3-ADON kemotipindeki fusarium izolatlarının hedefli genotip analizi

Yüksek lisans tez çalışması kapsamında tür düzeyinde tanımlanmış Fusarium izolatlarının moleküler düzeyde kemotiplendirmesi ve hedefli genotip analizi ile hem henüz dağılımı bilinmeyen bir mikotoksinin (NX-2) taraması hem de izolatların mikotoksin üretim kapasitelerinin ortaya konması amaçlandı. Bu kapsamda, yurdumuzun ve İran'ın çeşitli bölgelerinden izole edilen toplam 78 Fusarium izolatı ile çalışıldı. Bu izolatlardan 30'unda 28S rDNA bölgesi (620 bç) çoğaltılarak, fungal tanı gerçekleştirildi. İzolatlar F. culmorum'a özgün OPT18 ve F. graminearum'a özgün UBC85 SCAR markırları taranarak tür düzeyinde tanımlandı. 9 izolattan çoğaltılan 478 bç boyutlu fragment izolatların F.culmorum; 6 izolattan çoğaltılan 332 bç boyutlu fragment de izolatların F. graminearum olduğunu ortaya koydu. 14 örneğin tür tayini için TEF1α (Translasyon Elongasyon Faktör 1α) geni çoğaltıldı. Çoğaltım ürünleri (700 bç) dizilendi ve veri tabanındaki referans Fusarium genomlarındaki dizilimlerle biyoinformatik araçlar kullanılarak hizalandı. 14 izolatın F. proliferatum ile (%97,60-99,55), birinin ise F. oxysporum (%99,55) ile yakınlığı belirlendi. Deoksinivalenol (DON) ve nivalenol (NIV) kemotiplerinin identifikasyonu için Tri5 gen kümesinde bulunan tri13'ün çoğaltımı hedeflendi. 282 bç'lik çoğaltım ürünü DON kemotipinin, 1075 bç'lik fragment de NIV kemotipinin seçimini sağladı. İlginç olarak, her iki çoğaltım ürünü 17-16 kodlu izolatta gözlendi. tri3 genini 583 bç boyutlu olarak taşıyan 15 izolat 3-asetildeoksinivalenol (3-ADON), 863 bç boyutlu olarak taşıyan 3 izolat ise 15-asetildeoksinivalenol (15-ADON) olarak belirlendi. Hedefli genotip analizi için tri1 genine ait 821 bç'lik bölge 53 izolatın 30'undan çoğaltıldı. Çoğaltım ürünleri ApoI restriksiyon endonükleazı (RE) ile kesime bırakıldığında 346 ve 475 bç boyutlu fragmentler elde edilemediğinden, NX-2 kemotipi deneysel olarak saptanamadı. Ancak, F. graminearum 17-11'in çoğaltım bölgesi içerisinde ApoI RE kesim noktasını taşıdığı dizileme temelli olarak biyoinformatik araçlar kullanılarak gösterildi. Ek olarak, 17-11'in referans gen bölgesi ve diğer izolatlara ait diziler ile gerçekleştirilen çoklu hizalaması sonucunda bu izolatın 120 bç'lik bir insersiyona sahip olduğu ortaya kondu. 78 izolat DON mikotoksini üretme kapasitesi bakımından tri5-tri6 intergenik bölgenin hedefli genotip analizi ile tarandı. 45 izolatın çok üretici 1'inin ise az üretici olduğu çoğaltılan sırasıyla 200 bç ve 650 bç'lik fragmentlerle ortaya kondu. Moleküler yaklaşımlarla kemotiplendirme ve hedefli genotiplendirme çalışmalarından elde edilen bulgular, fitopatojenin etkili olduğu agro-ekolojik bölgedeki potansiyel toksikolojik risklerinin haritalanmasına katkıda bulunacaktır. Bu gibi çalışmalardan elde edilecek veriler, tanı kitlerinin geliştirilmesinde kullanılabilecektir. Bu durumda infeksiyöz ajan ve toksinleri erken dönemde tarlada saptanabilecek ve besin zincirinin kontaminasyonunun önüne geçilerek halk sağlığının korunmasına katkıda bulunulabilecektir.