24
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Rujların mikrobiyolojik analizi
Kozmetik ürünler yapısal içeriklerinin uygunluğu sebebiyle mikrobiyal kontaminasyona elverişli ürünlerdendir. Kozmetik ürünlerden rujlar özellikle açıldıktan sonra dudağa temas, nefesle nemlenme ve çevresel etkileşim yolu ile kontaminasyona maruz kalmaktadır. Kişisel kullanım öncesinde hammadde, su, hazırlanma süreci, dağıtım vb. pek çok sebepten kaynaklı olarak farklı yollarla kontaminasyona maruziyet gerçekleşebilmektedir. Kozmetik ürünlerin üretimleri Türkiye İlaç ve Tıbbi Cihaz Kurumu tarafından yayınlanan kılavuz esasları dikkate alınarak yapılır. Çalışmada TİTCK' nın 22.06.2020 tarihinde yayınladığı "Kozmetik Ürünlerde Güvenlilik Değerlendirmesine İlişkin Kılavuz Sürüm 3.0" te yer alan mikrobiyolojik analiz yöntemleri esas alınarak ilgili analizler gerçekleştirilmiştir. Çalışma, çeşitli halk pazarlarından ve bijuterilerden temin edilen kullanılmamış 15 adet ruj örneğinin seri dilüsyonları hazırlanarak, mikrobiyolojik analizler gerçekleştirilmiştir. Ruj örneklerinden mikrobiyal izolasyonlar yapılarak izolatlara kültürel morfolojik inceleme ve boyama yöntemleri uygulanmıştır. Bazı biyokimyasal test yöntemleri ile 3 numaralı örnekte Gram negatif bakteri, 2 numaralı örnekte Gram pozitif bakteri, 4 numaralı örnekte maya mantarı görünümü tespit edilmiştir. Kozmetik Yönetmeliğinin belirttiği mikrobiyolojik limitler ile ruj örneklerinde izole edilen mikroorganizmaların sayıca limit değerleri karşılaştırılmıştır. Karşılaştırılan ruj örneklerinden 2, 3 ve 4 numaralı örneklerin toplam mikroorganizma sayısı limit değerlerin üzerinde bulunmuştur. Çalışma piyasada satılan ve hiç kullanılmamış ruj örneklerinde rastlanılan mikrobiyal kontaminatlar sebebiyle oluşabilecek sağlık risklerine dikkat çekmektedir.
Selonsertib ve fenolik asitlerin In Vitro karaciğer yağlanması modelinde etkilerinin araştırılması
Non-alkolik yağlı karaciğer hastalığı, dünya çapında yetişkin nüfusunun yaklaşık yarısını tehdit eden ciddi bir sağlık problemidir. Hastalık karaciğer yağlanmasıyla başlayıp ciddi bir hastalık olan siroza kadar ilerleyebilir. Patogenezi hala tam olarak çözümlenememiştir, ancak; hastalık ile ilişkili tehlike unsurları oldukça belirgindir. İnsülin direnci, sağlıksız yaşam tarzı, obesite bu belirtilerin arasındadır. İlaç denemeleri devam etmesine rağmen günümüzde belirgin bir ilacı yoktur. Bu tez kapsamında, HepG-2 hücre hattı kullanılarak, oleik asit ile oluşturulmuş in vitro non-alkolik karaciğer yağlanması modeli çalışılmıştır. Karaciğer yağlanmasını önlemek için; oluşturulan yağlanma modelinde MTT yöntemiyle Selonsertib, Fenofibrat, Ferulik asit, Kafeik asit ve Vanilik asit'in sitotoksik etkileri ölçülmüş, IC50 değerleri hesaplanmıştır. İlaç ve fenolik asitlerin apoptotik etkileri, toksik olmayan konsantrasyonlara göre Annexin V-PI yöntemi ile ve hücre içi ve hücre dışı sitokin seviyeleri de akış hücremetrede ölçülmüştür. Analiz sonuçlarına göre; oluşturulan in vitro yağlı karaciğer modelinde oluşan apoptotik etkinin en fazla Ferulik asit ile azaldığı görülmüştür. Selonsertib'in non-alkolik yağlı karaciğer hastalığı ilacı olarak Faz III aşamasında çalışmalarının sonlandırılması, tez kapsamında yapılan deney sonuçlarıyla paralel olarak çıkmıştır. IL-6 ve TNF- α seviyesinin yağlı karaciğer modelinde inhibe eden Kafeik asit olmuştur. IL-10 seviyesini yağlı karaciğer modeline göre iyileştiren maddeler Fenofibrat, ferulik asit, kafeik asit, selonsertib ve vanilik asit olmuştur. Non-alkolik yağlı karaciğer hastalığında ilaçların yanında özellikle ferulik asitin de kullanılması, yeni kombine preparatların ortaya çıkma potansiyeli açısından umut verici olacaktır.
S. cerevisiae'de likopen üretimi için gal promotoru ile indüklenebilir ekspresyon vektörünün tasarımı
Likopen, kırmızı meyve ve sebzelerde bulunan ve yaygın takviye gıda olarak kullanılan bir karetenoiddir. Anti-oksidan özelliğiyle bilinmekte olan likopen aynı zamanda kardiyoprotektif, anti-kanser, anti-inflamatuar etkilere de sahiptir. Ticari üretimi geleneksel domates ekstraktlarından olan likopenin, son zamanlarda metabolizma mühendisliği gibi yenilikçi yöntemlerle daha verimli üretimi sağlanmaktadır. Bu mühendislik stratejileri, mikroorganizmaların metabolik yolaklarını düzenleyerek likopen üretimini artırmayı amaçlamaktadır. Özellikle S. cerevisiae, likopen sentezinde ideal bir arka plan hücresi olarak kullanılmaktadır. Likopen ökaryotik organizmalarda mevalonat (MVA) yolağında, prokaryotik organizmalarda 1-deoksü-D-ksilüloz-5-fosfat (DXP) yolağında sentezlenmektedir. Bu yolaklarda bulunan CrtE, CrtI ve CrtB genleri likopen sentezi için önemli ara ürünleri sentezlemektedir. GAL promotoru güçlü bir promotör olduğundan likopen üretim çalışmalarında CrtE, CrtI ve CrtB genlerinin ifadesi için kullanılmaktadır. Bu çalışmada bu amaçla, likopen ekspresyon vektörü tasarlanmıştır. Tasarlanan vektör, indüklenebilen GAL promotorunu, CrtE, CrtI ve CrtB genlerini, tGPM1, tPGK1 ve tCYC1 terminasyon bölgelerini içermektedir. Ayrıca tasarlanan vektör, S. cerevisiae genomunda galaktoz metabolizmasının düzenlenmesinden sorumlu GAL80 geninin silinmesini ve aynı bölgeye likopen üretimini sağlayacak kasetin integrasyonunu sağlamak üzere GAL80-up ve GAL80-down bölgelerini içermektedir.
Farklı formülasyonlarla elde edilmiş sinbiyotiklerin biyolojik aktivitelerinin belirlenmesi
Probiyotikler ve prebiyotiklerin birlikte kullanılmaları sinerjik etki yaratmakta ve bağırsakta canlı probiyotik hücre sayısının artmasını sağlamaktadır. Prebiyotikler doğal veya sentetik olarak elde edilebilen, şeker poliolleri içeren sindirilmeyen karbonhidrat molekülleridir. Gastrointestinal sistemde bulunan bağırsak mikroorganizmalarını besleme, metabolik aktivitelerini önemli ölçüde iyileştirme, sindirimi, besin emilim kapasitesini ve bağışıklık sistemini iyileştirme yeteneği nedeniyle patojenik mikroorganizmaların büyümesini engellerler. Prebiyotikler, asidik ortamlarda kalma ve ince bağırsaktaki çeşitli sindirim enzimlerine karşı direnci koruma yeteneğine sahiptir böylece fermente edilen ve kısa zincirli yağ asitlerinin üretimine yol açan yararlı bağırsak mikroorganizmalarının büyümesini sağlar. Tez kapsamında, kolostrumdan izole ettiğimiz probiyotik bakterileri beş farklı prebiyotik ile farklı kombinasyonlarla formülize edip besiyerlerinde geliştirerek biyolojik aktivitelerini belirledik. Çalışmada farklı formülasyonlarla elde edilecek olan sinbiyotiklerin; gıda takviyesi, kozmetik, hayvan sağlığı gibi birçok alanda kullanılabilme potansiyellerini ortaya çıkaracak ve kullanım alanlarına uygun formda ürün tasarlama açısından zengin bir kaynak oluşturacaktır.
Neisseria gonorrhoeae üzerinde etkili antibiyotikve fenolik asit kombinasyonlarınınaraştırılması
Neisseria gonorrhoeae'ye karşı yaygın olarak kullanılan seftriaksona karşı son yıllarda bakterinin direnç mekanizmaları geliştirmesi nedeniyle antibiyotik daha az etkili hale gelmeye başlamıştır. Bu çalışmada, fenolik asitlerin bazı antibiyotiklerle kombinasyonları oluşturulmuş, Neisseria gonorrhoeae'ye karşı antibakteriyel aktivitesi çeşitli yöntemler kullanılarak çalışılmıştır. Kullanılan fenolik asitlerden özellikle gallik asit ve kafeik asit Neisseria gonorrhoeae karşı önemli aktivite göstermiştir. Mikrobroth dilüsyon sonuçlarına göre; gentamisin için MİK değeri 1,171 μg/mL, seftriakson için 5,625 μg/mL, kafeik asit için 12,5 μg/mL ve son olarak gallik asit için 6,25 μg/mL olarak bulunmuştur. Sinerjik aktivite, dama tahtası yöntemi kullanılarak değerlendirilmiştir. Gallik asit, seftriakson 0.38 (FİK: ≤ 0.5) ile sinerjik etki ve kafeik asit ile seftriakson 0.49 (FİK: ≤ 0.5) arasında sinerjitik etki göstermiştir. Gentamisin ile gallik asit kombinasyonu 0,93 (FİK < 1) additif bir etki göstermiş ve kafeik asit ile 1,72 (FİK>1,0-4,0) oranında bir kayıtsızlık etkisi göstermiştir. Flow sitometri sonuçlarında ise; gentamisin+gallik asit kombinasyonu %85.8 oranında apoptozise neden olmuştur. Gelecekte seftriakson veya gentamisin gibi antibyotik tedavilerine alternatif olarak özellikle gallik asitin Neisseria gonohroeae enfeksiyonlarının tedavisinde önemli bir potansiyele sahip olacağı düşünülmektedir.
Meme kanseri ko-kültür modelinde essitalopram oksalatın immünolojik etkilerinin araştırılması
Meme kanseri dünyada kadınlar arasında %25.1 oranıyla en sık görülen kanser türüdür. Hastalarının 1/4'ünde, tanıdan sonra önemli depresyonlar görülebilmektedir. Meme kanseri tedavisi sırasında hastaların yaklaşık olarak yarısına seçici serotonin geri alım inhibitörü (SSRI) gibi psikotropik ilaçlar verilmektedir. Essitalopram oksalat antidepresan olarak kullanılan bir SSRI'dır. Bu maddenin meme kanseriyle menopoza bağlı sıcak basmalarında yan etkiyi hafifletici etkileri olduğu araştırmalar sonucunda ortaya çıkarılmıştır. Bu tezde; MCF-7, MDA-MB-231ve THP-1 hücre hatlarında essitalopram oksalatın sitotoksik etkilerinin konsantrasyon aralığı belirlenebilmek için MTS ve MTT testi kullanılmıştır. Sonrasında xCELLigence Gerçek zamanlı hücre analiz sistemiyle essitalopram oksalatın MCF-7 üzerinde IC50 değeri 13.7 µM, MDA-MB-231 hücrelerinde ise 10.9 µM olarak belirlenmiştir. AnneksinV-PI yöntemi ile essitalopram oksalatın apoptotik etlileri akış hücremetrede değerlendirilmiştir. MCF-7 ve MDA-MB-231 hücre hatları ve LPS ile stimüle edilmiş THP-1 hücre hattı birlikte inkübe edilerek meme kanseri ko-kültür modeli oluşturulmuştur. Oluşturulan meme kanseri ko-kültür modelinde LPS stimülasyonu kullanılarak essitalopram oksalatın immünolojik etkileri, interlökin-1β (IL-1β), interlökin-6 (IL-6), interlökin-8 (IL-8), interlökin-10 (IL-10) ve tümör nekroz faktörü alfa (TNF-α) seviyeleri akış sitometri de ölçülerek analiz edilmiş ve 1.07-3.75 kat aralığında değişen değerlerde inhibisyon yaptığı görülmüştür. Essitalopram oksalat, meme kanseri hücre hatlarının üzerinde sitotoksik etkinin yanında antiinflamatuar etkide göstermiştir.
Alfa humulenin SH-SY5Y hücre hattı üzerinde oluşturulmuş in vitro ko-kültür modelinde antiproliferatif antiapoptotik ve nöroprotektif etkilerinin araştırılması
Latince ismi ile Humulus Lupulus'un şetbetçiotu bitkisinin majör etken maddesi olan Alfa Humulen, üç eşlenmemiş C═C çift bağ içeren üç izopren biriminden oluşan monosiklik bir seskiterpendir. Şerbetçiotundan başka kenevir, adaçayı, fesleğen ve ginseng bitkilerinde de yaygın olarak bulunur. Aynı zamanda Alfa humulen, Alfa karyofilen adıyla da bilinmektedir. Alfa humulenin; anti-inflamatuar, antimikrobiyal, antioksidan, antikanserojen ve lokal anestezik gibi birçok etkisi vardır. Bu tezde, kemik iliği kökenli insan nöroblastoma hücre hattı olan SH-SY5Y hücre hattında Alfa humulenin sitotoksik etkilerinin konsantrasyon aralığı belirlenebilmek için MTT testi kullanılmıştır. Buna ek olarak, H2O2 tarafından indüklenen nörotoksisite modelinde Alfa humulenin nöroprotektif etkileri, gerçek zamanlı hücre analiz sistemi (xCELLigence RTCA-DP) ile farklılaşmamış SH-SY5Y üzerinde IC50 değeri 221 μg/mL ve farklılaşmış SH-SY5Y üzerinde IC50 değeri > 400 μg/mL'dir. AO/PI boyama yöntemi ile apoptotik etki seviyeleri belirlenmiştir. SH-SY5Y hücre hattı ve LPS ile stimüle edilmiş THP-1 hücre hattı birlikte inkübe edilerek in vitro ko-kültür modeli oluşturulmuştur. Oluşturulan in vitro ko-kültür modelinde LPS stimülasyonu kullanılarak Alfa humulenin immünolojik etkilerini belirlemek amacı ile Cytation 3 Multi-Mode Reader'de floresans ölçümleri alınmış ve birden çok bağımsız görüntü çekilmiştir. Apoptotik etkide Alfa humulen H2O2'nin neden olduğu hücre hasarını azalttığı tespit edilmiştir.
S. cerevisiae'da Asetil- KoA miktarının arttırılmasına yönelik gen modifikasyonlarının gerçekleştirilmesi
Terpenoidler birçok organizma tarafından üretilen sekonder metabolit grubundaki bileşiklerdir. Sekonder metabolitler mikroorganizmalarda klasik mikrobiyolojik yöntemler ile üretilebildiği gibi metabolizma mühendisliği yöntemleri ile de son yıllarda ticari boyutlarda üretilebilmektedir. Yapılan bu çalışmada arka plan hücresi olarak S. cerevisiae kullanılarak birçok terpenoidin üretim yolağı olan asetil-KoA yolağının ana bileşeni olan asetil-KoA' nın miktarının metabolizma mühendisliği yöntemleri ile arttırılması hedeflenmiştir. S. cerevisiae'den köken alan ve daha önce metabolizma mühendisliği çalışmaları ile sekualen üretiminde kullanılan SCIGS22a suşu arka plan suşu olarak kullanılmış ve bu suş üzerinde genetik modifikasyonlar yapılmıştır. Yolak üzerinde, terpenoidlerin üretimi neticesinde oluşabilecek toksisiteyi önlemek üzere ypl062w uzak bölge geninin arka plan hücresinde silinmesi gerçekleştirilmiştir. Bununla birlikte asetil-KoA oluşumunu azaltan ve yolağın asetil-KoA'dan önceki ürünü asetaldehiti paylaşan etanol üretim sürecinin geri yönde aktivitesi arttırılarak asetil-KoA oluşumuna yeni bir destek sağlanmıştır. Yapılan modifikasyonlar sonucu asetil-KoA arttırımına yönelik yeni suşlar meydana getirilmiş oluşturulan suşların genetiklerindeki değişiklik doğrulanmıştır. Anahtar Kelimeler: S. cerevisiae, Metabolizma mühendisliği, asetil-KoA, ypl062w.
Cerageninler ve antimikrobiyal peptidlerin insan havayolu epitel hücresi üzerinde oluşturulan pseudomonas aeruginosa biyofilmi üzerine etkileri
Pseudomonas aeruginosa, özellikle kistik fibrozis (KF) hastalarının akciğerlerindeki kronik enfeksiyonlar sırasında konak dokular ve epitelyal yüzeylerde biyofilm oluşturabilen önemli bir patojendir. P. aeruginosa'nın uzun süre akciğerlerde kolonizasyonu, anormal havayolu epiteline sahip KF'li kişilerde mortalite ve morbiditenin en birincil nedenidir. Antimikrobiyal peptidler (AMP) ve AMP'ler ile aynı antimikrobiyal mekanizmalar aracılığıyla etki gösteren ve sentetik türevleri olarak tasarlanan cerageninler yeni nesil antimikrobiyal moleküllerdir. Bu çalışmada, cerageninler ve AMP'ler ile oluşturulan bir ko-kültür enfeksiyon modeline olan etkisi incelenmiştir. Çalışmada cerageninlerden CSA-13, CSA-44, CSA-90, CSA-131, CSA-131-poloksamer (CSA-131P), CSA-138, CSA-142, CSA-144 ve CSA-192; AMP'lerden ise cecropin, magainin ve LL-37 kullanılmıştır. Bu ajanların P. aeruginosa planktonik hücrelerine olan antimikrobiyal etkileri belirlendikten sonra, insan akciğer epitel hücre hattı olan A549 üzerine olan sitotoksisiteleri de MTT testi ile belirlenmiştir. A549 hücre hattı P. aeruginosa ile enfekte edilerek antimikrobiyallerin hem hücre içi bakterilere olan etkisi incelenmiş hem de hücre hattı üzerine P. aeruginosa'nın adezyon ve biyofilm oluşumunu inhibe etme etkileri araştırılmıştır. Ayrıca bakteriyel enfeksiyon oluşumunun ve antimikrobiyal madde kullanımının hücreler üzerine olan sitotoksisitesini anlamak için laktat dehidrogenaz (LDH) deneyi yapılarak, hücrelerden LDH salınımı belirlenmiştir. Tespit edilen Minimum İnhibitör Konsantrasyon (MİK) sonuçlarına göre, antimikrobiyal etkinliği en yüksek ajan CSA-131 olarak belirlenirken, AMP'lerin antimikrobiyal etkisinin cerageninlerden çok daha düşük olduğu saptanmıştır. En düşük IC50 değerine sahip olan ceragenin, CSA-131'in pluronik F127 ile kombinasyonu olarak belirlenmiştir. CSA-13 hem hücre içi bakterilere etkili olması hem de biyofilm oluşumunu inhibe etme özelliği ile en etkili antimikrobiyal madde olarak saptanmıştır. CSA-13'ün sitotoksisitenin azaltılması amacıyla çeşitli kombinasyonları yapılarak ileri çalışmalarla devam edilmesi gerekmektedir.
Eravasiklinin tek başına ve çeşitli antibiyotikler ile kombinasyon halinde oluşturdukları etkilerinin achromobacter cinsi klinik suşlara karşı araştırılması
Achromobacter cinsi, özellikle Achromobacter xylosoxidans, klinikte son on yılda giderek artan şekilde tanımlanan, çok çeşitli enfeksiyonlardan sorumlu bakterilerdir. Özellikle Kistik Fibrozis (KF) hastalarında solunum yolunu kalıcı olarak kolonize etme yetenekleri ile bu hastalarda giderek daha fazla tanımlanmaktadırlar. Günümüzde Achromobacter cinsinin klinik etkisi ve optimal tedavi yönetimi hakkında nispeten az şey bilinmektedir. Bu çalışmada, yeni bir tetrasiklin olan eravasiklin'in tek başına ve kolistin, meropenem ve seftazidim ile kombinasyon halinde oluşturdukları in-vitro bakterisidal ve sinerjistik aktiviteleri, KF hastalarından izole edilen Achromobacter suşlarına karşı araştırılmıştır. Minimal inhibitör konsantrasyon (MİK)'lar, mikrodilüsyon seyreltme yöntemi ile belirlenmiştir. Test edilen antibiyotik kombinasyonlarının bakterisidal ve sinerjik etkileri, zaman bağlı öldürme eğrisi tekniği kullanılarak belirlenmiştir. Zamana bağlı öldürme eğrilerine dayanarak, 6. ve 24. saatlerde 4xMİK kolistinin tek başına bakterisidal etkiye sahip olduğu bulunmuştur. Kombinasyon çalışmaları sonuçlarına göre, Achromobacter suşlarına karşı 4×MİK'lik eravasiklin-kolistin kombinasyonu 24. saatte sinerjistik ve bakterisidal aktivitelere sahiptir. Eravasiklin-meropenem kombinasyonları ve eravasiklin-seftazidim kombinasyonları additif etkili olarak bulunmuştur. Test edilen kombinasyonlar ile hiçbir antagonist etkileşim gözlenmemiştir. Bu çalışma bulguları, test edilen antibiyotiklerle ampirik veya kombinasyon tedavisi için bazı önemli in-vitro verileri ortaya koymaktadır.
Katyonik steroid antibiyotiklerin burkholderia cepacia kompleks suşlarına karşı oluşturduğu in vitro etkilerin araştırılması
Burkholderia cepacia kompleks (Bcc) türleri aerop, Gram negatif ve non-fermantatif çomaklardır. Bcc, kistik fibrozis (KF) hastalarında asemptomatik taşıyıcılıktan ölümcül pnömoniye kadar değişen klinik tablolara neden olabilmektedir. Bu bakteri kompleksinin birçok antibiyotiğe doğal dirençli olması, hastane ortamında bulaşma olasılığının yüksek olması erken tanı ve tedavinin önemini arttırmaktadır. Tedavi edilmesi güç enfeksiyonlar alternatif antimikrobiyal madde gereksinimini ortaya çıkarmıştır. Bu alternatif maddelerden biri antimikrobiyal peptitlerin benzeri ve bakteri hücre duvarına etkili olan cerageninlerdir (katyonik steroid antibiyotikler-CSA). Çalışmamızda, çeşitli klinik örneklerden izole edilmiş 42 adet Bcc suşuna karşı CSA-13, CSA-131 ve CSA-131-P'nin ve levofloksasin ve trimetoprim- sülfametoksazol (SXT)' ü tek başına ve kombinasyon halinde in vitro etkileri araştırılmıştır. Minimum İnhibitör Konsantrasyon (MİK) veMinimum Bakterisidal Konsantrasyon (MBK) değerleri sıvı mikrodilüsyon yöntemi, kombinasyon halindeki antimikrobiyal etkileri ise zamana-bağlı öldürme yöntemi ile belirlenmiştir. MİK50 (μg/ml) değerleri, CSA-13, CSA-131, CSA-131-P, levofloksasin ve SXT için sırasıyla 16, 16, 16, 2 ve 1/19'dir. MBK değerleri, MİK değerlerinin iki katı olarak saptanmıştır. Zamana-bağlı öldürme deneylerine göre CSA-13 ve ilk altı saatte CSA-131-P bakterisidal etki göstermektedir. CSA-13'ün levofloksasin ve SXT ile kombinasyonlarında sadece 4xMİK'de değil aynı zamanda 1xMİK'de de sinerjistik etki gözlenmiştir. Ayrıca, CSA-131 levofloksasin ile kombinasyon halinde kullanıldığında, sinerjistik etki saptanmıştır. Antagonist etki gözlenmemiştir. Sonuç olarak; CSA'ların, özellikle CSA-13 ve CSA-131' in, tek başına ya da kombinasyon halinde kullanımlarının Bcc enfeksiyonlarının tedavisinde iyi birer aday olacağı düşüncesindeyiz. Ancak, CSA'ların stabilite özellikleri, etkinlikleri ve farmakokinetik özelliklerindeki eksiklikler, gelecekte bu konuda daha fazla araştırma yapılmasını gerektirmektedir.
Bebekler için kullanılan ve piyasada bulunan çeşitli kozmetik ürünlerin mikrobiyolojik olarak değerlendirilmesi
Kozmetik ürünler, formülasyonları ve yapısal özellikleri itibari ile mikroorganizmalar ile kontamine olma riski yüksek ürünlerdir. Özellikle de ciltlerinin daha hassas ve bağışıklık sistemlerinin daha zayıf olması nedeniyle, bebekler için kullanılan kozmetik ürünler, kozmetikler arasında en çok dikkat edilmesi gereken gruptur. Bu çalışmada, bebekler için kullanılan ve piyasada satılan dokuz farklı ürün grubuna ait toplam 63 adet kozmetik ürün temin edilip bu ürünlerin mikrobiyal kontaminasyona uğrayıp uğramadığı kontrol edilmiştir. Ayrıca kozmetik ürünlerin bileşiminde bulunan koruyucuların etkili olup olmadığı da araştırılarak mikrobiyolojik değerlendirmeleri yapılmıştır. Bu amaçla Amerikan Farmakopesi (Unites States Pharmacopea/USP) 24'de bildirilen standartlara göre çalışmamız yürütülmüştür. Mikrobiyolojik limit testi yapılan 63 kozmetik üründen dört tanesinin izin verilen toplam bakteri sayısından, bir tanesinin de toplam mantar sayısından fazla sayıda kontaminant içerdiği tespit edilmiştir. Kozmetik ürün gruplarından bebek şampuanlarından bir tanesinin Candida parapsilosis adlı maya mantarı, bir diğerinin Photobacterium damselae, bir adet diş macununun ise Enterobacter amnigenus adlı Gram negatif bakterilerle, bir adet pudranın ve bir adet güneş kreminin Staphylococcus aureus ile kontamine olduğu belirlenmiştir. Yine USP 24 tarafından bildirilen yöntem kullanılarak yapılan koruyucu etkinlik testi sonuçlarına göre test ettiğimiz ürünlerden dokuz tanesinin içinde bulunan koruyucunun minimum bir test mikroorganizmasına karşı etkisiz olduğu belirlenmiştir. Elde ettiğimiz sonuçlara göre özellikle yerel/az bilinen markalı ve bitkisel/doğal içerikli olan bazı ürünlerde izin verilen limitlerin üzerinde mikrobiyal kontaminasyon saptanmış, benzer şekilde en az bir mikroorganizmaya karşı etkisiz olan koruyuculara da yine yerel/az bilinen markalı ve bitkisel/doğal içerikli ürünlerde rastlanmıştır. Bu bulguların hem tüketicilere kozmetik tercihlerini yaparken yardımcı olacağı, hem üretici firmalar için tarafsız ve doğru bilgi kaynağı olabileceği, hem de konu ile ilgili yapılacak bilimsel çalışmalara yön gösterici katkılar sağlayabileceği görüşündeyiz.
Kırım kongo kanamalı ateşi virüsü kelkit suşunun yapısal olmayan proteinleri ve humoral immunitedeki rolleri
Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Virüsü (KKKAV) yaygın görülen bir arbovirüs olup mortalite oranı yaklaşık %5-30 arasında değişen ciddi kanamalı ateşli hastalık etkenidir. Biyogüvenlik seviyesi 4 (BSL 4) ajanı olarak sınıflandırılmış olan bu virüse karşı henüz kabul edilmiş bir tedavi yöntemi veya aşı bulunmamaktadır. BSL 4 çalışma koşulları gerektirmesi araştırmacıları bu patojen ile ilgili olabildiğince fazla bilgi elde edebilmek için alternatif metodlara yöneltmiştir ve rekombinant protein teknolojisi bu metodlardandır. Rekombinant olarak elde edilen proteinler bu gibi virüslerin yaşam döngüsündeki farklı basamakları incelemek için güçlü bir araç sunmaktadır. Diğer proteinlerinin yanı sıra viral yapısal olmayan proteinler vektör/konak immün sistem ile olan interaksiyonları ve viral patogenezdeki rolleri nedeniyle öne çıkmaktadır. Viral yapısal olmayan proteinlerin viral birleşmedeki rolleri, muhtemel adaptör ve bağlayıcı protein benzeri rolleri, apoptotik/antiapoptotik aktiviteleri, interferon temelli reaksiyonların inhibisyonunda ve virüs attenüasyonundaki rolleri artropod kaynaklı bunyavirüsler dahil bir çok cinste gösterilmiştir. Viral yaşam döngüsündeki muhtemel rollerinin yanı sıra bu proteinlerin tanı, tedavi ve aşı geliştirmede işlevsel olabilecekleri gösterilmiştir. KKKAV'nin M (NSm) ve S (NSs) segmentlerinde bir veya muhtemelen iki yapısal olmayan proteini bulunmaktadır. Bu çalışmada KKKAV Kelkit06 suşunun yapısal olmayan proteinlerinin bakteriyel ekspresyonu amaçlanmıştır. Bu amaçla NSm (369 baz çifti), NSs (477 baz çifti)'in optimize sekansları pETSUMO, pET28b ve pET30b vektörlerine klonlanmış ve Escherichia coli BL21 (DE3) suşu N veya C-terminalinde His-tag barındıran proteinlerin ekspresyonunda konak olarak kullanılmıştır. Elde edilen rekombinant proteinler Western Blotlama ve enzim immün assay (EİA) ile KKKAV antikor pozitif ve negatif hasta serumlarında spesifik antikorların aranmasında kullanılmıştır. İki protein de Western Blotlamalarda KKKAV antikor pozitif hasta serumlarıyla reaksiyon vermiş, EİA ile taranan KKKAV antikor pozitif hasta serumlarının % 66'sı NSm ve NSs spesifik IgG yönünden pozitif bulunmuştur. Rekombinant proteinler ile bağışıklanan farelerden ise yüksek titrede antikor elde edilebilmiştir. Bu proteinlerin gerçek rollerinin belirlenmesi için daha ileri çalışmalar gerekmektedir.
Meralarda beslenen ineklerin sütlerinden probiyotik mikroorganizmanın izolasyonu ve tanımlanması
Laktik asit bakterileri (LAB), özellikle süt ve süt ürünleri gibi fermente gıdaların içeriğinde bulunan, gıdalarla tüketilen probiyotik mikroorganizmalardır. Söz konusu çalışmada; Türkiye'nin Eskişehir ili Seyitgazi İlçesindeki meralarda bulunan ve herhangi bir endüstriyel yem tüketmeyen ineklerden elde edilen çiğ süt ürünlerinden LAB'nin izolasyonu ve karakterizasyonu yapılmıştır. Süt ve süt ürünleri, bakteriyolojik incelemeler için elle sağım yapan üreticilerden toplanmıştır. Simental ve Montofon inek ırklarına ait toplam dört örnek alınmış ve laktik asit bakteri izolasyonu yapılmıştır. Toplam 30 adet saf laktik asit bakteri izolatı elde edilmiştir. İzolatlara ait seçici besiyeri ortamındaki morfolojik, biyokimyasal özellikler (katalaz testi, tuz toleransları) değerlendirilmiştir. Bazı çevresel fizyolojik (sıcaklık, karbonhidrat fermantasyonu) koşullardaki üreme fizyolojisi ve antibiyotik direnç testleri uygulanmıştır. Yapılan testlerin sonuçlarına göre, ileri testlerle kanıtlanmak üzere bazı probiyotik özellikleri taşıyan potansiyel izolatlar elde edilmiştir. Türkiye'de doğal sütlerden probiyotik bakteri izolasyonu ve tanımlanması konusunda az sayıda çalışma olması ve endüstriyel yemle beslenmeyen ineklerden alınan çiğ sütte probiyotik bakterilerin izolasyonu ve tanımlanmasına ait bir çalışmaya rastlanılmaması sebebiyle çalışma önem taşımaktadır. Çalışmada elde edilen laktik asit bakteri izolatlarının tür düzeyinde identifikasyonu ve probiyotik özelliklerinin net olarak ortaya konması için ilave testlere gereksinim olduğu sonucuna varılmıştır.
Kolostrumdan elde edilmiş liyofilize postbiyotiklerin sitotoksik ve apoptotik etkileri
Mikrobiyotada meydana gelen disbiyoz sonucunda ortaya çıkan önemli sağlık sorunlarından biride kanserdir. Kolorektal kanser, dünya çapında her yıl tahmini 1.000.000 yeni vaka ve gelişmiş dünyada yaklaşık %33'lük önemli bir ölüm oranı ile kanser insidansının üçüncü önde gelen nedenidir. Sığır kolostrumu (SK), antikanser etki gösterme potansiyelinden ötürü araştırmacıların gün geçtikçe ilgisini çekmeye başlamıştır. SK, güçlü antioksidan, antiinflamatuar, anti-kanser ve anti-mikrobiyal özelliklere sahip bir glikoprotein olan laktoferrin açısından zengindir. Kolostrum probiyotik özellikli bakteriler açısından da fazlaca çeşitlilik içermektedir. Bu tez kapsamında; 21 gün fermente edilmiş kolostrumdan izole edilmiş laktik asit bakterilerinin, klasik ve moleküler yöntemlerle tanımlanması, otoagregasyon ve koagregasyon, biyofilm oluşturma, antibiyotik duyarlılıkları, antimikrobiyal aktivite, laktik asit üretimi, hemolitik aktiviteleri, pH, tuz, safra tuzu ve asit dirençleri belirlenmiştir. Caco-2 hücre hattı üzerinde MTT yöntemi ile sitotoksik ve Anneksin V-PI yöntemi ile de apoptotik etkileri ise liyofilize postbiyotikler kullanılarak araştırılmıştır. Biyolojik aktivite açısından öne çıkan beş tür Lacticaseibacillus rhamnosus olarak tanımlanmıştır. IC50 değerleri 8.657- 15.520 mg/mL arasında bulunmuştur. Akış sitometride yapılan çaşılmalarda ise; liyofilize postbiyotiklerin geç apoptozise neden olduğu bulunmuştur. Postbiyotiklerin, probiyotiklere kıyasla canlı mikroorganizma içermemesi, çözünebilir bakteri metabolitlerini içermesi, saklama koşulları, dayanıklılık gibi üstün özelliklere sahip olması gelecekte gıda, kozmetik ve takviyeler açısından sağlık yararına kullanılma potansiyelini ortaya koymaktadır. Anahtar Sözcükler: Kolorektal kanser, kolostrum, probiyotik, akış sitometri.
Fungal sekonder metabolitlerinin A549 hücre hattında sitotoksik ve apoptotik etkilerinin araştırılması
Kanser, 21. yüzyılın en önemli halk sağlığı sorunlarından biridir. Akciğer kanseri dünya çapında en sık görülen kanser türlerinden biri olup, 2022 yılında 1.9 milyondan fazla yeni vaka görülmüştür. Doğada hemen her yerde bulunabilen, ekstrem koşullara uyum sağlamış mikrofunguslardan elde edilen sekonder metabolitler antimikrobiyal, antikanser, immünosüpresan gibi birçok biyolojik aktiviteye sahiptir. Tez kapsamında, antioksidan aktivitelerine göre seçilen 9 fungus izolatı klasik yöntemle identifikasyonu yapılarak Aspergillus ve Penicillium cinsi olarak belirlenmiştir. Fungus izolatları 30 gün sıvı antioksidan besiyerinde fermente edildikten sonra etil asetat ile ekstraksiyon işlemi gerçekleştirilmiştir. Fungal özütler, DPPH yöntemi ile antioksidan aktivitesi, antimikrobiyal aktivitesi, MTT yöntemi ile sitotoksik etkisi, Annexin V-PI ve Kaspaz 3 yöntemleri ile apoptotik etkileri araştırılmıştır. Fungus izolatlarından bir tanesi Talaromyces flavus olarak tanımlanmıştır. Üç fungus izolatı %70'in üzerinde antioksidan aktivite göstermiştir. IC50 değerlerine göre Talaromyces flavus özütü ve fermentasyon sıvısının liyofilize edilmiş örneği, A549 hücre hattı üzerinde yüksek sitotoksik etki gösterirken, sağlıklı hücre hattı olan BJ hücrelerinde ise düşük sitotoksisite göstermiştir. Akış sitometride yapılan çalışmalarda fungal özütlerin erken apoptoza neden olduğu görülmüştür. Tez kapsamında yapılan çalışmalar Aspergillus ve Penicillium cinslerine ait sekonder metabolitlerin antioksidan, antikanserojenik ve antimikrobiyal olmak üzere birçok biyolojik aktiviteye sahip olduğunu göstermektedir.
Kremlerin mikrobiyolojik analizi
Kozmetik ürünler insan vücudunun deri ve mukoza gibi dış bölgelerini korumak, temizlemek, hoş koku vermek vb. amaçlarla kullanılırlar. Kozmetik ürünlerin steril olma zorunluluğu olmaması sebebiyle kontaminasyon riski her zaman önemini korumaktadır. Türkiye Kozmetik Yönetmeliğinin 6. maddesine göre piyasaya sunulan herhangi bir kozmetik ürünün üretiminin belirli şartlar altında olması ve ürünün sunumu, etiketlenmesi, kullanımı ile ilgili açıklamalara dikkat edilerek uygulama yapılması gerekmektedir. Kozmetik kanununa göre kozmetik ürünlerin, kullanıcıların sağlığı bakımından mikrobiyolojik analizlerinin iyi şekilde yapılması gerekir. Kremler steril olma zorunluluğu olmayan kozmetik ürünler oldukları için çeşitli mikroorganizmalara rastlamak mümkündür. Kozmetik ürünlerdeki mikroorganizmaların patojen olmaması ve birim miktarının belirlenen sınırı geçmemesi gerekir. Krem gibi ürünler içeriklerinde bulunan ve mikroorganizmaların üremesini sağlayan besleyici maddelerden dolayı kontaminasyona uygun ortam sağlarlar. Bu tez çalışması kapsamında piyasadan temin edilen bazı krem örnekleri mikrobiyolojik olarak incelenmiş ve ürünlerin kontaminasyon düzeyleri belirlenmiştir. Çalışılan 10 adet ürünün bir adedinde bakteriyel, bir adedinde ise küf kontaminasyonuna rastlanmıştır. Üründe sayılan birim bakteri kontaminasyonu yasal sınırın üzerindedir. Kremler her yaş grubundan geniş tüketici kitlesine hitap ettiği için çalışma sonuçlarının piyasadaki ürünlerin sağlık açısından güvenirliğinin ölçülmesi bakımından faydalı olacağı düşünülmektedir.
Laktik asit bakterilerinden ekzopolisakkarit izolasyonu ve biyolojik aktivitelerinin belirlenmesi
Bu tez çalışmasında kolostrumdan izole edilen laktik asit bakterilerinden ekzopolisakkarit ekstraksiyonu yapılmıştır. Ekzopolisakkaritler bağışıklık sistemini geliştirici, kolesterolü düşürücü, antiülser ve antitümör gibi bir çok etkiye sahiptirler. İzole edilen laktik asit bakterilerinin laktik asit üretimi, hemolitik aktiviteleri, pH, safra tuzu ve asit dirençleri, klasik ve moleküler yöntemlerle tanımlanması, otoagregasyon, koagregasyon, biyofilm oluşturma yetenekleri, antibiyotik duyarlılıkları ve antimikrobiyal aktivitesi belirlenmiştir. İzole edilen ekzopolisakkaritler liyofilize edilerek HepG-2 hücre hattı üzerinde MTT yöntemi ile sitotoksik, Anneksin V-PI yöntemi ile apoptotik etkileri araştırılmıştır. Hücre içi ve hücre dışı sitokin seviyeleride akış hücremetrede belirlenmiştir. Moleküler tanımlama sonuçlarına göre tüm suşların L. rhamnosus olduğu belirlenmiştir. IC50 değerleri 3.02-6.5 mg/mL arasında bulunmuştur. Akış sitometri sonuçlarına göre; liyofilize EPS örneklerinin erken apoptoza neden olunduğu tespit edilmiştir. Sitokin sonuçlarına göre ise, TNF-α, IL-1β ve IL-6 sitokinlerde kontrola göre liyofilize EPS örneği uygulanmış hücrelerde azalma, IL-10 sitokininde ise artış olduğu belirlenmiştir. Laktobasillerden izole edilen ekzopolisakkaritlerin hem immünite hem de sitotoksik aktivite açısından önemli potansiyelleri bulunmaktadır.
Reboksetin kullanımının bağırsak florası üzerine etkisinin biyoinformatik analizi
Mikrobiyom insan vücudunun en karmaşık bileşenleri arasında yer almaktadır. İkinci beyin olarak adlandırılan bağırsak florası en fazla sayıda ve çeşitlilikte mikrorganizma barındırmaktadır. Hastalıklar ve hastalıkların tedavisine olanak sağlayan ilaçlar mikrobiyata çeşitliliğinde ve metabolizma üzerinde etki göstermektedir. Bu tezde ise diyabetle birlikte sıkça gelişen depresyon tedavisinde kullanılan antidepresanlardan seçici noradrenalin geri alım inhibitörü bir antidepresan olan Reboksetinin farklı iki doz kullanımının ve sağlıklı-diyabetik kontrol gruplarının bağırsak florasının üzerindeki etkisinin biyoinformatik analizle ortaya koymayı amaçlamaktadır. Bu amaçla diyabetik ve sağlıklı farelere 8 mg/kg ve 16 mg/kg reboksetin uygulması sonrası gaita örneklerinden DNA izole edilmiştir. Amplikasyon işlemi için 16S rRNA bölgesine spesifik V3-V4 primerler kullanılmış ve Illumina Miseq ile sekanslama yapılmıştır. Önişlemlerden sonra QIIME 1.90 biyoinformatik analiz programı kullanılmış olup alfa metrikler açısından fark gözlenmemiştir. Beta çeşitlilik tüm deney gruplarında, diyabetik-sağlıklı kontrol gruplarında, diyabetiklere uygulanan ilaç dozlarında ( p<0,005) istatiksel olarak anlamlı bulunmuştur. LefSe Analizleri sonrası Lactobacillus, Turicibacter, Streptococcus anlamlı (p<0,05) olarak ilaçsız grupta artış gösterirken, Prevotella, Parabacteroides, Bacteroides, Flexispira, Desulfovibrio anlamlı olarak (p<0,05) reboksetin ilacı uygulanmış grupta artış gösterdiği ortaya konmuştur. Sonuçlar doğrultusunda reboksetinin mikrobiyotada diyabetik vakalara benzer disbiyozise neden olabileceği ortaya koyulmuştur. Anahtar Sözcükler: Reboksetin, Bağırsak florası, Biyoinformatik mikrobiyata analizi.
Topraktan aktinomiset izolasyonu ve bazı biyolojik özelliklerinin araştırılması
Aktinomisetler farklı ve geniş habitatlarda, özellikle doğal toprak habitatlarında yayılış gösteren, mikroorganizmalar arasındaki en kalabalık populasyona sahip bakteri grubudur. Eski zamanlardan beri mikroorganizmaların özellikle toprak mikroorganizmalarının biyoaktif metabolitleri çalışılmakta ve elde edilen bilgiler bilim, tıp, tarım ve farmasötik endüstrilerine katkılar sağlamaktadır. Bu çalışmada orman topraklarından Aktinomiset türlerinin izolasyonu, morfolojik, biyokimyasal ve moleküler metodlar ile tanımlamaları yapılmış olup; izolatların biyoaktif metabolitinin ektraksiyonu yapılmış ve elde edilen ekstrenin antimikrobiyal, antibiyofilm ve sitotoksite gibi biyolojik aktivitelerinin araştırılması geçekleştirilmiştir. Toplanan orman toprakları örneklerinden mikrobiyolojik izolasyon metodları ile elde edilen izolatlarının morfolojik biyokimyasal ve moleküler özellikleri araştırıldıktan sonra, izolatlar Aktinomiset grubunun üyesi, Brevibacterium spp. olarak tanımlanmışlardır. Brevibacterium spp. Aktinomiset cinsinin endüstriyel açıdan önemli bir cinsi olarak bilinmektedir. İzolatların antibiyotik direnç özellikleri standart antibiyotiklerle ve farklı konsantrasyonlarda antimikrobiyal metodlar kullanılarak belirlenmiştir. Genelde Brevibacterium, toprakta bulunan ağır metallere tolerans gösterme potansiyelleriyle bilindikleri için izolatların krom toleransları araştırılmıştır. Brevibacterium spp. izolatları hazırlanan modifiye besiyerinde kültüre edilerek biyoaktif metabolitleri ekstrakte edilmiştir. Ekstrenin antimikrobiyal, antibiyofilm etkileri standart mikroorganizmalar ve sitotoksik etkileri Artemia salina larvaları üzerinde farklı konsantrasyonlar kullanılarak çalışılmıştır. Antimikrobiyal (MİK) değerleri bakteriler için 2500 µg/mL ve mayalar için 1250 µg/mL olarak belirlenmiştir. Antibiyofilm (MBEK) değeri ise 1250 µg/mL'dir. Sitotoksik etkin değer 2500 µg/mL konsantrasyonda bulunmuştur. Bu sonuçlar, elde edilen Brevibacterium spp. izolatının endüstriyel ve farmasötik açıdan bir potansiyel taşıdığını göstermiş olup daha detaylı farmasötik araştırılmalar da planlanmaktadır.
Bir hücre fabrikası olarak saccharomyces cerevisiae'da metabolizma mühendisliği stratejileri kullanarak taksol üretimi
İzoprenoidler doğada birçok yerde bulunmaktadır ve temel hücre bileşenlerinden ikincil metabolitlere kadar çeşitlilik göstermektedir. Terpenoidler (izoprenoidler) gibi doğal ürünler genellikle orijinal kaynaklarından özütlenerek elde edilmektedir, çünkü çoğu zaman birden fazla kiral merkez içeren bu kadar karmaşık yapıların ticari sentezi çok zordur ve ekonomik değildir. İzoprenoid biyosentetik yolu, metabolizma mühendisliği açısından çok dikkat çekmektedir ve bu yollar üzerinde metabolik akışı arttırmada önemli ilerlemeler kaydedilmiştir. İyi bilinen bir izoprenoid olarak taksol çeşitli kanserlerin tedavisinde yaygın olarak kullanılan güçlü bir antikanser ilaçdır. Taksolün orijinal kaynağı T. brevifolia'dır fakat bu ağacın kabuklarından elde edilen miktar oldukça düşüktür. Bu çalışmada metabolizma mühendisliği stratejileri kullanarak bir model organizma olan S. cerevisiae'da taksol öncülerinin miktarının arttırılması hedeflenmiştir. Taksol öncüleri S. cerevisiae'da mevalonat yolağından üretilmektedir ve mevalonat yolağı sitozolde bulunan asetil-KoA yolağı ile beslenmektedir. Dolayısıyla akışı asetil-KoA'ya yönlendirebilmek için indüklenebilen bir promotor olan pHXT7 'yi kullanarak farklı mutant suşlarda ADH2 geninin akışı kontrollü bir şekilde arttırılarak yolak taksadiene doğru yönlendirilmiştir. Taksedien miktarlarındaki değişim GC-MS ile analiz edilmiştir. Anahtar Sözcükler: Saccharomyces cerevisiae, metabolizma mühendisliği, asetil-KoA, taksol, pHXT7
Atomoksetin flukonazol kombinasyonunun candida albicans üzerine antifungal etkisinin transkriptom analizi
Günümüzde artan ilaç dirençleri ve bu direnç mekanizmalarının meydana getirdiği yan etkiler sorunları beraberinde getirmektedir. Antifungal direncin özellikle güçlü bir antifungal olan flukanazole karşı gelişmesi nedeni ile farklı ilaçlara ve ilaç kombinasyonlarına daha fazla ihtiyaç duyulmaktadır. Yapılan çalışmalar baz alınarak bu tezde farklı ilaçların antifungal aktivitesi araştırılmış ve bu ilaçlardan daha önce antimikrobiyal aktivitesi çalışılmamış olan antidepresan Atomoksetinin kontrollerden daha az etkili diğer ilaçlardan daha fazla etkili antimikrobiyal aktivitesine rastlanmıştır. Atomoksetinin antifungal etkisinin günümüzde antifungal olarak kullanılan flukanazol ile kombine kullanıldığında arttığı yapılan ön çalışmalar ile belirlenmiştir. Yapılan dama tahtası analizi ile Atomoksetin ve Flukanazol kombinasyonunun C. albicans üzerine sinerjik etkisi belirlenmiştir. Bir başka antimikrobiyal aktivite analizi olan ölüm kinetiğiyle bu iki maddenin fungisidal aktivitesine rastlanmıştır. Bu antifungal etki transkriptom analizi ile detaylandırılmıştır. İlaçlı ve ilaçsız yapılan transkriptom analizinde kombinasyonun genler üzerindeki etkisi tespit edilmiştir. Anahtar Sözcükler: Atomoksetin, Flukanazol, Antifungal aktivite, Transkriptom analizi
Bazı doğal bileşiklerin biyofilm oluşumu üzerine etkilerinin bağırsak hücreleri üzerinde araştırılması
Mikroorganizmaların planktonik ve biyofilm formları; gıda, sağlık, tarım ve endüstri gibi alanlarda potansiyel bir tehdit kaynağı oluşturmaktadır. Biyofilm oluşumu, mikroorganizmaların planktonik formdan biyofilm formuna geçen süreçde gerçekleşmektedir. Son yıllarda biyofilm oluşumu ile ilgili problemler giderek artmaktadır. Özellikle bağışıklığı bozulmuş kişilerde, fırsatçı patojenlerin oluşturduğu biyofilm kökenli enfeksiyonlar sıklıkla görülmektedir. Tez kapsamında, doğal bileşiklerden gallik asit, resveratrol ve kurkuminin P. aeruginosa, S. aureus, E. faecalis ve E. coli bakterilerine karşı antibakteriyel ve antibiyofilm etkileri ve Caco-2 insan kolon kanseri ve THP-1 insan monosit hücre hatları üzerinde antiproliferatif etkileri araştırılmıştır. Bu araştırmalar sonucunda kullanılan doğal bileşikler konsantrasyona bağlı olarak, bakterilerin ve hücre hatlarının proliferasyonunu azaltmıştır. Özellikle Caco-2 hücresinde gallik asitin IC50 konsantrasyonunun 50 µM olduğu belirlenmiştir. E. coli normal bağırsak florasının baskın türü olduğundan dolayı in vitro ko kültür modelinde inflamasyon oluşturmak için E. coli LPS kullanılmıştır. THP-1 monosit hücreleri, E. coli LPS ile uyarılarak inflamasyon oluşturulmuştur. THP-1 ve Caco-2 hücreleri kullanılarak oluşturulmuş in vitro ko kültür modelinde, 50 µM gallik asitin pro/anti-inflamatuar sitokinleri açısından immünolojik etkileri değerlendirilmiş, TNF-α ve IL-1ß seviyelerinde inhibisyon olduğu gözlemlenmiştir. Aynı zamanda gallik asitin in vivo olarak sıçanlar üzerinde çalışılan ülseratif kolit modelinde etkileri araştırılmış ve patogenez oluşumunu azaltmada önemli bir rol oynadığı görülmüştür. Gallik asit, antimikrobiyal, antibiyofilm aktiviteye sahip, in vitro ko kültür modelinde ve in vivo ülseratif kolit modelinde antiinflamatuar etki gösteren önemli bir doğal bileşiktir.
Klinik Acinetobacter baumannii izolatlarında florokinolon direnç mekanizmalarının araştırılması
Acinetobacter baumannii fırsatçı bir patojen olup, nozokomiyal enfeksiyonların en önemli etkenlerinden biridir. Bir çok antibiyotiğe dirençli oluşu, neden olduğu enfeksiyonların tedavisini zorlaştırmaktadır. Florokinolonlar hastane ve toplum kaynaklı birçok enfeksiyonun tedavisinde kullanılan antibiyotikler olup, direnç gelişiminde rol oynayan mekanizmaların belirlenmesi önem taşımaktadır. Bu çalışmada hastane kaynaklı A. baumannii izolatlarının siprofloksasin (CIP) ve levofloksasin (LEV) minimum inhibitör konsantrasyonlarının (MİK) belirlenmesi, klonal ilişkilerinin incelenmesi, florokinolonlara direnç gelişiminden sorumlu olan DNA giraz ve topoizomeraz IV enzimlerini kodlayan genlerdeki mutasyonlar ile efluks pompalarının aşırı ekspresyonunun araştırılması amaçlanmıştır. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'nda farklı klinik örneklerden izole edilen CIP dirençli 79, aynı antibiyotiğe duyarlı iki izolat olmak üzere toplam 81 A. baumannii kökeni çalışmaya alındı. CIP ve LEV MİK değerleri sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle belirlendi. Kökenlerin klonal yakınlıkları ERIC (enterobacterial repetitive intergenic consensus) -PZR yöntemi ile araştırıldı. Her farklı klon ve alttipi temsilen seçilen 16 kökende gyr-A ve par-C genlerindeki mutasyonlar dizi analizi ile belirlendi. Seçilen kökenlerde efluks pompalarının aşırı ekspresyonu, pompa inhibitörleri varlığında gerçekleştirilen sıvı mikrodilüsyon ve florometrik akümülasyon deneyleri ile araştırıldı. İncelenen A. baumannii kökenlerinde MİK50 ve MİK90 değerlerinin CIP için 256 ve ≥256 aynı değerlerin LEV için 32 ve 128 olduğu belirlendi. Genel olarak CIP MİK değerlerinin LEV MİK değerlerine göre yüksek olduğu saptandı. İzolatların 10 farklı klona ayrıldığı, ancak bunların büyük çoğunluğunun klonal olarak ilişkili oldukları gözlendi. Seçilen temsilci kökenlerin gyr-A geninde en sık rastlanan önemli mutasyonlar Ser83Leu ve Asp87Glu, par-C geninde ise Ser80Leu'di. Temsilci kökenlerden yedisinde sadece mikrodilüsyon yöntemiyle, 11 kökende ise sadece florometrik olarak aşırı pompa ekspresyonu gözlenirken, beş kökende her iki yöntemle de olumlu sonuç elde edildi. Mikrodilüsyon yöntemiyle aşırı ekspresyonu saptamada CIP'in LEV'den daha iyi olduğu görüldü. İncelenen hastane kaynaklı ve klonal olarak ilişkili A. baumannii izolatlarında gözlenen yüksek florokinolon MİK değerlerine, hedef bölge mutasyonlarının yanı sıra, efluks pompalarının aşırı ekspresyonunun yol açtığı sonucuna varıldı. Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii; Florokinolon; QRDR; efluks; ERIC-PZR