A genetic algorithm with oscillating simulated annealing for 2D HP model

Protein katlanması lineer bir amino asit zincirinin 3 boyutlu işlevsel öz haline katlanması sürecidir. Proteinin 3 boyutlu öz yapısını yalnızca amino asit serisini kullanarak bulmak şu anda hesaplamalı biyoloji dalındaki en zor problemlerden biri olmakla birlikte çok yoğun şekilde araştırılmaya devam edilmektedir. 2 boyutlu HP modeli protein katlanması problemi için basitleştirilmiş bir modeldir. Bu modelde indirgemeler, protein katlanması sürecindeki baskın gücün hidrofobisite olduğu varsayımı üzerine yapılmaktadır.Bu tezde, protein katlanması problemini 2 boyutlu HP modelinde çözmek için Genetik Algortima ve Benzetilmiş Tavlama algoritmalarının birleşiminden oluşan üstsezgisel bir metod sunuyoruz. Yöntemimiz literatürde tanımlanmış yerel arama metodlarından bazı bölümler kullanmaktadır. Tabu Arama' da kullanılan hafıza bölümü, yeni bir 1-nokta çaprazlama işlemcisi ve probleme özel bir diversifikasyon bölümü algoritmamızda bulunan parçaları oluşturmaktadır. Algoritmamıza ek olarak, HP modelin içerdiği bazı bilgiler ve bu bilgilerin bir algoritmada nasıl kullanılabileceğine dair bazı tartışmalar da tezin son kısmında sunulmaktadır.