8
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Adipoz kökenli kök hücrelerden salınan eksozomların sıçanlarda oleik asitle oluşturulan akut akciğer hasarı üzerine olası rejeneratif etkisi
Akut akciğer hasarı (AAH), hasta popülasyonunda önemli bir morbidite ve mortalite kaynağı olan bir solunum yolu sıkıntısıdır. AAH'nin patogenezi, hem vasküler endotel hem de alveoler epitel tahribiyat ile açıklanmaktadır. Adipoz kökenli kök hücreler ya da diğer adıyla adipoz kökenli mezenkimal kök hücreler (AKH), adipoz dokudan elde edilen hücre/doku yenilenmesine katkı sağlayan, farklı tip dokulara/hücrelere farklılaşma yeteneği olan minimal invaziv yöntemlerle elde edilen mezenkimal kök hücrelerdir. Eksozomlar ise çoğu hücre tarafından salgılanan ve hücreler arası iletişime katılan hücre dışı keseciklerdir ve proteinler, DNA, mRNA, miRNA, lncRNA, circRNA, vb. moleküller taşırlar. Kök hücreler ve eksozomlar solunum yolu hastalıklarında sıklıkla kullanılmışlardır. Bu çalışmada da akut akciğer hasarında adipoz kökenli kök hücreler ve onlardan izole edilen eksozomların terapötik etkileri kıyaslandı. Bunun için Wistar Albino sıçanlara intravenöz (i.v.) uygulanan oleik asit (60 mg/kg) ile akciğer hasarı oluşturuldu. Histopatolojik incelendiğinde hasar skorlandırılmasına göre hasardan 2.5 saat sonra verilen 1x106 sayıda adipoz kökenli kök hücreler (i.v. yolla), oleik asit ile hasar oluşturulduktan sonra meydana gelen infiltrasyon, hiperplazi, ödem ve kanama parametrelerinde gözle görülür iyileşme sağladı ve eksozomların (1x106 sayıda hücreden elde edilen eksozom 500 µl PBS içinde i.v. yolla) oleik asitle oluşan hasarı tersine çevirmediği görüldü. Kardiyak kanda analizi yapılan serumların Total Antioksidan Seviyesi (TAS) ve Total Oksidan Seviyesi (TOS) örneklerde oluşan hemoliz nedeniyle değerlendirilemedi. Bunun yanında IL-6, IL-10 ve VEGF genlerinin ifade düzeylerinde kontrol, oleik asit, adipoz kök hücre tedavi grubu, eksozom tedavi grubu arasında anlamlı farklılık olmadığı görüldü. Sonuç olarak Wistar Albino erkek sıçanlarda oleik asit ile indüklenen akciğer hasarında terapötik etki yaratması amacıyla adipoz kökenli mezenkimal kök hücreler ve eksozomlar histopatolojik olarak değerlendirildiğinde adipoz kök hücre tedavi grubunun eksozom tedavi grubuna göre iyileştirici etki yarattığı ama gen ifadesi düzeyinde anlamlı farklılık oluşturmadığı tespit edildi.
Primer trombositoz düşünülen çocuklarda jak2 mutasyon varlığının değerlendirilmesi
Trombositoz, primer (esansiyel) ve sekonder (reaktif) olmak üzere ikiye ayrılır. Primer trombositoz, hematopoietik kök hücrelerin monoklonal veya poliklonal anormalliklerinden veya TPO biyolojisindeki anormalliklerden kaynaklanan miyeloproliferatif bir hastalıktır. Bu çalışmada amacımız primer trombositoz düşünülen çocuklarda JAK2 mutasyon sıklığını belirlemektir. Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Polikliniği'ne 01 Ocak 2017-31 Temmuz 2018 tarihleri arasında başvuran ve trombosit sayısı >500.000/μL olan 150 çocuğun ailesi telefonla aranarak kontrol değerlendirme için çağrıldı. Elli çocuk, kontrol değerlendirme için aileleri tarafından getirilmedi. Elli çocuk ise trombosit sayısı normal saptandığı, 20 çocuk demir eksikliği anemisi tanısı aldığı ve 9 çocuk enfeksiyon ya da enflamasyona sekonder trombositoz düşünüldüğü için çalışmaya alınmadı. Primer trombositoz düşünülen 13'ü erkek (%61,9), 21 olgu çalışmaya dahil edildi. Ayrıntılı öykü ve fiziksel incelemenin yanı sıra tüm hastalarda hemogram, ESR, CRP, fibrinojen ve ferritin düzeyleri, serum demiri ve total serum demir bağlama kapasitelerine bakıldı. JAK2 V617F mutasyon analizi, "İpsogen® JAK2 RGQ PCR Kiti" (Qiagen, Almanya) ile test edilerek, Real Time-PCR yöntemi ile gerçekleştirildi. Hastaların yaş ortalaması 6,76±2,94 yıl (dağılım 3-13 yıl) idi. Öykü, fiziksel muayene, hemogram ve periferik kan yayma incelemesinde miyeloproliferatif hastalık düşündürecek bulguya rastlanmadı. Ortalama ferritin düzeyi 28,38±11,48 ng/mL, serum demir düzeyi 67,52±22,62 μg/dL, serum demir bağlama kapasitesi 269,4±52,26 μg/dL, fibrinojen düzeyi 288,0±43,40 mg/dL olarak saptandı. Tüm hastalarda CRP negatif ve ESR normaldi. Hastaların ortalama hemoglobin düzeyi 12,28±0,95 gr/dL, ortalama lökosit sayısı 9,120±950/μL, ortalama trombosit sayısı 613,000±96,820/μL (dağılım 504-830,000/μL) olarak bulundu. JAK2 V617F mutasyonu hiçbir hastada saptanmadı. Miyeloproliferatif hastalık düşündürecek öykü, fiziksel muayene ve/veya tam kan sayımı ve periferik kan yayma bulgusu olmayan primer trombositozlu çocuklarda JAK2 mutasyonu bakılmasının gerekli olmadığını düşünüyoruz.
WNT inhibitörü PRI-724'ün pankreas kanseri kök hücreleri üzerine etkilerinin in vitro araştırılması
Amaç: Bu araştırmada, Wnt inhibitörü PRI-724'ün pankreas kanseri kök hücreleri üzerine etkisinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Araştırmamız Adnan Menderes Üniversitesi Temel Tıp Bilimleri Laboratuvarında yapılmıştır. Araştırmamız Aralık 2020 tarihinde literatür taramasıyla başlamıştır. Nisan 2021- Eylül 2021 tarihinde deney grupları oluşturulmuş olup elde edilen hücrelerle MTS/PMS doz belirleme, Flow Sitometri ve Klonojenik deney yapılmıştır. Bulgular: PRI-724, Gemcitabine ve Kombine (Gem+PRI-724) gruplarının IC50 değerini belirlemek için doz belirleme deneyi yapıldı. Bu deney sonucunda PRI-724'ün IC50 değeri 45 µM, Gemcitabinin IC50 değeri 4 mg/ml, kombine (Gem+PRI-724) grubunun IC50 değeri 4mg/ml+45 µM olarak belirlendi. Akım (Flow) Sitometri deneyinde kontrol, Gemcitabine, PRI-724 ve Kombine (Gem+PRI-724) grupları oluşturuldu. Her bir gruba CD44, CD133 ve CD24 antikorları eklenerek saçılım grafikleri elde edildi ve daha sonra saçılım grafiklerinin değerlendirilmeleri yapıldı. Klonojenik deneyde ise kontrol, gemcitabine, PRI-724 ve kombine (Gem+PRI-724) grupları oluşturuldu. Kontrol grubunda hücrelerin koloni oluşturulduğu gözlemlenirken, ilaç uygulanan diğer gruplarda koloni oluşturmadığı gözlemlenmiştir. Sonuç: Yaptığımız çalışmanın sonucuna göre Wnt ihibitörü PRI-724'ün pankreas kanser kök hücrelerini inhibe ederek pankreas kanser hücrelerini azalttığı gözlemlenmiştir. Bu çalışmanın pankreas kanseri tedavisi için gelecekte umut olabileceği ve klinik çalışmalara öncülük edebileceği beklenmektedir. Anahtar Kelimeler: Kök Hücre, Pankreas Kanser Kök Hücresi, PRI-724, Wnt Sinyal Yolağı.
Erkek germline kök hücre-benzeri hücrelerin olgun sperme ın vitro farklılaşması ve ın vivo spermatogenez restorasyonuna etkisi
Germline kök hücresi (GKH), germ hattı gelişimi sırasında kendini yenileyerek veya farklı evre/alt tipte kök hücrelere dönüşerek daha fazla kök hücre üreten ve yavru oluşturmak için spermatozoa ve ovaya farklılaşan benzersiz bir hücre türüdür. Testis biyopsisinden elde edilen spermatogonyal kök hücreler (SKH)/GKH'ler veya yetişkin dokulardan elde edilen uPKH'lerden türetilen primordiyal germ hücresi-benzeri hücreler (PGHBH), Klinefelter sendromu gibi genetik hastalıklara veya başka nedenlere bağlı non-obstrüktif azoospermik yetişkin erkeklerde ve radyoterapi/kemoterapi alacak kanser teşhisi konmuş prepubertal erkek çocuklarında spermatogenez restorasyonu amacıyla otolog transplantasyon için veya in vitro spermatogenez için kullanılabilirler. Gen mutasyonları taşıyan hastaların GKH'leri veya PGHBH'leri, CRISPR/CAS9 teknolojisi kullanılarak transplantasyondan önce düzeltilebilir. Bununla birlikte, uPKH'lerin in vitro gametogenez alanına katkısı hafife alınamasa da, yeniden programlama ile ilişkili epigenetik modifikasyonlar açısından güvenliği ile ilgili kaygılar bulunmaktadır. Bu çalışmada ilk kez CD49f+ GKH'lerin GDNF, EGF, bFGF, IGF2, SCF ve mLIF varlığında pluripotensi belirteçlerinin ifadelerinde anlamlı artış ve alkalen fosfataz aktivitesi gösteren GKHBH'lere dönüşebileceğini gösterdik; özellikle, bu AP+CD49f+ GKHBH kolonileri, >%95 GATA4+ testiküler somatik hücre (TSH) besleyici tabakası üzerinde iki aydan uzun bir süre çoğaltılabildi. AP+CD49f+ GKHBH'ler, TGF-β/Aktivin/Nodal yolu inhibitörü, SB431542 ve ardından retinoik asit uygulandığında in vitro ortamda mayozu tamamladı ve kuyruk gelişimi olan sperm-benzeri hücrelere farklılaştı. SB431542 ön aşamasından sonra leptoten spermatositler gözlenmiş olsa da, retinoik asidin kombine etkisi üzerine mayozun daha ileri aşamasındaki pakiten ve diploten spermatositler ile sperm-benzeri hücrelerin bir arada bulunduğu heterojen bir popülasyon saptandı. Elde edilen sperm-benzeri hücreler, intrasitoplazmik enjeksiyondan sonra blastokist oluşumunu tetikleyebildi. GKHBH'lerin ve Sertoli hücrelerince zengin TSH'lerin germ hücre ablasyonu yapılmış fare testislerine ko-transplantasyonunun ardından, tübül başına düşen DDX4+SYCP3+ hücreler, yalnızca TSH transplante edilenlerden daha yüksekti. Sonuç olarak, TSH'ler bozulmuş nişi yeniden oluşturarak endojen spermatogenezi yeniden başlatabilirken, eksojen GKHBH'ler sağlıklı niş hücreleri varlığında başarılı bir şekilde spermatogenezi tamamlayabildi. Genel olarak yaklaşımımız, tanımlanmış kültür koşulları altında GKH'lerin fonksiyonunu ve canlılığını kaybetmeden sayıca arttırılabileceğini ve GKH-GKHBH hücre dönüştürme yöntemimizin, Oct4a, Sox2, Nanog, SSEA-1 pluripotensi belirteçlerinin ekspresyonunu upregüle edebileceğini, GKHBH'lerin in vitro olarak fonksiyonel sperm-benzeri hücrelere farklılaşabileceğini ve somatik niş hücresi desteğiyle de in vivo spermatogenezi yeniden başlatabileceğini göstermektedir.
Generation of patient specific iPSC-derived healthy organoids from primary colorectal cancer patients with/without metastasis and transcriptome analysis
Cancer is a multifactorial disease with high mortality and incidence rate. Colorectal cancer (CRC) is a type of gastrointestinal cancer and causes about 700,000 deaths worldwide every year. Although CRC propagation mechanisms are partially explained by genetic factors, a clear cancer initiation mechanism has not been revealed. Age and environmental factors are particularly prominent in non-hereditary (sporadic) CRC formation, but it is still unknown how and why certain colon cells are affected by such factors. Early diagnosis is vital for CRC, as in other types of cancer. The most reliable diagnostic method is the pathological examination of suspicious tissue biopsies taken during colonoscopy in the distal colon and rectum. However, since the perceptible symptoms of CRC patients are usually at more advanced stages, it is not practical to apply such an invasive method for early diagnosis to individuals who do not yet have any complaints. For this reason, it is very important to develop new methods for the early diagnosis of sporadic CRC development. Induced pluripotent stem cells (iPSCs) are formed by transferring certain pluripotent transcription factors (Oct4, Sox2, Klf4, c-Myc) into somatic cells. The most basic feature of iPSCs, which are reprogrammed to the embryonic stem cell stage, is their ability to differentiate into cell types of three germ layers. The fact that the cell models currently used in cancer studies simulate the final stages of cancer limits in vitro studies from being able to study cancer initiation and development. In particular, iPSCs show promise for early diagnosis and determination of appropriate treatment. In this thesis study, we reprogrammed erythroid progenitor cells from peripheral blood of CRC patients into iPSCs by using the Sendai viral system. After that, we differentiated iPSCs into colon organoids. Following the development of healthy colon organoids of CRC patients, transcriptome analysis was done by RNA sequencing. Whether there were transcriptomic patterns that may cause susceptibility to cancer formation in individuals who develop CRC. In this way, it was assessed to see if there were any trends at the transcriptome level in people who had CRC that would indicate a susceptibility to cancer. After this thesis was successfully completed, it was discovered that the pathways already linked to cancer were expressed differently in healthy colon organoids from CRC patients in comparison with the donors without a history of cancer. Also, it was shown that the expression of gene clusters linked to the epithelial-mesenchymal transition shifted between healthy colon organoids from patients with and without metastases.
Sıçanlarda oleik asit ile oluşturulan akciğer hasarında kemik iliği mezenkimal kök hücre kaynaklı eksozomların olası rejeneratif etkisi
Akut akciğer hasarı ve onun ilerlemiş formu olan Akut Solunum Sıkıntısı Sendromu (ARDS), tedavisi zor ve yüksek mortalite oranına sahip önemli solunum yolu komplikasyonlarıdır. ARDS'ye yoğun bakım ünitelerinde sıklıkla karşılaşılmasına rağmen oluşan nötrofilik bir alveolit, hyalen membran birikimi ve mikrotrombüs formasyonu gibi patolojik bulguları tedavi eden bir madde veya ilaç geliştirilememiştir. Bu projede, yıllardır hücre ve doku düzeyinde rejenerasyon sağladığı bilinen kemik iliği kökenli mezenkimal kök hücre ve yeni bir terapötik tedavi yöntemi olarak araştırılan kök hücrelere kaynaklı eksozomların akut akciğer hasarlanmasında rejenerasyon sonuçları gösterildi. Sıçanlara kuyruk veninden uygulanan 60 mg/kg dozunda uygulanan oleik asit, şekil 3'te gösterildiği gibi belirgin akciğer harabiyeti oluşturmuştur. Histopatolojik analiz yapıldığında oleik asit akciğer parankim dokusunda belirgin kanama, infiltrasyon, ödem ve hiperplazi meydana getirmiştir. Histopatolojik görüntünün skorlandırılmasına göre, oleik asit grubunda kontrole göre 3 kat daha yoğun hasar parametreleri elde edilmiştir. Akut akciğer hasarından 2 saat sonra kuyruk veninden verilen 1x106 sayısında kemik iliği kök hücreler, oleik asit uygulamasıyla meydana gelen kanama, infiltrasyon, ödem ve hiperplazi parametrelerinde dramatik iyileşme sağlamıştır. Sıçanlarda oleik asit (60 mg/kg) ile indüklenmiş akut akciğer hasarında 1x106 sayıda kemik iliği mezenkimal kök hücrelerden salınan eksozom uygulamasıyla serum toplam antioksidan kapasite düzeyleri değerlendirildi. Oleik asit toplam antioksidan kapasiteyi beklendiği gibi süprese ederken eksozom uygulaması bu süpresyonu tersine çevirmemiştir. İstatistiksel analiz için ANOVA ve post-hoc test için Dunn-Sidak çoklu karşılaştırma testi uygulandı. Dunn-Sidak çoklu karşılaştırma testi istatistik değerlendirmesinde oleik asit hasarı kontrol grubuna göre (***), kemik iliği kök hücre grubu oleik asit grubuna göre (&), kemik iliği kök hücre eksozom grubu oleik asit grubu hasarına göre (#), ve kemik iliği kök hücre grubu KİKH-eksozom grubuna göre (a) anlamlı bulunmuştur. ***, &, #, p<0.0001. a, p<0.05 sonucunu göstermektedir.
Sıçanlarda oleik asit ile oluşturulan akciğer hasarında kemik iliği mezenkimal kök hücre kaynaklı eksozomların olası rejeneratif etkisi
Akut akciğer hasarı ve onun ilerlemiş formu olan Akut Solunum Sıkıntısı Sendromu (ARDS), tedavisi zor ve yüksek mortalite oranına sahip önemli solunum yolu komplikasyonlarıdır. ARDS'ye yoğun bakım ünitelerinde sıklıkla karşılaşılmasına rağmen oluşan nötrofilik bir alveolit, hyalen membran birikimi ve mikrotrombüs formasyonu gibi patolojik bulguları tedavi eden bir madde veya ilaç geliştirilememiştir. Bu projede, yıllardır hücre ve doku düzeyinde rejenerasyon sağladığı bilinen kemik iliği kökenli mezenkimal kök hücre ve yeni bir terapötik tedavi yöntemi olarak araştırılan kök hücrelere kaynaklı eksozomların akut akciğer hasarlanmasında rejenerasyon sonuçları gösterildi. Sıçanlara kuyruk veninden uygulanan 60 mg/kg dozunda uygulanan oleik asit, şekil 3'te gösterildiği gibi belirgin akciğer harabiyeti oluşturmuştur. Histopatolojik analiz yapıldığında oleik asit akciğer parankim dokusunda belirgin kanama, infiltrasyon, ödem ve hiperplazi meydana getirmiştir. Histopatolojik görüntünün skorlandırılmasına göre, oleik asit grubunda kontrole göre 3 kat daha yoğun hasar parametreleri elde edilmiştir. Akut akciğer hasarından 2 saat sonra kuyruk veninden verilen 1x106 sayısında kemik iliği kök hücreler, oleik asit uygulamasıyla meydana gelen kanama, infiltrasyon, ödem ve hiperplazi parametrelerinde dramatik iyileşme sağlamıştır. Sıçanlarda oleik asit (60 mg/kg) ile indüklenmiş akut akciğer hasarında 1x106 sayıda kemik iliği mezenkimal kök hücrelerden salınan eksozom uygulamasıyla serum toplam antioksidan kapasite düzeyleri değerlendirildi. Oleik asit toplam antioksidan kapasiteyi beklendiği gibi süprese ederken eksozom uygulaması bu süpresyonu tersine çevirmemiştir. İstatistiksel analiz için ANOVA ve post-hoc test için Dunn-Sidak çoklu karşılaştırma testi uygulandı. Dunn-Sidak çoklu karşılaştırma testi istatistik değerlendirmesinde oleik asit hasarı kontrol grubuna göre (***), kemik iliği kök hücre grubu oleik asit grubuna göre (&), kemik iliği kök hücre eksozom grubu oleik asit grubu hasarına göre (#), ve kemik iliği kök hücre grubu KİKH-eksozom grubuna göre (a) anlamlı bulunmuştur. ***, &, #, p<0.0001. a, p<0.05 sonucunu göstermektedir.
Muhammed Bin Selman liderliğinde Suudi Arabistan örneği
The purpose of this study is to analyze the structural transformation the Kingdom of Saudi Arabia is witnessing during the rule of Prince Mohammed bin Salman in economic, social, and political perspectives related to Saudi Vision 2030. In this regard, the study applied the theory of structural transformations to analyze such transformations and then made some comparisons between those transformations that took place in the Kingdom and others in the UAE and Qatar. The study adopted a qualitative analysis approach based on secondary sources, including official speeches, reports from international organizations, previous studies, and academic articles. The findings revealed that the Kingdom is striving with effort to decrease its dependence on oil by developing new sectors like tourism, technology, and renewable energy; projects such as NEOM and Qiddiya are the most prominent examples of achieving economic diversification. On the social level, the study showed major reforms that empowered women and improved education and, despite some challenges with resistance from conservative groups, contributed to an enhancement of social and educational rights. On the level of political reforms, the enhancement of transparency and fighting against corruption contributes to the stability of a political system the Kingdom seeks. However, the Kingdom faces several challenges, such as the resistance of some traditional groups to change in the social and political spheres. The study concluded that these structural transformations represent essential steps towards achieving Saudi Vision 2030, with significant progress towards building a more diverse and sustainable society and economy. Keywords: Saudi Vision 2030, structural transformations, economic diversification, social reforms, political reforms, sustainable developmen