oluşumunu ve hücre göçünü engellediği görülmüştür. ELİSA sonuçlarımıza göre 24. saatte 100 ve 50 µg/ml dozlarda kaspaz-7 miktarı artmış ancak bu artış western blot ile doğrulanamamıştır. 48. saateki artış ise western blot sonuçlarımız ile uyumlu olarak A549 hücrelerini apoptozla öldürmektedir. Sonuç: FHM, kanser tedavisinde kullanılan 213 ilaca yapısal olarak benzerdir. Moleküler doking analizine göre dışsal kaynaklı apoptoz sinyalini başlatabilme potansiyelindedir. A549 üzerine sitotoksik etkileri vardır ve hücre ölümünün içsel apoptoz kaynaklı olduğu kaspaz 7 enzimi üzerinden ELISA ve westen blot yöntemleri ile doğrulanmıştır.
Probiyotiklerden izole edilen laktobasillerin antibiyotik direncinin araştırılması
Amaç: Probiyotik mikroorganizmaların önemli bir grubu olan laktobasillerde antibiyotik direncine yönelik mevcut ve potansiyel riskleri değerlendirmeyi amaçlamaktadır. Özellikle, probiyotik olarak kullanılan suşların antibiyotik direnç genlerinin varlığı, bu genlerin taşınabilirliği ve bu genleri diğer bakterilere aktarabilme potansiyeli incelenmiştir. Yöntem: 11 farklı probiyotik üründen izole edilen laktobasillus türleri antibiyotik duyarlılıkları açısından incelenmiş; izolatlar MALDI-TOF MS ile tanımlanmış, disk difüzyon ve E-test yöntemleriyle antibiyotik direnci değerlendirilmiştir. Ayrıca, direnç genleri PCR ile araştırılmış ve antibiyotik inaktivasyon kapasiteleri test edilmiştir. Bulgular: Laktobasillus suşlarının %100'ü streptomisine dirençli iken; ampisilin, sefazolin, tetrasiklin, rifampin ve kloramfenikole %100 duyarlı bulunmuştur. aac(6')-Ie-aph(2'')-Ia, rmtB, linA ve linB direnç genleri tespit edilmiştir, ancak genlerin konjugasyon ve transformasyon yoluyla transferi gözlenmemiştir. Bir örnekte plazmit tespit edilip sekans analizi yapılmıştır ve bu plazmitte direnç geni bulunamamıştır. Sonuç: Çalışmamız, antibiyotik direncinin laktobasillus suşlarında yaygın olduğu görülmüştür. Ancak, bu konuda çalışmaların sınırlı olmasından dolayı daha fazla araştırma yapılmasına ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: laktobasil, antibiyotik, direnç, aktarım
Ülkemizde yetiştirilen bazı zeytin çeşitlerine ait yaprakların oleuropein miktarlarının belirlenmesi, saflaştırılması, İn Vitro antioksidan ve antidiyabetik etkilerinin değerlendirilmesi
Amaç: Bu çalışmada, Türkiye'de yaygın yetiştirilen zeytin çeşitlerine ait yapraklardaki oleuropein (OLP) ve toplam fenolik madde (TPC) miktarları belirlenerek OLP için verimli bir ekstraksiyon ve saflaştırma yöntemi geliştirilmiş ve ardından elde edilen materyalin antioksidan ve antidiyabetik etkileri değerlendirilmiştir. Yöntem: OLP ekstraksiyonu, ultrasonik destekli ekstraksiyon (UAE) yöntemiyle gerçekleştirilmiş ve işlem parametreleri Yanıt Yüzey Metodu (RSM) ile optimize edilmiştir. Elde edilen ekstrakt, lipofilik bileşiklerin uzaklaştırılması, sıvı-sıvı ekstraksiyonu ve silika jel kolon kromatografisi adımlarıyla saflaştırılmıştır. OLP miktarı Ultra Performans Sıvı Kromatografisi (UPLC) ile, TPC düzeyi Folin-Ciocalteu yöntemiyle, antioksidan aktiviteler DPPH● ve ABTS●⁺ analizleriyle, antidiyabetik etkileri ise α-amilaz ve α-glukosidaz enzim inhibisyon testleriyle değerlendirilmiştir. Bulgular: Tez kapsamında incelenen zeytin yaprağı çeşitlerinden OLP içeriği en yüksek olan çeşit Hamza Çelebi, TPC içeriği en yüksek olan ise Çilli çeşidi olarak belirlenmiştir. OLP düzeyi yüksek olarak belirlenen çeşitten UAE yöntemi ile OLP ekstraksiyonunda en yüksek verim için koşullar %87 etanol, 60°C ve 37 dakika olarak belirlenmiş olup OLP verimi %4,87 olarak hesaplanmıştır. Bu çeşitte gerçekleştirilen saflaştırma işlemleri sonucunda ise %68,29 saflıkta ve %74,37 geri kazanımla OLP izole edilmiştir. Saflaştırılan materyalin DPPH ve ABTS aktiviteleri sırasıyla 107,99±0,93 ve 124,37±1,45 mg TE/g iken, ekstraktta bu değerler 56,21±1,28 ve 43,23±1,23 mg TE/g olarak belirlenmiştir. Elde edilen ekstrakt (%4,87 OLP) ve saflaştırılan materyalin (%68,29 OLP) α-glukosidaz enzimine karşı konsantrasyona bağlı olarak inhibitör etki gösterdiği belirlenmiştir. Yapılan karşılaştırmada, 2000 ppm konsantrasyonunda akarboz %79,38, saflaştırılan materyal %56,55 ve ekstrakt %58,65 oranında inhibisyon sağlamıştır. Sonuç: Elde edilen bulgular; zeytin yaprağı ekstraktı ve saflaştırılan materyalin yaygın kullanılan bir antidiyabetik ajan olan akarboz ile karşılaştırıldığında α-glukosidaz enzimi üzerindeki etkileri bakımından inhibitör bir aktivite gösterdiğini ortaya koymuştur. Anahtar Kelimeler: oleuropein, ultrasonik, saflaştırma, antidiyabetik, antioksidan
Kolon kanseri hücrelerinde Sparstolonin B'nin toll like reseptör yolağına etkisi
Amaç: Kolorektal kanser, dünya genelinde en sık görülen malignitelerden biri olup kansere bağlı mortaliteler arasında üçüncü sırada yer almaktadır. Kolorektal kanserde Toll like reseptör 2 ve 4 (TLR2/4) ekspresyonunun artışı inflamatuar yanıtı güçlendirerek tümör gelişimini desteklemektedir. Bu çalışmada, TLR2/4 antagonisti olan Sparstolonin B (SsnB)'nin insan kolorektal kanser hücrelerinde (HCT-116) hücre canlılığı, inflamatuar sinyal yolları, apoptotik süreçler ve sfingolipid metabolizması üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Yöntem: HCT-116 ve sağlıklı fibroblast (BJ) hücrelerine SsnB (3.125-50 µM) ve/veya forbol 12-miristat 13-asetat (PMA; 1-10 nM) uygulaması yapıldı. Bu uygulamaların hücre sağkalımına etkileri, doz-zaman bağımlı olarak 3-(4,5-Dimetiltiazol-2-il)-2,5-difeniltetrazolyum bromür (MTT) analizi ile değerlendirildi. Hücre modellerinde SsnB'nin proliferasyona etkileri çoğalan hücre nükleer antijeni (PCNA) enzime bağlı immünosorbent test (ELISA) ve immünofloresan analiz ile değerlendirildi. Apoptoz üzerine etkileri ise parçalanmış terminal deoksinükleotidil transferaz dUTP çentik uç etiketleme (TUNEL), akış sitometrisi ve kesilmiş kaspaz-3 immünofloresan analiz ile değerlendirildi. TLR sinyalizasyonu, sitokin ekspresyonu ve sfingolipid seviyeleri kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (q-RT PCR), ELISA, immünofloresan boyama ve kütle spektrometrisi (LC-MS/MS) kullanılarak ölçüldü. Bulgular: SsnB, HCT-116 hücre canlılığını doz ve zamana bağlı olarak azaltmış, BJ hücreleri üzerinde minimal etki göstermiştir. PMA uygulaması hücre proliferasyonunu arttırırken, SsnB bu etkiyi baskılamıştır. SsnB uygulanan gruplarda kesilmiş kaspaz-3 aktivasyonu ve TUNEL pozitif hücre oranı artmıştır. PMA ile uyarılan TLR2/4, MyD88, p-ERK ve pNF-κB seviyeleri SsnB ile belirgin biçimde baskılanmıştır. SsnB uygulanan gruplarda inflamatuvar sitokinlerin (TNF-α, IL-1β ve IL-6) seviyeleri azalmış, seramid (C18, C20, C22 ve C24) seviyeleri artmış ve tümör progresyonuyla ilişkili S1P ve C1P seviyeleri düşmüştür. Sonuç: SsnB, kolon kanseri hücrelerinde proliferasyonu seçici olarak inhibe eder, apoptozu indükler, TLR aracılı inflamatuar yanıtı ve sfingolipid metabolizmasını modüle eder. BJ hücrelerinde ise belirgin bir toksisite oluşturmaması, SsnB'yi kolorektal kanser tedavisinde hedefe yönelik bir terapötik ajan olarak öne çıkarmaktadır. Anahtar Kelimeler: Sparstolonin B; kolorektal kanser; apoptoz; toll like reseptör; inflamasyon; sfingolipid
Mycobacterium tuberculosis izolatlarının primer anti-tüberküloz ilaçlara karşı duyarlılığının hızlı tespitinde disk temelli yeni bir yöntemin geliştirilmesi
Amaç: Tüberküloz (TB) günümüzde küresel bir halk sağlığı sorunu olmaya devam etmektedir. TB kontrol programları için ilaca direncin hızlı tespiti kritik önem taşımaktadır. Bu çalışmada çok ilaca dirençli Mycobacterium tuberculosis (ÇİD-TB) izolatlarının primer anti-TB ilaç duyarlılığının belirlenmesi için disk temelli yeni bir yöntemin geliştirilmesi amaçlandı. Yöntem: Toplamda 4 tanesi referans (M. tuberculosis H37Rv, ATCC-35838, ATCC-35820, ATCC-35837) 3 tanesi klinik (2 adet duyarlı, 1 adet ÇİD-TB) olmak üzere 7 M. tuberculosis suşu kullanıldı. Suşlar yeni geliştirilen disk temelli yöntemde nitrat redüktaz testi (NRT) ve rezasurin testi ile birlikte uygulandı. İlaç duyarlılık sonuçları referans yöntem olarak agar proporsiyon test sonuçları ile karşılaştırıldı. Bulgular: Her iki kolorimetrik test sonuçları ile agar proporsiyon sonuçları karşılaştırıldığında özgüllük, duyarlılık, pozitif prediktif değer (PPD), negatif prediktif değer (NPD) ve uyum %100 saptandı. İlaç duyarlılık sonuçları agar proporsiyon yöntem ile tüm suşlar için inkübasyonun 21. gününde, rezasurin testi ile inkübasyonun 9. gününde ve NRT ile 5-7 günde sonuçlandı. Sonuç: Disk temelli yeni geliştirilen ilaç duyarlılık yöntemi kolorimetrik testlerle birlikte uygulandığından mevcut yöntemlere kıyasla daha hızlı sonuç vermektedir. Antibiyotik stabilitesini korumada disk temelli olmasından ötürü diğer yöntemlerden daha avantajlıdır. Yöntem uygulanma açısından kolay ve pratiktir. Performansının değerlendirilmesi için daha fazla çalışmaya ihtiyaç duyulmaktadır. Anahtar Kelimeler: Mycobacterium tuberculosis, ilaç duyarlılık testi, antibiyotik diski, ÇİD-TB