Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Pityriasis versicolor tanısında klinik örnek alma yöntemlerinin ve çeşitli besiyeri sonuçlarının karşılaştırılması

Pityriasis versicolor (PV, tinea versicolor) daha çok üst kol, boyun gibi üst gövdede ve yüzde görülen derinin yüzeysel mantar infeksiyonudur. Bu infeksiyonpembeden kahverengi hatta siyah rengine kadar değişen renklerde lezyonlara neden olabilir. Lezyonlarda pullanma tipiktir. Lezyonlar hipo ve hiper-pigmente olabilir. Genelde lezyonlar yuvarlak veya oval, maküler veya papüler olabilir. Bazı hastalarda hafif kaşıntı görülebilir. PV genelde asemptomatiktir ve çoğu hasta kozmetik bozukluktan şikâyet ederÇalışmada, PV tanılı 57 hasta incelendi. İnfeksiyonun tanısı hastaların lezyonlarından alınan klinik örneklerinin %10'luk KOH ile incelemesinde köfte-makarna görünümü ile konuldu. Lezyonlardan bistüri ve selofan-bantla alınan klinik örnekler modifiye Dixon ve Leeming-Notman agara ekildi ve beş gün süre ile 37C°'de bekletildi. Katalaz testi, Chremophor-EL, Sabouraud glikoz agar (SGA) besiyerinde üreme durumu ve Tween-60 eskülin besiyerindeki siyah zon oluşumu değerlendirildi. Candida Chromogenic Agar (CCA) besiyerindeki pigment oluşumu ile Tween 20, 40, 60 ve 80'deki presipitasyon zonlarına göre tür tanımı yapıldı. İzolatların 37°C ve 40°C'deki ısı toleransları incelendi. Ayrıca, izolatlara laktofenol pamuk mavisi ve gram boyamayla blastospor morfolojisi değerlendirildi. Çalışmada, lezyonlardan alınan örneklerin KOH ile incelemesinde köfte-makarna görüntüsü belirlendi. İzolatların hepsi katalaz pozitif idi. Klinik örneklerin 6'sı (%10.5) hiçbir besiyerinde üremedi, 7'sinde üreme oldu, ancak çoğaltılamadı için tür tayini yapılamadı. Diğer örnekler pasajlarda üredi ve identifiye edildi. Klinik örneklerin 27'sinde M. furfur, 10'unda M. slooffiae, dördünde M.sympodialis, ikisinde M. globosa saptandı. Diğer iki örnekte atipik Tween paterni görüldü ve identifiye edilemediKlinik örnek alma yöntemleri karşılaştırıldığında bistüri yönteminin daha iyi olduğu ve daha çok kepek alınımı gerçekleştirdiği ve daha iyi üreme olduğu görüldü. Bant yönteminin ise örnek almada yeterli olmadığı görüldü. Besiyeri performanslarına bakıldığında modifiye-Dixon besiyerinde daha çok koloni ürediği, ve üreyen kolonilerin çaplarının daha büyük olduğu görüldü. Çalışmada, Chremophor-EL ve Tween 60-eskülin testlerinin tür identifikasyonu ile uyumlu olmadığı görüldü. Anket sonuçları değerlendirildiğinde PV'un daha çok erkeklerde ve en çok 20-30 yaş grubunda olduğu görüldü. PV'un daha çok rekürren ve her iki cinste boyun sırt, göğüste olduğu görüldü. Wood ışığı ve pigmentasyon çeşidinin tür ile bir ilişkisi olmadığı belirlendi.

Hastane Kökenli MDR-MRSA Suşlarında Protein A Geni ( spa ) Dizi Analizinin Kloanal İlişkinin Tespitindeki Rolü

Metisiline dirençli S.aureus (MRSA), hastane ve toplum kökenli infeksiyonlardan sorumlu olan en önemli ajanlardan biridir. Çoğu ülkede MRSA'nın yayılımı sürekli artış göstermektedir ve bazı bölgelerde, hastanelerde S.aureus'un neden olduğu infeksiyonlara ait tüm izolatların yarısından çoğu MRSA'dır. MRSA izolatlarında çoklu direnç gün geçtikçe artmaktadır. 30 yıldan daha uzun süre MRSA tedavisinde kullanılan vankomisine de bu günlerde direnç gelişmiştir.MDR-MRSA ve Hastane Enfeksiyonlarını kontrol çabalarının başarısı büyük ölçüde, etkenin tespiti ve klonal özellikleri, muhtemel bulaş kaynağı ve taşıyıcılar ile bulaş yolu gibi lokal epidemiyolojik özelliklerin tespitine bağlıdır.Tiplendirme yöntemlerinden fenotipik tiplendirme yöntemlerinin tekrarlanabilirlik düzeyleri düşük ve ayrım güçleri zayıftır. Ayrıca fenotipik olarak aynı fakat genotipik olarak farklı olan suşları ayırt edememektedir. Bu yüzden son yıllarda tekrarlanabilirliği ve ayrım gücü yüksek olan genotipik yöntemler kullanılmaktadır. Bu yöntemler içerisinde PFGE yöntemi hastane kökenli MRSA suşlarının klonal ilişkilerinin tespitinde altın standart olarak kabul edilmiştir.Bu çalışmada Ç.Ü. Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi kliniklerinde yatan hastalarda görülen hastane infeksiyonlarından izole edilen MDR-MRSA suşlarının klonal ilişkileri PFGE ve spa dizi analizi yöntemi ile tespit edilmeye çalışılmıştır. Çalışmada 2008-2009 yılları arasında MDR-MRSA' nın neden olduğu enfeksiyon hastalıklardan izole edilen 27 örnek kullanıldı. İzolatlara Kirby-Bauer yöntemi ile antibiyotik duyarlılık testi yapıldı ve oluşan profillere göre antibiyotipleme uygulandı. Daha sonra suşlar PFGE ve spa tiplendirme yöntemi ile genotipik olarak incelendi. DNA bant profillerine göre suşlar tiplendirildi.Sonuç olarak çalışılan 27 örnek antibiyotipleme ile 6 ve PFGE ile 10 tipe ayrılmıştır. spa tiplendirme sonuçunda ise çalışılan suşların hemen hepsinde Protein A' nın varlığı tespit edildi. 27 izolattan sadece 5'i spa tip t190 iken diğer 22 izolat tip t030 olarak tiplendirildi. Çalıştığımız suşların tiplendirilmesinde genotipik yöntemlerin daha duyarlı olduğu ve bu yöntemlerden PFGE'in klonal ilişkinin araştırılmasında daha önemli olduğu sonucuna varıldı. Sadece spa tiplendirme yönteminin taşınabilirlik, tekrarlanabilirlik ve sonuçların kolay karşılaştırılabiliyor olmasından dolayı PFGE' ye göre daha iyi olduğu gözlemlendi.

Çukurova bölgesindeki kadınlarda genital human papillomavirus infeksiyon prevalansı

Human papillomavirus (HPV) servikal kanserin major etyolojik ajanıdır. Servikal kanser tüm dünyadaki kadınlar arasında en yaygın ikinci kanserdir. Bu çalışmada bölgemizdeki kadınlarda human papillomavirus infeksiyonunun prevalansının araştırılması amaçlanmıştır. Toplam 460 servikal sitoloji örneği 20-68 yaş arası kadınlardan toplanmıştır. HPV DNA tespiti için MY09/11 ve GP5+/6+ primerleri ile yapılan konsensus PCR (polimerase chain reaction) testi kullanılmıştır. HPV DNA pozitif örnekler HPVpU-1M/pU-2R ve HPVpU-31B/pU-2R primerleri ile sırasıyla yüksek riskli (HR; high risk) ve düşük riskli (LR; low risk) tipler olarak identifiye edilmiştir. Ayrıca servikal kanserde en yaygın görülen HR HPV tipleri olan HPV 16, 18, 31 ve 45 için HPV DNA pozitif bulunan örnekler tip spesifik PCR ile genotiplendirilmiştir. Toplam 460 örnekten 24 (% 5,2)'ü HPV DNA için pozitif bulunmuştur. HPV DNA pozitif 24 kadından 14'ünde (% 3) tek veya multiple infeksiyon şeklinde HR HPV tipi ve 10'unda (% 2,2) ise tek başına LR HPV pozitifliği tespit edilmiştir. HPV DNA pozitif 30 yaş ve üstü olan 24 kadında %33,3 oranı ile en sık görülen HR HPV tipi HPV tip 16 olup bunu sırasıyla HPV 45 (%20,8), HPV 18 ve HPV 31 (%4,2) izlemiştir. Sonuç olarak Çukurova bölgesindeki kadınlarda genital HPV infeksiyon prevalansı %5,2 bulunmuştur ve HPV infeksiyonunun epidemiyolojik araştırmalarının servikal kanser tarama stratejilerinin geliştirilmesi ve HPV aşılarının uygunluğunun gösterilmesi için gelecekte de sürdürülmesi önerilmektedir.

Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda respiratory syncytial virus (RSV) enfeksiyon insidansının araştırılması

Respiratory syncytial virus (RSV) enfeksiyonu bütün dünyada infant ve çocuklarda yüksek mortalite ve morbidite ile seyreden alt solunum yolu enfeksiyonlarının (ASYE) majör sebebidir. Bu çalışmanın amacı hastanede yatan ve ASYE olan infant ve çocuklarda RSV enfeksiyonlarının insidansının araştırılmasıdır. RSV enfeksiyonlarının hızlı ve doğru laboratuvar tanısı antiviral tedavinin başlanması, virusa karşı zamanında korunma ve kontrol önlemlerinin alınması için önemlidir. Ayrıca gereksiz antibiyotik tedavisini ve hastanede yatış süresini azaltacaktır. Çalışmaya Ocak 2011 ve Ocak 2012 tarihleri arasında alt solunum yolu enfeksiyonu olup hastaneye yatırılan toplam 323 hasta (0-15 yaş) dahil edilmiştir. Flocked eküvyon (Copan Diagnostics, Italy) ile alınan nazofaringeal sürüntü örneklerinde RSV antijeni direkt immunfloresan testi (DFA, Argene SA, France) ile, RSV RNA varlığı ise nested reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) yöntemi ile araştırılmıştır. Toplam 323 örneğin 95'inde (% 29,4) RT-PCR ile RSV RNA, 88'inde (% 27,6) ise DFA yöntemi ile RSV antijen pozitifliği tespit edilmiştir. Örneklerin 80'i (% 25) her iki yöntem ile pozitif, 220'si (% 68) ise her iki yöntem ile negatiftir. RT-PCR testine göre kıyaslandığında DFA testinin sensitivitesi % 84,2, spesifitesi % 96,5, pozitif prediktif değeri % 91 ve negatif prediktif değeri % 93,6 olarak bulunmuştur. Çalışma grubunda RSV enfeksiyonlarının insidansının % 29,4 oran ile oldukça yüksek olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak antiviral tedavinin erken başlatılması ve nozokomiyal yayılımın azaltılması için % 84 gibi yüksek sensitivite gösteren, daha hızlı bir test olan DFA'nın ilk tanı testi olarak kullanılması ve test sonucu negatif bulunan örneklerin RT-PCR ile çalışılması önerilir.

Leptospirosis tanısında LipL32, OmpL1 ve 16S rRNA gen bölgelerindeki spesifik dizileri hedef alan PCR-RFLP yöntemlerinin duyarlılıklarının tespiti

Leptospiroz, tüm dünyada ılıman ve yağışlı iklim özelliği gösteren bölgelerde görülen en önemli zoonozlardadır. Oldukça geniş bir spektrumda klinik tabloya sebep olan leptospirosis'de olguların sadece %10'unda görülebilen hematürinin de spesifik bir semptom olmaması sebebi ile Leptospirosis'in klinik tanısı son derece zordur. Leptospirozlu vakaların çoğu ya tanı almadan nonspesifik olarak ampirik tedavi almakta veya hastalık spontan iyileşme ile sonlanmaktadır. Ancak son ikterik dönemdeki hastalar araştırma hastanelerine zorunlu olarak başvurmakta ve idrar ve kan örneklerinin karanlık alan mikroskopisi ile değerlendirilmesi ile non-spesifik ve düşük sensitivitede tanı almaktadır.Bu çalışmada konvensiyonel tanıdaki yetersizliklere alternatif olmak üzere, şüpheli hastaya ait klinik materyallerde; a- leptospira varlığı, b- L.interrogans ve L.bifleksa tür tayini yapabilecek, yüksek sensitivite ve spesifiteye sahip ve hızlı sonuç üretebilen PCR bazlı tanı kiti geliştirilmesi amaçlandı.Karanlık Alan Mikroskopisi ve MAT' ne göre daha sensitif, spesifik ve hızlı bir alternatif tanı testi oluşturmak üzere 16SrRNA Nested-PCR RFLP, OmpL1 PCR ve LipL32 Nested-PCR testlerinin kullanılabilirliğini belirlemek amacı ile, Çukurova bölgesinde klinik olarak leptospirosis şüphesi olup Ç.Ü Tıp Fakültesi hastanesi ile SB Adana Devlet Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları Kliniklerine başvuran 38'i yetişkin 9'u 18 yaş altı hastalardan alınan 47 kan örneği ile bölgemizde hematüri ve ikter bulguları olan 86 büyükbaş hayvana ait kan örneği 47'si insan 86'sı hasta hayvanlara ait olmak üzere toplam 133 serum/plazma örneği değerlendirildi.Karanlık alan mikroskobisinde (KAM) incelenen 22 insan ve 34 hayvan örneğinde leptospira ile uyumlu görüntü elde edilirken, 7 farklı L.interrogans suşu ve L. patoc suşunun antijen olarak kullanıldığı MAT ile değerlendirilmesi sonucunda ise insan serum örneklerinin 21'i ile hayvan serum örneklerinin 69'unda en az 1/50 titrasyonda bir antijene karşı seropozitiflik görüldü.16S rRNA Nested-PCR-RFLP ile 77'si L.interrogans 15'i de L.biflexa olmak üzere, toplam 92 örnekte hedef diziler tespit edilirken, sadece L.interrogans türlerinde bulunan LipL32 geni spesifik primerlerin kullanıldığı PCR ile örneklerin 77'sinde, serotip düzeyinde L.interrogans ayrımına imkan veren OmpL1 PCR ile ise toplam 67 örnekte pozitiflik elde edildi.Bölgede en sık karşılaşılan serotipin %2,1'i insan %25,6'sı hayvan örneklerinden olmak üzere %17 oranı ile L.hardjo olduğu, bu serotip dışında, sırası ile L.grippotyphosa, L.Bratislava ve L.ichteriohaemmorhagia gibi serotiplerin görüldüğü tespit edilmiştir.

İnsan diploid hücresi kuduz aşısı (HDCV) ile ikinci kuşak hücre kültürü kuduz aşılarının etkinliklerinin karşılaştırılması

IV ÖZET İNSAN DİPLOİD HÜCRESİ KUDUZ AŞISI (HDCV) İLE İKİNCİ KUŞAK HÜCRE KÜLTÜRÜ KUDUZ AŞILARININ ETKİNLİKLERİNİN KARŞILAŞTIRILMASI Dr. Nuri ÖZKÜTÜK. Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Manisa, TÜRKİYE Kuduz tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de güncelliğini ve önemini korumaktadır. Ülkemizde, temas sonrası profilakside, maliyeti oldukça yüksek olan doku kültürü aşılan, özellikle de insan diploid hücre kökenli aşı (HDCV) kullanılmakta ve bu durum önemli bir ekonomik kayba neden olmaktadır. Bu çalışmada Türkiye'de kullanılmakta olan hücre kültürü aşılarından insan diploid hücresi kuduz aşısı (HDCV). pürifiye civciv embriyon hücre kültürü aşısı (PCEC) ve pürifiye vero hücre kuduz aşısı (PVRV), etkinlik ve maliyet açılarından karşılaştırılarak ülkemiz şartları için avantajlı olan kuduz aşısının saptanması amaçlanmıştır. İzmir Konak Kuduz Tedavi Merkezi'de değişik kuduz aşılarıyla (HDCV, PCEC, PVRV) profılaksiye başlanan olgulardan ilk doz aşıdan sonraki 30'uncu, 90'ıncı günlerde ve 1 yıl sonra alınan serum örneklerinde kuduz nötralizan antikor düzeyi geliştirdiğimiz Aşı Antijenli ELISA yöntemi ile saptanmıştır. Elde edilen sonuçlar değerlendirildiğinde HDCV, PCEC ve PVRV ile sırasıyla %99.1, %100 ve %97.8 oranında koruyucu düzeyde antikor (0.5 lU/ml) geliştiği ve aşılar arasında immunojenite açısından fark olmadığı görülmüştür. Sonuç olarak PVRV ve PCEC aşılarının HDCV aşısı kadar effektif olduğuna karar verilmiştir. Anahtar Kelimeler: Kuduz, HDCV, PCEC, PVRV, aşı, karşılaştırma, etkinlik, nötralizan antikor.

Astım ve KOAH' lı hastaların akut ataklarında viral solunum yolu infeksiyon etkenlerinin chip tekniğiyle araştırılması

ÖZETAstım ve kronik obstruktif akciğer hastalığı (KOAH)' nda akut atak bu hastalıklardayaşam kalitesini azaltması ve mortalite-morbiditeye olan etkisinden dolayı önemlidir. Akutatakların %90' ından infeksiyonlar sorumlu tutulmaktadır. Bunların da yaklaşık %50' sindebakteriler, %30' unda virüsler, %10-20' sinde de atipik etkenler saptanmaktadır.Bu solunum yolu patojenlerini saptamaya yönelik en sık kullanılan konvansiyonel testler,virüsün hücre kültüründe izolasyonu (viral kültür) ve/veya immunfloresan (IF) yöntemiyleviral antijen saptanmasını içermektedir. Son yıllarda daha hızlı tanı amacıyla DNA?chip?lerinden yararlanılan yeni teknikler geliştirilmiştir. ?Chip?teki küçük bir yüzeye DNAfragmanları uygulanarak, bir mikroorganizmaya ait genlerin PCR ürünleri veya baz dizisibilinmeyen mikroorganizmanın tüm genom fragmanı, taşıyıcı bir yüzeye bağlanaraktranskripsiyon analizinde veya genom karşılaştırmalarında kullanılmaktadır.Bu araştırmada DNA chip teknolojisi kullanılarak astım ve KOAH' ı bulunan ve akutatakla hastaneye başvuran hastalarda akut atak etyolojisini saptamaya yönelik solunum yoluviral etkenleri araştırılmıştır.Bu amaçla 2005-2006 yılları arasında Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Acil Servisve Göğüs Hastalıkları Kliniği' ne akut solunum sıkıntısı ile başvuran, KOAH ve astım tanısıalmış ya da geldiği sırada bu tanıyı alan, 86 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. Hastalardanalınan nazofaringeal sürüntü örneklerinde DNA ?chip? yöntemi ile (bcs Biotect S.p.A., Italy)SARS ( Severe Acute Respiratory Syndrome ), influenza virüs A, B, parainfluenza virüs tip1, 2, 3, adenovirus ve respiratuvar sinsityal virüs varlığı araştırılmıştır.86 akut ataklı hastanın ikisinde parainfluenza virüs tip 1 , birinde de influenza virüs Bolmak üzere %3.5' unda viral etken tespit edilmiştir.Henüz çok yeni geliştirilmiş bir yöntem olması nedeniyle, literatürde aynı hasta grubundabu yöntemle yapılan herhangi bir çalışmaya rastlanmadığından, saptanan pozitiflik oranınıngerçek pozitiflik oranını yansıtıp yansıtmadığı konusu tartışmalıdır. Ayrıca yönteminduyarlılığını ve özgüllüğünü belirleyebilmek amacıyla, viral solunum yolu etkenlerinisaptamada ?gold standart? yöntem olarak kabul edilen viral kültür ile örneklerinçalışılamamış olması, çalışmamızı kısıtlayan bir diğer önemli unsurdur. Bu nedenle DNA?chip? yöntemini solunum yolu virüslerinin rutin tanısında kullanmaya başlamadan önceözgüllük, spesifiklik ve tekrarlanabilirlik gibi değerlendirmelerin dikkatlice yapılmasıgerektiği ve rutin uygulamalarda mutlaka başka bir yöntemle eşzamanlı kullanılmasıgerektiği sonucuna varılmıştır.Anahtar kelimeler: Astım, KOAH, chip, solunum virüsleri

Temaslılarda tüberküloz enfeksiyonunun tanısında tüberkülin deri testi ile kanda spesifik interferon gama yanıtının karşılaştırılması

Latent Mycobacterium tuberculosis enfeksiyonunun tanısı için kullanılan tüberkülinderi testinin birçok dezavantajı olması nedeni ile son yıllarda yeni bir yöntem gelistirilmistir(QuantiFERON-TB Gold testi). Bu test M. tuberculosis'e özgü ESAT-6 ve CFP-10antijenlerinin uyarısı ile tam kanda interferon gama üretimini ölçmektedir. Bu çalısmanınamacı latent tüberküloz enfeksiyonu tanısı için tüberkülin deri testi ile tam kan IFN-gamatestini karsılastırmaktır. Testler 3 farklı risk grubunda olan toplam 233 hasta üzerindedegerlendirilmistir; Grup 1 yayma pozitif indeks olgu ile temas eden aile içi temaslılardan(133), Grup 2 yayma pozitif indeks olgu ile temas eden aile dısı temaslılardan (46) ve Grup 3saglık personelinden (74) olusmaktadır. Çalısılan olgularda toplam olarak tüberkülin deri testi%37, IFN-gama testi ise %42 pozitif sonuç vermistir. Olgu grupları arasında tüberkülin deritesti pozitifligi yönünden önemli bir fark saptanmamıstır. Ancak IFN-gama kan testipozitifligi aile içi temaslılarda diger iki gruptan daha yüksek (%51.3, p=0.013) bulunmustur.Çalısmada degerlendirilen risk gruplarında, iki yöntem arasında zayıf ölçüde uyumsaptanmıstır (%65.7, kappa degeri: 0.28). Asısız olgularda ise iki test arasındaki uyum ortaderecede bulunmustur (%72.7, kappa degeri: 0.44). Asısız olgularda testler arasındaki negatifuyum (%44), pozitif uyumdan (%28.7) daha yüksektir. Çalısmadan elde edilen sonuçlar,asılama programı rutin olarak uygulanmakta olan ülkemizde latent tüberküloz enfeksiyonutanısında ESAT-6 ve CFP-10 antijenlerine dayalı IFN-gama kan testinin sınırlı degerdeoldugunu göstermektedir. M. tuberculosis'e spesifik antijenlerin kullanıldıgı yeni testleringüvenilirligini belirlemek için daha ileri çalısmalara gereksinim vardır.Anahtar kelimeler: Mycobacterium tuberculosis, enfeksiyon, tanı, interferon gama

Aseptik menenjit ve kardit etyolojisinde enteroviruslerin chip tekniği (microarray) ile araştırılması

ÖZETEnterovirüsler dünyada yaygın olarak bulunan patojen etkenlerdendir. İsminin tersineenterovirüsler genellikle enterik rahatsızlığa yol açmazlar fakat fekal-oral yol ile bulaşırlar.Kötü kanalizasyon sistemi ve kalabalık yaşam enterovirüslerin yayılmasını kolaylaştırır. İçmesularına kanalizasyon sisteminin sızması ile epidemiler oluşturabilirler. Enterovirüsinfeksiyonları genellikle asemptomatik seyirlidir fakat soğuk algınlığından paralitik hastalığakadar değişkenlik gösteren semptomlar görülebilir. Temel olarak virüsün sitopatik etkisi vedokulara olan ilgisindeki farklılıklar sonucunda değişik klinik tablolar ortaya çıkmaktadır.Bu çalışmada 50'si aseptik menenjit veya kardit tanısı almış hastalardan ve kontrolgrubunu oluşturan 50 kişiden alınan 100 klinik örnekte enterovirüsler araştırılmıştır. Hastagrubundan beyin-omurilik sıvısı (BOS) (n=40) ve kan örnekleri (n=10); kontrol grubundan ise(nörolojik sebepler nedeniyle yatan hastalar) BOS örnekleri alınmıştır. Klinik örneklerde,Chip tekniği (microarray yöntemi) ile üretici firmanın önerileri doğrultusunda,enterovirüslerin varlığı araştırılmıştır. Aseptik menenjit tanısı almış 2 hastanın BOSörneklerinde ve kardit tanısı almış 3 hastanın kan örneklerinde enterovirüsler saptanmıştır.Virüslerin tiplendirilmesi sonucunda bunların Enterovirüs tip 71 ve Coxackie virüs tip 16olduğu anlaşılmıştır. Kontrol grubunda ise enterovirüs saptanmamıştır.Sonuç olarak, enterovirüslerin saptanmasında microarray yönteminin tek bir tanısalaraç ile tiplendirme olanağı sağlamasının yanı sıra duyarlı ve hızlı olması nedeni ile kullanışlıbir yöntem olduğu düşünülmüştür.Anahtar kelimeler: Aseptik menenjit, kardit, enterovirüsler, chip tekniği (microarray)

Klinik örneklerde mycobacterium tuberculosis saptanmasında polimeraz zincir reaksiyonu ?enzim immunoassay (PCR-ELISA) yönteminin değerlendirilmesi

Tüberkülozun kontrolünde, Mycobacterium tuberculosis complex'in (MTBC) neden olduğu hastalığın erken tanısı önemlidir. Bu amaçla son yıllarda tüberkülozun hızlı tanısında nükleik asit amplifikasyon yöntemleri yaygın olarak kullanılmaya başlamıştır. Klinik örnekten direkt MTBC saptamaya yönelik nükleik asit amplifikasyon temelli yöntemlerden biri de PCR-ELISA'dır. Bu çalışmada, PCR-ELISA yönteminin (ProDect MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS, bcs Biotect S.p.A., Cagliari, Italia) akciğer ve akciğer dışı örneklerde güvenirliliği araştırılmıştır. Çalışmada tüberküloz kuşkulu hastalardan alınan 100 klinik örnek (76 akciğer, 24 akciğer dışı örnek) mikroskopi, kültür ve PCR-ELISA yöntemi ile incelenmiştir. Altın standart yöntem olan kültür ile birlikte değerlendirildiğinde, tüm örneklerden elde edilen sonuçlara göre PCR-ELISA testinin duyarlılığı %68.2, özgüllüğü %94.1, pozitif prediktif değeri (PPD) %95.7 ve negatif prediktif değeri (NPD) %60.4 olarak belirlenmiştir. Akciğer örneklerinde duyarlılık, özgüllük, PPD ve NPD sırası ile %71.1, %93.5, %94.1 ve %69.0; akciğer dışı örneklerde ise %61.9, %100, %100 ve %27.3 olarak saptanmıştır. Yayma pozitif akciğer örneklerinde ise testin duyarlılığı %83.3 ve özgüllüğü %100 olarak bulunmuştur. Sonuç olarak; tüberkülozun hızlı tanısında PCR-ELISA yönteminin kısmen çok fazla ekipman gerektirmeyen bir yöntem olması nedeni ile, özellikle yayma pozitif akciğer örnekleri için, mikobakteriyoloji laboratuvarlarında tüberküloz tanısında rutin nükleik asit amplifikasyon testi olarak değerlendirilebileceği sonucuna varılmıştır.

İnvaziv infeksiyonlardan izole edilen kandida türlerinin flukonazol, vorikonazol, amfoterisin B duyarlılıklarının mikrodilüsyon ve tıme kill yöntemi (zamana bağlı öldürme kinetiği) ile araştırılması

In this study we classified candida species derived from patient's blood, urine, ETA catheter and sputum specimens who has invasive infection by using conventional systems and commercial clasification kits. We determinated isolated MIC values of 100 C. albicans strain for tree antifungal medication (fluconazole, voriconazole and amphotericin B) by using microdilution, standard method recommended by CLSI. We indicated fluconazole, voriconazole and amphotericin B resistant and sensitive strains depending upon microdiluation results and for 10 strains of theese which has different MIC values we invastigated fungistatic or fungicidal activities of drugs in different dilutions by using time kill method. We determinated MIC range as 0,125-64 ?g/ml and MIC 50/90 value as 1 /16 ?g/ml of 100 Candida albicans strains for fluconazole by microdilution method. We founded that 82 strains are fluconazole sensitive, 10 strains are dose-dependent sensitive and 8 strains are resistant. We determinated MIC range as 0,03-4 ?g/ml and MIC 50/90 value as 0,06 /1 ?g/ml of same strains for Voriconazole. We founded that 95 strains are voriconazole sensitive, 2 strains are dose-dependent sensitive and 3 strains are resistant. We determinated MIC range as 0,125-1 ?g/ml and MIC 50/90 value as 0,5/0,5 ?g/ml for Amphotericin B. No amphotericin B resistance observed in Candida albicans strains. We observed that fluconazole and voriconazole have fungistatic affect in 1,2,4 times consantrations of MIC, amphotericin B has fungistatic affect in quarter, half consantrations and fungicide affect in 1,2,4 times consantrations of MIC by time kill method and determined that amphotericin B has more rapid affect in higher consantrations. In conclusion, inconsistent results presents resistance ranges in azoles can be lower essentially. We think that time kill method is adequate for research studies but not practical in rutin. However, we also think that supoorting results of in vitro studies by clinic researches will help us determinig sensitivity ranges and developing adequate dose strategies.

Chlamydia trachomatis tanısında kullanılan hücre kültürü, hibridizasyon ve direkt flöresan antikor testlerinin karşılaştırılması

Cinsel temasla bulasan hastalıkların önemli bir etkeni olarak karsımıza çıkan Chlamydia trachomatis infeksiyonlarının kapsamlı bir sekilde arastırılması her geçen gün önemini arttırarak devam etmektedir. nfeksiyonun Türkiye'deki durumu ile ilgili yeterli veri bulunmamaktadır. Bu konuda yapılacak ayrıntılı çalısmalar klamidya infeksiyonlarının tanısında yeni gelismelerin olusmasına katkıda bulunacaktır. Halen kullanılan yöntemlerin duyarlılıgı ve özgüllügünü arastıran çalısmalar devam etmekte, hangi testin mikrobiyoloji laboratuvarında kullanılmasının daha verimli olacagı tartısılmaktadır. Bu çalısmada, altın standart olarak kabul edilen hücre kültürünü, hızlı tanıda kullanılan antijen arama yöntemlerinden direkt flöresan antikor (DFA) testini ve yüksek duyarlılık ve özgüllüge sahip hibridizasyon testini (PACE 2 CT/NG) karsılastırıldı. 100 infertil kadından alınan endoservikal sürüntü örneginde, hücre kültürü yöntemi ile 11 örnekde C. trachomatis pozitif bulundu ve prevalans %11 olarak saptandı. DFA ve hibridizasyon testlerinin duyarlılıkları sırasıyla %54,5 ve %81,8, özgüllükleri ise sırasıyla %98,9 ve %88,8 olarak bulundu. Sonuç olarak; C. trachomatis tanısında, hücre kültürü uygun örnek alındıgında ve transport kosullarına uyuldugunda halen önemini korumaktadır. Hibridizasyon testi dogrulama testleriyle birlikte yapıldıgında özellikle tarama testi ve hızlı sonuç çıkarılması gereken durumlarda uygun oldugu, DFA testinin ise düsük duyarlılıgı nedeniyle örnek sayısı az olan, olanakların kısıtlı oldugu laboratuvarlarda, deneyimli kisi tarafından degerlendirildiginde C. trachomatis tanısında kullanılabilir oldugu sonucuna varıldı. Anahtar sözcükler: Chlamydia trachomatis, DFA, hibridizasyon testi, hücre kültürü

Metisiline dirençli Staphylococcus aureus suşlarının saptanmasında farklı yöntemlerin karşılaştırılması

Metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) suşlarının hastane ve toplum kökenli infeksiyon etkeni olarak önemi giderek artmaktadır. MRSA'larda antistafilokokal beta laktam antibiyotiklere karşı gelişen direncin heterojen özellik göstermesi nedeniyle duyarlılık testlerinde sorunlar yaşanmaktadırBu çalışmada, S. aureus suşlarında mecA geni belirlenmesine dayalı PCR yöntemi altın standart kabul edilerek (Genotype MRSA), oksasilin ve sefoksitin disk difüzyon, oksasilin E-test, MRSA lateks aglütinasyon ve oksasilin agar tarama yöntemlerinin duyarlılık ve özgüllüklerinin araştırılması amaçlanmıştırGenotype MRSA ile test edilen 100 S. aureus suşunun 90'ında mecA geni varlığı gösterilmiştir. Çalışmada tüm yöntemlerin özgüllükleri %100 olarak saptanırken, sefoksitin ve oksasilin disk difüzyon, oksasilin E-test ve oksasilin agar tarama testlerinin duyarlılıkları sırasıyla %86.6, 91.0, 88.8 ve 95.6 olarak bulunmuştur. PBP2a saptanmasına dayalı lateks aglütinasyon yöntemi Genotype MRSA ile %100 uyumlu bulunmuşturSonuç olarak, laboratuvarımızda rutin olarak oksasilin disk difüzyon testinin, doğrulama gereken durumlarda ise diğer fenotipik yöntemlere göre daha iyi sonuç vermesi nedeniyle MRSA lateks aglütinasyon testinin kullanılmasının yararlı olacağı düşünülmüştür.Anahtar kelimeler: Staphylococcus aureus, metisilin direnci, mecA

Bruselloz tanisinda serolojik testlerin değerlendirilmesi

Bu çalışmamızın amacı, ön tanısı konmuş farklı klinik formlardaki (akut, subakut, kronik) bruselloz hastalarında, rutin olarak kullanılan serolojik testleri (Rose Bengal [RB], standart alütinasyon testi [SAT], enzim immüno assay [EIA] için IgM, IgA, IgG), 2-merkaptoetanol [2-ME]) karşılaştırmak ve IgG avidite testini uygulayarak sonuçlarını değerlendirmekti. SAT testi ? 1/160 titre olan 92 hasta çalışmaya alındı ve yukarıdaki tüm testler uygulandı. EIA-IgG pozitif olan 78 hastada ise IgG avidite testi yapıldı. RB testi 88 (%95.7) hastada pozitif bulundu. EIA-IgM ile akut bruselloz arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulundu. 2-ME testinde, 55 (%59.8) hastada, SAT testine göre titre düşüşü tespit edildi ve IgM arasındaki uyum %84.8 olarak hesaplandı. IgG Avidite testinde kullanılan %40 avidite indeksi (Aİ) ile avidite olgulaşma süresi (6 ay) arasında istatistiksel fark bulunamadı, ancak Aİ %50 alındığında istatistiksel anlamlılık sınırına yakın bir değer elde edildi (P=0.035). Çalışmamız sonucunda brusellozun serolojik tanısında RB ve SAT testlerinin uygun ve güvenilir testler olduğu, IgM'in akut brusellozun bir göstergesi olabileceği, IgG'yi tespit etmede EIA kadar 2-ME'inde kullanılabileceği ve IgG avidite testinin standardize edilmesi gerektiği sonucuna varıldı.

Kist hidatik şüpheli hastaların tanısında indirekt hemaglütinasyon ve immünokromatografik yöntemin karşılaştırılması

Echinococcus cinsleri, Taeniidae ailesine mensup küçük yapılı sestodlardır. Echinococcus granulosus erişkin halinde köpeklerin ve köpekgillerin ince barsağında, larva halinde ise koyun, sığır gibi otçullar başta olmak üzere çeşitli memelilerin ve insanın çeşitli organlarına yerleşerek kist hidatik denen hastalığa neden olmaktadır. Dış ortama atılan parazit yumurtalarının keçi, koyun, sığır ve insan tarafından solunum veya sindirim yolu ile alınmasıyla enfeksiyona sebep olmaktadır. Ekinokok tanısında indirekt hemaglütinasyon testi (İHA), Enzyme Linked İmmunosorbent Assay (ELİSA), İndirekt Floresan Antikor (IFA) ve immünokromatografik gibi testler kullanılmaktadır. Bizim çalışmamızda Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi'ne kist hidatik şüphesiyle başvuran hastalardan serolojik tanı yöntemlerinden indirekt hemaglütinasyon ve immünokromatografik yöntemlerinin değerlendirilmesi ve karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamıza 01.11.2018-31.01.2019 tarihleri arasında Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji laboratuvarı birimine ekinokok antikoru araştırmak amacıyla gönderilen örnekler dahil edilerek Ekinokok IHA yöntemi (Hydatidose fumoze Echinococcosis fumouze) ve Ekinokok İmmünokromatografik yöntemi (Vircell virapid hydatidosis) ile yapılmıştır. Çalışma kapsamına 75 hasta örneği alındı. Hastaların 48'i kadın (%64), 27'si erkek (%36) olup, yaş ortalamaları 42.0800 (±17.72672)'dir. Ekinokok IHA yöntemi ile hastaların 36'sı pozitif (%48), 39'u negatif (%52) olarak belirlenmiştir. Ekinokok immunokromatografik yöntem ile hastaların 34'ü pozitif (%45.3), 41'i (%54.7) negatif olarak belirlenmiştir. IHA yöntemi ile pozitif saptanan hastalardan iki olgu, İmmünkromatik yöntemle negatif bulunmuştur. Her iki yöntem de birbirine yakın sonuç vermiş olup İmmünkromatik yöntemin duyarlılığının daha düşük olduğu yapılan çalışmada görülmektedir. Ekinokok IHA yöntemiyle pozitif olarak tespit edilen 36 hastanın 34'ü (%94.4) immünokromatografik yöntemle de pozitif tespit edilmiş olup IHA yöntemiyle negatif tespit edilen 39 hastanın tamamı (%100) immünukromatografik yöntemle negatif olarak tespit edilmiştir.

Kan kültüründe üreyen Brucella`ların tiplendirilmesi ve antimikrobiyal duyarlılıkları

Yoğun bakım, onkoloji-hematoloji hastalarında gastrointestinal sistemde kolonize olan enterokok türleri ve vankomisine direnç profilleri

IIIÖZETYOĞUN BAKIM, ONKOLOJİ - HEMATOLOJİ HASTALARINDAGASTROİNTESTİNAL SİSTEMDE KOLONİZE OLAN ENTEROKOK TÜRLERİVE VANKOMİSİNE DİRENÇ PROFİLLERİDr. Gül Özlem MENTEŞUzmanlık tezi; Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim DalıTez Yöneticisi: Prof. Dr. İclal BALCITemmuz 2007, 52 sayfaEnterokoklar; Streptoptococcaceae familyası içinde yer alan gram pozitifkoklardır. Toprak, su, yiyeceklerde; insan ve hayvanların barsak, safra yolları, ağızve bazen de derilerinde normal florada bulunurlar.Virülansı düşük olan bu mikroorganizma çoğu kez hastanın kendi endojenflorasından kaynaklanan infeksiyonlara yol açar. Vankomisin dirençli enterokoklar(VRE) dahil tüm enterokoklar hastadan hastaya direkt olarak ya da kontamineeller, kontamine yüzeyler, kontamine tıbbi cihazlar vasıtasıyla indirekt olarakbulaşabilmekte, hastane içinde veya hastaneler arası yayılabilmektedir.Çalışmamız Mart 2006-Aralık 2006 tarihleri arasında Gaziantep ÜniversitesiTıp Fakültesi Hastanesinde Cerrahi ve Dahili Yoğun Bakım, erişkin Onkoloji-Hematoloji ve Pediatrik Onkoloji bölümlerinde yatmakta olan VRE için risk grubuolarak tarif edilen hastalarda yapılmıştır. Toplam 180 hastadan rektal sürüntüörnekleri alınmış ve kültür sonuçlarına göre 126 (%70) tanesinde enterokoküremiştir. Tür düzeyinde yapılan tanımlama sonucunda 53 suş (%42.06) E.faecium, 39 suş (%30.95) E. faecalis, 15 suş (%11.90) E. avium, 10 suş (%7.93)E. gallinarum, 7 suş (%5.55) E. casseliflavus, 1 suş (%0.79) E. hirae,1 suş(%0.79) E. durans olarak belirlenmiştir. Toplam 4 (%3.17) hastanın VRE ilekolonize olduğu tespit edilmiştir. E. faecium olarak tanımlanan 4 suş antibiyogramve E-test sonuçlarına göre vankomisine dirençli olarak bulunmuştur. E-testMİK>256 mg/ml). Dirençli olarak bulunan suşlara PCR yöntemiyle dirençgenotipleri bakılmış ve dördüde VanA genotipi olarak tespit edilmiştir. Vankomisinedirençli olarak bulunan suşlardan 1 tanesi Dahiliye Yoğun Bakım Ünitesinden, 1tanesi Cerrahi Yoğun Bakım Ünitesinden, 2 tanesi ise erişkin Onkoloji ünitesindentespit edilmiştir. Onkoloji ünitesinde VanA tipi dirence sahip E. faecium saptananhastalardan bir tanesinde taburcu edildikten 3 ay sonra, hastaneye ikinci kezyattığında tekrarlanan kültürde vankomisin direnci saptanmamıştır. Nitrosefin diskiile beta-laktamaz üretimi araştırılması yapılmış ve suşların hiçbirisinde beta-laktamaz üretimi saptanmamıştır.Anahtar kelimeler: Vankomisine dirençli enterokoklar, Gastrointestinalkolonizasyon, Risk grubu hastalar, E-test

Üst gastrointestinal sistem helicobacter pylori infeksiyonlarında CagA ve VagA gen verlığının spesifik IgA üzerindeki etkisi

D…nya n…fusunun yarıdan fazlasında infeksiyon yapan, b…y…k oranda işg…c… vemaliyet kaybına yol aƒan Helicobacter pylori, gastrointestinal sistemin inflamatuvarinfeksiyonlarından kalp damar hastalıklarına, otoimmun hastalıklardan kansere kadaretken patojen olduğu ispatlanan veya suƒlanan „nemli bir bakteridir. Bu bakteri ile…lkemizde ve yurtdışında ƒeşitli prevalans, patojenite ve aşı araştırmaları iƒin ƒalışmalaryapılmaktadır. Biz de b„lgemizdeki suşlarla yaptığımız ƒalışmada hem epidemiyolojik„zelliği, hem de …st gastrointestinal sistem H. pylori infeksiyonlarında bakterininpatojenliğinden sorumlu olan genlerden vacA ve cagA varlığını araştırarak,organizmanın buna verdiği immun yanıtı değerlendirdik. Burada varolan patojenitenin„zellikle bu bakterinin eradikasyonu i…in yapılan aşı …alışmalarına ne oranda etkidebulunabileceğini araştırdık.Gaziantep €niversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi, Gastroentero-loji Bilim Dalına ƒst GIS şikayetleriyle başvuran ve endoskopiyle non ƒlser dispepsi,gastrit, gastro„zefajial reflƒ, mide ƒlseri, duodenal ƒlser ve gastrik karsinoma „n tanısıkonan 154 hasta …alışmaya alındı. Hastaların epidemiyolojik „zellikleri anket formu iledeğerlendirildi. Hastalardan endoskopi ile biyopsi „rnekleri ve periferik ven„z kanalındı. €re nefes testi ile H. pylori pozitifliği araştırıldı. €re nefes testi pozitif 96hastada polimeraz zincir reaksiyonu ile 16S rRNA, vacA ve cagA gen b„lgelerivaraştırıldı. Aynı zamanda bu hastaların serumlarından spesifik H. pylori IgA'nınseviyeleri ELISA y„ntemiyle araştırıldı.Elde edilen sonuƒlar H. pylori infeksiyonunda yaş, cinsiyet, hastalık ilişkileri, ila…kullanımı ile ilişki, aile i…i ge…iş hakkında istatistiki bilgiler sağlamış, b„lgemizdeinfeksiyonun prevalansı hakkında bilgi vermiştir. H. pylori infeksiyonundapatojeniteden sorumlu ƒok sayıda fakt„r olduğu, bunlardan „zellikle vacA genininvarlığının „nemli bir infeksiy„z fakt„r olduğu g„sterilmiş, vacA ve cagA genlerininbirlikteliğinin IgA …retimini daha iyi tetiklediği saptanmıştır.

Romatizmal hastalıklardan ankilozan spondilit ve behçet sendromunda viral etiyolojinin rolü

Etiyolojisinden otoimmün mekanizmaların sorumlu tutulduğu inflamatuar romatizmal hastalıkların patogenezinde viral ajanların rolü ile ilgili çalışmalar geçmişte olduğu gibi günümüzde de popülaritesini korumaktadır. Oldukça önemli kanıtlar, bazı romatizmal hastalıkların patogenezinde virüslerin önemli çevresel faktörler olabildiğini göstermektedir. Bu çalışmanın amacı, İnsan Herpes Virusları ailesinden Herpes Simpleks Virus tip-1 (HSV-1), Herpes Simpleks Virus tip-2 (HSV-2), Epstein-Barr Virus (EBV), Sitomegalovirus (CMV) ve Human Herpes Virus-6 (HHV-6) ile Human Parvovirus B19'un romatizmal hastalıklardan ankilozan spondilit (AS) ve Behçet sendromunun (BS) etiyolojisindeki rollerini araştırmaktı. Ekim 2005-Haziran 2007 tarihleri arasında Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Şahinbey Hastanesi Romatoloji Kliniği'nde yeni tanı koyulan 83 AS ile 50 BS hastası çalışmaya alındı. Belirtilen tarihler arasında hastanemiz Romatoloji polikliniğine başvuran sağlıklı 50 kişi kontrol grubu olarak seçildi. Bu hastalara ve kontrol grubuna ait serumlarda HSV-1, HSV-2, EBV, CMV, HHV-6 ve Parvovirus B19'a ait IgG tipi antikorların varlığı mikro enzim immunoassay (mikro-ELISA) yöntemiyle araştırıldı. Hastalara ait sonuçlar, kontrol grubu olarak seçilen bireylerin sonuçları ile karşılaştırıldı. Antikor pozitifliği açısından hasta grubu ile kontrol grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmadı (p>0.05). Araştırılan tüm virüslere ait antikor pozitifliği, AS'li hastalarda BS bulunan hastalara göre daha fazlaydı, ancak bu sonuç istatistiksel olarak anlamlı değildi (p>0.05). Çalışmamızın sonuçlarına göre, AS ve BS'nin etiyolojisinde HSV-1, HSV-2, EBV, CMV, HHV-6 ve Parvovirus B19'un rolü bulunabileceği görüşü desteklenmemiştir.

Dermotofitlerde tür tayini ve gaziantep yöresindeki durumları

Nozokomiyal stafilokok enfeksiyonları ve bunların kontrolü üzerinde araştırma

ÖZET NOZOKOMftftL STTAFÎLOKOK ENFEKShDNLARI VE BUNLARIN KONTROLÜ ÜZERİNDE ARAŞTIRMA ERKMEN, Osman Doktora Tezi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Sabri GÜNGÖR Temmuz, 1994, 116 sayfa. Bu çalışma, 1 Haziran 1992 ile 31 Ocak 1993 tarihleri arasında Gaziantep Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi 'nde yapılmıştır. Cerrahi girişimlerden sonra, yara bakımlan sırasında, katater v.s. uygulamalarından sonra, damar içi girişimlerinden sonra, doğumu izleyen günlerde hastalarda ortaya çıkan nozokomiyal enfeksiyonlarda stafilokok suşlannın sıklığı, bunların antibiyotik dirençliliklerinin saptanması ve enfeksiyon kaynakları tespit edilmiştir. Ayrıca stafilokok suşlan dışında nozokomiyal enfeksiyonlara neden olan mikroorganizmaların sıklığı ve antibiyotiklere duyarlılıkları da belirlenmiştir. Hastaların klinik materyallerinden alınan inceleme örnekleri mikrobiyolojik analize tabi tutularak, bakteri izolasyonu ve identifikasyonundan sonra, disk- diffüzyon plak yöntemi ile antibiyotik dirençlilik durumları ortaya konulmuş, ayni zamanda S. aureus suşlannın MIC ve MBG değerleri tüp dilüsyon yöntemiyle bulundu. Gentamicin- ve methicillin'e-dirençli S. aureus suşlannın in vitro aktiviteleri vancomycin ve quinolone'lara karşı çalışılmıştır. Enfeksiyon kaynağı araştırılmasında ise hastane personelinin (doktor, hemşire, hasta bakıcı) el, boğaz ve burun kültürleri, ameliyathane ve hasta odalannın havası ve yüzey alanlanndan örnekler alınarak S. aureus suşlannın izolasyonu yapılmıştır. 8 ay süresince toplam 1172 örnek incelemeye tabi tutulmuş, çalışma süresince 87 (% 56.49) hastada toplam 100 nozokomiyal enfeksiyon belirlenirken 67 {% 43.51) hastanın da taşıyıcı olduğu saptanmıştır. Nozokomiyal enfeksiyonlardan 132 (% 60.27), taşıyıcılardan da 87 (% 39.73) olmak üzere toplam 219 mikroorganizma izole edilmiştir. Bunlardan 106 (% 48.40)'sı S. aureus, 57 (% 26.03)'si gram negatif enterik bakteri, 51 (% 23.29)'i plazma koagülaz negatifstafilokok ve 5 (% 2.28)'i ise Candiddâvt. Hastanede nozokomiyal enfeksiyonların görülme insidansı % 5.98, taşıyıcılık oranın da % 4.60 olarak saptanmıştır. En sık yara enfeksiyonları ortaya çıkarken (% 53.0), bunu % 28 ile idrar yolu ve % 16 ile boğaz enfeksiyonlan izlemektedir. S. aureus suşlannın methicillin'e dirençlilik oranı % 34 olarak bulunmuştur. Diğer antibiyotiklere dirençlilik oranlan ise şöyledir: penicillin-G % 74, augmentin % 36, imipenem % 12, cephalothin % 21, vancomycin % 2, gentamicin % 24, ve quinolone'lara % 3. Hastaların klinik örneklerinden izole edilen 106 S. aureus susunun 21 standart faj tipi ile karşılaştırılmaları sonucunda 71 (% 66.98) suş tiplendirilebildi. Tiplendirilebilen suşlann % 36.6'sının III. gruba, % 19.7'sinin II. gruba, % 22.5'inin I. gruba ait olduğu, % 5.6'sının hiçbir gruba girmeyen ve % 15.5'inin ise karışık gruplardan olduğu tespit edilmiştir. S. aureus suşlannın daha çok III. faj grubundan olduğu ve en fazla rastlanan (% 16.9) susun da yine bu gruptan 42E susu olduğu belirlenmiştir. Enfeksiyon kaynaklarının belirlenmesi amacıyla izole edilen toplam 137 S. aureus susunun 85 (% 61.59)'i tiplendirilebilmiştir. Tiplendirilebilen bu suşlann personelden ve hava örneklerinden izole edilenlerin III. faj grubundan ve 42 E faj tipinde oldukları, yüzey alanlanndan izole edilenlerin ise yine III. faj grubundan fakat 52A/79 faj tipinin olduğu gözlenmiştir. Çalışmamız sonucunda S. aureus yara enfeksiyonlannm cerrahi bölümler arasında yaygın olduğu belirlenmiştir. Yara ve boğaz enfeksiyonlannda S. aureus suşları en fazla etken olan mikroorganizma olarak tespit edilirken, idrar yolu enfeksiyonlarında gram negatif bakterilerin daha çok etken olduğu tespit edilmiştir. S. aureus suşlannın vancomycin ve quinolone'lara yüksek oranda duyarlı oldukları ve stafilokok enfeksiyonlarının sağaltımında başanyla kullanabileceğini in vitro sonuçlarımız göstermiştir. Quinolone'lann özellikle MRSA enfeksiyonlarının sağaltımında vancomycin'le birlikte kullanıldığında başarılı sonuçlar verebileceğini yine in vitro çalışmalarımız göstermiştir. Sonuç olarak nozokomiyal enfeksiyonlann hastanemizde bir sorun olarak var olduğunu çalışmamız sonuçları göstermiştir. Bunlann önlenmesi bir ekip çalışmasını zorunlu kıldığından "Enfeksiyon Kontrol Komiteleri" kurularak bu enfeksiyonlann azaltılabileceği aşikardır. Anahtar Kelimeler. Nozokomiyal enfeksiyon; S. aureus; pk negatif stafilokok; methicillin-resistant S. aureus; gentamicin- ve methicillin-resistant S. aureus; bakteriyofaj. iv

0-6 yaş grubu çocuklarda rotavirus sıklığının araştırılması ve bu enfeksiyonun laktoz intolleransı üzerine etkilerinin incelenmesi

0-6 YAŞ GRUBU ÇOCUKLARDA ROTAVIRUS SIKLIĞININ ARAŞTIRILMASI VE BU ENFEKSİYONUN LAKTOZ İNTOLERANSI ÜZERİNE ETKİLERİNİN İNCELENMESİ KILIÇ, İbrahim Halil Yüksek Lisans Tezi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Tez Yöneticisi : Yrd.Doç.Dr.Tekin KARSLIGİL Haziran 2000, 38 Sayfa ÖZET Çocuklarda görülen ishallerin Rotavirus etkenli olanları ve bu etkene bağlı olarak gelişen laktoz intoleransı araştırmak amacıyla yapılan bu çalışmada 0-6 yaş arası çocuklar incelendi. Dışkıda Rotavirus antijeni, Rotavirus Stat-Pak (Chembıo Diagnostic Systems USA) yöntemi ile araştırıldı. Laktoz intoleransının tespiti için dışkı asiditesi ve kan şekeri seviyeleri ölçüldü. Yapılan analizler sonucunda çalışılan 112 ishalli çocuktan 29'unda (%25.89) rotavirus pozitif olarak saptandı. Pozitif grupta kızlarla erkekler arasında istatiksel olarak anlamlı bir farklılık saptanmadı. Rotavirus pozitif bulunanların %82'sinde dışkının pH değeri asidikti. Rotavirus pozitiflerin kan glikoz seviyeleri normalden daha düşük bulundu. Kontrol grubu olarak yine 0-6 yaş arasında ishal şikayeti olmayan 28 sağlıklı çocuk alındı. Bunların %10.7'sinde (3/28) rotavirus pozitif saptandı. Kontrol grubunda dışkı pH ortalama 7 civarında bulundu. Kontrol grubunun kan glikoz seviyeleri normal değerlerde saptandı. Sonuç olarak bölgemizde diğer etkenlerle birlikte Rotavirus nedenli ishallerin de araştırılmasının uygun olacağı, bu ishallerde laktoz intoleransı bulunabileceğinin bilinerek tedbirli davranılması gerektiği düşünüldü.

Mycobacterium tuberculosis kompleks izolatlarının birinci seçenek antitüberküloz ilaçlara duyarlılığının saptanmasında bactec ve agar proporsiyon yöntemlerinin karşılaştırılması

Üst gastrointestinal sistem helicobacter pylori infeksiyonlarında caga ve vaga gen varlığının spesifik ıga üzerine etkisi

Echinococcus granulosus'a karşı oluşan antikorların IHA, IFA ve ELISA ile tesbiti ve Western Blot ile antikor çeşitliliğinindeğerlendirilmesi

Kistik ekinokokoz, Echinococcus granulosus'un metasestod formunun sebep olduğu bir helminto-zoonozdur. Kistik ekinokokoz'da klinik özelliklere dayanarak tanı koymak zor olmakta; tanı, görüntüleme yöntemleri ve spesifik antikor yanıtının saptanmasını amaçlayan serolojik yöntemlerle desteklenmektedir. Bu çalışmada, Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi Merkez Laboratuvarı'na Mayıs 2007-Temmuz 2008 tarihleri arasında kist hidatik ön tanısıyla gönderilen 163 hasta serolojik yönden değerlendirildi.Hastalara ait serum örneklerinde ticari indirekt hemaglütinasyon (IHA), indirekt floresan antikor (IFA) ve enzim immuno assay kitleri ile E. granulosus'a karşı oluşan Ig G tipi antikorlar araştırıldı. Sonuçlar Western blot yöntemiyle doğrulandı. Buna göre toplam 163 hastanın 83'ünde (%51) IHA testi ile, 80'inde (%53) IFA testi ile, 70'inde (%42.95) ELISA testi ile pozitiflik tespit edildi. Western blot doğrulama testine göre IHA testinin duyarlılığı %88.76, özgüllüğü %94.59, IFA testinin duyarlılığı %89.89, özgüllüğü %93.24, ELISA testinin duyarlılığı %78.65, özgüllüğü %100 olarak saptandı. Western blot yöntemiyle antijenik bantlara karşı oluşan antikorlar saptanarak, bunun kistin lokalizasyonu ve biyokimyasal değerlerle ilişkisi araştırıldı.Western blot yöntemiyle 163 serum örneği araştırıldığında, serolojik yöntemlerle (IHA, IFA, ELISA) negatif saptanan 69 örnekte herhangi bir bant saptanmazken pozitif saptanan 94 serum örneğinde ise olguların 66'sı p7 kDa bandının varlığı nedeniyle pozitif, 23'ü p7 kDa bandı olmayıp, p16/18, p24/26 ve p39 kDa bantların varlığı nedeniyle şüpheli/sınırda ve 5'i de sadece p39 kDa bandının varlığı nedeniyle negatif olarak değerlendirildi. Negatif bulunan 5 örneğin dördü IHA ile beşi ise IFA yöntemi ile pozitifdi. Pozitif olarak değerlendirilen 71 olguda kist hidatik olduğu operasyonla doğrulandı. Ancak operasyonla kist hidatik saptanan 17 karaciğer ve 6 akciğer olgusunda p7 ve p16-18 kDa bantları saptanamazken diğer bantlar bulunmaktaydı. Bu olgular şüpheli pozitif olarak değerlendirildi. Oluşan bantlarla kistin lokalizasyonu ve biyokimyasal değerler arasında belirgin bir ilişki saptanamadı.Sonuç olarak kistik ekinokokozun serolojik tanısında IFA ve IHA yöntemlerinin benzer şekilde duyarlı ve özgül olduğu, ancak ELISA yönteminin bu iki yönteme göre daha yüksek özgüllüğe sahip olduğu (%100) saptandı. Bununla birlikte IHA yönteminin kullanım kolaylığı ve ucuzluğu açısından uygulanabilir olduğu kanısına varıldı.

Çeşitli klinik örneklerden izole edilen Candida türlerindeki virülans faktörlerinin araştırılması ve antifungal duyarlılıklarının değerlendirilmesi

Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Şahinbey Araştırma Hastanesi'nin değişik kliniklerinden Mikrobiyoloji laboratuarına gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen 200 Candida suşu değerlendirmeye alınarak, virülans faktörleri ve antifungal duyarlılıkları araştırıldı.Candida suşlarının tür düzeyinde tanımlanması için germ tüp testi, mısırunu-Twen 80 besiyerinde mikroskobik görünüm, Candida ID 2 agarda koloni renginin incelenmesi gibi klasik yöntemler ile birlikte API ID 32C (bioMerieux, Fransa) identifikasyon kiti kullanıldı.Candida kökenlerinin proteinaz üretiminin incelenmesi için sığır serum albumin agar, fosfolipaz üretimi için yumurta sarılı agar, esteraz üretimi için Tween 80 agar ve slime üretimi için modifiye tüp aderans yöntemi kullanıldı. Kökenlerin amfoterisin B, flukonazol, vorikonazol ve kaspofungine duyarlılıkları, CLSI (Clinical and Laboratory Standards Institute)'ın M27-A3 dokümanındaki referans buyyon mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak araştırıldı ve her bir ilaç için MİK aralıkları, MİK50 ve MİK90 değerleri belirlendi.İzole edilen 200 Candida suşunun 106'sı (%53) C.albicans, 49'u (%24.5) C.parapsilosis, 15'i (%7.5) C.tropicalis, 9'u (%4.5) C.krusei, 8'i (%4) C.kefyr, 4'ü (%2) C.glabrata, 4'ü (%2) C.famata, 3'ü (%1.5) C.lusitaniae, 2'si (%1) C.guilliermondii olarak identifiye edildi.Candida albicans suşlarının %79.2'si, albicans dışı Candida suşlarının %20.2'si proteinaz olumlu, C.albicans suşlarının %95.3'ü, albicans dışı Candida suşlarının %1.1'i fosfolipaz olumlu, C.albicans suşlarının %96.2'si, albicans dışı Candida suşlarının %34'ü esteraz olumlu idi. C.albicans suşlarının proteinaz, fosfolipaz ve esteraz aktiviteleri, albicans dışı Candida'lara göre anlamlı derecede yüksek bulundu (p<0.05). Bununla birlikte, C.albicans suşlarının %9.4'ü, albicans dışı Candida suşlarının %51.1'i slime olumlu bulundu. Albicans dışı Candida'ların slime aktivitesi, C.albicans suşlarına göre anlamlı derecede yüksek bulundu (p<0.05).Antifungal ilaçların MİK aralıkları amfoterisin B için 0.03-1 ?g/mL, flukonazol için 0.125-?64 ?g/mL, vorikonazol için 0.03-16 ?g/mL, kaspofungin için 0.015-0.25 ?g/mL idi. Candida suşlarının tümü amfoterisin B ve kaspofungine duyarlı idi. İzolatların 33'ü (%16.5) flukonazole dirençli, 12'si doza bağlı duyarlı bulundu. Sekiz (%4) izolat vorikonazole dirençli iken, 4 (%2) izolat doza bağlı duyarlı idi.Virülans faktörleri ile antifungal direnç arasındaki ilişki incelendiğinde, albicans dışı Candida suşlarında, esteraz aktivitesi ile vorikonazol direnci arasında ve slime aktivitesi ile flukonazol direnci arasında anlamlı bir ilişki saptanmıştır (p<0.05).

Çoğul dirençli Acinetobacter baumannii izolatlarında tigesiklin, kolistin ve polimiksin direncinin saptanmasında disk difüzyon, e test ve broth mikrodilüsyon yöntemlerinin karşılaştırılması

Hastane infeksiyonları morbidite ve mortalitesinin yüksek olması, hastanede kalış süresini uzatması ve yüksek tedavi maliyeti nedeniyle önemli bir sağlık sorunudur. Son yıllarda özellikle yoğun bakım üniteleri başta olmak üzere hastane infeksiyonlarında en sık izole edilen etkenlerin başında Acinetobacter cinsi bakteriler gelmektedirGünümüzde Acinetobacter baumannii suşlarına bağlı olarak oluşan infeksiyonların tedavisinde kullanılan antimikrobiyal ajanlara karşı giderek artan direnç tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de önemli bir sağlık sorunu haline gelmiştir. Acinetobacter baumannii'nin gittikçe daha sık infeksiyon etkeni olması ve antimikrobiyal direnç oranlarının artması tedavide yeni seçenek ilaçların araştırılmasını gerektirmiştirÇoğul antimikrobiyal direnç, polimiksinler gibi eski ve tigesiklin gibi yeni antibiyotiklerin araştırılıp geliştirilmesini zorunlu kılmıştır. Gram negatif bakterilerde gelişen çoğul direnç fenotipleri nedeniyle polipeptit yapılı bir antibiyotik olan kolistinin (polimiksin E) önemi tekrar artmaya başlamıştır. Ancak, ülkemizde çoğul dirençli suşlara karşı bu antibiyotiğin etkinliğini bildiren çalışma sayısı oldukça kısıtlıdır. Tigesiklin, A.baumannii'nin de içinde bulunduğu dirençli Gram negatif bakterilerin neden olduğu infeksiyonların tedavisinde ümit veren yeni, yarı sentetik bir tetrasiklindirBu çalışma, Eylül 2006 - Nisan 2008 tarihleri arasında Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuarına çeşitli kliniklerden gönderilen örneklerden soyutlanan 200 adet A. baumannii kökeni ile yapılmıştır. Bakterilerin tanımlanması konvansiyonel mikrobiyolojik yöntemler ve tam otomatik bakteri identifikasyon sistemi (Vitek 2, bioMerieux, Fransa) kullanılarak yapılmıştır. Acinetobacter baumannii kökenlerinin antibiyotik duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile belirlenmiştir. Çoğul ilaca dirençli olduğu saptanan 95 Acinetobacter suşunun kolistin, polimiksin B ve tigesikline karşı duyarlılıkları disk difüzyon, broth mikrodilüsyon ve E test yöntemleriyle test edilmiştirDisk difüzyon yöntemi ile test edilen çoğul dirençli suşların 95'i (%100) kolistine, 90'ı (%94.7) polimiksin B'ye, 83'ü (%87.3) tigesikline duyarlı bulunmuştur. Test edilen Acinetobacter izolatlarının E test yöntemi ile 95'i (%100) kolistine, 90'ı (%97.4) polimiksin B'ye, 72'si (%75.7) tigesikline duyarlı bulunmuştur. Broth mikrodilüsyon yönteminde ise suşların 95'i (%100 ) kolistine, 90'ı (%97.4) polimiksin B'ye, 86'sı (%90.5) tigesikline duyarlı bulunmuşturSonuç olarak, disk difüzyon, E test ve broth mikrodilüsyon yöntemlerini birbirleri ile karşılaştırdığımızda; E test ve broth mikrodilüsyon sonuçlarının disk difüzyona göre daha uyumlu olduğu gözlenmiştir. Kolistin, polimiksin B ve tigesiklinin Acinetobacter'e karşı etkinliği oldukça yüksek bulunmuştur.Anahtar Kelimeler: Acinetobacter, Kolistin, Polimiksin, Tigesiklin.

Hayvan modelinde Saccharomyces boulardii'nin Campylobacter jejuni üzerine etkisi

AMAÇ: Bu çalışmadaki amaç, infeksiyöz ishal etkenleri arasında önemli yeri olan C. jejuni'ye karşı S. boulardii'nin profilaktik kullanımındaki ve kolonizasyon sonrası uygulamadaki etkisini araştırmaktır.MATERYAL METOD: Çalışmada ratlar beş gruba ayrılmıştır: I.grup (kontrol grubu), II. grup (S. boulardii grubu), III.grup (C. jejuni grubu), IV.grup (kolonizasyon + S. boulardii grubu) ve V.grup (profilaksi grubu).Mikrobiyolojik inceleme amacıyla alınan dışkı örnekleri, Campylobacter Blood Free Selektif Medium ve Sabouraud Dextroz Agar'a ekilerek, C. jejuni ve S. boulardii açısından değerlendirilmiştir. Histopatolojik incelemede jejenum, ileum ve kolon örneklerinde meydana gelen histopatolojik değişiklikler skorlanarak değerlendirilmiştir. İstatistiksel analizde Kruskal-Wallis testi ve Mann-Whitney U testi kullanılmıştır.BULGULAR: C. jejuni'nin tek doz olarak verildiği grupta tüm ratların dışkı örneklerinde C. jejuni üretilerek Campylobacter kolonizasyonu %100 olarak sağlanmıştır. Bu grupta (III. grup) kolonizasyona bağlı önemli histopatolojik değişiklikler meydana gelmiş, IV. grupta (kolonizasyon + S. boulardii grubu) dışkı örneklerinin tamamında S. boulardii üremiş, C. jejuni ise ürememiştir. Mikrobiyolojik ve histopatolojik veriler ışığında, S. boulardii uygulamasının oluşturulan Campylobacter kolonizasyonunun ortadan kaldırılmasında etkili olduğu tespit edilmiştir.Profilaksi grubunda (V.grup) S. boulardii'nin C. jejuni kolonizasyonunu engellediği ve profilaksi uygulanan ratların hiçbirinde C. jejuni kolonizasyonunun gerçekleşmediği saptanmıştır. Kolonizasyon + S. boulardii grubu (IV.grup) ile profilaksi grubu (V.grup) arasında histopatolojik değerlendirmeler bakımından istatistiksel açıdan anlamlı farklılık gösterilememiş, S. boulardii tedavisi ve profilaktik uygulamasının histopatolojik parametreler üzerinde eşit düzeyde etkili olduğu tespit edilmiştir.SONUÇ: S. boulardii'nin rat modelinde C. jejuni kolonizasyonu üzerine etkilerinin araştırıldığı çalışmamızda inokülasyon öncesi uygulamanın C. jejuni kolonizasyonu engellediği, kolonizasyon sonrası uygulamasının ise C. jejuni kolonizasyonunu eradike ettiği mikrobiyolojik ve histopatolojik verilere dayanarak gösterilmiştir. Bu veriler ışığında S. boulardii'nin, C. jejuni üzerindeki, kolonizasyonu engelleyici ve ortadan kaldırıcı özelliğinin etki mekanizmasını aydınlatmak amacı ile planlanacak deneysel çalışmaların, S. boulardii'nin gerek profilakside gerekse eradikasyon amacıyla kullanılabilecek bir probiyotik olup olamayacağı konusundaki yerini belirlemede, yol gösterici olabileceğini düşünmekteyiz.

Metisilin dirençli Staphylococcus aureus' un etken olduğu diyabetik ayak enfeksiyonlu hastalarda nazal mrsa taşıyıcılığının moleküler yöntemlerle araştırılması

Giriş-Amaç: Ayak enfeksiyonları diyabetli hastaların hastanede yatış süresini uzatan, amputasyon riskini artıran en önemli medikal, sosyal ve ekonomik komplikasyondur. Bu çalışmada DM lu hastaların nazal MRSA taşıyıcılık oranını, ayak enfeksiyonların etkenlerini, risk faktörlerini ve nazal taşıyıcılık ile ayak arasındaki ilişkiyi araştırmayı amaçladık.Gereç-Yöntemler: Bu çalışmaya Mart 2007 - Temmuz 2007 arasında Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi ve Bolu İzzet Baysal Devlet Hastanesinde diyabet tanısı ile takip edilen tip 1 ve tip 2 DM lu 250 hasta alındı. Hastaların 47 sinde ayak ülseri vardı. Ayak ve burundan alınan örnekler standart mikrobiyolojik tekniklerle değerlendirildi ve MRSA kabul edilen suşlar PCR ve jel elektroforez yöntemi ile nuc, mecA ve PVL genleri yönünden araştırıldı.Bulgular: Çalışmaya alınan 250 hastanın %10,4 ünde nazal MRSA taşıyıcılığı tespit edildi. Ayak enfeksiyonlarında en sık S.aureus (%25,6) izole edildi. Ayaktan izole edilen S.aureus`ların %8,8' i MRSA, %16,8' i metisilin duyarlı S. aureus (MSSA) du. Ayağından MRSA izole edilenlerin %55,5 i de nazal MRSA taşıyıcısı idi. Antibiyotik duyarlılık sonuçlarına göre bu suşların %22,2'si aynı bulundu. Burun ve ayaktan izole edilen MRSA `ların yapılan PCR ve jel elektroforezi sonucunda nuc ve mecA genleri pozitif tespit edilirken %1,5 da PVL geni tespit edildi.Sonuçlar: Çalışmamızda DM lu hastalarda nazal MRSA taşıyıcılığının yüksek olduğu ve bunun ayak enfeksiyonu için risk faktörü oluşturduğu tespit edilmiştir. PVL geninin ayaktaki örneklerde çok düşük oranlarda (%1,5) tespit edilmesi ve aynı hastaların burnunda tespit edilmemesi fenotipik olarak aynı görünseler de etkenin aynı olmadığını ve toplum kaynaklı şuşların düşük oranda bulunduğunu göstermektedir.Diyabetik ayak enfeksiyondan izole edilen MRSA nın kaynağının nazal taşıyıcılık olduğunu ispat etmek için filogenetik analize ihtiyaç olmakla beraber DM lu hastalarda nazal taşıyıcılık her zaman enfeksiyon için risk faktörü oluşturduğu için gerekli önlemler alınması yararlı olacaktır.Anahtar Kelimeler: Diyabetik ayak, MRSA, nazal taşıyıcılık, mecA, PVL

Hemodiyaliz, periton diyalizi ve prediyaliz hastalarda gizli hepatit B enfeksiyonunun polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile araştırılması.

Serumda hepatit B yüzey antijeninin (HBsAg) negatif olduğu durumlarda, hepatit B virusu DNA (HBV-DNA)'sının varlığı gizli hepatit B olarak bilinmektedir. Gizli hepatit B'nin prevalansı tam olarak bilinmemesine rağmen, hemodiyaliz tedavisi uygulanan hastalarda daha sık olduğunu bildiren çok sayıda araştırma vardır. Bu çalışmada, hemodiyaliz ve periton diyalizi hastaları ile kronik böbrek yetersizliği olup henüz diyaliz tedavisi başlanmamış hastalarda gizli hepatit B prevalansı araştırıldı.Çalışmaya HBsAg-negatif olan toplam 174 hasta alındı. Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile hemodiyaliz hastalarının %2.6'sında, periton diyalizi hastalarının %1.8'inde HBV-DNA varlığı saptandı. Buna karşılık, henüz diyaliz tedavisine başlanmamış kronik böbrek yetersizliği olan hastalarda gizli hepatit B enfeksiyonu saptanmadı (%0). Gizli HBV enfeksiyonu sapatanan hastalarla diğer hastalar arasında karaciğer enzimlerinin yüksekliği ve serum CRP seviyesi yönünden anlamlı düzeyde farklılık saptanmadı (p>0.05).Sonuç olarak, çalışmamızda hemodiyaliz uygulanan hastalarda gizli HBV enfeksiyonu varlığının düşük sıklıkla olsa da görülebileceği saptanmıştır. Hem hemodiyaliz hem de periton diyalizi uygulanan hastalara cihaz kaynaklı HBV bulaşımını önlemek için sadece serolojik testlerle virüs varlığının araştırılmasının yeterli olamayacağı, dolayısıyla, PZR gibi duyarlılığı daha yüksek testlerle bu hastaların taranmasının uygun olabileceği düşünülmüştür.

Periodontitli hastalarda herpesvirüslerin görülme sıklığının pzr ile belirlenmesi

Yakın zamanlarda yapılan çalışmalarda herpesvirüslerle periodontitis şiddeti arasındaki ilişki ortaya konmuştur. Bu çalışmalar hastalığın etyopatogenezinin daha ayrıntılı olarak anlaşılması yönündeki çalışmalara katkı sağlamıştır. Mevcut çalışmada periodontitisli hastalardan alınan subgingival krevikular sıvı örneklerinde farklı herpesvirüslerin (herpes simpleks virüs tip 1 ve 2; HSV-1 ve HSV-2, Epstein?Barr virüs; EBV ve insan sitomegalovirüs; HCMV) varlığının araştırılması ve bu hastalardaki herpesvirüs sıklığı ile, periodontitisin seyrini belirlemede önemli olan, plak indeksi (Pİ), gingival indeks (Gİ) ve cep derinliği (CD) gibi parametreler arasında bir ilişki olup olmadığının belirlenmesi amaçlanmıştır.Bu amaçla, 2007 yılında Elazığ Diş Hastanesi Periodontoloji Kliniğine başvuran periodontitisli 52 hastadan ve periodontitis yönünden sağlıklı 20 bireyden paper pointler periodontal ceplere yerleştirilerek krevikular sıvı örnekleri alındı. Daha sonra, bu örneklerden DNA izolasyonları gerçekleştirildi. Elde edilen DNA'lar ve dört herpesvirüse özgül primerler kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) uygulandı.PZR sonuçlarına göre, 52 periodontitisli hasta örneğinin %61.5'inde EBV, %53.8'ünde CMV, %32.6'sında HSV-1 ve %25'inde HSV-2 pozitifliği tespit edildi. Sağlıklı kişilerde ise %20'sinde EBV, %10'unda CMV, %10'unda HSV-1 ve %5'inde ise HSV-2 pozitifliği belirlendi. EBV varlığı ile klinik parametler kıyaslandığında; hastaların Pİ, Gİ ve CD ile EBV varlığı arasında pozitif bir korelasyon tespit edildi (spearman's rho). Hastalıklı gruptaki CMV varlığı ile klinik parametreler kıyaslandığında CMV varlığı ile Pİ ve CD arasında pozitif bir korelasyon tespit edilirken gingival indeks ile bir korelasyona rastlanmadı. Hem HSV-1 hem de HSV-2 varlığı ile klinik parametreler arasında bir ilişki belirlenmedi.Sonuç olarak, periodontitisler ve bunların klinik seyirleri ile EBV ve CMV arasında kuvvetli, HSV'lar ile de zayıf bir etyolojik ilişkinin olduğu kanaatine varılmıştır.

Mycobacterium tuberculosis suşlarının majör antitüberküloz ilaçlara duyarlılığın bactec 460 TB sistemi ile tespit edilmesi

1. ÖZET Tüberküloz iyileşme süresi uzun süren bir infeksiyon hastalığıdır.Gelişmekte olan ülkelerde % 95 oranında yeniden ortaya çıkmakta ve dünya popülasyonunun üçte birini etkilemektedir. 1995 - 2005 yıllan arasında, bu oranların 8.8 milyondan 1 1.9 milyona yükselişi geleceği tehdit etmektedir. Özellikle son 15 yılda tüm dünyada tüberküloz vakalarının sayısında önemli bir artış meydana gelmiştir. Buna paralel olarak da çoklu ilaç direncine sahip Mycobacterium tuberculosis suşlarında da belirgin bir artış olduğu gözlenmiştir. Bundan dolayı bütün tüberküloz hastalarında, hızlı direnç testleri zorunlu olarak yapılmalıdır. Bu çalışmada majör antitüberküloz ilaçlardan izoniazit, rifampin streptomisin ve ethambutolün akciğer tüberkülozlu hastaların balgam, BOS, AMS ve idrar örneklerinden izole edilen 27 susun invitro etkinlikleri Bactec metoduyla araştırılmıştır. Duyarlılık testlerinde izolatların % 21'i izoniazide, % 25 'i rifarnpine, % 37'si ethambutole ve % 17'si streptomisine dirençli olarak saptanmıştır. Ayrıca 27 susun 4'ünde en az rifampin ve izoniazide karşı direnç olarak adlandırılan çok ilaca direnç tespit edilmiştir. Bu direnç oranlan, bölgemizde çok ilaca dirençliliğin var olduğunu göstermiştir. Anahtar Kelimeler : Mycobacterium tuberculosis, majör antitüberküloz ilaçlar, Bactec test yöntemi

Genişlemiş spektrum beta-laktamaz (GSBL) üreten bakterilerin, değişik antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının araştırılması

1.ÖZET Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz enzimleri, son 20 yılda Gram olumsuz enterik bakterilerde en önemli beta-laktam direnci haline gelmiştir. Bu enzimleri üreten bakterilerin neden olduğu infeksiyonlarda kullanılabilecek antibiyotik sayısı da oldukça sınırlıdır. Bu çalışmanın amacı; Fırat Üniversitesi Tıp Merkezi'ndeki hastalarından soyutlanan ve GSBL enzimi üreten bakterilerin bazı antibiyotiklere karşı olan duyarlılık durumlarının incelenmesi ve klinikler arası bu direncin dağılımının belirlenmesidir. Bu çalışma, Kasım-2001 ile Mayıs-2003 tarihleri arasında, Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi olan Fırat Tıp Merkezi'nde, değişik kliniklerde yatarak veya ayaktan tedavi gören yaklaşık 200 hastadan soyutlanan, toplam 208 bakteri susu üzerinde yapılmıştır. Çeşitli bakteriyolojik yöntemler kullanılarak alt tür düzeyinde tanımlanan bu suşların; 88 tanesi Klebsiella pneumoniae, 39 tanesi Klebsiella oxytoca, 71 'i Escherichia coli, 6'sı Proteus mirabilis, 1'i Proteus vulgaris ve 3'ü Enterobacter aerogenes olarak tanımlandı. Isepamisin, amikasin, gentamisin, siprofloksasin, moksifloksasin, sefoperazon-sulbaktam ve piperasilin-tazobaktam antibiyotiklerinin in vitro etkinlikleri, Minimal Inhibitor Konsantrasyonları (MİK), mikrodilüsyon veya E-Test yöntemleri kullanılarak saptandı. Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten bakteri suşlarının isepamisin duyarlılığı %92, amikasin duyarlılığı %90, gentamisin duyarlılığı %49, siprofloksasin duyarlılığı %65, moksifloksasin duyarlılığı %60,sefoperazon-sulbaktam duyarlılığı %45 ve piperasilin-tazobaktam duyarlılığı %56 olarak saptandı. Çalışılan bakteri türleri arasında antibiyotik duyarlılık oranları bakımından belirgin bir faklılık bulunmadı, isepamisin ve amikasinin MİK50 ve MİK90 değerleri duyarlı sınırlar içinde saptandı. Piperasilin-tazobaktam, sefoperazon-sulbaktam ve gentamisin antibiyotiklerinin hem MİK50 hem de MİK90 değerleri dirençli sınırlar içinde bulundu. Siprofloksasin ve moksifloksasin olmak üzere, her iki kinolon antibiyotiğin MİK50 değeri duyarlı sınırlarda iken, M I Kgo değerleri dirençli sınırlarda saptandı. Çalışılan tüm antibiyotiklere karşı en yüksek direnç değerleri cerrahi klinik izolatlarda gözlendi. Cerrahi klinik izolatlarında kinolon direnci pediatrik izolatlardan yaklaşık 4 kat fazla olarak saptandı. Sonuç olarak, GSBL üreten bakterilere karşı isepamisin ve amikasinin yüksek düzeyde etkin olduğu, siprofloksasin ve moksifloksasin orta düzeyde etkin olduğu ve gentamisin, sefoperazon-sulbaktam ve piperasilin-tazobaktamın ise düşük düzeyde etkin oldukları saptanmıştır. Bu antibiyotikler, antibiyotik duyarlılık deneylerinde etkin bulunmaları koşulu ile GSBL (+) infeksiyonlarda karbapenemlere alternatif olabilirler. Hastanelerimizde genişlemiş spektrumlu beta-laktamazların sıklığının azaltılması için uygun antibiyotik kullanımının sağlanması ve infeksiyon kontrol komitelerinin daha da etkin bir şekilde çalıştırılması gereklidir. Anahtar Kelimeler: ESBL, MİK, isepamisin, amikasin, gentamisin, siprofloksasin, moksifloksasin, sefoperazon-sulbaktam, piperasilin- tazobaktam, E. coli, Klebsiella, Proteus, Enterobacter.

Çeşitli klinik örneklerden izole edilen stafilokoklara karşı moksifloksasin duyarlılığının araştırılması

1. ÖZET Stafilokoklar hastane infeksiyonu etkenleri arasında ilk sıralarda yer alan mikroorganizmalardır. Dirençli suşlarm artarak yayılması nedeniyle, bu mikroorganizmalara bağlı infeksiyonların tedavisinde çeşitli zorluklar yaşanmaktadır. Özellikle metisiline dirençli stafilokoklar ile oluşan infeksiyonların tedavisinde kullanılabilecek antibiyotik sayısı sınırlıdır, moksifloksasin; son yıllarda kullanıma girmiş, kinolon grubundan, metisiline dirençli ve duyarlı stafilokoklann tedavisinde seçenek olan bir antibakteriyel ajandır. Bu çalışmada; moksifloksasinin yöremizde izole edilen stafilokok suşlan üzerindeki etkinliğini belirlemek amacıyla, çeşitli klinik örneklerden izole edilen metisiline dirençli ve duyarlı stafilokoklann moksifloksasin duyarlılıkları disk difîuzyon ve MIC yöntemiyle araştırıldı. Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuarında; Fırat Tıp Merkezinin çeşitli kliniklerinden gönderilen kan, balgam, idrar ve yara kültür örneklerinden izole edilen 160 S. aureus ve 40 koagülaz negatif stafilokok (KNS) susu çalışmaya alındı. Disk diffiizyon yöntemi ile 160 S.aureus susundan 132'si (%82.5), 40 KNS susundan 33 'ü (%82.5) moksiffoksasine duyarlı bulundu. MIC yöntemi ile 160 S.aureus susundan 146'sı (%91.2), 40 KNS susundan 35'i (%87.5) moksiffoksasine duyarlı bulundu. Sonuç olarak kinolonlann gelişigüzel kullanımı, özellikle stafilokok infeksiyonlannda direnç problemini ortaya çıkarmıştır. Çalışmamızda, moksifloksasinin stafilokoklara karşı yüksek oranda etkinlik gösterdiği gözlenmiş olduğundan, klinikte geniş kullanım alam bulacaktır.Anahtar Kelimeler : Stafilokok, moksifloksasin, MIC, disk diffuzyon. 2. ABSTRACT Staphylococcus are the major microorganisms which can be regarded in the nosocomial infections. Staphylococcal infections are often associated with therapuetic diffucilty due to widespread distribution of these organisms. The numbers of appropriate antibiotics are severely limited in the infections particularly with methicillin-resistant staphylococcal strains. Moxifloxacin is a new quinolone derivative that has been recently submitted to clinical use, may be a good alternative agent in the infections by both methicillin-resistant and susceptible staphylococcal strains. In this study, we aimed to investigate in vitro moxifloxacin activity by using disc-diffusion and microdilution methods against to methicillin-resistant and methicillin-susceptible staphylococci which were isolated from several clinic samples, in our region. The study was took place in bacteriology laboratory of Medical Microbiology Department of Fırat University's Medical School. Total 160 Staphylococcus aureus and 40 coagulase negative staphylococci (CNS) were included. Staphylococcus were isolated from blood, sputum, urine and wound samples from different clinics in Fırat Medical Center. In disc-diffusion method; 132 (82.5%) of 160 Staphylococcus aureus and 33 (82.5%) of 40 coagulase negative staphylococcus were determined as susceptible for moxifloxacin. In microdilution method; 146 (91.2%) of 160 Staphylococcus aureus and 35 (87.5%) of 40 coagulase negative staphylococcus were determined as susceptible for moxifloxacin.

Hepatit B virüsünün kesim enzimleri kullanılarak tiplendirilmesi

1. ÖZET Hepatit B virüsü (HBV), dünyada en fazla yaygın olan enfeksiyon etkenlerinden birisidir. Dünyada ortalama 350 milyon kronik hepatit B virüs taşıyıcısı olduğu tahmin edilmektedir. Hepatit B virüsünün tam genom nükleotid dizisi baz olarak alındığında %8'lik veya daha fazla nükleotid farklılıklarına göre HBV'nin 8 genotipi (A-H) bulunmaktadır. Farklı HBV genotipleri hastalığın klinik durumunu etkileyebilmektedir. Restriksiyon enzimleri kullanarak yapılan enzim kesim deneyleri (RFLP) HBV genotiplendirilmesinde kullanılmaktadır. Hepatit B virüsü S gen dizisi kullanılarak yapılan genotiplendirme ile tam genom belirlenerek yapılan tiplendirme sonuçları arasında uyum vardır. Bu çalışmada, HBV DNA pozitif 127 hastada, RFLP yöntemi ile virüsün genotiplendirilmesi amaçlandı. Semi-nested polimeraz zincir reaksiyonuyla (PZR) çoğaltılan spesifik S gen bölgesi RFLP ile analiz edildi. HBV S geninin genotip spesifik bölgelerinde bulunan Alwl, Earl, Hphl, Neil, and NlalW enzim kesim bölgeleri kullanıldı. RFLP sonuçları 127 örneğin tamamında genotip D'nin varlığını ortaya koydu. Bu sonuçlar, bölgemizdeki Hepatit B hastalarında dominant olarak genotip D'nin bulunduğunu ve HBV genotiplendirmede kullanılan RFLP yönteminin kolay ve yapılabilir olduğunu göstermektedir. Anahtar Kelimeler; Hepatit B virüsü, PZR, RFLP, HBV genotipleri.

Deşik klinik örneklerden soyutlanan kandida türlerine virulans faktörlerinden proteinaz, fosfolipaz ve esteraz aktivitelerinin araştırılması

1.ÖZET Kandidalar doğada, insan ve hayvanların florasında bulunan maya morfolojisinde mikroorganizmalardır. Son yıllarda kanser, transplant ve immunsüpresif hastaların yaşam süreleri, gelişmiş tedavi protokolleri nedeniyle uzamış ve dolayısıyla bu hastalarda mantar enfeksiyonu görülme sıklığı artmıştır. Mantar enfeksiyonlarında Candida albicans dışında diğer kandida türlerinin izolasyonundaki artış, bu türlerin virülans faktörlerinin önemini arttırmıştır. Enfeksiyon oluşumunda konak faktörleri kadar kandidaların virülans faktörleri de önemli bir yer tutmaktadır. Bu çalışmada, çeşitli klinik örneklerden izole edilen 100 kandida susunun türleri belirlenmiş ve türlere göre proteinaz, fosfolipaz ve esteraz aktiviteler: araştırılmıştır. 100 kandida susunun; 58' i C. albicans,14' ü C. glabrata, 11' C. tropicalis, 52' i C.famata, 4' ü C. sake, 3' ü C. knısei, 2' si C guillermondii, V C. lusiianiaee, l'i C. pelliculose, 1' i C. curvata olarak adlandırılmıştır. Proteinaz enzim aktivitesi, Sığır Serum Albumin Agar'da, protein lizisine bağlı olarak şeffaf zonlann oluşup oluşmamasına göre değerlendirilmiştir. Proteinaz oram türlere göre; % 82.7 C albicans, % 72.7 C. tropicalis, % 40 C.famata, % 50 C guillermondii, % 100 C. lusitaniae, % 100 C. curvata olarak tespit edilmiştir. C sake, C. krusei ve C. pelliculose de proteinaz aktivitesi görülmemiştir. Proteniaz aktivitesinin kilinik örneklere göre dağılımı ise, dışkı, boğaz, balgam, yara % 100, kan % 83.3, vaginal akıntı % 57.9, idrar % 46.6 olarak değerlendirilmiştir. Fosfolipaz enzim aktivitesi, Yumurta Sanlı Agar besiyerinde değerlendirilmiştir. Koloni çapının, koloni ve presipitasyon zonunun uzunluğuna oranlanarak, l'-e eşit olanlar olumsuz, l'den küçük olanlar olumlu olarakdeğerlendirilmiş ve türlere göre C. albicans % 89.6, Ctropicalis % 72.7 olarak bulunmuştur. Diğer türlerde fosfolipaz aktivitesi görülmemiştir. Klinik örneklere göre ise, boğaz % 100, kan ve idrar % 66.6, vaginal akıntı % 59.4 oranında fosfolipaz aktivitesi tespit edilmiştir. Esteraz aktivitesi Tween 80 Ağarda, inokülasyon bölgesinin etrafında ışığı geçiren opak kristaller veya opak alan oluşumu gözlenenler olumlu, gözlenmeyenler olumsuz olarak değerlendirilmiştir. Türlere göre C. albicans %93.1, C. tropicalis % 100, C. glabrata % 7.1, C. famata %60, G guillermondii %50, C. curvata % 100, olarak tespit edilmiştir. Diğer türlerde esteraz aktivitesi gözlenmemiştir. Klinik örneklere göre esteraz aktivitesi, dışkı, boğaz, balgam ve yarada % 100, vaginal akıntıda % 73.9, kanda % 66.6, idrarda % 53.3 oranında tespit edilmiştir. Sonuç olarak, kandidalarda virülans faktörlerinden olan proteinaz,fosfolipaz ve esteraz üretimi sıklığı, çalışmamızda izole edilen suşlar arasında orta ve üst düzeyde saptanmış olup, kandida enfeksiyonlarında bu enzimlerin araştırılması, tedavinin planlanmasında yaralı olacaktır. Anahtar kelimeler : Kandida türleri, proteinaz, fosfolipaz, esteraz..

Gram pozitif kokların invitro kinopristin/dalfopristin duyarlılıklarının araştırılması ve diğer bazı antibiyotiklerle karşılaştırılması

1. ÖZETGünümüzde enfeksiyon hastalıklarının tedavisinde kullanılan antibakteriyelilaçların tür ve sayısında artışlar olmasına rağmen, son yıllarda, birden fazla sayıda ilacadirençli stafilokok, enterokok ve diğer bazı Gram pozitif kokların neden olduğuenfeksiyonların sıklığında artış olmuştur. Bu mikroorganizmalar, yaygın olarakkullanılan antibiyotiklere karşı sıklıkla direnç geliştirmekte ve neden olduklarıenfeksiyonların tedavisinde sorunlarla karşılaşılmaktadır.Türkiye'de henüz kullanıma girmemiş olan kinopristin/dalfopristin,streptogramin grubundan parenteral uygulanabilen ilk antibiyotiktir. Her iki komponentde bakteriyel ribozomun 50S alt birimine geri dönüşümsüz bağlanarak etki gösterir.Bu çalışmada Haziran 2004 - Mart 2005 tarihleri arasında Fırat Üniversitesi TıpFakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuarı'nagönderilen örneklerden soyutlanan 300 Gram pozitif kokun invitrokinopristin/dalfopristin ve diğer yaygın kullanılan antibiyotiklere karşı duyarlılıklarınınbelirlenmesi amaçlandı. Klasik bakteriyolojik yöntemler kullanılarak tür düzeyindetanımlanan 41 52 17Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis,Staphylococcus saphrophyticus, 16 Staphylococcus hominis, 5 Staphylococcushaemolyticus, 3 Staphylococcus warneri, 2 Staphylococcus schleiferi, 5 Staphylococcuscaprae, 44 Enterococcus faecalis, 22 Enterococcus faecium, 5 Enterococcus avium, 3Enterococcus hiroe, 27 Streptococcus spp., 16 D grubu Streptokok, 6 A grubuStreptokok, 6 B grubu Streptokok ve 3 Streptococcus pneumonia suşu çalışmaya alındı.Bu suşların antibiyotik duyarlılıkları disk diffüzyon yöntemiyle araştırıldı.1Staphylococcus aureus ve koagülaz negatif stafilokok (KNS) suşlarının tamamı,E. faecalis suşlarının %14'ü ve E. faecium suşlarının %73'ü kinopristin/dalfopristineduyarlı bulundu. Yapılan duyarlılık testinde stafilokok suşlarının metisilin duyarlılığı%66.1, eritromisin duyarlılığı %62.2, siprofloksasin duyarlılığı %66.3, klindamisinduyarlılığı %89.1, rifampisin duyarlılığı %94.8 olarak; streptokok suşlarının eritromisinduyarlılığı %65.3, siprofloksasin duyarlılığı %45.9, kloramfenikol ve gentamisinduyarlılıkları sırasıyla %84.6, %85.2 olarak saptanmıştır.Yapılan bu çalışma ile henüz ülkemizde kullanıma girmemiş, ancak yakın birgelecekte enfeksiyon hastalıklarının tedavisinde sık başvurulması muhtemel birantibiyotik olan kinopristin/dalfopristin kombinasyonunun stafilokok ve streptokoksuşlarına karşı etkinliğinin test edilmesi amaçlandı. Çalışmaya alınan bakterilerin diğerbir çok antibiyotiğe duyarlılıkları eş zamanlı saptanarak bu yeni ilacın etkinliğinin,halen kullanımda olan diğer antibiyotiklerle karşılaştırılması sonucunda klinikuygulamalarda tedaviyi yönlendirici sonuçların elde edileceğini tahmin etmekteyiz.Anahtar Kelimeler: Kinopristin/dalfopristin, Staphylococcus aureus, Streptococcussspp., Enterococcus spp., KNS, disk diffüzyon.2

Pan-antibiyotik dirençli pseudomonas aeruginosa ve stenotrophomonas maltophilia suşlarına karşı son seçenek ajanlardan biri olan kolistinin invitro etkinliğinin araştırılması

Çoklu dirençli bakteriler, özellikle hastanede yatan ve genel durumu kötü hastalar için önemli bir saglık riski olusturmaktadır. Rasyonel olmayan antibiyotik kullanımı ve standart infeksiyon kontrol önlemlerinin yeterince uygulanmaması sonucu bu tür direnç fenotipleri hızlı bir yayılım göstermis ve Türkiye ile birlikte birçok ülkede ciddi bir tedavi sorunu olarak ortaya çıkmıstır. Gram negatif bakterilerde gelisen çoklu direnç fenotipleri nedeniyle polipeptit yapılı bir antibiyotik olan Kolistinin (Polymxin-E) önemi tekrar artmaya baslamıstır. Ancak, ülkemizde asırı dirençli suslara karsı bu antibiyotigin etkinligini birdiren çalısma sayısı oldukça kısıtlıdır. Bu çalısmada, Ocak 2004 ve Subat 2007 tarihleri arasında Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuarında soyutlanan ve Clinic Laboratory Standards Institute (CLSI) tarafından önerilen tüm antipseudomonal antibiyotiklere karsı disk difüzyon yöntemi ile yapılan antibiyogramda dirençli oldugu saptanan 57 Pseudomonas aeruginosa ve 10 Stenotrophomonas maltophilia susunun Kolistin duyarlılıgı Etest (AB Biodisk) yöntemi arastırılmıstır. Kolistinin P. aeruginosa ve S. maltophilia suslarına karsı etkinligi sırasıyla %56.1 ve %40 olarak saptanmıstır. P. aeruginosa suslarının Kolistin için ölçülen MİK50 ve MİK90 degerleri sırasıyla 2?g/ml ve 16 ?g/ml; S. maltophilia suslarının Kolistin için ölçülen MİK50 ve MİK90 degerleri ise 4 ?g/ml ve 256 ?g/ml olarak bulunmustur. Bu sonuçlar ısıgında; Kolistinin, çalısılan pseudomonas ve stenotrophomonas suslarına karsı etkinligi orta düzeyde oldugu görülmüstür. Bilimsel literatürle karsılastırıldıgında çalısmamızda daha yüksek direnç sıklıgı dikkati çekmektedir. Çalıstıgımız susların pan-antibiyotik dirençli olmaları nedeniyle çoklu direnç genlerini tasımaları, elde ettigimiz bu düsük duyarlılık sonuçlarının baslıca nedeni olarak düsünülmüstür. Ortaya çıkabilecek ciddi yan etkiler göz önüne alındıgında, pan-antibiyotik dirençli non-fermentatif ajanlara karsı Kolistinin kullanmı öncesi, in vitro etkinliginin saptanması faydalı olacaktır.

Üst solunum yolları malign lezyonlarında HPV tip 16, 18, 31 ve 33'ün araştırılması

Bu çalısmanın amacı, üst solunum yolları malign lezyonlarında Human papillomavirus (HPV) görülme sıklıgını ve tiplerini belirleyerek, HPV'nin bu kanserlerin gelismesindeki rolünün açıklanmasına katkıda bulunmaktır. Human papillomavirus varlıgının arastırılması için, üst solunum yolları kanseri tanısı konulmus olan 100 hasta ile kontrol grubu olarak üst solunum yolları benign lezyonu tanısı konulmus olan 25 hastaya ait arsivlenmis parafinize doku örnegi Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) yöntemiyle analiz edilmistir. HPV tip 16, 18, 31 ve 33'ün saptanması ve tiplendirilmesi amacıyla, L1 ve E6 primerleri ve tipe özgül primerler kullanılarak nested PCR yapılmıstır. Örneklerden 25 tanesi yeterli DNA içermedigi için çalısmadan çıkarılmıstır. Yetmisbes üst solunum yolu kanseri örneginin 25 tanesi (%33) HPV DNA yönünden pozitif olarak bulunmus; HPV pozitif örneklerin 11 tanesinde (% 44) HPV 16 DNA, 8 tanesinde ise (% 32) HPV 18 DNA pozitif bulunmustur. Bir olguda HPV 16 ve HPV 18 birlikteligi tespit edilmistir. Sonuç olarak, HPV'nin, üst solunum yolları malign lezyonlarının birçogunda etiyolojik bir rol oynadıgı düsünülmektedir. Çalısmamızda elde edilen bulgular, HPV tip 16 ve 18'in üst solunum yolları malign lezyonlarındaki olası rolünü desteklemektedir. Türkiye'deki HPV infeksiyonlarının epidemiyolojisinin daha iyi aydınlatılabilmesi için daha kapsamlı çalısmalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Human Papillomavirus (HPV), Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR), Üst Solunum Yolları Malign Lezyonları

Fonksiyonel endoskopik sinüs cerrahisi (FESC) uygulanan kronik sinüzitli hastaların sinüs materyallerinin bakteriyolojik yönden değerlendirilmesi

1. ÖZET Bu prospektif çalışma; Fırat Üniversitesi Fırat Tıp Fakültesi Kulak Burun Boğaz Anabilim Dalı'nda Ocak-1999 ile Temmuz-1999 tarihleri arasında kronik sinüzit tanısı almış fonksiyonel endoskopik sinüs cerrahisi (FESC) planlanan yaşlan 18 ile 65 arasında değişen 23'ü erkek, 8'i kadın 31 hastada, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuarında yapıldı. Operasyon sırasında direkt olarak maksiller ve etmoid sinüs içinden alınan aspirasyon materyalinde, prospektif olarak bakteriyel patojenlerin belirlenmesi amaçlandı. Ayrıca bu çalışmada, maksiller ve etmoid sinüslerden alman örneklerin kültüründe üreyen mikroorganizmalar ile operasyondan önce boğazdan ve burundan alman sürüntülerde üreyen mikroorganizmalar arasında bir ilişki olup olmadığı incelendi. Kronik sinüzitin medikal veya cerrahi olarak en etkili olabilecek tedavi şekli henüz kesin bir şekilde ortaya konamamıştır. Bu hastalığın bakteriyolojisinin anlaşılması uygun tedavi stratejilerinin belirlenmesine yardımcı olacaktır Mikrobiyolojik değerlendirme için alınan örnekler; operasyondan önce boğaz, burun sürüntüsü ve operasyon sırasında (FESC) direkt olarak sinüslerin içinden nazal irrigasyon tüplerine alınan aspirasyon materyali idi. Aspirasyon materyalleri steril silgiçlerle kömürlü amies transport taşıma ortamına ve ayıraçlı tiyoglikolat ortamına alındılar. Tüm örnekler toplanmasını takiben 2 saat içerisinde mikrobiyoloji laboratuarına nakledildi. Mikrorganizmalar standart mikrobiyolojik metodlarla identifıye ve izole edildiler (7, 20, 52). Doyle ve Woodham'in (23) önerdiği şekilde izolasyonlar klasik ve nonklasik gruplara ayrıldılar. Çalışmayı oluşturan 31 kronik sinüzitli hastanın operasyon sırasında maksiller ve etmoid sinüslerinden direkt olarak alınan aspirasyon materyallerinin bakteriyolojik kültürlerinin %87.09'unda aerop bakteriler ürerken, %19.35'inde anaerop bakteriler izole edildi. Bu çalışmada izole edilen klasik patojenler arasında Anaerop bakteriler (n= 6), koagulaz pozitif stafilokok (n=5) ve Klebsiella pneumoniae (n=4) en fazla gözlenen bakteriler oldu. Ancak anaeroplar klasik patojenler arasında bulunmalarına rağmen, patojen deyimi bu mikroorganizmalar için hala tartışma konusudur. En sık izole edilen non-klasik patojenler; koagulaz negatif stafilokok (n= 9) ve viridans streptokok (n= 7) olaraktesbit edildi. Kronik sinüzitin patogenezinde non-klasik patojenlerin rolü halen açık değildir. Çalışmamızda Stafilokok'lar en sık izole edilen bakteriler olduğundan bu mikroorganizmalara yönelik ampirik antibiyotik tedavisinin yararlı olabileceği düşünüldü. Aynı zamanda izole edilen bütün mikroorganizmalar için antimikrobiyal duyarlılık testlerinin yapılmasının uygun tedavi rejimlerinin belirlenmesinde faydalı olacağına inanıyoruz. Kronik sinüzitin mikrobiyal etyolojisini inceleyen çalışmaların sonuçları akut enfeksiyonlara göre daha fazla çeşitlilik gösterir. Bu nedenle farklı çalışmaların sonuçlarım birbiriyle kıyaslamak oldukça zordur. Burada; örnekleme tekniklerinde değişiklikler, örnek transport metodu ve araçları, hastaların yaşlan, hastalığın süresi ve uzunluğu, operasyon öncesi antibiyotik tedavisi gibi faktörlerin rol oynayabileceği kanaatine varıldı. Çalışmamızda etmoid sinüslerden (n=ll) alman örneklerin hiçbirinde anaerop bakteri üremesi olmadı. İzole edilen bakteriler hemen hemen maksiller sinüslerden (n=20) izole edilenlerle benzerdi. Yapılan kültürlerin %3.22 'sinde (n=l) funguslar üretildiği halde, mikroskopik değerlendirmede invaziv fungal hasar saptanamadı ve klinikte fungal sinüzitli hiçbir hasta yoktu. Burun ve boğaz flora bakterilerinin, kronik olarak infekte sinüslerdeki bakterilerin değerlendirilmesinde, önemli bir faktör olmadıkları sonucuna varıldı. Anahtar Kelimeler: Kronik sinüzit, bakteriyoloji, fonksiyonel endoskopik sinüs cerrahisi

Çocuk aşırı duyarlılık tepkilerinde özgül İgE ve sitokin düzeyleri

İmmün reaksiyonlar, bazı durumlarda koruyucu ve iyileştirici olmaktan çıkarak, dokular ve organları hasara uğratıcı özellik kazanabilirler. Antijenlere karşı organizmanın hasarlayıcı düzeyde meydana getirdiği değişmiş reaktif immün cevaba "alerji" veya "hipersensitivite" denmektedir. Bunun yanında, alerji terimi daha çok İgE aracılığı ile oluşan anafilaktik hipersensitivite için kullanılmaktadır. Alerjenlere karşı oluşan antikorlar koruyucu değil, ancak duyarlandırıcı antikorlar olan, İgE sınıfı özgül antikorlardır. Bu antikorlar, deri ve diğer dokulardaki mast hücreleri ile bazofillere bağlanabilme yeteneği taşırlar. Alerjenler, mutad olarak solunum sistemi, deri, sindirim sistemi veya parenteral yolla organizmaya giriş yapabilirler. Şok organına göre de, lokal veya sistemik belirtiler ortaya çıkar. Th hücreleri ürettikleri lenfokin türlerine göre bazı alt kümelere ayrılırlar: ThO, Thl ve Th2. Thl klonları İFN-y ve İL-2 üretirler, fakat İL-4 ve İL-5 üretmezler. Buna karşın, Th2 hücreleri ÎL-4, İL-5 ve İL- 13 üretmelerine rağmen, İFN-y ve İL-2 sitokinleri üretmezler. ThO klonu ise her iki hücrenin sitokin profiline sahiptirler. Geniş açıdan ele alırsak, Thl hücrelerinin salgıladığı lenfokinler B hücrelerinin İgM ve İgG2 üretimine yol açarak ve makrofajları uyararak, hücresel immün sistemi harekete geçirirler. Böylece viral, bakteriyel, fungal ve protozoal enfeksiyonlara karşı savunma yaparlar. Sıvısal immüniteyi uyaran Th2 hücreleri ise özellikle, İgE ve İgG yanıtlan ile bazı helmint enfeksiyonlarına karşı savunma başlatırlar ve alerjiyi tetiklerler. Thl ve Th2 yönünde hücre gelişiminin hangi faktörler tarafından başlatıldığı tam olarak bilinmiyor. Thl ve Th2 hücrelerinin gelişimini birbirine zıt yönde polarize eden iki önemli sitokinin İL- 12 ve İL-4 olduğu bilinmektedir. Bu çalışmanın ana eksenini Thl ve Th2 hücrelerinin kutuplaşmasını yansıtan sitokinlerden olan İFN-y, İL-4 ve İL-13'ün rol aldığı alerjik mekanizmalar oluşturmuştur. Ayrıntılı bir anket uygulanarak ve fizik muayeneleri gerçekleştirilerek alerji ön tanısı düşünülen 77 çocuk olgu çalışmaya alınmıştır. Olguların anket ve fizik muayene sonuçlarına göre alerjik olgular 5 ayrı klinik tablonun yalnızca birini veya birkaçını bir arada sundu. Anaflaksi olgusu gözlenmedi ve alerjik astım olgusu 37, ürtiker ise 30 vakada tanımlandı. Kontrol grubu aynı yaş grubunda ve aynı bölgede yaşayan, aynı sosyoekonomik göstergelere sahip olan ve herhangi bir alerjik hastalığı bulunmayan ve klinik olarak tamamen sağlıklı kabul edilen gönüllü çocuklardan (n=30), ailelerinin onayı alınarak, rastgele seçim ile oluşturuldu. Total İgE ve özgül İgE düzeyleri serumda ELÎSA yöntemi ile üretici firmaların tarifi üzerine belirlendi (İgE; Int. Immuno-Diagnostics, USA, Özgül İgE; Dr. Fooke, Neuss, Germany). İFN-y, ÎL-4, İL- 13 (ELISA, CLB, Amsterdam, Netherlands) ELİSA yöntemi ile değerlendirilmiştir. İgG, İgA, îgM seviyeleri nefelometrik yöntemle ölçüldü (Beckman Array®360 Systems, Beckman, Kaliforniya, USA). Kortizol için Chiron Diagnostics Corp. (ACS 180®, Cedex, Fransa), DHEAS için ise DPC (Immulite®2000 Kaliforniya, ABD) kemilimmünisense kitleri kullanılarak, tetkikler üretici firmaların tarifi üzerine yapıldı. istatistiksel yöntemler olarak, bağımsız örneklerde student's t testi, Mann- Whitney U testi, korelasyon analizi (Spearman) ve multiple regresyon analizleri SPSS 6.0 for Windows 95 kullanılarak yapıldı. Tüm alerjik olgular ele alındıklarında Total İgE düzeyleri alerjili olgularda, kontrol grubunda.bulunan değerlerden anlamlı ölçüde farklı bulunmuştur. Alerjik olgularda ve sağlıklı bireylerin IgG, IgA, İgM ortalamaları karşılaştırıldığında istatistiki anlamlı bir fark gözlenememiştir. Sözü edilen İFN-y, İL-4, İL- 13 sitokinlerinin total İgE ile ilişkilerine bakıldığında İFN-y ve İL-4'ün total İgE ile bir korelasyon göstermediği İL-13'ün ise istatistiki açıdan negatif fakat istatistiki önemi olmayan bir korelasyon gösterdiği bulunmuştur. Bu bulgular Thl ve Th2 kutuplaşması bakımından sitokinlerin total İgE ile ilişkilerine bakılarak değerlendirilmesinin mümkün olmadığı fikrini vermektedir. Bu çalışmada, alerjik olgularda İFN-y kontrol grubuna göre düşmüş iken İL-4 yaklaşık olarak 10 kat ve İL- 13 ise yaklaşık olarak 7 kat artmıştır. Bu veriler, bu iki interlökinin İgE üretimine olan etkilerini in vivo olarak doğrulamıştır. İFN-y ve İL-4 arasında istatistiki açıdan önemli negatif korelasyon in vivo olarak bu çalışmada gösterilmiştir. Bu da Thl ve Th2 lenfosit alt gruplarının kutuplaşmasını açıklayan bir bulgudur. Aynı ilişkinin İFN-y ve ÎL-13 arasında gözlenmemiş olması İL- 13'ün başka hücre grupları tarafından da yoğun olarak salgılanmış olma ihtimalini kuvvetlendirmektedir. Bu çalışmada, hormonlardan DHEA ve kortizol düzeylerinin Thl/Th2 kutuplaşmasını gösteren İL-4, İL- 13 ve ÎFN-y sitokinlerle olan ilişkisi de incelenmiştir. Alerjik olguların tümü DHEA ve kortizol düzeyleri açısında karşılaştırıldığında alerjik olgularda kortizol düzeylerinin arttığı DHEA düzeylerinin ise değişmediği gözlenmiştir. Kortizol düzeylerinin artması Thl hücrelerini baskılayarak Th2 hücrelerin tetiklenmesine yol açabilir ve bu da alerjinin temel bir nedenini oluşturabilir. Diğer taraftan, ürtikerli olgularda serumda total igE düzeyleri kortizol ile istatistiki anlamlı negatif korelasyon göstermiştir. Ancak, bu döngünün tamamlanabilmesi için kortizolün İFN-y ile negatif, İL- 4 ile pozitif korelasyon göstermesi ve sitokinlerin total İgE ile korelasyonlarının tespit edilmesi gerekirdi. Astımlı ve ürtikerli olgular ayrı ayrı ele alındığında, kortizolün arttığı ve DHEA- S04'ün etkilenmediği gözlenmiştir. Alerjik astımlı olgulara bakıldığında, DHEA hormonu artışının İL-13 düzeylerindeki artışlarla istatistiki olarak anlamlı pozitif korelasyon göstermesi, benzer şekilde DHEA'nın Th2 hücre kutuplaşmasına yardım ettiği savını doğrulamaktadır. Ancak ürtikerli olgularda olduğu gibi diğer sitokinler ve İgE arasında korelasyon olmayışı ve İL-4 ve ÎFN-y'nın DHEA düzeylerinden etkilenmemesi, sözü edilen hipotetikal resmi tamamlamamıza imkan vermemektedir. Çalışmada, ürtikerli çocuk hasta grubunda kortizol ve total İgE düzeyleri arasında pozitif anlamlı bir ilişki gözlenmiştir. Aynı ilişki, tüm alerjik olgular veya astımlı olgular istatistiksel olarak ele alındığında bulunamamıştır. Sonuç olarak, bu çalışma alerjide Thl ve Th2 kutuplaşmasına in vivo olarak bir ışık tutabilmek için yapılmıştır. Bu çalışmalar temelinde, ÎL-4 ve ÎL-13 üretiminin baskılanması veya antikorlarla bloke edilmesi veya İFN-y uygulanması ile Thl baskınlığının temini yoluyla Th2 populasyonunun ve dolayısıyla salgıladıkları sitokinlerin düzeylerinin düşürülmesi gelecekte Tip I alerjilerin tedavisinde önemli bir yer alabilir.

Hepatit B virüsü HBcAg geninin klonlanması ve ökaryotik hücrelerde açıklanması

1. ÖZET Bu çalışmada, hepatit B virüsünün kor antijeni (HBcAg) geninin Escherichia coli (E. coli)' de klonlanması ve HBcAg proteinin ökaryotik hücrelerde açıklatılması rapor edilmiştir. Çalışmada, öncelikle, HBcAg geni, hepatit B virüsle infekte hasta serumundan izole edilen DNA' dan polimeraz zincir tepkimesiyle (PCR) çoğaltıldı ve pUC19 plazmitine yerleştirildi, Elde edilen rekombinant plazmit (pHBc-1) E. coli hücrelerinin transformasyonunda kullanıldı. pHBc-1 plazmiti içindeki HBcAg gerıinin varlığı PCR ve enzim sindirme deneyleri ile doğrulandı. Daha sonra, rekombinant plazmit klonlanndan EcoKL ve Hindül restriksiyon enzimleriyle uzaklaştınlan HBcAg geni, ökaryotik eksprasyon plazmiti olan, pcDNA3 içine yerleştirildi. Oluşturulan rekombinant plazmit, pcDNA-HBc, içindeki HBcAg geninin varlığı yine restriksiyon enzim sindirimi deneyi ile test edildi. Daha sonra, pcDNA-HBc, ökaryotik Vero hücrelerine transfekte edildi ve pcDNA-HBc plazmitini istikrarlı bir şekilde taşıyan hücre hatları, Vero-HBc, genetisin içeren kültür vasatında seçildi. Vero-HBc hücrelerinde HBcAg proteinin açıklanması Western Immunoblot deneyi ile test edildi. Immunoblotlamada Vero-HBc hücrelerinde 21 kilodalton (kDa) büyüklüğünde HBcAg proteini belirlendi. Sonuç olarak, bu çalışmada günümüzün en ciddi sağlık sorunlarından birini oluşturan hepatit B virüsün kor antijenini şifreleyen gen klonlanarak ökaryotik hücrelerde açıklatılmıştır. Bir viral proteini şifreleyen genin izolasyonundan eksprâsyöriunâ kadar olan aşamaları içeren çalışma, bu alanda ülkemizdeki ilklerden birini temsil etmektedir.

Hepatit B virüsünün HBsAg geninin polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle gösterilmesi

1. ÖZET Bu çalışmada, Hepatit B virüsünün (HBV) yüzey antijeni geni (HBsAg), polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemiyle çoğaltıldı ve bir ekspresyon vektörü içine klonlandı. Öncelikle kronik HBV'li bir hastanın serumundan HBV DNA'sı elde edildi. Daha sonra, HBsAg geni pcDNA3.1/V5 His-TOPO vektörü içine yerleştirildi. Elde edilen rekombinant plazmit E.coli hücrelerinin transformasyonunda kullanıldı. Vektör içindeki HBsAg geninin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu tarama deneyi (PZR-T) ile tespit edildi. Ayrıca, aynı amaç için restriksiyon enzim kesim deneyi yapıldı. Böylece HBV'nin HBsAg geni bir ekspresyon vektörü içine yerleştirildi. Rekombinant vektör, ilerde DNA immünizasyonu ve ELISA yapımı gibi farklı çalışmalar için kullanılabilecektir. Anahtar Kelimeler: Hepatit B virüsü, polimeraz zincir reaksiyonu, klonlama.

Mycobacterium türlerinin hsp65 ve gyrB gen bölgelerinin dizi analizi ile tanımlanması

Latent tüberküloz infeksiyonunun tanısında tüberkülin deri testi ile spesifik T hücre temelli bir test olan T-spot? .TB yönteminin karşılaştırılması

ÖZETTüberküloz infeksiyonun epidemiyolojisinde, LTBI' nun önemi çok büyüktür çünküLTBI' luların yaklaşık %10'unda hayatlarının bir döneminde aktif tüberküloz hastalığıgelişmektedir. Ancak; LTBI' nun tanısında, yüzyılı aşkın bir süredir kayda değer bir gelişmemeydana gelmemiştir. Tanıda duyarlılığı, özgüllüğü ve yorumlanması halen daha tartışmalıolan TDT kullanılmaktadır. Yakın zamanda tanımlanan, M. tuberculosis'in RD1 genbölgesinde kodlanan spesfik antijenlere karşı oluşan immun yanıt ile ilgili çalışmalarda umutverici sonuçlar elde edilmektedir.Çalışmamızda; RD1 gen bölgesinden elde edilen ESAT-6, CFP-10 proteinlerine karşıimmun yanıtla oluşan IFNγ, ELISPOT yöntemiyle araştırılmıştır. Bu amaçla, ?T-SPOT™.TB? (Oxford İmmunotec Ltd. Oxon/England) ticari kitleri kullanılmıştır. Elde edilensonuçlar aynı deneklere uygulanan TDT sonuçlarıyla kıyaslanmıştır.Çalışmamızda tüberküloz infeksiyonu tanısında, T-SPOT™.TB testinin TDT' denanlamlı olarak, daha duyarlı (%92.9, %78.6) ve özgül (%89.3, %46.4) olduğu saptandı. Riskgruplarında BCG ile TDT arasındaki uyum (%57.4), BCG ile T-SPOT™.TB arasındakiuyumdan (%27.0) daha yüksek bulundu. Testler arasındaki en yüksek uyum, aktif akciğertüberkülozlu olguların bulunduğu Grup 1'de %85.7 (K= 0.681, p<0.001)) olarak saptandı.Grup 3'te her iki testin arasında, düşük oranda (%63.6(K= 0.305, p=0.006)) uyum olmasınarağmen, Grup 2'den (%53.6 (K= 0.011, p>0.05)) anlamlı olarak daha yüksek olaraksaptandı.Sonuç olarak; ülkemizde olduğu gibi aşılamanın rutin olarak yapıldığı ülkelerde; TDTile birlikte ve/veya TDT' nin doğrulanması amacıyla uygulanabileceği, yüksek riskgruplarında TDT ile BCG arasındaki pozitif uyumun (%41.0) yüksek olması nedeniyle, T-SPOT™.TB testinin yapılmasının uygun olacağı, klinik olarak tüberküloz düşünülen ancakdirek mikrobiyolojik yöntemlerle (Direkt mikroskobi, kültür) tanı konulamayan vakalardayüksek duyarlılığı ve özgüllüğü nedeniyle tanıda faydalanılabileceği, düşünülmüştür.38

Kan kültüründe üreyen gram pozitif koklarda identifikasyon, mecA ve van genlerinin hızlı yöntemle belirlenmesi

Septisemik hastaların kan kültürlerinden bakteriyel izolatların tespiti diagnostik mikrobiyolojide hasta morbidite ve mortalitesi açısından önemli bir role sahiptir. Hastalardaki bakteriyel patojenlerin hızlı rapor edilmesinin sonuçlar ve hastane maliyetleri açısından pozitif etkisi önceden ifade edilmiştirŞu an kullandığımız otomatize kan kültür sistemleri bakterilerin tespit edilme zamanını kısaltmıştır. Ancak bununla birlikte optimum tedaviye yönlenmek için hızlı identifikasyon sistemleri gerekmektedirGenotype teknolojisi biotinlenmiş primerlerle DNA'nın multiplex amplifikasyonunu takiben membrana bağlı problar kullanılarak hibridizasyona dayalı, sepsisin hızlı tanısı için kullanılan hızlı bir genetik testtir. Çalışmamızda yeni Genotype® BC grampositive test kitleri (Hain Life Science, Germany) kullanılmıştır. Bu test 17 Gram pozitif bakteri türünün identifikasyonu yapmakta, aynı zamanda metisilin ve vankomisin direncini (mecA ve van genleri) belirleyebilmektedir. Vankomisin direncini kodlayan genler olan vanA, vanB, vanC1 ve vanC2/C3 genleri metisilin direncini kodlayan gen olan mecA geninde olduğu kadar iyi bir şekilde ve aynı basamakta tespit edilebilmektedirÇalışma BACTECTM Plus kan kültür şişeleri (aerobic ve pediatrik ) kullanılarak pozitif olan 55 kan kültüründe yapılmıştır. ilk olarak Gram boyama yapıldı ve Gram pozitif kok morfolojisi görülen şişelerden Genotype®BC grampositive test ile identifikasyon, aynı zamanda örneklerin subkültürleri yapılarak PHOENIX PMIC/ID Panel (Becton Dickinson Diagnostic Instrument Systems, Spark, Md, USA ) ile identifikasyon ve antibiyotik duyarlılıkları belirlenmiştir. Operasyon prosedürü gayet kolaydır ve küçük bir miktar başlangıç materyali gerektirmektedir (15 ?l kan kültürü). Sonuçlar mikroskobik analizden 4.5 saat sonra değerlendirilebilmiştir. Sonuçlar PHOENIX otomatize sistemindeki sonuçlarla karşılaştırıldığında genel olarak doğru bulunmuştur. İki Staphylococcus saprophyticus izolatı strip üzerindeki spesifik probların eksikliğinden dolayı identifiye edilememiştir. Ayrıca 5 örnekte otomatize sistemle tespit edilemeyen polimikrobiyal infeksiyonlar bu testle identifiye edilebilmektedir. Polimikrobiyal infeksiyonların tespitinde bu test üstün bulunmuştur. vanA geni taşıyan bir Enterococcus faecium izolatı bu testle doğru bir şekilde ayırt edilebilmiştirBu çalışma BACTEC kan kültür şişelerinden Genotype®BC grampositive test ile ilk değerlendirmeyi sağlamaktadır. Sonuç olarak değerlendirilen GenoType kan kültür testi, direk olarak pozitif kan kültür şişelerinden, en önemli Gram pozitif sepsis patojenlerini, mecA ve van genlerini hızlı ve güvenilir bir şekilde tespit ettiği ispat edilmiştir. Sonuçlarımıza dayanarak sepsis düşünülen hastalarda DNA strip teknolojisine dayalı bu testin kolay bir şekilde rutin tanıda kullanılabileceği kanısına vardık.

Mikrobiyoloji laboratuvarında izole edilen maya mantarlarının Vıtek 2 Compact System ile identifikasyonu ve antifungal duyarlılıklarının tespiti

Maya mantarları doğada yaygın olarak bulunurlar. İnsanlarda fırsatçı patojen olarak karşımıza çıkan maya mantarları arasından Candida türlerine sıklıkla rastlanmaktadır. Cryptococcoceae ailesi içinde yer alan Candida türleri vücutta gastrointestinal sistem başta olmak üzere mukokutanöz membranlarda bulunurlar. İmmün sistemi ya da anatomik engelleri yetersiz kılan durumlar, invaziv girişimler, sitotoksik kemoterapi gibi durumlar fırsatçı mikozların sıklığını arttırmıştır. Buna bağlı olarak ampirik antifungal tedavi uygulamalarının artmasıyla diençli Non-albicans türleri ortaya çıkmıştır. Bütün bunlar mayaların identifikasyon ve duyarlılık testlerinin önemini ortaya çıkarmıştır.İdentifikasyon ve duyarlılık tespitini otomatize olarak yapan VITEK 2 compact system konvansiyonel yöntemlere göre kullanım kolaylığı olan, kısa zamanda sonuç veren ve daha az ekipman gerektiren bir sitemdir. Çalışmamızda kullandığımız VITEK 2 compact system ile izole ettiğimiz 129 maya mantarının identifikasyon sonuçlarına göre türlerin %48.06 'sı C.albicans idi. En sık olarak tespit edilen C.albicans dışındaki türlerin %17.82'si C.glabrata, %11.62'si C.tropicalis, %7.75'i C.parapsilosis, %6.20'si C.kefry, %3.10'u C.lipolytica, %3.10'u C.dupliniensis ve %2.32'si C.krusei olarak tespit edildi. Tespit edilen antifungal duyarlılık durumlarına göre, Flukonazol' e %3.87 direnç, Vorikonazol'e %0.775 ve Amfoterisin B'ye %0.775 direnç tespit edilmiştir. Flusitozin %100 duyarlı bulunmuştur.Çalışma sonuçları literatürlerle uyumlu olup hastanemizdeki tür dağılımı ve direnç oranları konusunda fikir vermiştir. İdentifikasyon ve antifungal duyarlılık sonuçlarının tespiti sayesinde ülke ekonomisi ve üniversite kaynaklarının etkin ve sağlıklı kullanılmasına yardımcı olabileceği öngörülmektedir.

Tüberküloz tanısında LED floresan mikroskop yöntemi ve Ziehl-Neelsen yönteminin karşılaştırılması

Bu çalışmada Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına direk mikroskopi ve kültür işlemleri için gönderilen 758 klinik örnek alınmıştır. Bu örnekler EZN boyama yöntemi, Auramin-O boyama yöntemi, BACTEC MGIT sıvı besiyeri kültür sistemi ve Löwenstein-Jensen katı besiyeri kültür yöntemi ile çalışılmış; aside dirençli basilleri saptamada bu testlerin etkinliği araştırılmıştır. Çalışmada fluorokrom yöntem olarak tek bir aparat ile ışık mikroskobuna uygulanabilen LED-FM kullanılmıştır. İncelenen 758 klinik örneğin 102'si (%13.4) kültür pozitif olarak değerlendirilmiş ve bunun 50'si (%49) EZN ile, 66'sı (%64.7) Auramin-O ile pozitif olarak tespit edilmiştir. EZN yöntemi ile pozitif olarak bulunan 1 örnek, Auramin-O ile pozitif bulunan 24 örnek kültür negatif olarak belirlenmiştir. Boyama yöntemlerinin kültür yöntemleri referans test alınarak yapılan karşılaştırılmada, EZN boyama yöntemi için duyarlılık, özgüllük, pozitif prediktif değer ve negatif prediktif değer sırasıyla %49.02, %99.85, %98.08, % 92.64 olarak saptanmıştır. Auramin-O için duyarlılık, özgüllük, pozitif prediktif değer ve negatif prediktif değer sırasıyla %64.7, %96.3, %73.33, % 94.6 olarak saptanmıştır. Çalışmada LED-FM yönteminin EZN yöntemine göre sensitivitesi yüksek, spesifitesi düşük olarak değerlendirilmiştir. Sonuç olarak LED-FM, yüksek sensitivitesinden dolayı iş yükü fazla olan laboratuvarlarda EZN'ye alternatif olarak kullanılabilir ve aside dirençli basil şüphesi olan preparatların EZN ile doğrulanması gerekir. Anahtar sözcükler: Erlich-Ziehl-Neelsen, Auramin-O, LED-FM, MGIT, Löwenstein-Jensen.

Tüberküloz tanısında Erlich Ziehl-Neelsen, fluorokrom boyama yöntemleri ile Bactec ve Lowenstein-Jensen kültür yöntemlerinin sonuçlarının değerlendirilmesi

ÖZET Bu çalışmada 340 klinik örnek, tüberküloz yönünden Ziehl-Neelsen, fluorokrom boyama ve Bactec, Lowenstein-Jensen kültür yöntemleri ile incelenmiş ve fluorokrom yönteminin tanıdaki değeri araştırılmıştır. incelenen 340 klinik örneğin 34'ünden (%10) pozitif kültür sonucu alınmış ve 34 kültür pozitif örneğin 13'ü (%3,8) Ziehl-Neelsen ile; 18'i (%5.3) fluorokrom boyama yöntemi ile pozitif olarak bulunmuştur. Uygulanan NAP idantifikasyon deneyi sonucunda 34 susun 32 'si (94.1) M. tuberculosis kompleks, 2'si (%5.9) MOTT basilleri olarak tanımlanmıştır. İzole edilen 32 M. tuberculosis complex susunun streptomisin, INH, rifampin ve etambutole duyarlılıkları Bactec sistemi ile değerlendirilmiştir. Bu suşlann 4'ü (%12.5) streptomisine dirençli, 9'u (%28.1) INH'a dirençli,7'si (%21.8)rifampine dirençli 6'sı (%18.7) etambutole dirençli olarak bulunmuştur. Total ilaç direnci %43.7 olarak bulunmuştur.6 suş (%18.7) bir ilaca, 5 suş (% 15.6) iki ilaca, 2 suş (%6.2) üç ilaca ve 1suş (%3.1) dört ilaca dirençli bulunmuştur. 64

İnvitro Fe+2 (demir) sınırlandırılmasının bazı bakterilerin (S.aureus, S. epidermitis, E.coli, P.aeruginosa) üremeleri ve antibiyotik duyarlılıkları üzerine etkisi

Çalışmada S.aureııs, S.epidermidis, E.coli ve P. aeruginosa bakterilerinin değişik klinik materyallerden izole edilen 3 6' şar adet susu kullanıldı. Bu suşlarm EDDHA katılarak demir kısıtlanması oluşturulan MHA ile standart MHA'lı ortamın antibiyotikler üzerinde etkisini izlemek amacıyla zon çaplan istatistiksel olarak değerlendirildi. Çalışmamızda içerisine 50 ug/ml EDDHA ekleyerek demir sınırlanması yaratılan MHA ile standart MHA besiyerinde bakterilerin antibiyotiklerle olan etkileşimlerini inceledik. S.aureııs ve S.epidermidis için meropenem (10 ug), imipenem (10 ug), ceftriaxone (30 ug), piperacillin /tazobactam (75/10 ug), levofloxacin (5 ug) diskleri kullanıldı. E.coli ve P.aeruginosa için meropenem (10 ug), imipenem (10 ug), ceftriaxone (30 ug), piperacillin/tazobactam (75/10 ug), ofloxacin (10 ug) diskleri kullanıldı. S.aureus suşlannm imipenem, piperacillin/tazobactam ve levofloksasin için antibiyotik zon çaplan arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuş, ceftriaxone ve meropenem için zon çaplan arasında farklılık olmadığı görülmüştür. S.epidermidis suşlannın meropenem, imipenem, ceftriaxone, piperacillin/tazobactam ve levofloksasin için antibiyotik zon çaplanndaki fark istatistiksel olarak önemli bulunmuştur. E.coli suşlannm ceftriaxone, piperacillin/tazobactam için istatistiksel olarak antibiyotik zon çaplan arasındaki fark önemli bulunmuş, meropenem, imipenem ve ofloxacin için ise antibiyotik zon çaplan arasında farklılık olmadığı görülmüştür. P, aeruginosa suşlannın karbapenem grubu antibiyotiklerden meropenem ve imipenem İçin istatistiksel olarak önemli bulunmuş, ceftriaxone, piperacillin/tazobactam, ofloxacin için ise antibiyotik zon çaplan arasında farklılık olmadığı görülmüştür.