101
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Buğday kahverengi pası (Puccinia triticina Eriks) efektör adayı PTTG-01827'nin hıgs yöntemiyle fonksiyonel analizi
Buğday kahverengi/yaprak pası bir mantar hastalığıdır. Etken olan Puccinia triticina Eriks (Pt), bitkinin fotosentez yapma yeteneğini azaltarak verim kaybına neden olur. Efektörler, patojenler tarafından konakçı savunmalarını bastırmak ve virülans başarılarını arttırmak için konakçı fizyolojisini modüle etmek üzere salgılanan proteinler/peptit molekülleridir. Bu nedenle, efektörlerin tespiti, hastalığı kontrol altına almanın en umut verici yollarından biri olarak görülmektedir. Bu çalışmada aday efektör genin fonksiyonel olarak analiz edilerek gerçek efektör olup olmadığının saptanması amaçlanmıştır. Bunun için daha önce proteomik çalışmada tanımlanan aday efektör PTTG-01827 susturuldu ve fonksiyonel olarak analiz edildi. Fungal gen susturma için HIGS yöntemi kullanıldı. HIGS, bitkilerin doğal savunma mekanizmalarından biri olan RNAi mekanizmasını kullanarak fitopatojenik fungal genlerin susturulmasında başarı ile kullanılan bir yöntemdir. Çalışmada PTTG-01827 efektör adayına özgü 350 bp uzunluğundaki DNA fragmenti tasarlanarak BSMV vektörüne klonlandı. HIGS yöntemi, PTTG-01827 geninin susturulması için optimize edildi. Hassas buğday çeşidi Morocco fideleri, PTTG-01827 fragmenti içeren rekombinant BSMV ile inokule edildi ve virüs aracılığı ile efektör adayına özgü dsRNA molekülleri, bitki hücrelerinde çoğaltılıp dağıtıldı. BSMV semptomlarının görüldüğü 10. Günde aynı bitkiler Pt ırk-1 ile inokule edildi. Böylece Pt ırk-1'in enfeksiyon gelişimi sırasında eksprese olan efektör mRNA'ları hedeflendi. qRT-PCR ve mikroskobik inceleme ile RNAi mekanizmasının etkinliği ve aday genin susuturulma düzeyi belirlendi. Pt enfeksiyon şiddetindeki değişiklikler ile genin susturulma düzeyi arasındaki koorelasyon değerlendirildi. HIGS uygulaması sonucunda, PTTG_01827'nin ekspresyonunda yaklaşık %50'lik azalma olduğu tespit edildi. Pt sporulasyonunda azalma ve hif gelişiminde yavaşlamanın eşlik ettiği ve enfeksiyon şiddetinin %50 oranında azaldığı gözlemlendi. Elde edilen bulgular, PTTG_01827'nin gerçek bir efektör olduğu yönündeki beklentileri desteklemektedir.
Bilgisayar destekli ilaç tasarımı yöntemleri kullanılarak G protein-bağlı reseptörler için aday ilaç molekülleri tahmin ve tasarım çalışması
Bir ilacın keşfi ve tasarımı, çok zaman ve maliyet gerektiren karmaşık bir süreçtir. Gelişen teknoloji ve bilgisayar işlem gücü ile Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı yaklaşımları, ilaç keşfi ve tasarımında önemli bir yere sahip olan ve geleneksel yöntemlerin kısıtlamalarını aşan yöntemlerdir. Farklı sistem ve hastalık türlerinde aktif rol oynamaları ile dikkat çekici terapötik hedeflerin başında G Protein-Bağlı Reseptörler (GPCR) gelmektedir. GPCR'lerin üç boyutlu yapı bilgilerinin giderek artması, onları Yapıya Dayalı İlaç Tasarımı çalışmaları için ilgi çekici hale getirmiştir. Yapısal bilgileri bilinmesine rağmen henüz endojen molekülü tanımlanmamış pek çok yetim (orphan) GPCR vardır. Merkezi sinir sistemi hastalıklarında rol oynayan bir yetim GPCR olan GPR52'nin üç boyutlu yapısının 2020 yılında belirlenmesi ilaç hedefi olarak öne çıkmasını sağlamıştır. Bu tez çalışmasında, yapıya dayalı ilaç tasarımı teknikleri kullanılarak GPR52 için olası öncü ilaç molekül adayı bulunması hedeflenmiştir. GPR52 için küçük molekül kütüphanesi hazırlama, farmakofor modelleme, moleküler yerleştirme, konsensüs skorlama, moleküler dinamik simülasyonları, bağlanma serbest enerjisinin hesaplanması ve in silico farmakokinetik çalışmaları yapılmıştır. Çalışma sonucunda elde edilen moleküllerin in vitro ve in vivo deneyleri için aday olabileceği veya yeni ilaç keşfi ve geliştirme çalışmalarında öncü ilaç molekül adayları olarak kullanılabileceği beklenmektedir.
Kanser tedavisinde kullanılan bazı sinerjistik ve antagonist ilaç kombinasyonlarının karışım davranışlarının moleküler simülasyon yoluyla incelenmesi
Kanser tedavisinde kullanılacak ilaçların belirlenmesi için konvansiyonel yaklaşımlar arasında uygun ilaç kombinasyonlarının belirlenmesi en önemli adımlardandır. Kanserde kombine kullanılan ilaçlar birbirlerinin etkilerini arttırabilmekte ve/veya azaltabilmektedirler. İlaçların birbirleri ile etkileşimleri sayesinde bireydeki yararlı, canlı hücrelere zarar vermeden kanser hücreleri yok edilebilmektedir. Kemoterapi ilaçlarının geliştirilme süreci çok uzun zaman gerektirdiğinden dolayı alternatif tedavi yöntemlerinin geliştirilmesi, kombine olarak hangi ilaçların kullanılacağının doğru bir şekilde tanımlanmasını gerektirmektedir. Bu sebeple, ilaçların sinerjistik ve antagonist etkilerinin öngörülmesi için uygun kurallarının belirlenmesi tedavi aşamasında uygun ilaç seçimini hızlandıracaktır. Bu tezin amacı, halihazırda deneysel olarak sinerjistik ve antagonist davranışları bilinen ilaçların moleküler seviyedeki özelliklerini hesaplamalı olarak tahmin etmek için moleküler simülasyon yöntemleri gerçekleştirmektir. Tez kapsamında belirlenen sinerjistik ilaçlar Amigdalin/5-Fluourosil ve Amigdalin/Metronidazol; antagonist ilaçlar Amigdalin/Miltefosin ve Amigdalin/Sisplatin şeklindedir. Tez kapsamında incelenen sistemlerin atomik yapılarını içeren moleküler dinamik yöntemi kullanılmıştır. İlaç karışımlarının moleküler yapıları bilgisayar ortamında oluşturulmuş ve simülasyonlar sonucunda bu yapıların aralarındaki etkileşimler termodinamik ve yapısal özellikleri bakımından incelenmiştir. İlaç kombinasyonları çok fazla olduğundan ıslak deneyler ile sinerjistik ve antagonist ilaçları taramak zaman almaktadır. Bu nedenle tez kapsamında elde edilecek sonuçlar ile deneysel olarak yoğun iş gücü gerektiren ilaçların benzer özelliklerinin karakterizasyonu sürecinin bilgisayarlı simülasyonlar yoluyla hızlanması hedeflenmiştir.
İlaç taşıyıcı malzeme olarak bir polimerik jelin özelliklerinin moleküler simülasyonlar yoluyla belirlenmesi
Günümüzde alternatif akıllı ilaç taşıma sistemlerinin geliştirilmesinde yeni çapraz bağlı polimerik jellerin geliştirilmesi büyük öneme sahiptir. Bu tez çalışması kapsamında, yeni bir ilaç taşıyıcı geliştirmek için Pluronic®-tabanlı polimerik bir jelin moleküler modelleme ve simülasyonlarla incelenmesi amaçlanmıştır. Tezin amacı doğrultusunda öncelikle incelenen polimerik jellerin mekanik özellikleri elde edilmiştir. Sonrasında, jellerin içerisine ilaç molekülleri de eklenerek farklı sıcaklıklarda ilaç salımı ve enkapsülasyon etkinliği araştırılmıştır. Bu tez çalışmasındaki simülasyonlar, kaba-taneli simülasyon yöntemlerinden biri olan MARTINI kuvvet alanı ile gerçekleştirilmiştir. Ek olarak, simülasyonlar sonucunda ilacın taşıyıcı sistem içindeki dağılımı, dinamik özellikleri ve etkileşimlerinin de incelenmesi sağlanmıştır. Ayrıca, ilacın salım özellikleri ve salım süreçleri de moleküler simülasyonlar ile incelenmiştir. Bu tez çalışması sonucunda elde edilen bulgular, polimerik jellerin yapıları ve bu jellere simülasyon ortamında ilaç molekülleri eklenerek ilaç taşıma kapasiteleri ve jel özellikleri ile ilgili değerli bilgiler sunmaktadır. Tez kapsamında elde edilen bilgiler ışığında yeni ilaç taşıyıcı sistemlerin geliştirilmesi için önemli bilgilerin literatüre sunulması beklenmektedir.
Poliüretan sistemlerin mekanik ve protein adsorpsiyon özelliklerinin moleküler dinamik simülasyonları ile incelenmesi
Çalışmanın amacı, hidrofilik-hidrofobik ve hidrofilik sarkan zincirlere sahip poliüretan (PU) sistemlerin mekanik-termal özellikleri ve protein etkileşimlerini moleküler dinamik (MD) simülasyon yöntemini kullanarak araştırmaktır. PU kaplamaların farklı bileşenlerinin termal ve mekanik özelliklerini nasıl etkilediğini ve bu sistemlerin biyoteknolojik uygulamalarına katkıda bulunma potansiyelini araştırmaktadır. Çalışma, hidrofilik ve amfifilik PU sistemlerinin mekanik ve termal özelliklerinde belirgin farklılıklar gösterdiğini ortaya koymuştur. Aynı zamanda, PU kaplamaların deniz organizmalarının yapışkan proteinleri ile etkileşimlerini incelemek için protein-polimer etkileşim enerjileri hesaplanmış ve PU kaplamaların bu tür etkileşimlere duyarlılığı araştırılmıştır. Bu bulgular biyoteknolojik ve antifouling kaplama tasarımlarının geliştirilmesine katkıda bulunmaktadır. Ayrıca çalışma, çok ölçekli modelleme tekniklerinin moleküler düzeydeki faaliyetlere dayalı olarak makro ölçekteki özellikleri ne kadar iyi tahmin edebildiğini göstermektedir. Bulgular, çeşitli çevresel ortamlarda daha iyi performans gösteren ve gelişmiş biyo-direnç ve dayanıklılığa sahip yeni nesil PU kaplamaların mantıksal gelişimi için yararlı öneriler sunmaktadır.
Epilepsiyle bağlantılı seçili genlerin genotip ve fenotip ilişkisinin bilgisayar tabanlı analizi
Bu tez çalışmasında, Autosomal Dominant Nocturnal Frontal Lobe Epilepsy (ADNFLE) ile ilişkilendirilen CHRNA2, CHRNA4 ve CHRNB2 genlerinde tespit edilmiş klinik anlamı belirsiz (Variant of Uncertain Significance, VUS) yanlış anlamlı tek nükleotid polimorfizmlerin (nsSNP) potansiyel biyolojik etkileri, çok katmanlı ve sistematik bir In silico analiz stratejisiyle değerlendirilmiştir. Söz konusu genler, nöronal nikotinik asetilkolin reseptörünün (nAChR) α2, α4 ve β2 alt birimlerini kodlamakta olup, merkezi sinir sisteminde kolinerjik iletimin düzenlenmesinde temel rol oynamaktadır. Bu nedenle, bu genlerdeki varyasyonların yapısal ve işlevsel etkilerinin incelenmesi, epileptogenez mekanizmalarının moleküler düzeyde anlaşılması açısından kritik öneme sahiptir. Çalışmanın ilk aşamasında ClinVar veritabanından "yanlış anlamlı" tipi, "VUS" kategorisinde yer alan tek nükleotid değişim varyantları seçilmiştir. Belirlenen 357 (CHRNA4), 288 (CHRNA2) ve 275 (CHRNB2) varyant arasından REVEL ≥0.9 ve AlphaMissense tarafından "patojenik" (P) olarak değerlendirilenler ileri analizlere dahil edilmiştir (CHRNA4: 38; CHRNA2: 51; CHRNB2: 37 varyant). Seçilen varyantlar PolyPhen-2 (HDIV/HVAR), SIFT, ConSurf, gnomAD, SpliceAI, DynaMut2 ve HOPE araçlarıyla incelenmiştir; her bir varyantın patojenite eğilimi, protein korunumu, allel frekansı, yapısal bütünlüğe etkisi, stabilite değişimi, splice bölgesi üzerindeki olası etkisi ve ligand bağlanma bölgeleriyle etkileşim potansiyeli çok yönlü biçimde değerlendirilmiştir. Bulgular, üç gende de ileri incelemeye dahil edilmiş varyantlar için benzer bir desen ortaya koymuştur: yüksek olasılıkla hastalık yapıcı olduğu düşünülen alt kümedeki varyantların neredeyse tamamı PolyPhen-2 ve SIFT analizlerinde "zararlı" olarak sınıflandırılmıştır. ConSurf skorları, bu varyantların büyük bölümünün yüksek düzeyde korunmuş pozisyonlarda yer aldığını göstermiştir. gnomAD taramaları, varyantların nadir veya ultra-nadir frekanslarda (≈10⁻⁷–10⁻⁵) bulunduğunu ve bir kısmının daha önce hiç rapor edilmediğini ortaya koymuştur. DynaMut2 analizleri, çoğu varyantın negatif ΔΔG değerleriyle yapısal destabilizasyon yarattığını; HOPE sonuçları ise yük, hacim ve hidrofobiklik değişimleri, Prolin/Glysin kaynaklı omurga kısıtları ve disülfit köprüsü kayıpları gibi biyofiziksel mekanizmaları ortaya koymuştur. SpliceAI ile çoğu varyant için düşük risk skorları söz konusu iken, belirli ekzonik pozisyonlarda akseptör/donör bölgelerinde kazanım veya kayıp olasılıkları da saptanmıştır. Yapısal haritalama, yüksek riskli varyantların ekstrasellüler ligand tanıma yüzeyinde ve TM3–TM4 bölgelerinde yoğunlaştığını; bazılarının multimer temas yüzeyleri ve transmembran çekirdekte kümelenmeler oluşturduğunu göstermiştir. Sekiz biyoinformatik aracın çıktılarını bütünleştiren analiz sonucunda, fonksiyonel doğrulama ve klinik yeniden sınıflandırma süreçlerinde önceliklendirilmek üzere yüksek güvenli varyantlardan oluşan bir aday panel oluşturulmuştur. Sonuç olarak, bu tez CHRNA2, CHRNA4 ve CHRNB2 genlerinde yer alan klinik önemi belirsiz nsSNP'lerin yapısal, fonksiyonel ve popülasyon temelli analizlerini bütüncül bir çerçevede sunarak, nadir epilepsi formlarının moleküler temellerine ışık tutmaktadır. Ayrıca çalışma, In silico analizlerin entegre kullanımına dayalı çok katmanlı yaklaşımların, nörogenetik bozuklukların moleküler düzeyde yorumlanmasında güçlü bir araç olduğunu ortaya koymaktadır.
Scalable multi-omics data-driven modeling of metabolism: a systems approach to simulate metabolic reprogramming
Biological systems play a crucial role in addressing challenges across diverse fields, including industrial optimization, environmental sustainability, and medical advancements such as cancer diagnosis and treatment. Their complexity, hierarchical regulation, and adaptive nature make them difficult to analyse, requiring an integrative approach to predict system behaviour and design effective interventions. Systems biology and mathematical modelling have emerged as essential methodologies for translating biological knowledge into quantitative frameworks. These models enable the simulation, analysis, and prediction of system responses under varying conditions. However, the inherent complexity of biological networks, coupled with computational and informational constraints, poses significant challenges for modelling at a detailed level. Recent advancements in high-throughput experimental technologies have produced vast multi-omics datasets, capturing molecular states across multiple layers. Integrating these heterogeneous data provides insights into underlying mechanisms, optimization strategies, therapeutic targets, and system-level properties. Nevertheless, this integration introduces methodological challenges, including data heterogeneity, noise, and scalability requirements. This thesis contributes to biological systems research by integrating multi-omics data and mathematical modelling and an a priori network reduction. The first part focuses on mechanistic kinetic modelling of oxidative stress responses in yeast, employing transcriptomic, metabolomic, and fluxomic data within a linlog kinetic framework. The second part applies machine learning and pathway enrichment approaches to multi-omics datasets for subtyping and early diagnosis of cancer, identifying molecular markers that characterize personalized disease states. By combining mechanistic and data-driven approaches, this work contributes to bridging the gap between molecular-level understanding and predictive modelling, enhancing applications in industrial biotechnology and personalized medicine.
Comparison of two-dimensional and three-dimensional triple negative breast cancer cell culture models on treatment response
Triple negative breast cancer (TNBC) has a dismal prognosis and few available treatments, making it a major clinical challenge. This study assesses the effectiveness of cannabidiol (CBD), which has pro-apoptotic and anti-proliferative qualities, and olaparib (OLAP), a PARP inhibitor that targets DNA repair, as single and combination therapies in TNBC and estrogen receptor positive (ER+) breast cancer cell lines. In two-dimensional (2D) and three- dimensional (3D) culture systems, analyses were conducted on MDA-MB-231 (TNBC), HCC-70 (TNBC), and MCF-7 (ER+) cell lines. The results demonstrated that in 3D culture models, increased efficacy was attained with lower doses, and that OLAP and CBD caused synergistic cytotoxic effects, particularly in TNBC cells. In MDA-MB-231 cells with G2/M phase arrest, increased apoptosis was seen, as demonstrated by flow cytometry and caspase 3/7 tests. DNA damage response and cell cycle-related genes (ATM, ATR, BRCA1/2, RAD51, and CDK1/2/4/6) were down-regulated by the combined treatment, according to gene expression analysis. Specifically, 3D spheroid models under metabolic and hypoxic stress demonstrated heightened drug sensitivity. These results imply that 3D culture methods provide more physiologic and sensitive models for evaluating medication efficacy, and that OLAP and CBD together offer a possible therapeutic approach for aggressive breast cancer subtypes.
An alternative and therapeutic approach for hepatocellular carcinoma
Hepatocellular carcinoma is among of the most frequently forms of liver cancer, with a high death rate, emphasizing the need for improved treatment techniques. Current research has focused on the anti-cancer effects of natural compounds. The most common therapy for HCC varies according to stage: patients in the early stages may require surgical resection or liver transplantation, whereas intermediate-stage patients may get Transarterial chemoembolization (TACE). In advanced stages, immunotherapy combined with targeted therapies, especially Atezolizumab-Bevacizumab, has emerged as the standard. CBD (cannabidiol), a non-psychoactive cannabinoid, has gained attention in cancer research because of its anti-inflammatory, anti-proliferative, anti-angiogenic, and apoptosis-inducing properties. Studies suggest CBD may inhibit tumor growth, induce cell death, and reduce metastasis. Additionally, CBD is being explored as a complementary treatment for alleviating chemotherapy side effects. Vitamin D is also recognized for its potential function in HCC treatment, given its impact on immune regulation and cell growth control. Vitamin D insufficiency has been associated to HCC progress, emphasizing its potential therapeutic value. The current research tested the anti-cancer impacts of single and combination treatments of Vitamin D and CBD in HEP3B and HUH7 cell lines, focusing on apoptosis, autophagy, cell cycle regulation, and DDR. The combination treatment of Vitamin D and CBD demonstrated a synergistic effect, significantly reducing cell survival in both HEP3B and HUH7 cell lines. Notably, the combination induced apoptosis and autophagy in HEP3B cells and inhibited the cell cycle in HUH7 cells, suggesting anti-tumorigenic and anti-cancer effects. These findings indicate the possibility of Vitamin D and CBD as a novel treatment approach against HCC, requiring additional in vivo studies and clinical trials to assess efficacy, safety, and mechanisms in more complex biological systems.
Everolimus ve ABT-737' nin renal hücreli karsinom üzerindeki kemoterapötik etkisi
2-3 per cent of all malignant tumors are characterized as renal cell carcinoma (RCC), that shows a high mortality rate. Among a number of histopathological subtypes, clear cell RCC (ccRCC) comprises the majority and 20-30 per cent of patients diagnosed with ccRCC are already at locally advanced or metastatic stage. As the elevated activity of mTOR pathway is associated with RCC tumorigenesis, the mTOR kinase inhibitor, everolimus, is used in clinic for the cure of patients with metastatic RCC (mRCC). However, the low rate of progression free survival and the development of everolimus resistance are the main clinical limitations observed with everolimus therapy. Given the possible contribution of anti-apoptotic Bcl-2 protein in RCC development, everolimus was combined with a Bcl-2 protein inhibitor ABT-737 to overcome the everolimus resistance. The effect of everolimus combination with ABT-737 was studied in Bcl-2 overexpressing RCC cell lines, A-498 and Caki-1, and in RCC xenograft mouse model. The in vitro results indicated that the everolimus-ABT-737 combination led to a significant decrease in the both RCC cell lines' viability, which is associated with the attenuated cell cycle as a result of completely suppressed mTOR pathway as well as with the induction of apoptosis. Diminished level of anti-apoptotic Bcl-2 protein was also detected in A-498 and Caki-1 as a response to ABT-737 monotherapy and its combination with everolimus. In support of in vitro findings, the synergistic anti-tumor effect of everolimus-ABT-737 combination was validated in RCC xenograft Balb/c mouse model generated with the RenCares cell line. Taken together, the findings from this thesis suggest that the everolimus-ABT-737 combination as a novel therapy strategy can provide therapeutic benefit for the patients suffering from the advanced RCC. This study was supported by TUBITAK (114S332)
Origanum minutiflorum as a potential therapy for the eradication of Helicobacter Pylori
Helicobacter pylori is a gram negative, spiral shaped, microaerophilic bacterium which colonizes the human stomach of more than half of the world?s population. H. pylori infection plays a crucial role in the pathogenesis of peptic ulcer, gastritis, and gastric cancer. Infection of H. pylori treatment consists of a proton pump inhibitor (PPI) with a combination of antibiotics. This study aims to investigate the potential use of commercial extracts of Siberian ginseng (Eleutherococcus senticosus), Black cohosh (Cimicifuga racemosa), Red clover (Trifolium pratense), Milk thistle (Silybum marianum) and various extracts (methanol, ethanol, aqueous, essential oil) of a Turkish endemic plant Origanum minutiflorum for the eradication of H. pylori. Methanol, ethanol, aqueous and essential oil (EO) extracts of O. minutiflorum were collected via soxhlet extractor and clevenger apparatus. The anti-bacterial activity (agar well diffusion method) and the minimum bactericidal concentration (MBC) of all extracts were determined according to CLSI protocols. The chemical composition of the extract showing the strongest antimicrobial activity was determined via gas chromotography mass spectrom (GC-MS). The cell viability effects of the chosen extract were determined on AGS (human adenocarcinoma) cell line by WST-1 assay for 24, 48, and 72 hours. H. pylori adhesion and invasion of cultured cells was carried out using a standard gentamicin assay at 1/20,000- 1/40,000 (v/v) dilutions of O. minutiflorum EO. Examination of effect of O. minutiflorum EO on H. pylori and H. pylori infected cells were done by scanning electron microscopy (SEM). The results of in vitro studies indicated that the EO extract of O. minutiflorum (92 µg/ml) displayed the strongest antimicrobial effect against H. pylori (ZI= ?90) in comparison to all other plant extracts. The major compound of the EO was determined as carvacrol (29.22 %). The MBC was observed at a concentration of 46 µg/ml (equal to 1/20,000 (v/v) dilution) EO. The MBC value of EO did not show any cytotoxic effect against AGS cells and exhibited a reduction of more than 80 % H. pylori adhered or invaded AGS cells. The findings of this study show the potential future use of O. minutiflorum EO as an alternative therapy to antibiotics for treatment of H. pylori infections.
Effect of naringin, a natural compound, on stem cell phenotype of breast cancer
Almost all of novel therapies focused to target signaling pathways related to cell growth and survival failed to provide patient survival. These kinds of therapeutic approaches shrink just the tumor bulk and eventually lead to recurrence of cancer. This clinical handicap could be explained by the discovery of cancer stem cell (CSC) which resistant to standard therapies including chemo- and radiotherapy in different cancer types. The residual tumors after conventional therapies are enriched for CSCs and possess epithelial-mesenchymal transition (EMT)-like properties that promote invasion, metastasis. Natural dietary compounds, especially polyphenols have gained increasing attention due to their role in cancer chemoprevention. Recently, various studies showed that many natural compounds may decrease therapy-resistant, slow cycling cancer stem cell proportion and suppress EMT-like features. In this study, we tested the effect of naringin, a polyphenolic compound derived from grapefruit on the stem cell phenotype of breast cancer. The results showed that naringin treatment lead to decrease the fraction of CSCs and suppress the expression of EMT markers. It was demonstrated that this flavonoid at the concentration that does not cause cell cytotoxicity may affect stem cell properties of breast carcinoma by decreasing number of cells having high ALDH1 activity and CD44+/CD24-phenotype. These data suggest for the first time that naringin could be used to target Breast CSCs and provide over-all survival if used with an agent that eradicates differentiated cells.
Measles virus RNA investigation in peripheral whole blood specimens collected from subacute sclerosing panencephalitis patients by real-time PCR method
Subacute Sclerosing Panencephalitis (SSPE) disease is an infection resulted from a virus which undergoes mutation during measles infection and is transferred to the brain in its dormant form. It can turn into its active form after many years and leads to irreversible damages in CNS and followed by death. Studies performed with real-time PCR method in diagnosis of SSPE is generally based on using brain biopsy materials for investigation measles virus (MV) RNA considering its being most reliable and frequently positive material. However, that positive results were found in a study carried out with blood samples of SSPE patient, shed a light on using blood material, which is easier to obtain, as a target material instead of brain material. In this study, measles vaccine and cell cultured measles strain from a patient were used as positive controls and whole blood specimens of six healthy donors provided from Yeditepe University Hospital were used as negative controls. Since it is determined that RNA encoded by N (nucleoprotein) gene belonging to the genome of the measles virus causing SSPE is the most abundant transcript, it was aimed to amplify N gene of MV-RNA. In this study we succeeded to obtain a positive result in a SSPE patient blood sample. However, no N RNA detection could be achieved in rest of the other patient blood samples. As conclusion, real-time PCR method validation we performed was confirmed with one positive result. Nevertheless, development of more comprehensive multiplex real-time PCR methods using internal control and additionally further detailed molecular analysis by sequencing will be required to obtain more accurate and conclusive results in diagnosis of SSPE.
Assessment of toxicity of various carbon and boron nanotubes on wheat and barley germination
In previous studies nanotubes effects on seed germination, root elongation, stem length, and vegetative biomass criterias have been examined with different carbon nanotubes and concentrations. In some of these studies it is claimed that multi-walled carbon nanotubes can significantly promote cell elongation in the root system resulting in faster root growth and higher biomass production. Additionally, in some of other studies it is claimed that multi-walled carbon nanotubes have toxic effects on plants. This study has a crucial importance about to be the first study of measuring the boron nanotubes effects and toxicity on plant germination. In literature we couldn't find any study that measuring boron nanotubes effects on plants. In this study, it was assessed possible toxic effects of 80 mg/L (the average concentration in previous experiments) concentration of single-walled carbon nanotubes (SWCNT), multi-walled carbon nanotubes (MWCNT), carboxylated multi-walled carbon nanotubes (MWCNT-COOH) and multi-walled boron nitride nanotubes (MWBNNT) on barley (Hordeum vulgare L.) and wheat (Triticum aestivum L.) germination parameters. The obtained germination results showed that there were no adverse effects on barley and wheat germination in the tested various carbon and boron nanotubes compared to the untreated control group.
Lactobacillus plantarum suşunun sekonder metabolitleri ve biyoaktivitelerinin moleküler düzeyde araştırılması
Bu çalışmada, probiyotik özellikteki Lactobacillus plantarum sekonder metabolitinin insan meme kanseri MCF-7 hücre hattı ve insandaki genlerin bir kısmının korunduğu, model organizma olarak bilinen meyve sineği, Drosophila melanogaster üzerindeki sitotoksik etkileri araştırılmıştır. MCF-7 hücre hattında sekonder metabolitin IC50 değeri 0,0013 gr/ml belirlenmiştir. Drosophila melanogaster'de dozlar çalışma sırasında saptanmış olup probit analizi sonucu LC50 ve LC99 değerleri sırasıyla 0,24 mg/ml ve 0,56 mg/ml olarak saptanmıştır. Uygulama sonrası MCF-7 hücre hattında; RRAS-2, TP53, BCL-2, APAF-1, CASP-3, FADD, CASP-7, BOK genleri ve Drosophila melanogaster'de RAS64B P53, BUFFY, DARK, DECAY, FADD, DRICE, DEBCL genlerinin ekspresyon seviyeleri RT-PCR ile belirlenmiştir. Metabolit uygulaması sonucu insan meme kanseri hücre hattında ve meyve sineğinde antiapoptotik olarak karşımıza çıkan BCL-2 ve BUFFY genlerinin ekspresyonlarında azalma görülmüştür. Aynı zamanda Drosophila melanogaster'de DECAY, FADD, RAS64B apoptotik genlerinde ekspresyon artışı saptanmıştır. Bununla birlikte Lactobacillus plantarum sekonder metabolitinin analizi GC-MS yöntemi ile belirlenmiştir. Belirlenen maddelerin ilgili genlere bağlanması moleküler docking yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Sekonder metabolit içeriğinde tespit edilen ve L13 olarak kodlanan maddenin çalışılan genlerde yüksek bağlanma afinitesine sahip olduğu gözlenmiştir.
Annona muricata bitki ekstraktının meme kanseri hücre hattında ve Drosophila melanogaster model organizma üzerindeki etkisinin moleküler düzeyde araştırılması
Meme kanseri de dâhil olmak üzere kanser, dünya genelinde önemli bir sağlık sorunu hâline gelmiştir. Kanser tedavisinde kullanılan kemoterapi ve radyoterapi yöntemlerinde büyük ilerlemeler olsa da, kısıtlamaları ve belirgin yan etkileri nedeniyle çoğu kanser hastası, modern tıbbî tedavi kapsamı dışında kalan alternatif tıp metodlarını denemektedir. Alternatif tıp kapsamında yer alan, dünyada tropikal bölgelerde yaygın olarak bulunan Annona muricata bitkisi, kansere karşı etkili olan bileşikler içermektedir. Bu çalışma, ülkemizde tarçın elması olarak bilinen Annona muricata bitkisinin, antikanser biyolojik aktivitesini araştırmak amacıyla yapılmıştır. Toksisite analizi sonucunda LD50 değeri; iki boyutlu MCF-7 hücrelerinde 290 μg.mℓ-1, iki boyutlu MDA-MB-231 hücrelerinde 330 μg.mℓ-1, üç boyutlu MCF-7 ve MDA-MB-231 hücrelerinde 0.005 g.mℓ-1 ve Drosophila melanogaster model organizmasında 0.118 g.mℓ-1 olarak belirlenmiştir. Uygulama yapıldıktan sonra MDA-MB-231 ve MCF-7 hücre hatlarında, Bcl-2, Bad, AKT1 ve H-prune genlerinin ifade seviyeleri; Drosophila melanogaster'da; Pn, Buffy, CG15530 ve Akt1 genlerinin ifade seviyeleri, ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu ile belirlenmiştir. Gen ifade analizinde; H-prune ve AKT1 genlerin ifadelerinde azalma, Drosophila melanogaster CG15530 proapoptotik genin ifadesinde artış olduğu gözlenmiştir. Çalışmanın son aşamasında, Annona muricata bitki ekstraktında bulunan isoquercetin, roseoside, coreximine, anonaine ve arianacin asetojenlerin insan Bcl-2, Bad ve AKT1 proteinleri ile olan bağlanma enerji seviyeleri moleküler kenetlenme yöntemi ile hesaplanmıştır. Ön klinik ilaç olarak kullanılan abemaciclibe kıyasla isoquercetin molekülün Bcl-2, Bad ve AKT1 proteinleri ile yüksek ilgiye sahip olduğu gözlemlenmiştir. İn vivo, in vitro ve biyoinformatik analizler sonucunda Annona muricata bitki ekstraktının meme kanserine karşı etkili olduğu ve potansiyel bir ilaç olabileceği görülmüştür.
Alabalık jelatinlerinden enzimatik hidroliz yöntemiyle protein hidrolizatı üretimi ve özelliklerinin belirlenmesi
Küresel balık üretiminin 2030 yılında 204 milyon tona ulaşacağı tahmin edilmektedir. İnsan tüketimine sunulan balıklardan, türlerine ve işleme seviyesine bağlı olarak %20 - %80 arasında balık atığı ortaya çıkmaktadır. Bu atıkların yaklaşık %50'den fazlası atılmakta ve çevre kirliliğine neden olmaktadır. Bu atıklarda bulunan değerli bileşenlerden biri de kolajen proteinidir. Bu işlenmemiş kolajenin jelatin olarak kullanımı mümkün olmakla beraber kollajen hidrolizatı şeklinde gıda ve kozmetik sanayii için kullanım alternatifleri bulunmaktadır. Bu çalışmada atık alabalık derilerinden üretilen jelatinlerden enzimatik hidroliz yöntemiyle alcalase ve flavourzyme enzimleri kullanılarak kollajen hidrolizatı üretimi, teknolojik ve biyoaktif özelliklerinin tespiti gerçekleştirilmiştir. Alcalase hidrolizatlarında %18.30, flavourzyme hidrolizatlarında %3.25 hidroliz derecesi tespit edilmiştir. Her iki hidrolizat numunesinin maksimum ultraviyole absorbsiyon pikleri 284 nm dalga boyunda görülmüştür. Ayrıca her iki hidrolizat numunesinin zeta potansiyel değerleri pH 9'da maksimum değerine ulaşmıştır. Alcalase hidrolizatlarının emülsiyon stabilitesi, köpük kapasitesi ve stabilitesi daha yüksek olarak belirlenirken flavourzyme hidrolizatlarının emülsiyon aktivitesi ve yağ bağlama kapasitesi daha yüksektir. Bununla birlikte flavourzyme hidrolizatlarının tüm konsantrasyonlarında (15 mg/mL-30 mg/mL) DPPH radikal temizleme aktivitesi (%64.37-%73.41) daha yüksek bulunmuştur. Sonuçlar değerlendirildiğinde alabalık jelatinlerinden elde edilen hidrolizatların hem teknolojik hem de biyoaktif özelliklerinin başta gıda sanayii olmak üzere çeşitli sektörlerde kullanım fırsatları sunduğu görülmektedir. Sonuç olarak atık olarak ortaya çıkan balık işleme endüstrisi atıklarının değerlendirilmesi adına yeni bir alternatif oluşturulmuştur.
Şeker pancarı genomunda bZIP genlerinin biyoinformatik analizleri ve kuraklık - sıcaklık stres koşullarında ifade profilleri
Lösin fermuar (bZIP) transkripsiyon faktörü ailesi, bitkilerdeki en büyük ve en çeşitli transkripsiyon faktörü ailelerinden biridir. Bitki büyümesini ve gelişimini düzenlemesine ek olarak biyotik ve abiyotik streslere yanıtta önemli rol oynamaktadır. Şeker pancarı (Beta vulgaris L.) taksonomik olarak, Amaranthaceae ailesine ve Beta cinsine aittir. Bu çalışmada, şeker pancarı genomunda 251 adet bZIP geni belirlenmiştir. BvbZIP genlerinin kromozomal dağılımları incelendiğinde en çok genin 7. kromozomda yer aldığı görülmüştür. Tahmini gen yapısı analizine göre 28 adet BvbZIP geninin intron içermediği saptanmıştır. Arabidopsis, soya, çeltik ve kavak bitkilerindeki bZIP genleri ile karşılaştırmalı fiziksel haritalara bakıldığında en çok ortolog gene sahip bitkinin soya olduğu görülmüş ve en yakın ayrılma süresi kavak bitkisindeki genler ile belirlenmiştir. Ayrıca BvbZIP genleri için filogenetik ilişkileri, korunmuş amino asit motifleri, gen ontolojileri, bZIP genlerini hedefleyen miRNA'ları, tahmini üç boyutlu yapıları farklı biyoinformatik araçlar kullanılarak belirlenmiştir. Bunlara ilaveten, açık veri tabanlarından elde edilen transkriptom verileri kullanılarak bu genlerin farklı koşullardaki ifade profillerinin incelenmesi yapılmış olup seçilen genler kuraklık toleranslı ve kuraklık hassas şeker pancarı çeşitlerinin yaprak dokularında RT-PZR analizi ile incelenmiştir. Yapılan analizler sonucunda şeker pancarında BvbZIP-31, BvbZIP-54, BvbZIP-59 ve BvbZIP-63 genlerinin abiyotik stres direncinde rol aldığı düşünülmektedir. Ayrıca BvbZIP-59 geninin her iki çeşitte de tüm streslerde ifade seviyelerinin belirgin bir şekilde arttığı görülmüştür. Böylece 2014 yılında şeker pancarının tüm genom dizisi çıkarılmış olsa da şeker pancarı genomunda ilk kez bu tez çalışması kapsamında bZIP genlerinin belirlenmesi, karakterizasyonu ve sıcaklık, kuraklık, sıcaklık-kuraklık kombine strese karşı yanıtlarının incelenmesi ve bu stresler altında oluşan moleküler mekanizmalar hakkında önemli bilgiler elde edilmiştir. bZIP gen ailesine ait elde edilen bilgiler ışığında, sıcaklık, kuraklık ve kombine stres koşullarına dayanıklı şeker pancarı ve diğer tarım bitkilerinin üretilmesine katkı sağlayacak önemli verilerin elde edileceği düşünülmektedir. ANAHTAR KELİMELER: Şeker Pancarı, bZIP, Biyoinformatik Analizler, Sıcaklık, Kuraklık ve Kombine Stresi, Gen Ekspresyon Analizi
Kabak bitkisinde ısı şoku proteini ve ısı şoku faktörü genlerinin biyoinformatik karakterizasyonu ve farklı abiyotik stres koşullarında ifade profilleri
Isı şoku proteinleri (Hsp) bitkinin normal büyüme ve gelişme süreçlerinin yanında protein homeostazisini sağlayarak çevresel strese yanıt oluşum mekanizmasında görev almaktadır. Cucurbitaceae ailesi; salatalık, kavun, karpuz, bal kabağı gibi ekonomik ve besinsel değere sahip birçok bitkiyi çatısı altında bulundurur. Ülkemizde yıl boyu üretimi devam eden Cucurbita pepo (sakız kabağı) ise, bu ailenin ekonomik değer taşıyan bir diğer üyesidir. Seyden F1 ve Cordelia F1 iç piyasada ve ihracatta en çok tercih edilen iki kabak çeşididir. Bu çalışmada kabak genomunda 44 adet sHsp, 188 adet Hsp40, 42 adet Hsp60, 28 adet Hsp70, 10 adet Hsp90, 152 adet Hsp100 ailesi üyesi olmak üzere toplam 464 adet Hsp geni; 77 adet ise Hsf geni in silico olarak tanımlanmıştır. Tespit edilen gen ve proteinlerin; kromozomal yerleşimi, ekzon-intron ve motif organizasyonu, aile içi filogenetik ilişkileri, ortolog ilişkileri, miRNA ve protein-protein etkileşimleri, duplikasyon olayları, tahmini üç boyutlu yapıları, gen ontolojisi analizleri ile karakteristik özellikleri ortaya konmuştur. Çalışmanın moleküler kısmında ise belirlediğimiz genlerin yüksek sıcaklık, kuraklık ve yüksek sıcaklık-kuraklık kombine streslerindeki ifade profilleri qRT-PCR yöntemi ile belirlenmiştir. Her iki varyetenin Hsp ve Hsf gen ifade seviyelerini çoğunlukla arttırarak strese yanıt verdiği gözlenmiştir. Özellikle tüm zaman dilimlerinde ve tüm stres koşullarında ifadesinde artış belirlenen CpHsp70-20 ve CpHsf-68 genlerinin, bitkinin strese tolerans mekanizmasında etkin rol üstlendiğini işaret etmektedir. Çalışmamızda belirlenen markör genlerin ve in silico etkileşim çıktılarının klonlama, ileri fonksiyonel araştırmalar ve moleküler ıslah çalışmalarında kullanılarak mahsul iyileştirilmesine katkı sağlayacağını öngörmekteyiz
İdrar yolu enfeksiyonundan izole edilen patojenik Escherichia coli bakteri suşlarının antibiyotik direncinin ve genetik özelliklerinin belirlenmesi
İdrar yolu enfeksiyonunda patojenik Escherichia coli suşlarının antibiyotik direnci ve genetik özelliklerinin belirlenmesinde toplanan 30 idrar örneğinin %66,66 oranında kadınlardan, %33,33 oranında ise erkeklerden üro-patojenik E. coli izole edilmiştir. Örneklerden elde edilen 30 izolatın %73,30 oranındaki kısmı iki ila on üç antibiyotiğe karşı direnç göstermiştir. Yapılan antibiyogram tesitinde izolatların sırasıyla trimetoprim+sülfametoksazole (17) %56,66 oranında, siprofloksasin ve gentamisine (14) %46,66 oranında ve ampisilin/sulbaktam ve sefiksimin (9) %30,00 oranında direnç gösterdiği belirlenmiştir. Bunun yanı sıra ertapeneme 93,33 oranında, imipeneme %96,33 oanında ve meropeneme ise %100 oranında hassas oldukları belirlenmiştir. Resistans geliştirdiği tespit edilen 5 suşun tüm genom dizileme (WGS) düzeneği, izolat 1 için 5,24 Gbp, izolat 2 için 5,20 Gbp izolat 3 için 5,25 Gbp, izolat 4 için 5,25 Gbp ve izolat 5 için 5,36 Gbp olarak bulunmuştur. Seçilen bu 5 dirençli suş içindeki direnç genlerini araştırmak için, web tabanlı platform verileri birden çok sınıfa ait 19 direnç geni göstermiştir. Bunlardan β-laktamaz (blaTEM-1B, blaCTX-M-15 ve blaOXA-1) çeşitli nesillerde sefalosporinlere karşı dayanıklı bulunmuştur. sul1, sul2, dfrA17 ve dfrA14 genleri trimetoprim+sülfametoksazole karşı, aph(3")-Ib, aph(3")-Ia, aph(6)-Id, aac(3)IId, aac(3)IIe, aac(6)-Ib-cr, aadA5 genleri aminoglikozidlere karşı, tet(B) ve tet(A) genleri tetrasiklinlere karşı, catA1 geni kloramfenkole karşı, qnrS1 florokinolonlara karşı ve mph(A) geni makroliglere karşı dirence sahip bulunmuştur. Florokinolonlar, gyrA, parC ve parE genlerindeki nokta mutasyonlarını kaçırmışlardır. Bu çalışmaya dahil edilen virülans faktör genleri (VF) bakımından izolat 1, %17,85 oranında, izolat 2 %15,47 oranında ve izolat 3 %14,28 oranında insidansa saip bulunmuştur. İzolat 4 %25 oranında, izolat 5 ise en yüksek insidans oranı ile %27,38 olarak bulunmuştur. İzolatların VF kategorisi; adhesins 12, demir alım sistemi 9, koruma ve istila, toksin 4 ve muhtelif protein 7 olarak dağıtılmıştır. Filogruplar dört ana türde sınıflanmış olup; izolat 1 ve izolat 4 B1 ve B2 olurken izolat 2, izolat 3 ve izolat 5 grup D'de aynı filogenetik grupta yer almışlardır.
Phlomoides moluccelloides (Bunge) Salmaki bitki ekstraktlarının in vitro terapötik potansiyelinin araştırılması
Günümüzde modern tıpta kullanılan birçok ilacın temelini şifalı bitkiler oluşturmaktadır. Bu nedenle daha önce çalışılmamış endemik bitki türlerinin biyolojik aktivitelerinin araştırılması ve literatüre kazandırılması önemlidir. Bu tez, Phlomoides moluccelloides (Bunge) Salmaki'nin toprak üstü ve kök bölümlerine ait metanol (MeOH) ve infüzyon ekstraktlarının antibakteriyel, anti-quorum sensing ve antiproliferatif aktivitelerini belirlemeyi amaçlamıştır. Antiproliferatif aktivite, MTT testi kullanılarak HeLa, MCF-7 ve MDA-MB-231 kanser hücre kültürü hatlarında araştırılmıştır. Ekstraktların minimal inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri, sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak bir takım referans bakteri suşlarına karşı değerlendirilmiştir. Ekstraktların anti-quorum sensing aktiviteleri, Pseudomonas aeruginosa PAO1 ve Chromobacterium violaceum ATCC 12472 bioraportör suşlarında viyolasin ve piyosiyanin pigment üretiminin inhibisyonu, biyofilm formasyonunun inhibisyonu ve yayılma hareketliliğinin (swarming motilite) inhibisyonu üzerine test edilmiştir. Kullanılan tüm ekstraktlar, MCF-7 hücre hattına karşı doza bağımlı antiproliferatif aktivite gösterirken, yalnızca toprak üstü kısmının MeOH ekstraktı HeLa ve MDA-MB-231 hücre hatlarına karşı doza ve zamana bağlı antiproliferatif aktivite göstermiş olup, toprak üstü kısmının infüzyon ekstraktı ise HeLa hücre hattına karşı doza ve zamana bağlı antiproliferatif aktivite sergilemiştir. En etkili sonuç, 48. saatte MCF-7 hücre hattında toprak üstü kısma ait MeOH ekstraktı için (IC50 = 875,7 µg/mL) belirlenmiştir. Tüm ekstraktların test edilen bakterilere karşı minimal inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri> 2000 µg/mL olarak tespit edilmiştir. Ekstraktların hepsinin P. aeruginosa PAO1'in swarming hareketliliğini kısmen inhibe ettiği belirlenmiştir. Ayrıca toprak üstü kısma ait MeOH ekstraktı, bakteri üremesini durdurmadan piyosiyanin üretimini %81,7 oranında engellemiştir. Biyofilm oluşumu ve viyolasin pigmentlerinin üretimi söz konusu olduğunda ise ekstraktlar önemli bir inhibe edici etki göstermemiştir. Bulgular, P. moluccelloides'in kanser hücreleri üzerinde antiproliferatif bir etkiye ve iyi bir anti-quorum sensing ajanı olma potansiyeline sahip olduğunu göstermektedir. Bu biyolojik aktivitelere sebep olan mekanizmaların aydınlatılması için ileri analizlerin gerçekleştirilmesi önerilmektedir
Bitkilerde ekspansin gen ailesinin biyoinformatik analizleri ve veritabanı oluşturulması
Bitkiler yeryüzünde kendi besinini üreten ökaryotik canlılardır. Bitkiler aleminde çok fazla organizma bulunmaktadır ve canlıların yaşam kaynağı olan oksijenin üretilmesinden sorumludurlar. Bu da bitkileri solunum yapan canlılar için önemli kılmaktadır. Bitki hücrelerinde bulunan hücre duvarı, bitkiye destek sağlayan, turgor basıncına karşı hücreye esneklik katan ve en dış katmanda bulunan selülozik bir yapıdan oluşmaktadır. Hücre duvarı biyotik ve abiyotik birçok etmenden etkilenmektedir. Ekspansinler, hücre duvarına etki eden ve genişlemesini sağlayan bir protein ailesidir. Tüm bitkilerde ve hücre duvarının bulunduğu diğer canlılarda ifade edilmektedir. pH'a bağımlı olmak koşuluyla hücre duvarının genişlemesi yönünde etki göstermektedir. Bitkilerde; hücre büyümesi, meyve olgunlaşması, tohum çimlenmesi gibi gelişimsel süreçlerde görev aldığı bilinmektedir. Ekspansin gen ailesi dört alt aileye ayrılmaktadır. Bunlar; alfa expansin (EXPA), beta ekspansin (EXPB), alfa benzeri ekspansin (EXLA) ve beta benzeri ekspansindir (EXLB). Bu tez çalışması kapsamında toplam 70 adet bitkide bulunan ekspansin genlerine ait gen yapılarının, korunmuş motiflerin belirlenmesi, tahmini üç boyutlu yapılarının gösterilmesi gibi biyoinformatik analizler gerçekleştirilmiştir. Ayrıca ekspansinlerin hangi alt aileye ait olduğunun belirlenmesi amacıyla derin öğrenme yöntemi geliştirilmiştir. Yapılan analizlerin tamamı http://www.expansingenefamily.com/ adresinde veritabanı haline getirilmiştir. 'Expansin Gene Family' veri tabanı, çevrimiçi ücretsiz erişim sağlanabilen uluslararası bir veritabanıdır. Bu çalışma ile ekspansin gen ailesine yönelik çok geniş kapsamlı bir veri tabanı oluşturulmuş olup ekspansin genleri ile çalışmak isteyen bilim insanları için öncü bir çalışma niteliği taşımaktadır.
Irak Felluce'deki meme kanseri vakalarının incelenmesi
Dünya'da birçok kadını etkileyen meme kanseri, Orta Doğu'da önemli bir sağlık sorundur. BRCA1 ve BRCA2 dahil olmak üzere meme kanseri ile ilişkili genler, bu yıkıcı hastalıkla mücadelede iyi bilinen isimler haline gelmiştir. Vücuttaki tümörlerin büyümesini baskılamaya yardımcı olan proteinler üreten bu genlerin, meme kanseri gelişme riskini arttırmaktadır. Çalışmada 8 hastaya kimyasal testler, PCR ve Sanger dizileme analizleri uygulanmıştır. Hemogram verilerinde, her iki aile içerisindeki değerleri yakın bulunmuştur. BRCA1-ex10a amplifikasyonu ve BRCA1-ex10b amplifikasyonu sonuçlarının benzer olduğu görülmüştür. Bu çalışmada, meme kanserli Iraklı deneklerde yedi SNP'nin (rs16941, rs799917, rs1799950, rs55906931, rs778359104, rs786203979 ve rs2053655843) belirgin bir yaygınlık gösterdiği bulunmuştur. Halihazırda tanımlanmış SNP'lerin her birinin, meme kanserinin başlangıcı ve gelişimi ile olası etkileşiminin doğasını değerlendirmek için ayrı ayrı gösterilmiştir. 8 örnek için 7 SNP Sanger dizisi ile sekanslama yapılmıştır. Bu analiz BRCA1 geni ID: 672 ile gerçekleştirilmiştir. BRCA1 geninde tanımlanan rs16941 SNP, meme kanseri riski ile ilgili olarak kapsamlı bir şekilde incelenmiştir. BRCA1 geninde tanımlanan rs1799950 SNP, artan meme kanseri riski ile çelişkili ve karmaşık ilişkilere sahip olduğu görülmüştür. Tespit edilen BRCA1-rs55906931 SNP, alternatif G alleli çok düşük bir oluşumuna sahiptir. Tespit edilen BRCA1-rs778359104'un, BRCA1 geninin kodlama dizilerinde yer alan nadir bir hatalı SNP olduğu görülürken, tespit edilen BRCA1-rs786203979'un, BRCA1 kodlu protein üzerinde yanlış bir etki ile BRCA1 geninin kodlama dizilerinde yer alan nadir bir SNP olduğu belirtilmiştir. Bu çalışmada en son tanımlanan rs2053655843 SNP, BRCA1 kodlu protein üzerinde yanlış bir etki ile BRCA1 geninin kodlama dizilerinde yer alan nadir bir SNP olduğu görülmüştür. BRCA1 geninde tanımlanan rs16941, rs799917, rs1799950, rs55906931, rs778359104, rs786203979 ve rs2053655843 SNP'leri meme kanseri gelişme riskinin artmasıyla ilişkilendirilebilse de, bu SNP ile meme kanseri riski arasındaki ilişki karmaşık ve çok faktörlü olduğu tespit edilmiştir. ANAHTAR KELİMELER:Meme kanseri, BRCA1, BRCA2, PCR, SNP, genetik
QTL haritalama yöntemlerinin geçerliliği üzerine bir simülasyon çalışması
Bu çalışma QTL analiz yöntemleriyle yapılan tahminlerin geçerliliğini araştırmak üzere yapılmış bir simülasyon çalışmasıdır. Bilgisayarda R yazılım ile yapılan simülasyon programı ile lokusların yeri ile ilgili çeşitli senaryolara uygun çeşitli genişlikte örnekler üretilmiştir. Çalışma sonunda farklı senaryolar için farklı sonuçlar bulunmuştur. Programın her çalışmasında sonuçlar tesadüfi değişiklikler gösterecektir. Çalışma sonunda, lokuslar yakın olduğu zaman tahminin daha sapmasız olduğu, örnek genişliği arttıkça tahminin etkinliğinin arttığı bulunmuştur.
Belirli bir dna dizisi bakımından popülasyonlar arası farklılık üzerine bir simülasyon çalışması
Bu çalışma belirli bir DNA dizisi bakımından populasyonlar arası farklılık üzerine bir simulasyon çalışmasıdır. R'da yazılan simulasyon programıyla aynı müşterek cedden dolayı özdeş iki dizi farklı sayıda generasyonlar boyunca karşılaştırılmıştır. İki mutasyon hızı kullanılmıştır. Mutasyon hızı tahminlerinin, generasyon sayısı arttıkça, etkinliğinin ve sapmasızlığının arttığı görülmüştür.
Genetik analizlerde kullanılan istatistik yöntemler
Bilimin hemen her alanında araştırma sonuçlarının değerlendirilmesinde İstatistik yöntemlerin kullanılmasına ihtiyaç duyulur. Çünkü bilimsel araştırmaların çoğunda elde mevcut araştırma materyalinin, hipotetik bir populasyonu temsil etmesi, o populasyondan bizim araştırma materyalimiz gibi bir tesadüf örneği çekme ihtimali ne kadar büyükse o kadar mümkündür. Genetik araştırmalarda da, elde mevcut materyalin belirli bir genetik kurala uygunluğunun test edilmesi, farklı populasyonların genetik yapılarının karşılaştırılması gibi istatistik yöntemlere başvurulmasını gerektiren analizler söz konusudur. Bu tezin amacı, genetik çalışmalarda kullanılan istatistik yöntemleri bir araya getirerek sunmaktır. Bu amaca uygun olarak, genetik analizlerde kullanılan istatistik yöntemlerle ilgili kaynaklar taranmış ve belirli bir düzene sokularak sunulmuş, özellikle belirli DNA dizileri bakımından populasyon içinde ve populasyonlar arasında farklılıkları analiz etmek üzere geliştirilmiş olan testler üzerinde durulmuştur.
Taşköprü tekçam sarıçam (Pinus sylvestrıs L.) klonal tohum bahçesinde ibre element analiz yöntemiyle genetik çeşitliliğin belirlenmesi
Günümüzde çağdaş ormancılık uygulamalarının en önemli amacı birim alandan en az masrafla en yüksek kalite ve miktarda hammadde üretmektir. Ormancılık çalışmalarında verimliliği artırmanın en temel yollarından biri ağaç ıslahı çalışmalarıdır. Islah çalışmaları ile ormanların büyüme hızını artırmak, biyotik ve abiyotik zararlılara karşı dirençli bireyler ve popülasyonlar yetiştirmek mümkün olmaktadır. Bunun için ormanların genetik çeşitliliğinin ve genetik yapılarının belirlenmesi büyük önem arz etmektedir. Ayrıca küresel ısınmaya ve hızla değişen yetişme ortamı koşullarına karşı türlerin adaptasyon sağlayabilmesi için genetik çeşitlilik oldukça önemlidir. Tohum bahçeleri, ağaç ıslahı çalışmaları kapsamında tesis edilen önemli ıslah tesislerinden birisidir. Tohum bahçelerinin kuruluş amacı; tohum ihtiyacının ıslah edilmiş kaynaklardan karşılanmasını sağlamaktır. Bu nedenle tohum bahçelerinde en çok dikkat edilmesi gereken husus genetik çeşitliliğin korunmasıdır. Çünkü genetik çeşitlilik gelecekte olması muhtemel risklere karşı türün sigortasıdır. Bunun için tohum bahçelerinde genetik çeşitliliğin belirlenmesi amacıyla birçok çalışma yapılmıştır. Ancak yapılan çalışmaların çoğu morfolojik karakterler kullanılarak yapılan çalışmalardır. Bu araştırmada ise tohum bahçesindeki genetik çeşitlilik, ibre element konsantrasyonlarına bakılarak değerlendirilmiştir. Yapılan bu çalışmada ilk defa bitki besin elementleri genetik çeşitliliğin belirlenmesinde kullanılmıştır. Ayrıca yapılan araştırmada besin elementlerinin antagonistliği ve klonlarda birikim oranları da incelenmiştir. Yapılan çalışmada Taşköprü Tekçam Sarıçam tohum bahçesinde 30 klonun 8 rametinden 3 tekerrürlü olarak toplam 240 adet ağaç rastgele örneklenmiştir. Bitkilerde makro ve mikro besin elementi olarak kullanılan elementler üzerinde çalışılmıştır. Ayrıca tohum bahçesinden toprak numuneleri de alınmıştır. Alınan örnekler ilk olarak laboratuvarda yıkama işlemine tabi tutulmuş ve sonrasında örneklerde iki farklı kurutma işlemi uygulanmıştır. Kurutmanın ardından eritiş yöntemi ile örnekler hazırlanmış ve ardından ICP-OES cihazı ile element konsantrasyon analizleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen sonuçlar Minitab 18 paket programı yardımıyla varyans analizi ve Tukey testi ile değerlendirilerek klonlar ve rametler arası farklılıklar element konsantrasyonlarına bağlı olarak belirlenmeye çalışılmıştır. Elde edilen bulgularda çalışılan elementler bakımından klonlar ve rametler arasında p<0,05 olasılık düzeyinde önemli farklılıklar olduğu tespit edilmiştir.
Taşköprü Elekdağ Tarım İşletmesinde yetiştirilen buzağıların büyüme ve gelişme özelliklerinin incelenmesi
Bu araştırma Kastamonu/Taşköprü ilçesinde Özel Elekdağ Tarım İşletmesinde 01.01.2023- 31.12.2023 arasında doğan 192 Siyah Alaca (Holstein) ve 348 Simmental (Sarı Alaca) olmak üzere toplam 540 adet buzağının doğum ağırlığı, sütten kesim ağırlığı ve günlük ağırlık artışının incelemesi amacıyla yapılmıştır. Bu özellikleri etkileyen çevresel faktörler: cinsiyet, ırk, buzağılama mevsimi, kolostrum içme şekli olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak ortalama doğum ağırlığı, sütten kesim ağırlığı ve günlük canlı ağırlık artışı sırasıyla 36,47±0,182 kg, 90,16±0,601 kg, 0,73±0,008 kg/gün olarak tespit edilmiştir. Erkek buzağıların doğum ağırlığı ortalaması 37,71±0,302 kg, dişi buzağıların ise 35,41±0,197 kg olarak ölçülmüştür. Sütten kesim ağırlığı ortalaması erkeklerde 93,79±0,916 kg, dişilerde ise 87,08±0,749 kg bulunmuştur. Günlük canlı ağırlık artışı ortalamaları erkeklerde 0,76±0,013 kg/gün, dişilerde ise 0,71±0,011 kg/gün' dür. Cinsiyetin buzağı doğum ağırlığı üzerindeki etkisi çok önemli (P<0,01), sütten kesim ağırlığı üzerindeki etkisi önemli (P<0,05), günlük canlı ağırlık artışı üzerindeki etkisi ise önemsiz olmuştur. Irkın doğum ağırlığı, günlük ağırlık artışı ve sütten kesim ağırlığına etkisi önemsizdir. Kolostrum içme şekli doğum ağırlığı, sütten kesim ağırlığı ve günlük canlı ağırlık artışı için önemsiz, buzağılama mevsimi ise çok önemli (P<0,01) bulunmuştur.
Eupatorium cannabinum bitki ekstraktlarının biyolojik aktivitesinin araştırılması
Geleneksel tıpta çeşitli hastalıkların tedavisi için kullanılan bitkilerin, biyolojik aktivitelerinin tespit edilmesi modern tıpta ilaç hammadde kaynağı olarak değerlendirilmesi için önemlidir. Çalışmada, Eupatorium cannabinum bitkisinin toprak üstü kısımlarından maserasyon ve ultrasonikasyon yöntemleriyle hazırlanan etil asetat, metanol ve su ekstraktlarının antikanser, antimikrobiyal, anti-quorum sensing (anti-QS) ve anti-biyofilm aktiviteleri test edilmiştir. Ekstraktların antikanser aktivitesi, PC-3 prostat kanseri ve HeLa rahim ağzı kanseri hücre hatları üzerinde 3-(4,5-dimetiltiyazol-2-il)-2,5-difenil tetrazolyum bromid yöntemi (MTT) ile araştırılmıştır. Araştırma sonucu hücre canlılığında PC-3 ve HeLa hücre hatlarında en etkili düşüş ultrasonikasyon etil asetat ekstraktında tespit edilmiş, 48. saat sonunda sırasıyla IC50 değerleri 22,03 μg/mL ve 114,2 μg/mL olarak hesaplanmıştır. Ekstraktların referans mikroorganizma suşları üzerine antimikrobiyal etkinlikleri disk difüzyon yöntemi ile belirlenmiştir. Ekstraktların test edilen konsantrasyonlarda mikroorganizma suşlarına karşı antimikrobiyal etkisi tespit edilmemiştir. Anti-QS aktivitenin belirlenmesi için ekstraktların Chromobacterium violaceum CV026 mutant suşu kullanılarak viyolasin pigment üretimi üzerine inhibitör etkinliği araştırılmıştır. Anti-biyofilm aktivitenin belirlenmesi için ekstraktların Staphylococcus aureus ATCC 25923 suşu üzerine biyofilm oluşumunu inhibe etme ve oluşmuş biyofilm tabakasını eradike etme etkinliği araştırılmıştır. Araştırma sonucunda maserasyon ve ultrasonikasyon yöntemleriyle hazırlanan su ekstraktlarının anti-biyofilm aktiviteye sahip olduğu tespit edilmiştir (p<0,05). Söz konusu ekstraktların biyofilm oluşumunu sırasıyla %53,7 ve %26,8 oranında inhibe ederken; biyofilm eradikasyonunu ise sırasıyla %55,2 ve %53,7 oranında gerçekleştirdiği tespit edilmiştir. Bitkinin ultrasonikasyon etil asetat ekstraktının düşük konsantrasyonda PC-3 hücre hattı üzerine antikanser aktiviteye sahip olması sebebiyle yeni antikanser ajan olma potansiyeli taşıdığı gözlemlenmiştir. Maserasyon ve ultrasonikasyon yöntemleri ile hazırlanan su ekstraktlarının ise anti-biyofilm ajanların geliştirilmesine katkıda bulunabileceği değerlendirilmektedir. Bitkinin antikanser ve anti-biyofilm ajan olma potansiyeli taşıması sebebiyle çalışma, gelecekte etkili tedavilerin geliştirilmesine yönelik umut verici bir adım olarak kabul edilebilir.
Endemik Hypericum salsolifolium bitkisinin antikanser ve antimikrobiyal özelliklerinin incelenmesi
Bu tez çalışmasında, Hypericum salsolifolium bitkisinin toprak üstü kısımlarından elde edilen etil asetat, metanol ve su ekstraktlarının antikanser, antimikrobiyal ve anti-qourum sensing aktiviteleri belirlenmiştir. Ekstraktların antikanser etkisi MDA-MB-231 ve MCF-7 hücre hatları üzerinde MTT testi uygulanarak değerlendirilmiştir. En etkili sonuçlar MDA-MB-231 hücre hattı üzerinde etil asetat ekstraktında gözlemlenmiş olup, 48 saatlik süre sonunda IC50 değeri 270 µg/mL olarak hesaplanmıştır. MCF-7 hücre hattında ise en düşük IC50 değeri 24 saat sonunda etil asetat ekstraktında gözlenmiş ve 192,1 µg/mL olarak hesaplanmıştır. Antimikrobiyal aktivite 3 Gram (+), 6 Gram (-) bakteri ve bir maya üzerinde agar kuyucuk difüzyon yöntemi ile araştırılmıştır. Aktiviteye sahip ekstraktların minimal inhibitör konsantrasyon (MİK) ve minimal bakterisidal konsantrasyon (MBK) değerleri belirlenmiştir. Agar kuyucuk diffüzyon sonuçlarına göre en yüksek zon çapı Bacillus subtilis (11 mm) ve Staphylococcus aureus (8 mm) suşlarına karşı ölçülmüştür. Ekstraktların anti-quorum sensing aktivitelerini belirlemek için, viyolasin pigmenti üretimi ve biyofilm oluşumu üzerindeki inhibitör etkinlikleri sırasıyla Chromobacterium violaceum CV026 ve Staphylococcus aureus ATCC 25923 suşları üzerinde araştırılmıştır. Ekstraktlar viyolasin pigment üretimini inhibe edici etki göstermemiştir. Biyofilm oluşumunu en fazla inhibe eden ekstrakt %81,5 oranı ile etil asetat ekstraktı olmuştur. Etil asetat ve metanol ekstraktlarının yeni antikanser ajanları geliştirilmesi adına bir potansiyele sahip olduğu düşünülmektedir. Ayrıca, farklı kanser hücre hatları üzerinde ekstraktların etkinliğinin test edilmesi ileriki, çalışmalar için önemlidir. S. aureus suşunda biyofilm oluşumunu en çok inhibe eden etil asetat ekstraktı, ileriki çalışmalarda anti-biyofilm ajanı olarak kullanılabilir.
Farklı ekstraksiyon yöntemleriyle elde edilen Diplotaxis tenuifolia bitki ekstraktlarının antikanser ve antimikrobiyal potansiyelinin karşılaştırmalı olarak değerlendirilmesi
Bitkiler yeryüzünde ortaya çıktıktan sonra özellikle karasal ekosistemlerde besin piramidinin ilk basamağına yerleşerek heteretrof canlılar için yaşamın temelinde yer alan karbonun kaynağı olmuştur. Tarihin en eski zamanlarından bu yana insanlar değişik amaçlar için bitkileri kullanmış, incelemiş ve tanıtmak için gayret göstermişlerdir. Bu tez çalışması kapsamında, Diplotaxis tenuifolia bitkisinin toprak üstü kısımlarından maserasyon ve ultrasonikasyon yöntemleriyle izolasyon sonucu elde edilen etil asetat (EA), metanol (MeOH) ve su ekstraktlarının antikanser, antimikrobiyal ve anti-Quorum Sensing (anti-QS) aktiviteleri araştırılmıştır. Test edilen ekstraktların antikanser aktivitesi PC-3 ve MDA-MB-231 kanser hücre hatları üzerine MTT yöntemi ile değerlendirilmiştir. Antibakteriyel aktiviteleri insan patojenlerini temsil eden altı Gram-negatif, üç Gram-pozitif bakteri ile bir maya suşuna karşı disk difüzyon ve sıvı mikrodilüsyon yöntemleri ile araştırılmıştır. Ekstraktların anti-QS aktiviteleri ise Chromobacterium violaceum CV026 biyosensör suşunda viyolasin pigment üretimi üzerine inhibitör etkinliği yarı-katı agar yöntemi ile, anti-biyofilm aktivitesi Staphylococcus aureus ATCC 25923 suşuna karşı kristal viyole yöntemi kullanılarak test edilmiştir. Sonuç olarak her iki hücre hattı için 48 saat sonunda en düşük canlılık oranı (%2,0-%2,8) EA ekstraktlarının 1000'er µg/mL konsantrasyonunda saptanmıştır. IC50 değerleri ise MDA-MB-231 ve PC-3 hücre hatlarına karşı sırasıyla 304,4 µg/mL ve 313 µg/mL şeklinde hesaplanmıştır. Çalışılan konsantrasyonlarda bitkinin yalnızca ulstrasonikasyon metodu ile hazırlanan EA ekstraktının Bacillus subtilis'e karşı zon çapı oluşturduğu tespit edilmiştir. Minimal inhibitör konsantrasyon (MİK) ve minimal bakterisidal konsantrasyon (MBK) değerleri ise 1000'er µg/mL olarak tespit edilmiştir. Ekstraktların viyolasin pigment üretimi üzerine inhibitör etkinliği gözlenmezken biyofilm formasyonunu %81,9 oranına kadar inhibe ettikleri belirlenmiştir. Bulgular D. tenuifolia ekstraktlarının umut vadeden terapötik özelliklere sahip olduğunu göstermiştir. İleriki çalışmalarda ekstraktların fitokimyasal analizinin gerçekleşmesi ve biyolojik aktivtelerden hangi bileşiğin veya bileşiklerin sorumlu olduğunun belirlenmesi önerilmektedir.
Kenevir bitkisinde agronomik açıdan önemli genlerin biyoinformatik yöntemler ile belirlenmesi
Bu çalışma, yerli kenevir (Cannabis sativa L.) çeşitleri olan "Narlı" ve "Vezir"de brassinosteroidlerin (BR) ve BR inhibitörü brassinazole'un (BRZ) etkilerini morfolojik açıdan incelemiştir. Diğer yandan, Cannabis sativa türüne özgü TF proteinlerini içeren bir veri tabanı oluşturulmuş, Cannbio-2 genom birleştirmesinde korunmuş peptid domainleri ile belirlenmiş 57 TF ailesine ait toplam 1.323 TF geni tanımlanmış ve biyoinformatik yöntemler kullanılarak karakterize edilmiştir. Kromozomal lokasyonları, gen yapıları, peptidlerinin fizikokimyasal özellikleri, korunmuş peptid motifleri, filogenetik ilişkileri, tahmini 3 boyutlu peptid yapıları, dizi bilgileri biyoinformatik analizler ile belirlenmiş ve veritabanına yüklenmiştir. Cannabis sativa genomunda kodlanan tüm TFlerin tahminlemesini yapabilmek amacıyla bir hibrit derin öğrenme modeli geliştirilmiştir. Bu model, Word2Vec tabanlı dizi temsilini Convolutional Neural Networks (CNN), çift yönlü Geçitli Tekrarlayan Birim (BiGRU) ve Dikkat mekanizmasıyla birleştirmiştir. Model, 13.499 peptitlik veri seti ile eğitilmiş; %97,80 doğruluk ve %97,74 F1-skora ulaşarak, bu proteinlerin sınıflandırılmasında mevcut yöntemlere göre üstün bir performans sergilemiştir. Narlı ve Vezir çeşitleri kontrollü koşullarda yetiştirilmiştir. Farklı gelişimsel dönemlerde uygulanan BR ile BRZ, bitki boyu ve teknik sap uzunluğu parametrelerini anlamlı şekilde etkilemiştir. Erkek bitkiler, dişilere kıyasla BR uygulamasına özellikle daha güçlü yanıt vermiştir. Erkek bitkiler, dişilere oranla BR uygulamalarına daha güçlü bir yanıt vermiş, bu da potansiyel lif veriminde artışa işaret etmiştir. BR uygulamaları, bitki boyu ve teknik sap uzunluğu gibi büyüme parametrelerini artırırken, BRZ uygulaması bu etkileri baskılamıştır. Bu bulgular, kenevir tarımı ve brassinosteroidlerin tarımsal uygulamalardaki potansiyel kullanımları için yeni ufuklar sunmaktadır. Ayrıca, bu çalışma kapsamında geliştirilmiş biyoinformatik araçlar ve derin öğrenme tabanlı sınıflandırma modeli, kenevir genomunda yer alan TF genlerinin kapsamlı ve yüksek doğrulukla tanımlanmasına imkân tanımıştır. Bu yaklaşım, gelecekte lif gelişimi, stres toleransı ve metabolik düzenleme gibi konularda kenevirin genetik temellerini aydınlatacak ileri çalışmalar için stratejik bir başlangıç noktası oluşturmaktadır.
Bazı şeker pancarı genotiplerinin çimlenmesi ve fide gelişimi üzerine nano partiküllerin etkisinin belirlenmesi
Bu araştırma, doğada yaygın olarak bulunan ve biyolojik sistemler üzerinde geniş spektrumlu etkiye sahip iki farklı nanopartikülün (ZnO ve CuO) çeşitli konsantrasyonlarının şeker pancarı çeşitleri (Kuzgun kaplı ve Kuzgun kapsız) üzerindeki çimlenme ve fide gelişimi üzerindeki etkilerini belirlemek amacıyla gerçekleştirilmiştir. Çalışma, 2025 yılında Kastamonu Üniversitesi Veteriner Fakültesi laboratuvarında yürütülmüştür. Laboratuvar ortamında, şeker pancarı genotiplerine ait tohumların yüzey sterilizasyonu %1 sodyum hipoklorit çözeltisinde 10 dakika bekletilerek yapılmış, ardından beş kez distile su ile yıkanıp kurutulmuştur. Hazırlanan tohumlar, kontrol grubu ve 300, 600, 900, 1200, 1500, 1800 ve 2100 mg/l konsantrasyonlarındaki ZnO ve CuO çözeltilerinde 18 saat süreyle bekletilmiştir (Gül vd., 2024). İşlem sonunda, tohumlar üç kez saf su ile yıkanarak filtre kağıtları üzerinde tamamen kuruyana kadar bekletilmiştir. Deney kapsamında, her petri kabına 20 tohum olacak şekilde üç tekerrürlü ekim yapılmıştır. Her nanopartikülün yedi farklı dozu ve kontrol grubu olacak şekilde düzenlenen bu deneyde, tohumlar çimlenme süreci için karanlık bir ortama yerleştirilmiştir. Deney süresince her gün çimlenen tohumların sayımı yapılmış, petri kaplarındaki filtre kağıtlarının nem düzeyi kontrol edilerek gerekli düzenlemeler sağlanmıştır. Petri kaplarında yapılan gözlemler, steril torf ortamında viyollerde gerçekleştirilen ekimlerle paralel olarak izlenmiştir. Viyollerde yürütülen çalışma, yaklaşık 18 °C sıcaklığa sahip oda koşullarında gerçekleştirilmiştir. Araştırma bulgularına göre, uygulanan nanopartiküller ve farklı dozları incelenen tüm parametreler üzerinde anlamlı etkiler göstermiştir. Çimlenme oranı hariç, nanopartikül konsantrasyonlarının kök uzunluğu, kök çapı, sürgün uzunluğu ve kök ağırlığı gibi büyüme parametreleri üzerinde önemli değişimlere neden olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, farklı nanopartikül türleri ve benzer konsantrasyon aralıklarının kullanıldığı çalışmaların tekrarlanması ve daha geniş kapsamlı araştırmaların yapılması önerilmektedir.
Kastamonu Araç ilçesinde yetişen yaşlı ceviz ağaçlarının belirlenmesi
Bu araştırma Kastamonu Araç İlçesinde tohumdan yetişmiş yaşlı ceviz ağaçlarının belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Çalışmada Araç İlçesi Köylerinde yaşlı ceviz ağaçları araştırılmış olup; Çavuş, Dereçatı, Yenice, Yurttepe, Huruçören, Doğanca ve Toygaören Köylerinde asırlık ceviz ağaçları bulunmuş ve kayıt altına alınmıştır. Bu Köylerde yüz yaşını aşkın 46 adet ceviz ağacı belirlenmiştir.
LEA (Late embryogenesıs abundant) genlerinin kavun (Cucumis melo L.) ve karpuz (Citrullus lanatus) türlerinde tanımlanması, biyoinformatik analizleri ve kuraklık stresi altında gen ifade analizlerinin incelenmesi
LEA genleri çeşitli stres faktörlerine karşı önemli fonksiyonlara sahip olan geç yanıt veren genlerdir. Kavun ve karpuz genomları yayınlanmış olmasına rağmen LEA gen ailesi ile ilgili çalışmalar yok denecek kadar azdır. Bu çalışmada kavun ve karpuz türlerindeki LEA gen ailesi üyeleri biyoinformatik programlarla kapsamlı bir şekilde incelenmiştir. Kavunda 61, karpuzda ise 73 LEA geni tanımlanmıştır. En yüksek ortolog gen oranları kavun ile soya arasında %63, karpuz ile kavak arasında %71 ilişki saptanmıştır. Diğer türlerdeki LEA genleriyle segmental ve tandem duplikasyonlar belirlenmiştir. İki tür için korunmuş miRNA'lar in silico olarak analiz edilmiştir. Kavunda 21 farklı miRNA'nın 21 CmLEA geni; karpuzda ise 22 farklı miRNA tarafından 21 ClLEA geninin hedeflendiği görülmüştür. İki türün SRA veritabanından transkriptom analizi yapılmıştır. Kavunun farklı çeşitlerinde tuz stresi altında CmLEA genlerinin ifadesinin çoğunlukla arttığı gözlenmiştir. ClLEA genlerinin ifade seviyesinin floem dokudakilerin vasküler dokulardakine göre arttığı tespit edilmiştir. Ayrıca bu çalışmada kuraklık stresi altında LEA gen ailesi üyeleri olan kavunda CmLEA 42, CmLEA 43; karpuzda ise ClLEA 46, ClLEA 48'in gen ifade seviyesi Real Time PZR analizi ile incelenmiştir. İki bitki türünde kuraklık stresi altında yaprak ve köklerden 0., 3., 12. ve 24. saatte örnekleme yapılmıştır. Eş zamanlı PZR sonuçlarına göre yaklaşık olarak kavunda CmLEA 42 geni yaprakta 24. saatte 4 kat; kökte 3. saatte 1,5 kat; CmLEA 43 geni 24. saatte yaprakta 2,5 kat, kökte 24. saatte 3 kat gen ifadesi artmıştır. Karpuzda ise ClLEA 46 geni yaprakta 3. saate 2,5 kat, kökte 12. saatte 1,2 kat; ClLEA 48'de ise yaprakta 3. saatte 1,2 kat, kökte 3. ve 24. satte 1,5 kat bir artış göstermektedir. Çalışmamız LEA genlerinin, kavun ve karpuzda kuraklığa yanıt mekanizmasının açığa çıkarılmasında öncü bir çalışma olabileceği gibi gelecekteki çalışmalara da farklı bir perspektif oluşturabilir.
LEA (Late embryogenesis abundant) genlerinin salatalık (Cucumis sativus L.) genomunda belirlenmesi, biyoinformatik analizleri ve kuraklık stresi altında gen ifade profillerinin çıkarılması
LEA proteinleri (late embryogenesis abundant) ilk olarak tohumlarda keşfedilmiş ve daha sonra farklı bitki türlerinin vejatatif dokularında belirlenmiştir. Salatalık bitkisinde genom seviyesinde farklı gen aileleri belirlenmiş olsa da, LEA genlerinin belirlenmesine yönelik böyle bir çalışma şu ana kadar yapılmamıştır. Salatalık genomunda toplam 79 LEA geni belirlenerek salatalık kromozomlarına yerleştirilmiştir. Genler kromozomlar üzerindeki yerleşimlerine göre CsLEA-01' den CsLEA-79' a kadar isimlendirilmiştir. Salatalıkta 44 adet CsLEA geninin intron içermediği saptanmıştır. Filogenetik olarak, CsLEA genleri 7 sınıfa ayrılmıştır. CsLEA genlerine ait en fazla tandem duplikasyon olayı 3 numaralı kromozom üzerinde olup, CsLEA genlerinin yaklaşık %70'inde bu olay gözlemlenmiştir. CsLEA genlerinin maksimum ortolog ilişkisinin %81 ile kavak genomunda bulunan LEA genleri ile olduğu belirlenmiştir. Mikro-RNA (miRNA) analizine göre, 37 adet CsLEA geni farklı miRNA' lar tarafından hedeflenmiş olup, özellikle mir854 ve mir414 en fazla belirlenen miRNA' lardır. RNA-seq verisi, salatalığın farklı dokularındaki CsLEA gen ifade analizleri için kullanılmıştır. Ayrıca, kuraklık stresi uygulanmış salatalık kök ve yaprak dokularında 10 adet CsLEA geninin ifade değişiklikleri Eş Zamanlı PZR ile incelenmiştir. Bunların arasında, CsLEA-54 geni hem yaprak hem de kök dokusunda stres uygulamasından sonra uyarılmıştır. CsLEA09, CsLEA-32, CsLEA-57 genleri ise kuraklık stresinin 3. saatinin sonunda cevap oluşturmuş ve bu genlerin su kıtlığı durumunda erken cevap oluşturabileceği düşünülebilir. Çalışmamızın CsLEA genlerinin, salatalıkta kuraklık tolerans mekanizmasını anlamamıza yardımcı olacağı ve yeni çalışmalara farklı bir bakış açısı oluşturacağı düşünülmektedir.
Kastamonu ilindeki gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss) işletmelerinin mikrobiyolojik olarak incelenmesi
Kastamonu ilinde faaliyet gösteren Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı tarafından ruhsatlandırılmış ve tesislerinde örneklemelerin yapıldığı dönemlerde porsiyonluk (250 g) balık bulunduran gökkuşağı alabalığı üretim çiftliklerinin mikroaerofilik patojen bakteri florası incelenmiştir. İşletmelerden aylık olarak örneklemeler yapılmıştır. Balık çiftliklerinden alınan örnekler steril buz dolu kaplar içerisine konularak ve laboratuvara getirilmiştir. Laboratuvarda balıkların dış muayeneleri yapıldıktan sonra, insizyon yolu ile balıkların hematopoetik dokularından bakteriyolojik incelemeler için örnek alınmıştır. İşletmelerden alınana balık numunelerinden, balıklarda patojen olduğu bilinen Aeromonas hydrophila, Lactococcus garviae, Vibrio anguillarum ve Vibrio fluvialis bakterileri izole edilmiştir. İşletmelerin üretim sularından alınan su örneklerinden ise patojen bu bakteriler dışında Burkholderia cepacia, Pseudomonas aeruginosa and Pseudomonas fluorescens baterileri izole edilmiştir.
Kastamonu içme suyunu sağlayan Karaçomak göletinin mikrobiyolojik ve kimyasal yönden incelenmesi
Yapılan bu çalışmanın amacı; Kastamonu ilinin içme suyu ihtiyacını karşılayan Karaçomak Baraj Göleti suyunun kimyasal ve mikrobiyolojik olarak incelenmesidir. Bu maksatla Karaçomak Baraj Göletinde belirlenen dört faklı istasyondan alınan su örneklerinin insan içme kullanımı bakımından fizikokimyasal ve mikrobiyolojik incelemesi yapılmıştır. Kimyasal, fiziksel ve bakteriyolojik olarak incelenmesi yapılan su örneklerinden elde edilen sonuçlar Türkiye Cumhuriyeti Sağlık Bakanlığı (Türkiye Halk Sağlığı Kurumu) tarafından hazırlanan İnsani Tüketim Amaçlı Sular Hakkında Yönetmelik ve Dünya Sağlık Örgütü tarafından yayımlanan konu hakkındaki düzenlemeler ile karşılaştırılmıştır. Karaçomak Baraj Göletinde belirlenen istasyonlardan alınan örneklerde: Ortalama sıcaklık 4,45±0,75 ºC; pH 8,84±0,12; çözünmüş oksijen 9,90±1,30 mg L-1; toplam alkalinite 37,50±11,09 mg L-1; toplam sertlik 25,63±6,04 mg L-1; türbidite 4,69±5,96 FTU, toplam nitrat 0,50±0,28 mg L-1; nitrit 0,03±0,04 mg L-1; fosfat 0,18±0,095 mg L-1 ve amonyum 0.08±0.06 mg L-1 olarak ölçülmüştür. Yapılan mikrobiyolojik inceleme sonucunda toplam bakteri sayısı ortalama 115±124 cfu mL-1 olarak sayılmıştır. Ayrıca Karaçomak Baraj gölünden alınan örneklerden elde edilen bakteri izolatların Pseudomonas aeruginosa bakterisi olduğu tanımlanmıştır.
1,3,4-tiyadiazol türevlerinin DNA etkileşimlerinin ve antimikrobiyal aktivitesinin incelenmesi
Fosfor oksiklorit ile metoksi sinnamik asit türevleri ve feniltiyosemikarbazid türevlerinin reaksiyonuyla, 5-[(E)-2-(3-metioksifenil]vinil-N-[4'-nitrofenil]-1,3,4-tiyadiazol-2-amin (1), 5-[(E)-2-(2-metoksifenil]vinil-N-[4'-nitrofenil]-1,3,4-tiyadiazol-2-amin (2), 5-[(E)-2-(3-metoksifenil]vinil-N-[4'-metilfenil]-1,3,4-tiyadiazol-2-amin (3) ve 5-[(E)-2-(2-metoksifenil]vinil-N-[4'-metilfenil]-1,3,4-tiyadiazol-2-amin (4) molekülleri sentezlendi. Seçilen bakteriler için, antibakteriyel aktivite çalışıldı. Sentezlenen moleküllerin CT-DNA ile etkileşimin incelenmesi için UV-Vis spektroskopik yöntem kullanıldı. UV, FT-IR, 13C-NMR, 1H-NMR temel yöntemleriyle sentezlenen bileşikler karakterize edildi. Thermo Scientific MULTISKAN GO ile CT-DNA için soğurum pikleri 1 ve 4 bileşikleri için görüntülendi. Bileşiklerden 1 ve 4, klebsiella pneumonia ve Staphylococcus huminis üzerinde engelleme bölgeleri gösterirken, 1,3 ve 4 numaralı bileşiklerin, Staphylococcus epidermitis ve Alfa streptococcus haemolyticua üzerinde etkili olduğu görüldü. Bunlardan 1 ve 4 numaralı bileşikler ile CT-DNA arasında etkileşimin olduğu gösterildi. Anahtar Kelimeler: 1,3,4-Tiyadiazol, DNA.
Çörek otu, acı badem, haşhaş ve susamın soğuk pres yağlarının antimikrobiyal aktivitesi
Bu çalışmada, bazı şifalı bitkilerden soğuk pres yöntemi ile elde edilen aromatik yağların mikroorganizmalara olan etkisi ile kimyasal içerikleri GC-MS kullanirak incelenmiştir. Bu yağlar, çörek otu, susam, acı badem ve haşhaş bitkisinden soğuk pres yontemi ile elde edilmistir. Daha sonra çalismada Gram pozitif; Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Enterococcus faecium, Enterococcus faecalis, Klebsella subtilis, Bacillus subtilis bakterilerine ve Gram negatif; Salmonella typhimurium, Salmonella kentucky, Salmonella infantis, Salmonella enterocolitis, Escherichia coli, Enterobacter aerogenes, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas fluorescens bakterilerine ve Candida albicans mantarına karşı antimkrobiyal etki testleri yapılmıştır. Ayrıca elde edilen bu aromatik yagiarin kimyasal içerikleri GC-MS kullanırak incelenmiştir.
Tiyosemikarbazon türevlerinin DNA etkileşimlerinin ve antimikrobiyal aktivitesinin incelenmesi
Kanser hastalığının tedavisi için kullanılan kemoterapi büyük gelişmeler göstermiştir, ve araştırmacılar bu hastalıkla mücadele etmek için bugüne kadar görülmemiş ve daha etkili ilaçlar geliştirmektedirler. Tiyosemikarbazon ve Tiyosemikarbazidler, biyolojik uygulamalarda geniş bir yelpazeye sahiptir. Dana timüs DNA'sı ile üç farklı izatin tiyosemikarbazon çinko kompleksi etkileşimi, UV spektrofotometrisi çalışmaları kullanılarak incelendi. 1H-Indol-2,3-Diyone-3-(N-Fenil Tiyosemikarbazon), 1 H-Indol-2,3-Dione- 3- [N-(4-Nitrofenil)-Tiyosemikarbazon] ve 1H-Indol-2,3-Dione- 3- (N-Benzil Tiyosemikarbazon) ligandlarının çinko kompleksleri ile CT-DNA arasındaki etkileşimler, UV spektrofotometresi kullanılarak ve DNA konsantrasyonunun 0 μl'den 30 μl'ye arttırılması ile gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmalar, komplekslerin DNA'ya kenetlenme çalışmalarına bağlı olarak küçük oluklar içerisinden bağlandığını doğruladı. Buna ek olarak, DNA bağlanma çalışmalarını yürütmek, tüm moleküllerin DNA (Protein Data Bank'dan indirilmiş) ile etkileşimlerinde en çok tercih edilen modunu elde etmek için Discovery Studio 3.5 programı kullanılmıştır. İzatin Tiyosemikarbazonların türevleri ve metal komplekslerinin 16 bakteri ve 1 fungi türlerine karşı etkisi in vitro olarak değerlendirildi. Sonuçlar, çalışılan bileşiklerin beş tip test edilmiş bakteriye karşı farklı antibakteriyal aktivite ve in vitro olarak test edilen bazı bakteri türlerine karşı seftriakson ile iyi bir sinerjistiğe sahip olduğunu göstermiştir. Bu metal komplekslerin ligandlara kıyasla, bazı bakteri türlerine karşı, artan bir aktiviteye sahip olması ligandların geçiş metallerin koordinasyonuna katılmasından kaynaklanabilir.
Balık sepsis modelinde Echinacea purpurea özü etkisinin NBT, MPO, lizozim testinin kullanılarak araştırılması
Bu çalışma NBT, MPO ve lizozim testi kullanılarak balık sepsis modelinde bir Echinacea purpurea özü etkilerinin araştırılmasıdır. Sepsis akut hayatı tehdit eden klinik bir durumdur ve yoğun bakım ünitelerinde ölüm ana nedeni olmaya devam ettiği bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı, septik balığın sepsisin erken ve son aşamasında iken, Ekinezya purpurea (E. purpurea ekstresi) metanolik ekstrelerinin kısa süreli uygulamalarının bağışıklık sistemini uyarıcı etkilerini araştırmaktır. Sepsis modeli, ilk 7 gününde ve deney II yedinci günde sazan balığının bir türü olan Cyprinus carpio"a intraperitoneal olarak anaerobik gram negatif bakteri (Aeromonas hydrophila) enjekte edilerek oluşturulmuştur. Özler iki farklı konsantrasyonda (24 mg, 36 mg) oral Deney I ve Deney II, 18 gün boyunca sazan balığının Cyprinus carpio türüne (4,54 ± 0.1 g) uygulanarak çalışma yapılmıştır. Bu çalışmada kullanılan doz, düşük dozda (24 mg) olarak seçilmiştir. Bu dozdaki Echinacea purpureanın önemli ölçüde, solunum patlaması, miyeloperoksidaz ve lysozyme gibi spesifik olmayan bağışıklık parametrelerinin artışına neden olduğu bildirilmektedir.
Ceftriaoxone'un fenilalanin ve DNA ile etkileşiminin incelenmesi ve antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi
Ceftriaoxone ile fenilalanin arasındaki etkileşimin ve ceftriaoxone ile Calf-Thymus Deoksiribonükleik asit (CT-DNA) arasındaki etkileşimin absorpsiyonu belirlenmiş ve ceftriaoxone ve fenilalaninin seçilen bakteriler üzerindeki anti-bakteriyal aktiviteleri incelenmiştir. Farklı sıcaklıklar, inkübasyon süreleri ve PH değerlerinde ceftriaoxone ile fenilalanin etkileşimi Ultraviyole-visible spektrofotometre (UV) ile belirlenmiş olup, absorpsiyon değerleri birbirine çok yakındı. CT-DNA ile ceftriaoxone etkileşimi ise Ultraviyole-visible spektrofotometre (UV) ile fark edilebilir durumdaydı. Tek başına ceftriaoxone ve ceftriaoxone ile fenilalanin kombinasyonu, bu araştırmada kullanılan bakteriler üzerinde (Salmonella enteritidis ATCC 13076, Proteus mirabilis ATCC 25933, Staphylococcus aureus ATCC 43300 (MRSA), Sarcina lutea ATCC 9341, Salmonella typhimurium NRRLE 4463, Yersinia enterocolitica ATCC 1501) inhibisyon zonu göstermiştir, fakat tek başına fenilalanin inhibisyon zonu göstermemiştir. Sonuçlarımız, CT-DNA ile ceftriaoxone arasındaki etkileşim mekanizmalarını çözmeye yönelik olarak fikir verici niteliktedir
5-fluoro- isatin tiyosemikarbozon türevlerinin DNA ile etkileşiminin incelenmesi ve antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi
5-Fluoro-isatin-3-(N-2-Fluoro fenil) tiyosemikarbozon, 5-Fluoro isatin-3-(N-4-Fluoro fenil) tiyosemikarbozon, 5- Fluoro fenil-3-(N-4-Nitro fenil) tiyosemikarbozon, 5- Fluoro fenil-3-(N-2-Fluoro fenil)-Zn tiyosemikarbozon, 5- Fluoro fenil-3-(N-4- Fluoro fenil)-Zn tiyosemikarbozon ve 5-Fluoro isatin-3-(N-4-Nitro fenil)-Zn tiyosemikarbozon, 5- Fluoro isatin tiyosemikarbazit türevlerinin reaksiyonu ile sentezlenmiştir. Seçilen bakteriler için antibakteriyal aktivite incelenmiştir. Sentezlenen bu moleküller ile buzağı timus DNA'nın (CT-DNA) etkileşimini incelemek için Ultraviyole-visible (UV-Vis) spektroskopik yöntem kullanılmıştır. Bileşikler (1-6), Serratia marrescens, Staphylococcus huminis, Staphylococcus edidermis ve Klebsiella pneumonia üzerinde inhibisyon zonları göstermiştir. Bileşikler (1-6), CT-DNA ile de etkileşim sergilemiştir. Bu bileşikler, CT-DNA ve mikroorganizmalar üzerindeki etkilerine göre potansiyel ilaçlar olabilir. Bunun yanında bu bileşiklerin in vivo aktivitesi ve toksisitesini değerlendirmek için ileri araştırmaların yapılması önerilebilir.
Acinetobacter baumannii OXPHOS inhibitörleri hakkında kuantum kimyasal ve QSAR çalışması
Bir pleomorfik aerobik gram negatif basil olan Acinetobacter baumannii, birçok antibiyotiğe dirençli hastanelerde bir salgına neden olan bir patojendir. Bir baumannii su organizmasıdır ve tercihan su ortamlarını kolonileştirmektedir. Bakteriyel kontaminasyon yara iyileşmesinin zayıflamasından kaynaklanmaktadır. Çözülmemiş bakteriyel enfeksiyonlar, yaranın kapanmasını inhibe eder ve alttaki dokuyu yok eder. Patojenik bakterilerin salgıladığı güçlü eksotoksinler ve proteazlar nedeniyle yaranın kapanmasını ve patojenik bakterilerin salgıladığı güçlü eksotoksinler ve proteazlar nedeniyle altta yatan dokuları yok eder Bu tezde, ATP formundaki enerji üretiminde önemli bir rol oynayan bakteriyel oksidatif fosforilasyon (OxPhos) sistemini seçici olarak hedefleyen bazı moleküllerin kuantum kimyasal özellikleri incelenmiştir. B3LYP yöntemi ile 6-311G` (d, p) ve 6-311 ++ G (2d, 2p) baz kümeleri ile yapılan kimyasal hesaplamalarla elde edilen en yüksek dolu moleküler orbital enerjisi (EHOMO), en düşük boş moleküler orbital enerjisi (ELUMO), Mulliken atomik yükler ve bağ uzunlukları değerlendirmiştir. Ayrıca global sertlik (), yumuşaklık (S), elektronegatiflik (), kimyasal potansiyel (), elektrıfilisite (ω) gibi tanımlayıcıların hesaplaması yapılmıştır. DRAGON yazılımını kullanarak, 3224 tanımlayıcılar, Geometrik,yapısal ve topolojik tanımlayıcılar atom merkezli parçalar, moleküler özellikler ve diğerleri orijinal değişkenler olarak hesaplanarak aktivite ile tanımlayıcılar aradında ilişki incelenmiştir.A.baumanii'ye karşı iyi bir antibakteriyel etki gösteren 1H-benzo[d]imidazoaul-2(3H)-imin alt türevlerınin kuantum kımyasal çalışmaları yapılarak moleküler yapı arasındaki ilişkiler 1 ila 12 arasındaki kimyasal bileşenler için doğrusal regresyon modeli kullanılarak yapılmış , 13 ila 29 arasındaki kimyasal bileşenler için ANNs yöntemi kullanılarak incelenmiştir.
Balık sepsis modelinde kurkumin özütü etkisinin, NBT, MPO ve lizozomal aktivite testleri ile araştırılması
Septisemi hastalığı ölümcül bir durumdur ve enfeksiyon yaralanmalarına vücudun tepki vereceği zaman ortaya çıkan yaşamı tehdit eder, çünkü kendisine ait organ ve dokular ölümün en yaygın sebebidir. Geleneksel ilaçlarda sepsis tedavisinde kullanılan birçok bitki, bağışıklık tepkilerini uyardığı görülmüştür ve bu tür bitkilerden birkaç etkin madde ayırmış ve izole edilmiştir.Bu çalışmada suni enfekte sazan (Cyprinus Carpio) balığındaki curcumin (Curcuma longa) ekstraktısının, Nitroblue tetrazolyum (NBT), miyeloperoksidaz (MPO) ve lizozim testi dahil olmak üzere spesifik olmayan bağışıklık parametrelerinin immün modülatör özelliklerini değerlendirmek için yapıldı. Ortalama 8 ± 2 g ağırlığındaki balık, deney 1'de 7 gün ve deney 2'de 18 gün boyunca 24 mg / kg ve 36 mg / kg'lık iki konsantrasyonda ekstre ile beslendi. Sağlıklı yaygın sazan balıkları, 1 × 108 CFUs / ml) A. hydrophila, deney 1 için ilk gün intraperitoneal enjeksiyon ile ve deney 2 sonrası beslenme için yedinci gün. Deney 1'de 1., 3. ve 7. günlerde ve deney 2'de 12, 15 ve 18. günlerde Nitroblübür tetrazolyum (NBT), miyeloperoksidaz üretimi (MPO) ve lizozim aktiviteleri belirlendi. Bulgular, belirgin değişikliklerin (p <0.05) Lizozim aktivitesinin istisnası dışında tüm deney gruplarının tüm örnekleme günleri için spesifik olmayan bağışıklık parametrelerinde (NBT, MPO) kontrol gruplarında diyet tedavilerinde önemli bir değişiklik (P> 0.05) bulunmadı.
Tıbbi ve aromatik bitkilerden elde edilen esansiyel yağların bazı balık patojenleri üzerine antimikrobiyal etkisi
Bu çalışmada, balık yetiştiriciliği için tehdit oluşturan ve ciddi ekonomik kayıplara neden olan ve ticari işletmelerden izole edilmiş dört patojen bakteri (Yersinia ruckeri, Citrobacter freundii, Lactococcus gravicae ve Edwardsiella tarda) üzerinde; Libya'da tıbbi ve aromatik bitki ticareti yapan bir firma tarafından Yeşil Vadi Bölgesi'den temin edilen 10 bitki türünden [Artemisia herba alba (pelin), Capparis spinosa (kapari), Globularia alypum (kürrevi), Matricaria chamomilla (papatya), Ocimum basilicum (reyhan), Origanum majorana (mercanköşk), Peganum harmala (üzerlik otu), Phagnalon rupestre (kaya boz çalısı), Punica granatum (nar) kabuğu, Thymus vulgaris (kekik)] elde edilen esansiyel yağların antibakteriyel etkisi incelenmiş ve MIC değerleri tespit edilmeye çalışılmıştır. Yersinia ruckeri ve Citrobacter freundii bakterilerinin 106 cfu mL-1 dozunda, bitkilerden elde edilen esansiyel yağın 250, 500 ve 1000 µL dozlarının etkisinin olmadığı görülmüştür. Lactoccus garvieae bakterisinin 106 cfu mL-1 dozunda, Peganum harmala bitkisinin esansiyel yağının 250, 500 ve 1000 µL dozlarının tamamında, Thymus vulgaris bitkisinin esansiyel yağının ise 1000 µL dozunda etkili olduğu belirlenmiştir. Edwardsiella tarda bakterisinin 106 cfu mL-1 dozunda; Thymus vulgaris bitkisinin esansiyel yağının 250, 500 ve 1000 µL dozlarının tamamında, Artemisia herba alba, Ocimum basilicum ve Phagnalon rupestre bitkisilerinin esansiyel yağının 1000 µL dozunda etkili olduğu, Matricaria chamomilla bitkisinin esansiyel yağının ise 1000 µL dozunda kısmi seviyede etkili olduğu görülmüştür.
Boron taşıyan hiyalüronik asit bazlı doku iskeletlerinin hücre üzerine sitotoksik, genotoksik ve proliferatif etkilinin araştırılması
Yapılan bu araştırmada; sitotoksisite, genotoksisite, hiyalüronik asit ve metabolizmada kullanımı, ayrıca bor ve borun canlılardaki kullanımı detayları ile değerlendirilmiştir. Yapılan değerlendirme neticesinde ise borun toksisitesinin zaten memeliler açısından düşük olması ve sağlık alanında bir çok hastalığın tedavisinde halihazırda kullanılıyor olması ve aynı zamanda kanser hastalığının tedavisinde yeni uygulamalarda kullanılması borun sitotoksik, genotoksik veya proliferatif etkisinin olmayacağı yönünde bir hipotez geliştirmemizi sağlamıştır. Yine aynı yaklaşımla immünojenik olmayan ve kanser gibi proliferatif olan bir yapıda olmaması ve malignant tümörlerin yapısına girmemesi nedenleri ile hiyalüronik asidin herhangi bir şekilde sitotoksik, genotoksik veya proliferatif etkisinin olmayacağı yönünde bir diğer hipotez geliştirmemizi sağlamıştır. Sonuç olarak bu çalışmada; sitotoksik, genotoksik ve proliferatif etkilerinin olmayacağı yönünde hipotez geliştirdiğimiz bor ve hiyalüronik asidin, aynı yapı içerisinde bulunması durumunda da sitotoksik, genotoksik ve proliferatif etkilerinin olmayacağı yani boron taşıyan hiyalüronik asit bazlı doku iskeletlerinin hücre üzerinde herhangi bir şekilde sitotoksik, genotoksik ve proliferatif etkisi olmayacağı konusunda bir değerlendirmeye varılmıştır.
Linum usitatissimum, Lepidium sativum ve Vitis vinifera soğuk pres yağlarının antimikrobial aktivitelerinin incelenmesi
Bu çalışmada, bazı şifalı bitkilerden soğuk pres yöntemi ile elde edilen aromatik yağların mikroorganizmalara olan etkisi ile kimyasal içerikleri GC-MS kullanirak incelenmiştir.Yağ, Linum Usitatissimum, Lepidium Sativum ve Vitis Vinifera'nın her birinden ekstre edildi, daha sonra gram-pozitifliğe karşı test edildi Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Enterococcus faecium, Enterococcus faecalis, Klebsella subtilis, Bacillus subtilis bakterilerine ve Gram negatif; Salmonella typhimurium, Salmonella kentucky, Salmonella infantis, Salmonella enterocolitis, Escherichia coli, Enterobacter aerogenes, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas fluorescens bakterilerine ve Candida albicans mantarına karşı antimkrobiyal etki testleri yapilmistir. Ayrica elde edilen bu aromatik yaglarin kimyasal icerikleri GC-MS kullanirak incelenmiştir.
Tıbbi ve aromatik bitkilerden elde edilen esansiyel yağların insan patojenleri üzerine antimikrobiyal etkisi
Bu çalışmada, Libya'nın doğal florasından toplanmış Artemisia herba alba, Capparis spinosa, Globularia alypum, Matricaria chamomilla, Ocimum basilicum, Origanum majorana, Peganum harmala, Phagnalon rupestre, Punica granatum kabuğu ve Thymus vulgaris bitkilerinden elde edilen esansiyel yağlar insanlardan izole edilmiş ve patojen olan Enterococcus faecium, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Proteus vulgaris, Pseudomonas aeroginosa ve Staphylococcus aureus bakterilerine karşı antimiktobiyal aktiviteleri in vitro olarak test edilmiştir. Yapılan çalışma neticesinde elde edilen sonuçlar literatür ile genel manada uyumlu olup, Capparis spinosa (kapari) bitkisinden elde edilen esansiyel yağın Escherichia coli bakterisinin 106 cfu mL-1 dozuna karşı antimikrobiyal aktivite gösterdiği ve 250 µL dozunun minimum inhibitör konsantrasyon (MIC) olduğu belirlenmiştir. Ayrıca verilerden yola çıkılarak bitkiler üzerinde yapılacak bu ve benzeri çalışmalarda birçok biyotik ve abiyotik faktörün dikkate alınması gerektiği de ortaya konulmuştur.