43
Archived Theses
1
DOIs Assigned
2%
DOI Rate
Archived Theses
Orchis anatolica boıss. ve orchis tridentata Scopolı (Orchidaceae) taksonlarının dna sekans yöntemiyle moleküler filogenetik özelliklerinin belirlenmesi
Bu tez çalışmasında Orchis anatolica BOISS. ve Orchis tridentata SCOPOLI (Orchidaceae) taksonlarının, genomik DNA' larının ITS1, 5.8S rDNA ve ITS2 bölgeleri sekanslanarak, moleküler filogenetik ve taksonomik özellikleri ortaya koyulmuştur.Silika ? jel yöntemiyle kurutulan bitki rozet yaprağı (basal yaprak) dokularından genomik DNA izolasyonu yapılmış, ITS1, 5.8S rDNA ve ITS2 bölgesine özel primerlerle PCR işlemi uygulanarak bölge çoğaltılmıştır. Çoğaltılan bölgenin DNA sekanslaması yapılmıştır. Sekanslama işleminden elde edilen veriler, çeşitli biyoinformatik ve filogeni programları ile işlenerek bu taksonların moleküler sınıflandırılmaları ilk kez ortaya koyulmuştur. Çalışmada obje olarak seçilen taksonların, diğer Orchidaceae üyeleriyle olan hizalamaları CLUSTALW2 yazılımı ile, filogenetik ağaç oluşturma işlemi ise MEGA 4.0 (Stable) yazılımı altında Neighbour ? Join (Saitou ve Nei, 1987) metoduyla gerçekleştirilmiştir. Elde edilen distance matrix tablosu ve oluşturulan filogenetik ağaç verileri klasik taksonomi verileri ile karşılaştırılmış, ayrıca O.anatolica ve O.tridentata taksonlarının, seçilen 17 Orchidaceae türü ile ilişkileri incelenmiştir.Bu tez çalışması ile birlikte, O.anatolica ve O.tridentata taksonlarının, nükleer DNA' larının ITS1, 5.8S rDNA ve ITS2 bölgesinden elde edilen sekans verileriyle oluşturulan filogenetik ağaçtaki yerleşimlerinin, klasik taksonomi verilerine benzerlik gösterdiği, fakat O.anatolica taksonu için ITS1, 5.8S rDNA ve ITS2 bölgelerinin moleküler taksonomisi ve filogenisi çalışmalarında kullanılabilirken, O.tridentata taksonunun teşhisi için yeterli bilgiyi içermediği sonucuna varılmıştır.
Ham derilerden izole edilen halofilik arkelerin hidrolitik enzim kapasitelerinin belirlenmesi, fenotipik ve filogenetik olarak tanımlanması
ÖZETBu araştırmada tuzla konservelenmiş ham deri örneklerinden aşırı halofilik arkelerin izolasyonu, hidrolitik enzim kapasitelerinin belirlenmesi, fenotipik ve moleküler yöntemler kullanılarak tanımlanması amaçlanmıştır.Çalışma materyali olarak 8 farklı kaynaktan temin edilen yerli ve yabancı tuzlanmış ham deri örnekleri kullanılmıştır. Bu örneklerden 186 adet aşırı halofilik mikroorganizma izole edilmiştir. Bu izolatlara bazı biyokimyasal, antibiyotik duyarlılık, pH, NaCl, sıcaklık toleransları ile nitel ve nicel hidrolitik enzim testleri uygulanmıştır.İzolatların %100'ü basitrasin ve novobiosin antibiyotiklerine karşı duyarlı bulunmuştur. Nitel enzim aktivitesi sonuçlarına göre 23 izolatın (% 12) kazeinaz, 106 izolatın (% 57) jelatinaz, 21 izolatın (% 11) amilaz, 65 izolatın (% 35) esteraz, 33 izolatın (% 18) lipaz aktivitesi gösterdiği tespit edilmiştir. Nitel enzim aktivitesi gösteren bazı izolatların kazeinaz, keratinaz, kollajenaz, esteraz ve lipaz enzim aktiviteleri nicel olarak ölçülmüştür. Bu izolatlardan 150 numaralı izolatın 9.2 U/ml kazeinaz, 0.6 U/ml keratinaz ve 1.7 U/ml kollajenaz, 140 numaralı izolatın 51 U/ml esteraz, 505 numaralı izolatın 33.8 U/ml lipaz aktivite değerleri ile diğer izolatlardan daha yüksek aktivite gösterdiği tespit edilmiştir.Çalışmamızda fenotipik araştırma bulguları dikkate alınarak 186 izolattan 34 izolat seçilmiş ve 16S rRNA dizi analizi ile tanımlamaları yapılmıştır. Bu sonuçlara göre 10 izolat Natrialba aegyptia 40, 5 izolat Halococcus thailandensis, 4 izolat Natrinema pallidum R-fish, 2 izolat Halococcus dombrowskii H4, 2 izolat Halovivax asiaticus, ve 1'er izolat Halovivax sp. E107, Halococcus morrhua, Uncultured haloarchaeon clone YA32, Natronococcus sp. F30AI, Halorubrum sp. CH3, Halomicrobium zhouii, Natronococcus jeotgali, Haloterrigena thermotolerans Z4, Halococcus qingdaonensis, Natrinema versiforme XF10, Halobacterium noricense A1 olmak üzere toplam 34 aşırı halofilik arke tanımlanmıştır. Araştırmamızda 8 deri örneğinden 6'sında Natrialba aegyptia 40 türünün tespit edilmesi bu türün deri örneklerinde yaygın olarak bulunduğunu göstermiştir.Sonuç olarak araştırmamızda 34 izolattan 16 farklı aşırı halofilik arke straini tanımlanmıştır. Bunlardan iki strain daha önceki çalışmalarda tuzlanmış ham derilerden elde edilmiş olup geriye kalan 14 strain çalışmamızda tuzlanmış ham derilerde ilk kez tanımlanmıştır. Araştırma sonuçlarının bundan sonra yapılacak çalışmalara ve deri endüstrisinin mikrobiyal problemlerinin çözümlenmesine katkı sağlayacağı düşünülmektedir.Anahtar kelimeler: Tuzlanmış Ham Deri, Aşırı Halofilik Arke, Proteaz, Keratinaz, Kollajenaz, Lipaz, Esteraz, 16S rRNA dizi analizi.
Farklı gelişim evrelerinde uygulanan kadmiyumun Bufo viridis laurenti, 1768 (Salientia:Bufonidae) larvalarının büyüme ve gelişimi üzerine etkileri
: Bu çalışmada kadmiyum ağır metalinin Pseudolepidalea viridis larvalarının büyüme ve gelişim üzerine etkileri kronik olarak incelenmiştir. Kadmiyum uygulaması, erken embriyonik evre olan 8. evre (Gosner, 1960), çene taslağı gelişiminin tamamlandığı 19. evre ve geç embriyonik evre olan 25. evre'de başlatılmıştır. Uygulama, kontrol grubu larvalarının arka üye gelişimi tamamlanana kadar devam etmiştir. Uygulamalar toplam 81 gün sürmüştür. Çalışmada 0; 1; 10 ve 100 µg/l kadmiyum dozları kullanılmıştır. Uygulama sonunda, 1 ve 10 µg/l kadmiyuma maruz kalan P. viridis larvaları üç farklı embriyonik evrede de dönemsel olarak daha hızlı büyüme ve gelişim göstermişlerdir. Uygulamadan 24 saat sonra, 8. evre uygulama grubunda, kontrol grubu larvaları 12. evredeyken, 1; 10 ve 100 µg/l kadmiyuma maruz kalan uygulama grubu larvaları sırayla 14., 15. ve 16. evrelerde tespit edilmiştir. 100 µg/l kadmiyuma maruz kalan 8. evre uygulama grubu larvaları, ilk 48 saat sonunda ölmüştür. 19. ve 25. evre kadmiyum uygulama gruplarında ise ilk 24 saat sonunda bütün larvalar ölmüştür. Uygulama sonunda evreler karşılaştırıldığında ise 19. ve 25. evrede kadmiyum uygulamasına başlanan gruplar arasında ıslak ağırlık, boy, en ve kuyruk uzunluğu değerleri birbirine yakın ölçülmüştür. Histopatolojik incelemelerde ise 10 µg/l kadmiyum uygulamasının söz konusu türün solungaç lamellerinde birleşmeye yol açtığı belirlenmiştir.Anahtar Kelimeler Kadmiyum, Pseudoepidalea viridis, larva, ağır metal, toksik madde
Miyokard infarktüslü hastalarda trombospondin gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Ekstrasellüler matrikste bulunan protein ailelerinden biri olan trombospondinler (TSP), hücre-hücre ve hücre-matriks etkileşimini sağlayan adeziv proteinler olup, 5 subtipi tanımlanmıştır. Her biri farklı bir gen ürünü olan ve miyokardiyal damar tıkanıklığı ile ilişkili üyeler, TSP1, TSP2 ve TSP4 farklı kromozomlar üzerinde bulunmaktadır. TSP, anjiyogenik uyaranların değişik türlerine cevap olarak endotel hücrelerde hücre göçünü durdurma, apoptozu uyarma ve yeni damar oluşumunu önleme yeteneğine sahip potansiyel bir anjiyogenez baskılayıcısı olup miyokard infartüsü (MI) gelişiminde rol almaktadır. Bu çalışmada anti-anjiogenik faktörlerden olan TSP1, TSP2 ve TSP4 genlerinde meydana gelen SNP lerin MI ile ilişkisinin incelenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla akut MI tanısı konmuş 150 hasta ile kendisinde ve birinci derece yakınında herhangi bir kalp rahatsızlığı bulunmayan 150 sağlıklı birey çalışmaya dahil edilmiştir. TSP1 (N700S), TSP2 (3?UTR) ve TSP4 (A387P) gen bölgelerinde meydana gelen polimorfizmler PCR-RFLP yöntemi kullanılarak analiz edilmiştir. Verilerin istatiksel analizi sonucunda TSP2 (3?UTR) gen bölgesinde meydana gelen SNP?lerin MI ile ilişkisi anlamlı bulunmuştur. TSP1 ve TSP4 ile MI arasında ise herhangi bir ilişkiye rastlanmamıştır.
Süleymaniye (Irak) yöresinde koyunlarda Eimeria türlerinin prevalansı
Bu çalışma, Süleymaniye yöresindeki koyunlarda Eimeria türlerinin prevalansının belirlenmesi amacıyla yapılmıştır. Bu amaçla, Ağustos 2012 ? Mart 2013 tarihleri arasında Süleymaniye iline bağlı 9 yerleşim merkezine (Qlirkh, Away Qadirimarf, Berashka, Nawgrdan, Shatwan, Tasluja, Kani goma, Bakrajo ve Tanjaro) birer kez gidilerek, sağlıklı görünen ve rasgele seçilen 150 koyundan (121 dişi, 29 erkek) dışkı örnekleri toplanmıştır. Dışkı örnekleri hayvanların rektumlarından doğrudan alınmış ve laboratuvarda Sheather?in doymuş şekerli su solusyonu kullanılarak, santrifüj flotasyon yöntemi ile mikroskop altında incelenmiştir. Dışkı örneği alınan toplam 150 koyunun 108?inde (%72) Eimeria sp. oocystlerine raslanmış ve 11 farklı Eimeria sp. tespit edilmiştir. En yaygın tür E. parva (% 52.77), en az yaygın tür ise, E. granulosa (% 14.81) olarak belirlenmiştir. En yüksek prevalans; yerleşim merkezlerine göre, Tasluja ve Bakrajo?da (% 87.5), cinsiyete göre erkeklerde (% 75.86), yaş gruplarına göre 0-6 aylık yaş grubundaki hem dişi (% 95) hem de erkeklerde (% 87.5) tespit edilmiştir. Enfekte koyunlarda saptanan Eimeria spp. `nin cinsiyete göre dağılımında ise; dişilerde en yüksek oranda E. parva (%52.32) ve E. pallida (% 51.16); erkeklerde ise E. crandallis (% 33.33)?e raslanmıştır. Bu çalışmada, muayene edilen toplam 150 koyunun %28?inin enfekte olmadığı, % 6.48?inin tek türle ve % 67.33?ünün ise miks enfeksiyona maruz kaldığı; miks enfeksiyonların ise, en fazla 6 türden oluştuğu saptanmıştır. Sonuç olarak, Süleymaniye yöresindeki kuzu ve koyunlarda Eimeria türlerinin varlığı ilk kez ortaya konulmuş, 11 farklı Eimeria türü identifiye edilmiş, bunlardan 3 tür (E. bakuensis, E. weybridgensis, E. marsica) Süleymaniye yöresinden ilk kez bildirilmiştir. Bu çalışmanın sonuçları, Süleymaniye yöresinde coccidiosis?in yaygın olduğunu göstermiştir. Entegre yöntemlerin coccidial enfeksiyonların kontrolü ve önlenmesi için uygulanmasının yararlı olacağı kanısına varılmıştır.
Alleben göleti'nin alg kompozisyonu ve limno-ekolojik özellikleri
Alleben Göleti?nde Nisan 2012 ? Haziran 2013 tarihleri arasında alg türleri ve çevresel değişkenler arasındaki ilişki çok yönlü istatistiksel teknikler kullanılarak aylık araştırılmıştır. Alleben Göleti?nde Nisan ? Kasım 2012 tarihleri arasında ve Nisan 2013?de termal tabakalaşma kaydedilmiştir. Gölet suyu sirkülasyonu Kasım 2012?de başlayarak Mart 2013?e kadar devam etmiştir. Araştırma sonuçları Alleben Göleti?nin monomiktik tipte olduğunu göstermiştir. Toplam olarak 232 algal takson tanımlanmıştır. Alleben Göleti?nde fitoplankton biyohacmi dikkate alındığında Bacillariophyceae (% 57,0) en baskın grup olup, Dinophyceae (% 18,54) ve Chlorophyceae (% 12,99) takip etmiştir. Fitoplankton biyohacim düzeyinde Cyclotella planctonica, C. iris, Peridinium cinctum, Fragilaria biceps, F. ulna, Tetraedron sp. ve Dinobryon divergens?in önemli katkısı olmuştur. Çevresel değişim süreçleri göletteki fitoplankton türlerinin bolluklarını ve ekolojik tercihlerini önemli derecede etkilemiştir. En etkili açıklayıcı faktörler (azalan sırasıyla, tuzluluk, kondüktivite, pH, sıcaklık, TÇK, ÇO, Ca, PO4, Na, SO4, Mn ve Mg) türlerin mevsimsel değişimi üzerinde önemli (p=0,002) rol oynamıştır. Kanonik Uyum Analizi (CCA)?nın ilk iki ekseninin çevresel değişiklik ile türler arasındaki ilişkinin % 92,8 göstermiş ve tür verilerinin kümülatif varyansının % 37,1?ini açıklamıştır. Yaygın bulunan alg türleri CCA ordinasyonun merkezine yakın görülmüş olup göletin ekolojik faktörlerine geniş toleransı olduğunu göstermiştir. AllebenGöleti?nde baskın görülen fitoplanktonik organizmalar 6 fonksiyonel gruba aittir, bu gruplar A, D, E, J, LO, ve LM ?dir. Anahtar Kelimeler: Alleben Göleti; CCA; Ekoloji; Optimum ve Tolerans; Alg
Duhok (Irak) ili aktarlarında ve pazarlarında satılan tıbbi bitkilerin sistematikteki yerlerinin belirlenmesi
Bu çalışma, 2011-2012 yılları arasında Duhok ilinde (Kuzey Irak) gerçekleştirilmiştir. Çalışmada Duhok ilinde doğal olarak yetişen ve tarımı yapılan bazı bitkilerin alternatif tıpta kullanımı ve bu bitkilerin sistematikteki yerleri belirlenmeye çalışılmıştır. Çalışma sonucunda 27 familya ve 46 cinse ait 49 takson tespit edilmiştir. Bu taksonlardan 2'si Coniferophyta divizyosuna, 1'i Pteridophyta divizyosuna ve 46 taksonda Magnoliophyta divizyosuna dahildir. Bu kapsamda bölgede bulunan ve en çok sayıda taksona sahip olan familyalar 5 taksonla Rosaceae, daha sonra sırası ile 4 taksonla Fabaceae ve Lamiaceae, 3 taksonla Apiaceae, Asteraceae, Cucurbitaceae ve Poaceae familyalarıdır. Tespit edilen taksonların sistematikleri, habitatları, çiçeklenme zamanları, yöresel adları ve alternatif tıpta kullanımları gibi bazı etnobotanik özellikleri verilmiştir. Anahtar Kelimeler: Tıbbi bitkiler, Alternatif tıp, Sistematik, Duhok, Irak
Miyokard infarktüslü hastalarda matriks metalloproteinaz gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Ekstraselüler matrikste bulunan protein ailelerinden biri olan matriks metalloproteinazlar, ekstraselüler proteinazların önemli bir üyesidir. En önemli görevleri ekstraselüler matriksin yıkımıdır. Her biri farklı bir gen ürünü olan ve koroner tıkanıklık ile ilişkili üyeler, matriks metalloproteinaz 2 ve 9, farklı kromozomlar üzerinde bulunmaktadır. Bu enzimler; ekstraselüler matriksin iş potansiyeli, dokunun yeniden şekillenmesi, anjiyogenez ve morfogenezde oldukça esansiyel bir konuma sahiptir. Matriks metalloproteinazların aktivitelerindeki kontrolsüz artışın; kardiyak hastalık, ateroskleroz, periodontal hastalık, tümör hücre metastazı ve artrit gibi birçok hastalığın patogenezinde etkili olup, miyokard infarktüsü gelişiminde rol almaktadır. Bu çalışmada matriks metalloproteinaz 2 ve 9 genlerinde meydana gelen tek nükleotit polimorfizmlerinin miyokard infarktüsü ile ilişkisinin incelenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla miyokard infarktüsü tanısı konmuş 258 hasta ve birinci derece yakınında herhangi bir kalp rahatsızlığı bulunmayan 127 sağlıklı birey çalışmaya dahil edilmiştir. Matriks metalloproteinaz-2 (1575 G/A) ve matriks metalloproteinaz-9 (1562 C/T) gen bölgelerinde meydana gelen polimorfizmler PCR-RFLP yöntemi ile analiz edilmiştir. Verilerin istatistiksel analizi sonucunda MMP2 (1575 G/A) gen polimorfizmi ile miyokard infarktüsü arasındaki ilişki anlamlı bulunmuştur (p<0,0001).
Leirus Abdullahbayrami akrep zehrinin sıçanlarda lethal doz (LD50) seviyesinin belirlenmesi
Bu çalışmada Güneydoğu Anadolu Bölgesinden ilk kez kayıt edilen Leirus abdullahbayrami türü akrebin, medyan letal dozunu (LD50) belirlenmesi için, Gaziantep'in Nizip ilçesinden 20 adet örnek, Haziran ? Temmuz 2011 tarihlerinde toplanmıştır. Gaziantep Üniversitesi, Yerel Etik Kurulundan ilgili izin alındıktan sonra, 155 adet fare Gaziantep Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Deney Hayvanları Laboratuvarından temin edilerek denemeler gerçekleştirilmiştir. Elektriksel Uyarım ve Maserasyon Metotları kullanılarak akreplerden zehir alınmıştır. Ayrıca her metotta, LD50 hesaplamaları için Trevan (1927), Behrens ve Karber (1935), Miller ve Tainter (1944) ve Randhawa (2009) yöntemleri kullanılmıştır. Sonuç olarak Leirus abdullahbayrami akrep türünün LD50 değerleri maserasyon metodu için, Behrens ve Karber Yöntemi'ne göre LD50 = 5.75 mg/kg, Randhawa Yöntemi'ne göre LD50 = 6,16±0,14 mg/kg, % 95 güven aralığı ise 6,02 ? 6,3; elektriksel uyarım metodu, Behrens ve Karber Yöntemi'ne göre LD50 = 3.94 mg/kg, Randhawa Yöntemi'ne göre LD50 = 4,17±0,1 mg/kg, % 95 güven aralığı ise 4,07 ? 4,27 olarak tespit edilmiştir. Anahtar kelimeler: Skorpionizm, Leirus abdullahbayrami, medyan letal doz.
Bioremediation of petroleum hydrocarbons contaminated wastewater for baiji thermal power station in Iraq
3 selected yeasts - Yarrowia lipolytica NCAIM Y00591, Candida albicans ATCC 10231 and Candida parapsilosis ATCC 22019 and 2 bacteria isolated from Baiji thermal power plant wastewaters - Stenotrophomonas maltophilia and Acromobacter sp., were used in order to investigate the microorganisms' feasibility for petroleum hydrocarbons biodegradation that contaminated wastewater for Baiji Thermal Power Station. The medium is prepared by adding 1 g of petroleum oil and inoculating 4 Mc Farland density of yeast separately while the wastewater is directly used for bacteria. The culture medium was incubated at 30 ºC with shaking speed of 150 rpm/min for two weeks; the bacteria and the yeast were counted once every two days for monitoring and recording the growth of the microorganisms. The experiment was terminated at the end of the second week and the samples were prepared for Gas chromatography analysis. The degraded hydrocarbon compounds were identified by GC-MS (Gas chromatography and mass spectrometry) analysis. The results showed that 80.95 % of the hydrocarbon compounds degraded by mixed indigenous bacteria, 66.6 % by Y. lipolytica, 47.6 % by C. parapsilosis and 38.1 % by C. albicans. This indicates that the bacteria have a better ability to use hydrocarbons than yeasts, and Y. lipolytica is the best among the three yeasts. So the removal of wastewater pollutants for Baiji power plant is possible by creating favorable conditions for the bacteria to carry out the biodegradation.