151
Archived Theses
1
DOIs Assigned
1%
DOI Rate
Archived Theses
Bir yazılım ölçüm sistemi NBv1.1 : C dilindeki öğrenci programları ölçümü tasarım ve gerçekleştirimi
Bu çalışma, bilgisayar yazılımı öğreten kurumlara, bir destek aracı olarak geliştirilmiştir. Yazılım fiziği, profesyonel programlar için program boyu (programcının yazılım stilinden bağımsız olarak), yazılım emeği kestirimi gibi önemli ölçümleri oldukça duyarlı biçimde yapabilmektedir. Yine, yazılım fiziği parametrelerinin, öğrenci programları arasında yüksek oranda eşleşmesi, ?değişken adı değiştirerek?, yazılım fiziğinin, kopya tespit etme yöntemi olarak kullanılabileceğini göstermiştir. Bu çalışmada, Yazılım Fiziği (Software Physics) kuramı, derleyici gerçekleştiriminin önişleyici, tarayıcı ve kısmen sözdizim çözümleme kısımları gerçekleştirilerek C-1999 (ISO9899C programming language) standardındaki yazılımların ölçümü yapılmıştır. Geliştirme sırasında kısmen FLEX ve YACC yazılımları kullanılmış, bu çalışma için oluşturulan yazılıma entegre edilmiştir. Gerçekleştirilen tez yazılımı NB v.1.1, ikinci ve üçüncü sınıf bilgisayar öğrencilerinin yazmış olduğu C programları üzerinde sınanmıştır.
Alerjen proteinlerin otomatik sınıflandırılması
Alerjen proteinlerin tanınması ve sınıflandırılması, özellikle son yıllarda sıkça kullanılan genetik değişikliğe uğramış gıdaların denetlenmesi ve biyo-ilaçların tasarımı açısından büyük önem kazanmıştır. Dünya Sağlık Örgütü ve Gıda ve Tarım Örgütü kurumları bu amaçla alerjen proteinlerin tespiti için bazı rehberler hazırlamıştır. Ancak, bu rehberlerde önerilen yöntemler çoğunlukla yarı-otomatik gerçekleştirilen ve tahmin yeterliliği düşük olan yöntemlerdir. Son birkaç yılda bazı otomatik yöntemler önerilse de bunlar ya istenilen yeterlilik seviyesine ulaşamamış ya da işlem zamanı ve bellek gereksinimi açısından avantajsız olmuşlardır. Bu çalışmada, alerjen proteinlerin sadece dizilim verisi kullanılarak, farklı makine öğrenme yöntemleri bilinen bazı dizilim gösterim yaklaşımları ile denenmiştir. Farklı dizilim gösterim yöntemleri için K-En Yakın Komşu, Bulanık K-En Yakın Komşu ve Destek Vektör Makineleri (DVM) kullanılmış ve sonuçlar karşılaştırmalı olarak verilmiştir.
Yarı otomatik ders programı sistemi
Çizelgeleme problemleri, belirli zaman aralıklarında kaynak kısıtlarını göz önünde bulundurarak makul bir şekilde atama gerektirir. Üniversiteler için ders programı hazırlama da bir çizelgeleme problemidir. Bu yerleştirme karar ağacında çok sayıda dallanma içeren bir konudur. Yarı Otomatik Ders Programı Sistemi, bir ön analiz ile eldeki atama sorununu ?imkânsız?, ?güç?, ?tipik?, ?kolay? altkümelerine ayırmakta, ilk gurupta atama yapma ağacını oluşturmayı reddetmekte, diğerlerinde ise stratejik altkümeye uygun atamalar yapmaktadır.Bu problemin çözümünde akıllı ajanlar kullanılmıştır. Bu sayede çok büyük olan dallanma sayısı akıllı ajanların isteklerine göre otomatik olarak azalmıştır. Akıllı ajanlar olarak öğrenci, öğretim üyesi, dekan, bölüm başkanı, bina sorumlusu kullanılarak bu kişilerin istekleri anket ile alınmıştır. Bu istekler de atamanın oluşmasına yön vermiştir.Bu problemin verileri ORACLE veri tabanında saklanmış olup, atamanın sağlandığı programlama dili JAVA'dır. Herhangi bir fakültenin ihtiyaç duyduğu kısıtların kolayca girilebildiği, çözümlerin üretilebildiği, değiştirebildiği ve bilgilerin saklanabildiği, yarı otomatik ders programı hazırlayan bir uygulama geliştirilmiştir.Aynı zamanda kullanıcı dostu bir ara yüz oluşturulmuştur.Bu problemde atamanın ne kadar iyi olduğunu görmek için altı akademisyenin mümkün olduğu kadar objektif değerlendirmeleri kullanılmıştır.
Karınca kolonisi algoritması ile bilgisayar ağlarının topolojik en iyilenmesi
Bilgisayarların ve bilgisayar ağlarının yaygınlaştığı günümüzde düşük maliyetli ve güvenilirliği yüksek bilgisayar ağlarının kurulumunun önemi giderek artmaktadır. Teknolojinin hızla gelişmesinden dolayı büyük boyutlu problemlerin çözülmesi üstel olarak artan hesaplama karmaşıklığı gerektirmekte ve tam sonucun hesaplanması imkansız hale gelmektedir. Bu problem için bugüne kadar Genetik Algoritma, Tabu Arama, Tavlama Benzetimi, Yapay Sinir Ağları gibi çeşitli sezgisel algoritmalar geliştirilerek kullanılmıştır. Bu çalışmada NP-zor bir problem olan bilgisayar ağlarının güvenilirlik kısıtı altında topolojik en iyilenmesi ele alınarak bu problemin çözümü için bilgiye dayalı melez bir karınca kolonisi algoritması geliştirilmiş ve algoritmanın etkinliği çalışma zamanı ve çözüm kalitesi açısından incelenmiştir.
Sayısal benzetim yöntemi ile yağmur suyu şebekelerinin değerlendirilmesi
Kentsel bir bölgede meydana gelen yağışın oluşturduğu akımların, yağmur suyu drenaj şebekesindeki gerçek zamanlı davranışları hidrolik benzetim yoluyla incelenebilmektedir. Bir yağmur suyu drenaj şebekesi kanallarında meydana gelen akımın yüksekliği ve hızı, sığ su modelleme denklemleri olarak da bilinmekte olan Saint Venant denklem sistemi ile ifade edilmektedir. Bu tezde, hiperbolik yapıdaki Saint Venant denklemleri, bir sonlu farklar yöntemi olan MacCormack yöntemine dayanan algoritma kullanılarak çözülmüştür. Yüzeyde oluşan akımların drenaj sistemine giriş noktaları olan bacalarda süreklilik ve enerji denklemleri ayrıca uygulanmamış, bacalardan giren yağmur sularının doğrudan kanallara geçtiği varsayılmıştır. Sayısal benzetim sırasında elde edilmiş olan sonuçların giriş verileriyle tutarlı oldukları gösterilmiştir.
Düzenleyici DNA otiflerinin tahmini
Gen ifadelerini düzenleyen mekanizmaların anlaşılması, moleküler biyolojideki önemli araştırma konularından birisidir. Bu konudaki önemli problemlerden birisi, transkripsiyon (yazım) faktörleri için Deoksiribonükleik Asit'te (DNA) bulunan bağlanma konumları gibi düzenleyici elemanları (motifleri) tanıma işlemidir. Son yıllarda bu amaç doğrultusunda birçok araç tasarlanmıştır. Önerilen bu araçlara rağmen DNA motiflerinin tahmini hala anlaşılmayan bir konu olarak kalmaya devam etmektedir. Bu çalışmada, Olasılıksal Sonek Ağacı (OSA) kullanılarak yeni bir motif tahmin yöntemi önerilmiştir. Deneysel sonuçlar başka motif bulma araçları ile karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir. Elde edilen sonuçlar, önerilen yöntemin fare ve insan canlılarına ait motiflerde karşılaştırılan diğer yöntemlerden daha iyi sonuçlar verdiğini göstermiştir.
Gen ifade verileri ile işlemsel kanser sınıflandırılması
Son yıllardaki bilgisayar teknolojilerinde elde edilen gelişmeler, özellikle işlemci gücünün artması, önceleri gerçekleştirilebilen sade, doğrusal modeller yerine fiziksel ve gerçek olayları daha iyi yansıtan; ama daha fazla bellek ve zaman gerektiren doğrusal olmayan modellerin kullanılmasına imkan yaratmıştır.Bu çalışma, A. Statnikov'un, mikrodizi gen ifade verileri kullanarak çok kategorili kanser sınıflandırması ile ilgili çalışması ve bu çalışmadan elde edilmiş sonuçlar üzerine önerilmiş olan optimizasyon çalışmalarını kapsamaktadır [1]. Mikrodizi analizi ile elde edilmiş gen ifade verilerinin üzerinde, destek vektör makinesi ile analiz edilmeden önce, doğrusal ve doğrusal olmayan indirgeme yöntemleri kullanılarak, verilerin eğitilme ve test sürecinin hızlandırılması amaçlanmıştır. Uygulanması amaçlanan indirgeme yöntemleri, bir dizi algoritmanın yanı sıra, bu algoritmaların probleme yönelik yeni yorumlamalarıyla yapılmış, daha sonra bu yöntemler karmaşıklık, kaynak kullanımı ve indirgeme performansı göz önünde bulundurularak test edilmiştir. Böylece, eğitim ve test işlemlerinin performans ve başarı oranlarını kabul edilebilir düzeyin üstünde tutmak koşuluyla, veri kümelerindeki nitelik sayısını küçülterek, işlem hızının arttırılması amaçlanmıştır.Yapılan testlerin sonucunda, gen ifade verilerinin bulunduğu veri kümesi üzerinden yapılan Bağımsız Bileşen Analizi (BBA), Çekirdek Temel Bileşen Analizi (ÇTBA), İz Düşümü Takip Analizi (İDTA) indirgeme algoritmaları üzerine oluşturulmuş programların, veri kümesindeki nitelik sayısının aşırı yüksek olmasından dolayı kilitlendiği ya da hafıza yetersizliğinden dolayı olağandışı sonlandırıldığı tespit edilmiştir. Diğer algoritmalar olan Temel Bileşen Analizi (TBA), Doğrusal Olmayan Temel Bileşen Analizi (DOTBA), Kendi Düzenlenen Haritalar (KOH), Doğrusal Diskriminant Analizi (DDA) ve Korelasyon Analizi (KA) ile yapılan nitelik indirgemeleri sonucu, karar destek vektör makinesinin eğitim sürelerinin değişken olarak azaldığı görülmüştür. Buna dayanarak, çalışmada kullanılan veri kümesinin içerdiği niteliklerin büyük bir kısmının, veri kümesinin destek vektör makinesindeki eğitim ve test performansına çok az etkisi olduğu, ayırt edici özellikler taşımadığı veya bazı niteliklerin bir araya gelerek, tüm kümeyi temsil edebilen bir alt grup oluşturabildiğini, bu yüzden etkisiz niteliklerin ya da nitelik alt gruplarının indirgeme algoritmaları kullanılarak orijinal veri kümesinden çıkarılmasının, maliyet ve süre açısından yararlı olacağı anlaşılmıştır.
A preliminary study for the development of a real-time strategy game: "Gallipoli Wars"
In this study, game development processes and methodologies were examined first. Game design elements like players, story, rules, objectives, procedures, conflict and challenge, and their effect over gameplay were examined and described. Technical components including the render engine and rendering pipeline (fixed function pipeline and flexible pipeline), physics engine and physics related techniques (collision detection, ray-casting, etc.), game codes (for game mechanics, artificial intelligence, scenario creation and management) and artwork contents (game level, 3D models, 2D maps for shaders, skeletal animation and audio assets) that form a game were examined along with their development processes and approaches. They are all applied on a case problem, which is a part of Gallipoli Wars in Turkish history, as a real-time 3D strategy game.
IS (information system) security of an organization and an application
Security of IS's is a growing concern due to the increased use of internet and information system depended business models. Fundamental security concepts and enterprise IS security subjects are reviewed first in the study. An application is developed in order to propose an architecture of security. In the application, a fictitious organization is defined and modified to reach a secure architecture. Commonly used security products are integrated to the modified architecture with a defense in depth strategy. By this, more than one defense points are established between the attacker and the asset. Resulting architecture is tested against sample attack vectors.
Auto-measurement for stent graft & virtual post stent endovascular evaluation of EVAR
The use of computer systems has influenced every area of the society including medical. In medical diagnosis, it is highly desirable to have detailed information on the anatomical and pathological features of the patient as possible. Medical visualization can help to overcome this problem by providing a 3D representation of the patient?s anatomy.This thesis introduces a medical visualization platform and measurement methods to help physicians in determining appropriate stent grafts for abdominal aortic aneurysms and diagnosing the aneurysm before and after stent graft repair. Selection of an appropriate stent graft for the aneurysm requires accurate measurements of the aorta and the aneurysm. Platform provides various measurement capabilities on a generated 3D model of the aorta.In this study, a system is proposed which generates 3D model of the aneurysm from computer tomography images using common segmentation and modeling methods. System provides measurement methods to gather crucial measurements such as aortic neck angulations and aneurysm length before EVAR operation for appropriate stent selection.Several evaluation methods were performed on the data models to verify the accuracy of the system. The results showed that the system has a high reliability.