6
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
The impact of early life stress on airway remodeling and severe asthma related gene profile in mice
Aim and objective: Neonatal and infants may suffer from stress due to many reasons. Stress may be unavoidable nowadays and has a negative impact which may be the initiator of different diseases. Early life stress influences the airway, which may result in asthma at any stage of life; it also impacts the severity of asthma and the airway structure. Chronic stress increases cortisol levels via Hypothalamic-pituitary-adrenal (HPA) axis activation. Imbalanced cortisol increases the pro-inflammatory cytokines in the blood, which induce inflammation. In this study, mRNA expression of the airway remodeling and severe asthma-related genes were investigated in the early-life stressed mice and in vitro chronic low and high-stress mimic conditions by administrating dexamethasone. Methods: In this study, mRNA expression of the airway remodeling and severe asthma-related genes were investigated in the early-life stressed mice and in vitro chronic low and high-stress mimic conditions. The mice were separated the mother 3 hours daily from postnatal days 1-14 (PND1-PND14), and blood was collected on PND35. The administration of chronic low (10nM) and chronic high (100nM) of dexamethasone for a duration of five days in vitro Beas 2B cell to produce chronic low and chronic high stress mimic condition. . RNA was extracted from the blood of mice and human bronchial epithelial cell Beas 2B followed by the synthesis of complementary DNA (cDNA). RT-PCR was performed to evaluate the mRNA expression level. Graphical presentation was performed in Graph pad prism 8.4.3. Results: In vivo results shows that early life stress has an elevation of the Postn, Chi3l1 & Ccl11 genes, which are related to asthma severity and airway remodeling. In vitro, chronic low and high stress has been found to have an impact on the expression of IL-33 levels by increasing significantly (fold change 4.9 and 3.28 respectively). Conclusion: Exposure to stress during early life has been found to have a significant impact on the development of asthma and the remodeling of airways. Keywords: Early life stress, Chronic Stress, Airway remodeling, Severe asthma, dexamethasone.
Single-cell multi-OMICs and functional immune profiling reveal increased innateness and interferon-driven pathways in Behçet's disease skin and blood
Behçet's Disease (BD) is a chronic, multi-system inflammatory disorder with both autoimmune and autoinflammatory features, arising in genetically predisposed individuals exposed to environmental triggers. While prior studies have largely focused on immune dysfunctions in peripheral blood, including increased Th17, Th1, and cytotoxic CD8+ T cells. Innate immune cells, including natural killer (NK) cells and γδ T cells have also been implicated in BD pathophysiology. Despite these advances, a significant gap remains in understanding the immune landscape of BD, particularly in affected skin tissues, one of the cardinal sites of disease pathogenesis. To date, no comprehensive study has integrated single-cell, molecular, and functional analyses to characterize immune dysregulation in both the blood and skin of BD patients. To address this gap, we performed single-cell RNA sequencing (scRNAseq), TCR sequencing, flow cytometry, and functional analyses on BD skin tissue and PBMCs, comparing them with healthy controls. Our scRNAseq and flow cytometry analyses revealed significant enrichment of plasmacytoid dendritic cells (pDCs), mucosal-associated invariant T (MAIT) cells, NK cells, ILC3s, and memory B cells in BD skin lesions. These populations were associated with robust type I immune responses and heightened expression of cytotoxic molecules, including granzyme B, granzyme K, and perforin. Effector memory CD4+ and CD8+ T cells exhibited a cytotoxic and inflammatory profile, characterized by increased production of IFN-γ, GZMK, and CCL5, while pathway analysis indicated significant activation of the JAK-STAT signaling pathway. Additionally, myeloid cells demonstrated upregulation of inflammasome-related genes linked to enhanced toll-like receptor signaling, as revealed by scRNAseq. Functional studies showed increased IFN-γ and TNF-α expression in Th, Tc, and MAIT cells in BD skin, contrasting with their decreased expression in blood Th cells. Overall, our findings reveal that innate immune cells and innate T lymphocytes, in conjunction with an activated Th1/Tc1 pathway, play a central role in BD pathogenesis. This study highlights the intricate immune dysregulation underlying BD, offering insights into potential therapeutic targets for this complex disease.
Translasyonel tıp bakış açısı ile candida albicans ve candida dubliniensis' in tanısı ve ayırıcı tanısında biyolojik gösterge olarak türe özgü yağ asidi metil ester araştırması
daha sonra doldurulacaktırGiriş: Candida türleri konak savunma sisteminin zayıflaması durumunda 'fırsatçı patojen' olarak davranarak 'kandidazis' olarak adlandırılan enfeksiyonlara neden olurlar. Fenotipik ve genotipik açıdan birbirine oldukça benzer olmasından dolayı Candida albicans (Calbicans) ve Candida dubliniensis (C.dubliniensis) türlerinin tanı ve ayırıcı tanılarında zorluklar yaşanır. Candida albicans ve Candida dubliniensis türlerinin antifungallere karşı direnç – duyarlılık şekilleri farklılık gösterebildiği için, ayırıcı tanıları özellikle immün yetmezlikli hastalarda önem kazanır. C.dubliniensis' in birçok izolatının antifungallere karşı duyarlı olmasına rağmen 'multidrug transporter genleri' eksprese ederek direnç geliştirebilmektedir. MIDI Sherlock Mikrobiyal tanımlama sistemi, türe özgü olan mikrobiyal yağ asidi metil esterlerini (FAME) gaz kromatografisi (GC) cihazı ile analiz ederek mikroorganizmaların identifikasyonunu sağlar. Amaç: Calbicans ATCC 10231 ve C.dubliniensis CD36 standart suşlarının amfoterisin B antifungaline karşı 'Mininmum İnhibisyon Konsatrasyonu' (MİK) değerlerinin belirlenmesi, antifungal etkisinde biyofilm oluşumunun değerlendrilmesi ve yağ asidi profillerinin belirlenmesidir. Yöntem: Candida albicans ATCC10231 ve Candida dubliniensis CD36 standart suşlarından analiz için hazır 'hücresel yağ asitleri' elde edildi. Amfoterisin B antifungalinin Minimum İnhibisyon Konsantrasyonu (MİK) değerlerini belirlemek için Avrupa Antimikrobiyal Duyarlılık Testi Komitesi (EUCAST) sıvı mikro dilüsyon yöntemi kullanıldı. Antifungal etkisindeki suşların biyofilm değerlendirmesi kristal viyole boyama yöntemi ile yapıldı. 2 Bulgular: C.albicans ATCC 10231 suşu için amfoterisin B MİK yoğunluğu 64 µg/ml olarak belirlendi. C.dubliniensis CD36 suşu için amfoterisin B MİK yoğunluğu 64 µg/ml olarak belirlendi. Antifungale maruz bırakılmayan C.albicans ATCC 10231 ve C.dubliniensis CD36 suşlarının biyofilm oluşturduğu saptandı. Suşların amfoterisin B MİK konsantrasyonlarında da biyofilm oluşturduğu görüldü. C.dubliniensis CD36 suşunun C.albicans ATCC 10231 suşuna göre yüzeye daha güçlü adere olduğu tespit edildi. Amfoterisin B antifungalinin MİK ve sub-MİK konsantrasyonları C.dubliniensis CD36 suşunun biyofilm olşumunda inhibisyona yol açarken, MİK yoğunluğu C.albicans ATCC 10231 suşunda anlamlı bir inhibisyona neden olmadığı belirlendi ve sub-MİK yoğunluklarında biyofilm oluşumunun istatiksel olarak anlamlı bir şekilde arttığı belirlendi. C.albicans ATCC 10231 suşuna spesifik iki, C.dubliniensis CD36 suşuna spesifik bir referans pik olduğu belirlendi. Bir tanesi dallanma özelliği farklı olan toplam altı ortak yağ asidi referans piki elde edildi. Sonuç: C.dubliniensis CD36 ve C.albicans ATCC 10231 suşlarının amfoterisin B antifungali için MİK yoğunlukları aynı olmasına rağmen C.dubliniensis CD36 suşunun yüzeye daha güçlü adere olduğu tespit edilmiştir. C.dubliniensisCD36 suşu yüzeye daha güçlü adere olmasına karşın, amfoterisin B antifungalinin inhibisyon etkisinin C.albicans ATCC 10231 suşuna göre daha fazla olduğu saptanmıştır. Elde edilen sonuçlar gösteriyor ki, morfolojik ve genotipik olarak birbirine benzer olan suşlarla yapılan analizlerde elde edilebilinecek türe özgü tanı belirteçleri, enfeksiyonun tanısının konulmasında ve seyrinin izlenmesinde son derece önemlidir. Anahtar Sözcükler: Candida albicans, Candida dubliniensis, Minimum İnhibisyon Konsantrasyonu (MİK), Yağ Asidi Profilleri
Lumbal disk hernili olgularda lumbal lordoz biyomekaniğinin değerlendirilmesi. Klinik steorolojik çalışma
Lumbal vertebraların volumetrisi ve discus intervertebralis'lerin volumetri ve morfometri özelliklerinin bilinmesi, dejeneratif disk hastalıkları üzerinde başarılı bir yaklaşımın gerçekleştirilmesi için önemlidir. Bu çalışmada; intervertebral disklerin yüksekliklerinin ve konkavite indeks değerlerinin disk hernili olgular ile sağlıklı olguların MR görüntüleri ve ayrıca lumbal vertebraların korpusları ile intervertebral disklerin volumlerinin sağlıklı ve disk hernili olgularda yaşa ve cinsiyete bağlı olarak karşılaştırılması amaçlandı. Discus intervertebralis'deki konkavite indeks değerinde yaşa ve cinsiyete bağlı olarak oluşan değişiklikler, lumbal lordozdaki farklılaşmanın değerlendirilmesi amacıyla kaydedildi. Yaş aralığı 18-75 olan 50 (25 kadın ve 25 erkek) lumbal disk hernili ile yaş aralığı 18-75 olan (20 kadın ve 20 erkek) kontrol grubu incelendi. Her iki grupta da disk hacmi Cavalieri yöntemi kullanılarak stereolojik olarak değerlendirildi. Konkavite indeksi ise, santral disk yüksekliğinin (c) , anterior disk yüksekliğine (a) oranı olarak değerlendirildi. Artmış konkavite indeks (c/a) oranı lumbal lordozda azalma/düzleşme olarak değerlendirildi. Sağlıklı olgular ile disk hernili olgular karşılaştırıldığında yaşa bağlı olarak dejenerasyon ve diskte dehidrasyona bağlı hacim kaybı oluştuğu saptandı. Discus intervertebralis'in morfometrik olarak değerlendirmesi ve ayrıca lumbal lordozun konkavite indeks hesaplanarak yaşa ve cinsiyete bağlı olarak disk hernili olgularda ortaya konulması, hem radyolojik tanı hem de klinik yaklaşım ve tedaviye katkı sağlayabileceği öngörüsündeyiz.
Kolorektal kanseri hücrelerinin 5-Florourasil (5-FU) duyarlılığı üzerine laktik asit bakteri (LAB) kaynaklı postbiyotik etkisinin araştırılması
Kolorektal kanserlerde kullanılan en önemli kemoterapötik molekül 5-Florourasil'dir. Kimi hastalarda 5-FU'ya karşı gelişen duyarsızlık prognozu olumsuz yönde etkilemektedir. Ölümlerin çoğu kemoterapiye duyarsız hücrelerin metastazına bağlıdır. Kemoterapiyle birlikte probiyotik ve postbiyotik kullanımına dayanan adjuvan müdahalelerin klinik prognozu olumlu etkileyeceği hipotezi tedavide potansiyel bir stratejidir. Canlı probiyotik mikroorganizma kullanımında görülen faydalı etkiler bazı durumlarda kısa ömürlü, etkisiz ve belirsizdir. Bu dezavantajlar probiyotiklerden elde edilen metabolik ürünler olan postbiyotiklerin önemini arttırmaktadır. Kanser hücreleri ağır stres koşullarında otofajiyi kullanarak hayatta kalabilmektedirler. Bu süreç tümör büyümesini, tedaviye duyarsızlığı arttırmaktadır. Otofajinin inhibe edildiği tümörlerden izole edilen kanser hücrelerinin, otofaji inhibisyonu gerçekleştirilmemiş kanser hücrelerine göre eksojen stres uyaranlarına daha duyarlı olduğu görülmüştür. Literatürde laktik asit bakterisi kaynaklı postbiyotikler ve kemoterapinin kombine uygulanmalarının oluşturduğu kemoterapötik yanıtta otofaji etkisinin olup olmadığını bildiren bir çalışma bulunmamaktadır. Bu amaçla çalışmamızda, 5-FU'ya duyarlı kolorektal adenokarsinom (HT-29), literatürde 5-FU'ya duyarsızlığı kanıtlanmış olan kolorektal adenokarsinom (Caco-2) ve kontrol grubu olarak normal insan fibroblast (BJ) hücreleri kültür ortamında 5-FU ve/veya postbiyotikle (LAB kaynaklı) muamele edilerek otofajik süreçleri incelenmiştir. Kullanılan postbiyotikler Ankara bölgesinde geleneksel yollarla hazırlanan yoğurt örneklerinden izole edilen probiyotiklerden elde edilmiştir. Antioksidan kapasitesi en yüksek postbiyotik çalışmamızda kullanılmıştır. 5-FU'nun kültür ortamında etkin değeri saptanmıştır. Takiben 5-FU ve/veya postbiyotik kombine uygulamasının otofajik yolaklar üzerine etkisi Geri Transkripsiyon Polimeraz Zincir Reaksiyonu qRT-PCR ve Western Blot ile belirlenmiştir. Çalışmanın sonucunda LAB kaynaklı postbiyotiklerin kolorektal kanseri hücrelerinde 5-FU tedavisi sonucu uyarılan otofaji sinyal yolağında inhibisyon etkisine neden olduğu gösterilmiştir. Çalışmamızın çıktıları ileriki çalışmalar için öncü nitelik taşımaktadır. Çalışmamız, hücre kültüründe hücrelerin ilaçlara etkinliği saptamada, tedavi dozunu belirlemede daha doğru bir projeksiyon sağlayacak farmakovijilans çalışmalarına ışık tutacaktır.
Investigation of MRNA expression levels of AMPA receptor genes in mice exposed to maternal stress
Early-life stress may predispose to psychopathological problems such as antisocial behaviours and personality disorders that continue throughout life. Amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazole propionic acid (AMPA) receptors are activated by binding with glutamate. According to prediction algorithms, miR-124-3p encodes subunits of Gria2-4 and Gria1 (non-target) AMPA receptors among the targets of miR-124-3p with high scores. We investigated Gria1-4 gene expression in the hippocampus and blood of mice with maternal stress, inspired by our previous research showing raised miR-124-3p levels in these same mice. This study examined control, maternal separation (MS), and maternal separation with unpredictable maternal stress (MSUS). The MS and MSUS groups experienced unpredictable separation from their dams during postnatal days 1-14. The researchers analysed RNA from the hippocampus and blood samples of mice sacrificed on PND35 using qPCR and One-Way ANOVA tests in GraphPad Prism. It was found that Gria2 and Gria3 mRNA expression levels in the hippocampus decreased in the MS (p=0.0071, p=0.0001, respectively) and MSUS (p<0.0001, p<0.0001, respectively) groups in both females and males compared to the control. In contrast, Gria4 mRNA expression decreased in the MS and MSUS groups in females and increased in MSUS males (p=0.0094). However, in females, Gria1 mRNA expression level decreased in the MS (p=0.0021) and MSUS groups, while in males of the MS and MSUS groups, Gria1 and Gria4 mRNA expression levels increased compared to controls. In blood samples, Gria2 mRNA expression level did not change in females, Gria3 increased in MS and MSUS groups, and Gria2-3 MS increased in males. Gria1 mRNA expression level was increased in the MSUS group (p<0.0001), while Gria4 was decreased (p=0.0161) in both genders compared to the control. The study found that miR-124-3p increases in the hippocampus and its targets decrease, but no changes were seen in the blood. The mRNA levels of Gria4 and Gria1 in the blood were significantly different in the litter of stressed mothers, and these genes could serve as potential biomarkers for detecting maternal stress during the neonatal period.