Adıyaman ilinden ve çevre illerden toplanan etlerde multiplex PCR kullanılarak Escherichia coli izolasyonu ve karakterizasyonu

Dünya genelinde, kırmızı etlerde ve bu etlerin kullanıldığı gıda ürünlerinde en fazla besin zehirlenmesine sebebiyet veren patojenik bakteri Escherichia coli'dir. E. coli'nin en çok tercih ettiği konak canlının ruminantlar (geviş getirenler) olduğu bildirilmiştir. Bu çalışmada Adıyaman'da ve çevre illerde tüketime sunulan kırmızı (sığır, koyun, keçi, vb.) etlerde ve bu etlerin kullanıldığı gıda mamullerinde E. coli bakterisinin varlıklarının tespiti ve genotipik sınıflandırılması amaçlanmıştır. Bu amaç için E. coli klasik kültür yöntemleri kullanılarak izole edildi ve bakteriyi spesifik olarak tanımlayabilen ve tespit edilmesini sağlayan uspA genini amplifiye edebilen primerler kullanıldı. Bu sayede, PCR testi yardımıyla E. coli genetik materyalinin varlığını tespit edildi. Bu örnekler daha sonra altı set primer (6 F ve 6 R) kullanılarak PCR yardımıyla genotipik olarak karakterize edildi. Çalışmamız dahilinde dört farklı ilden toplam 45 (25 adet büyükbaş ve 20 adet küçükbaş) örnek toplandı. Toplanan bu örneklerde toplam 68 farklı koloni üremesine rastlanmış olup bu kolonilerin DNA'sı uspA gen varlığı tespiti için duplike olarak çalışıldı ve 63 adedi (%92,6) E. coli pozitif sonucu verdi. Bu çalışmanın sonuçlarına göre, uspA pozitif çıkan 63 örneğin, 22 adedi (%34,9) filogrup A, 9 adedi (%14,3) grup B1, 7 adedi (%11,1) grup B2, 3 adedi (%4,8) grup F, 5 adedi (%7,9) grup C, 2 adedi (%3,2) grup D, 2 adedi (%3,2) grup E, 13 adedi (%20,6) de U yani bilinmeyen filogrup olarak sınıflandırılmıştır. Bilgilerimiz dâhilinde, ülkemizde bu tip besin hijyeni çalışmaları çok az sayıdadır. PCR yöntemi sayesinde patojenik bakteri erken varlık tespitlerinin, kontamine olmuş kırmızı et ve mamullerini tüketen şahısların erken uyarılması ile besin zehirlenmelerinin önüne geçilebileceği öngörülmekte olup halk sağlığının korunması amaçlanmaktadır.