Polymerase chain reaction
566 theses under this subject heading
Farklı kaynaklardan izole edilen CTX-M-15 üreten escherichia coli izolatlarının plazmid replikon tipleri varlığı yönünden incelenmesi
Genişlemiş spektrumlu β-laktamaz (GSBL) üreten Escherichia coli'ler son yıllarda klinik örneklerden artan oranda izole edilmektedir. Hayvansal kaynaklı gıdaların ve su kaynaklarının GSBL üreten E. coli ile kontamine olmasından dolayı bu kaynakların insan enfeksiyonları için bir rezervuar olabileceği bildirilmiştir. Bu tez çalışmasında, 41 adet CTX-M-15 pozitif ve epidemiyolojik yönden ilişkisiz E. coli izolatının barındırdıkları plazmid replikon tiplerinin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile araştırılmıştır. Buna ilaveten, tüm izolatların fenotipik fosfomisin direnç varlığı ve fosfomisin direncinden sorumlu plazmid aracılı fosA3 geninin varlığı araştırılmıştır. İzolatlar Türkiye'de daha önceki yıllarda yapılan çalışmalarda farklı kaynaklardan [tavuk eti ve çiğ süt, sürk peyniri, atık su (arıtma ve Asi Irmağı)] izole ve karakterize edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen insan klinik (n=8) izolatları ise; blaCTX-M-15 varlığı, klonal ilişkileri ve antimikrobiyal direnç profilleri yönünden bu çalışmada karakterize edilmişlerdir. Çalışmanın sonucunda, hiçbir izolatta fenotipik fosfomisin direncine ve fosA3 geninin varlığına rastlanılmamıştır. İncelenen 30 adet replikon tipi içerisinde toplamda 12 replikon tipinin (FIA, FIB, FIBKN, FII, X1, A/C, U, N, HI2, I2, I1α ve I1γ) varlığına rastlanılmıştır. Bulunan replikon tipleri arasında FIA, FIB, FIB KN ve FII'nın varlığı kaynaklar arasında istatistiksel olarak anlamlı oranda farklılık göstermiştir. FII replikon tipi toplamda 22 izolatta rastlanılmış olup, su ve tavuk eti izolatlarında diğer izolatlara göre istatistiksel olarak anlamlı oranda (P˂0,05) daha yaygın olduğu tespit edilmiştir. FIB replikon tipine tavuk eti, su ve klinik örneklerden soyutlanan izolatların %36.6'sında rastlanılmış olup çiğ süt ve peynir örneklerinden elde edilen izolatlarda rastlanılmamıştır. Benzer olarak, FIA replikon tipine su ve klinik örneklere ait izolatların %29.2'sinde rastlanılmış olup, diğer izolatlarda varlığına rastlanılmamıştır. Ancak, bu sonuçlardan farklı olarak, FIB KN replikon tipine sadece çiğ süt (n=6) ve Sürk peynirine ait izolatlarda (n=4) rastlanılmıştır (P=0,001). Sonuç olarak, incelenen izolatların çoğunda birden fazla replikon tipinin var olduğu ve kaynaklar arasında replikon tiplerinin istatistiksel olarak farklı olduğu ortaya koyulmuştur.
Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten nozokomiyal Escherichia coli izolatlarında beta-laktamaz genleri ve klonal ilişkinin araştırılması
Amaç: Genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) üreten mikroorganizmalar dünyada önemli bir problemdir ve özellikle CTX-M beta laktamazı üreten Escherichia coli tüm dünyada yayılmakta, hem nozokomiyal hem de toplumsal kaynaklı infeksiyonlara neden olmaktadır. Bu çalışmanın amacı GSBL üreten hastane kökenli Escherichia coli izolatlarında beta laktamaz gen prevalansı, antibiyotik duyarlılıkları ve klonal ilişkilerini araştırmaktır.Gereç ve yöntem: İnönü Üniversitesi Turgut Özal Tıp Merkezinde Haziran 2010-Haziran 2011 tarihleri arasında yatan hastalardan izole edilen toplam 76 GSBL üreten E. coli suşu çalışmaya alındı. İzolatların antibiyotik duyarlılıkları Klinik Laboratuvar ve Standartlar Enstitüsü'ne (CLSI) göre Kirby Bauer disk difüzyon yöntemiyle saptandı. GSBL varlığı Çift Disk Sinerji Testi ile saptandı, şüpheli olgularda sefotaksim/sefotaksim klavulanik asit E test şeriti (AB-Biodisk) kullanıldı. TEM, SHV, CTX-M, PER, VEB, GES, OXA-2 grup ve OXA-10 grup beta laktamaz genlerinin varlığı bu bölgelere özgül primerler kullanılarak polimeraz zincir reaksiyon (PZR) yöntemi ile araştırıldı. Suşlar arasındaki klonal ilişkilerin tespiti için PFGE (pulsed field gel electrophoresis) yöntemi kullanıldı.Bulgular: GSBL üreten E. coli izolatları en sık yoğun bakım (%35), dahiliye (%16) ve genel cerrahi (%13) bölümlerinden izole edildi. GSBL üreten E. coli'lerin en sık izole edildiği örnekler idrar (%34), kan (%33) ve yara (%21) olmuştur. Suşların tamamı imipenem, meropenem ve amikasine duyarlı bulundu. İzolatların hiçbiri sefotaksim ve seftriaksona duyarlı bulunmadı. GSBL pozitif E. coli izolatlarının ertapeneme duyarlılığı %83, piperasilin/tazobaktama %61, sefaperazon/sulbaktama %63, seftazidime %18, sefepime %25, aztreonama %20 olarak saptandı. E. coli suşlarında CTX-M, TEM, OXA-2 grup, PER, SHV, OXA-10 grup beta laktamaz oranları, sırasıyla %89.5, %59.2, %15.8, % 14.5, %11.8 ve %3.9 olarak saptandı. İzolatların hiçbirinde GES ve VEB beta laktamaz geni saptanmadı. Bir izolatda araştırılan beta laktamaz genlerinden hiçbiri saptanmadı. PZR analizi sonucu 25 izolatta TEM ve CTX-M beta laktamazı birlikte, 20 izolatta yalnız CTX-M beta laktamaz geni ve 2 izolatta yalnız TEM beta laktamaz geni bulunduğu saptandı. SHV beta laktamazı hiçbir izolatda tek başına saptanmadı. PFGE yöntemi ile GSBL üreten izolatlar arası belirgin klonal ilişki saptanmadı.Sonuçlar: Bu çalışma ile hastanemizde nozokomiyal GSBL üreten E. coli suşları arasında CTX-M tipi enzimin yüksek sıklıkta olduğu gösterildi. GSBL üreten bakterilerin poliklonal olarak yayıldığı saptandı ve baskın epidemik suş tanımlanamadı. Direnç genlerinin mobil genetik elemanları ile aktarılmış olabileceği düşünülerek epidemik klonlar ile plazmidler arasındaki ilişkiyi açıklayacak plazmid analizi ve Multilokus sekans tipleme (MLST) gibi daha ileri çalışmalara gereksinim olduğu sonucuna varıldı.Anahtar Kelimeler: E. coli, beta laktamaz genleri, CTX-M, PFGE
Akut gastroenteritli çocuklarda sekiz farklı viral etkenin araştırılması
Giriş ve Amaç: Viral gastroenteritler, çocukluk çağında görülen gastroenteritlerin en sık nedenidir. Bu çalışmada, bölgemizde 1 ay - 17 yaş grubu ishalli çocuklarda Astrovirus, Rotavirus, Adenovirus, Enterovirus, Norovirus, Parechovirus, Aichivirus ve Sapovirus enfeksiyonlarının prevalansının saptanması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya, akut gastroenterit tanısı alan, 1 ay ? 17 yaş grubu çocuklar alındı. İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı?nın çocuk acil birimi ile çocuk polikliniklerine Ocak 2012 ? Ocak 2013 tarihleri arasında, ishal yakınması ile başvuran 240 çocuktan alınan dışkı örnekleri, PCR yöntemi ile Astrovirus, Rotavirus, Adenovirus, Enterovirus, Norovirus, Parechovirus, Aichivirus ve Sapovirus yönünden incelendi. Bulgular: Numuneler çalışıldığında 131 (%54,58) hastada viral etken tespit edildi. Etken pozitif hastaların 56?sında (%42,75) Norovirus, 44?ünde (%33,59) Rotavirus, 29?unda (%22,14) Enterovirus, 21?inde (%16,03) Adenovirus, 21?inde (%16,03) Parechovirus, beşinde (%3,82) Sapovirus ve birinde (%0,76) de Aichivirus izole edildi. Astrovirus hastaların hiç birinden izole edilmedi. Hastaların %38,75?inde tek viral etken,%15,83?ünde çoklu viral etken saptandı. Çoklu viral etken varlığı olan hastalarda yatış yüksek gözlenmiştir. Hastaların yaşlara göre dağılımında Rotavirus, Adenovirus, Norovirus, Parechovirus en sık 7-24 ay arası, Enterovirus 7-24 ay ve 24 ay üstü eşit oranda, sapovirus 0-6 ay ile 7-24 ay arası eşit oranda görülmüştür. Hastaların mevsimsel dağılımında Rotavirus enfeksiyon oranı en yüksek aralık-ocak ayında ve kış mevsiminde, Norovirus en yüksek temmuz-haziran ayında ve yaz mevsiminde, Enterovirus en yüksek temmuz ayında, Sapovirus en yüksek eylül ekim ayında sonbaharda tespit edilmiştir. Parechovirus temmuz ve aralık ayları arasında tespit edilmişken diğer aylarda görülmemiştir. Aichivirus temmuz ayında bir hastada görülmüştür. Adenovirus enfeksiyonlarında mevsimsel dağılımda bir fark görülmemiştir. Sonuç: Çalışmamız, bölgemizdeki çocuk gastroenteritlerinde viral etkenlerin olguların yarısının çoğundan sorumlu olduğu, Norovirus ve Rotavirus?ün oldukça sık rastlanan etkenler olduğunu belirlemiştir. Anahtar sözcükler: Astrovirus, Rotavirus, Adenovirus, Enterovirus, Norovirus, Parechovirus, Aichivirus, Sapovirus, Gastroenterit, PCR.
Ratlarda kronik böbrek yetmezliği modelinde kaveolin gen ekspresyonu
Bu tezde siklosporin A ile deneysel böbrek yetmezliği oluşturulmuş sıçanların böbrek dokusunda Kaveolin gen ifadesini, böbrek MDA ve serum BUN ve kreatinin değerlerini araştırmak amacıyla 20 adet Wistar cinsi dişi sıçan kullanıldı. Sıçanlar, kontrol grubu ve deneysel kronik böbrek yetmezliği grubu olmak üzere iki gruba ayrıldılar. Deney grubundaki sıçanlara kilogram vücut ağırlığı başına 30 mg siklosporin A deri altı uygulama yolu ile 28 gün boyunca verildi. Kontrol grubu sıçanlara ise Siklosporin A'nın çözüldüğü taşıt madde olan cremofor EL çözeltisi 28 gün boyunca deri altı yolla uygulandı. Deney sonunda gruplardan alınan böbrek dokularından kaveolin gen analizi ve MDA analizi yapıldı. Serumdan ise BUN ve kreatinin analizleri yapıldı. Kontrol grubu ile karşılaştırıldığında deney grubu kaveolin gen ifadesinde istatistiki anlamlı bir azalma bulunurken (P < 0,05), MDA seviyesinde ise anlamlı bir artış tespit edildi. (P < 0,05). Kontrol grubu ile karşılaştırıldığında deney grubu serum BUN ve kreatinin seviyesi anlamlı olarak yükselmişti (P < 0,05). Anahtar kelimeler: Kronik böbrek yetmezliği, kaveolin, siklosporin A, gen ekspresyonu, RT-PZT, rat
Karbapeneme dirençli klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem direncinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması
Amaç: Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenemaz varlığının fenotipik ve genotipik yöntemlerle test edilmesi, karbapenemaz enzim tiplerinin dağılımının tespit edilmesi ve test yöntemleri arasındaki korelasyonun belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Mart 2021-Mart 2022 tarihleri arasında Hitit Üniversitesi Çorum Erol Olçok Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen klinik örneklerden izole edilen ve karbapenem grubu antibiyotiklerden en az birine dirençli 100 K. pneumoniae suşu çalışmaya dahil edilmiştir. Bakterilerin tanımlanması ve antibiyogramı VITEK 2 Compact (bioMérieux, Fransa) otomatize sistemi ile yapılmıştır. Karbapenemaz direncini belirlemek amacıyla fenotipik yöntem olarak kombinasyon disk testi kullanılmıştır. Genotipik yöntem olarak ise en sık rastlanan karbapenemaz direnç genleri olan blaKPC, blaNDM, blaVIM, blaIMP ve blaOXA-48'i hedefleyen iki farklı multipleks polimeraz zincir reaksiyonu uygulanmıştır. Bulgular: Kombinasyon disk testi ile tüm örneklerin karbapenemaz ürettiği saptanmış olup 87 (%87) izolatta OXA-48 benzeri, 13 (%13) izolatta MBL pozitifliği tespit edilmiştir. Polimeraz zincir reaksiyonu ile 91 izolatta pozitiflik saptanmış olup 76 (%76) izolat OXA-48, 13 (%13) izolat NDM, 2 (%2) izolat OXA-48 + NDM olarak sonuçlanmıştır. 9 (%9) örnekte araştırılan direnç genlerine rastlanmamıştır. Hiçbir izolatta KPC, VIM ve IMP gözlenmemiştir. İki test arasındaki uyum %89 olarak saptanmıştır. Kombinasyon disk testinin karbapenemaz varlığını saptama açısından duyarlılığı %100, pozitif prediktif değeri %91 olarak saptanmıştır. Kombinasyon disk testinin sadece OXA-48'e sahip izolatlar için duyarlılığı %100, özgüllüğü %54,1, pozitif prediktif değeri %87,3, negatif prediktif değeri %100 olarak saptanmıştır. Sadece NDM'ye sahip izolatlar için ise tüm değerler %100 olarak saptanmıştır. OXA-48 + NDM'ye sahip iki izolat kombinasyon disk testi ile OXA-48 benzeri olarak yorumlanmıştır. Sonuç: Türkiye'de OXA-48'in endemik olduğu düşünüldüğünde en sık saptanan karbapenemazın OXA-48 olması beklenen bir sonuç olmuştur. Kombinasyon disk testi ucuz maliyeti, uygulama kolaylığı, karbapenemaz direnç mekanizmalarını belirleyebilmesi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile büyük ölçüde uyumlu olması bakımından laboratuvarlarda karbapenemaz direnç genlerinin saptanması için kullanılabilir. Anahtar Kelimeler: K. pneumoniae, Kombinasyon disk testi, Karbapenemaz, Karbapenem direnci, OXA-48
Bağırsak biyopsi örneklerinde CMV DNA pozitifliğinin tanısal değerinin retrospektif araştırılması
Sitomegalovirüs (Cytomegalovirus: CMV) primer enfeksiyon sonrasında latent kalarak kök hücre ve solid organ alıcıları, Human immunodeficiency virus (HIV)'le enfekte kişiler, hematolojik malignitesi olanlar ve inflamatuvar bağırsak hastalığı olanlarda sekonder enfeksiyonlara sebep olmaktadır. Hastalık pnömoni, retinit, kolit şeklinde görülebilir. CMV koliti tanısında dokuda CMV'nin gösterilmesi önerilmektedir. Çalışmamızın amacı, CMV koliti şüpheli hastaların bağırsak biyopsilerinde CMV DNA tespitinin tanısal değerini incelemektir. Bursa Uludağ Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına Ocak 2019 – Mart 2022 tarihleri arasında CMV koliti şüphesiyle gönderilmiş biyopsi örnekleri retrospektif olarak incelendi. Eş zamanlı olarak polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemiyle bağırsak dokusunda CMV DNA araştırılan ve Tıbbi Patoloji Laboratuvarı'nda immünohistokimya (İHK) yöntemiyle CMV aranan 96 örnek çalışmaya dahil edildi. İHK incelemesi altın standart kabul edilerek dokuda ve kanda tespit edilen CMV DNA'nın tanıdaki yeri araştırıldı. Örneklerin 81'i ülseratif kolit (ÜK), altısı kök hücre ve solid organ nakli, dördü hematolojik malignite, ikisi Crohn, biri kronik böbrek yetmezliği, biri Behçet, biri diyabetes mellitus tanılı hastalara ait idi. İHK yöntemiyle 10, PZR yöntemiyle ise 61 dokuda, ayrıca CMV DNA araştırılan 43 plazmanın 25'inde pozitiflik saptandı. En büyük grubu oluşturan ÜK hastalarına istatistiksel analizler uygulandı. İHK incelemesine göre plazma CMV DNA'nın duyarlılığı %100, özgüllüğü %48,64, pozitif prediktif değeri (PPD) %24, negatif prediktif değeri (NPD) %100 olarak bulunurken; doku CMV DNA'nın duyarlılığı %100, özgüllüğü %41,9, PPD'si %15,68, NPD'si %90,12 olarak saptandı. ROC analiziyle dokuda 392 kopya/mg, plazmada 578 kopya/ml üzeri değerlerin tanı için yol gösterici olduğu belirlendi. Doku ve kan örneklerinde CMV DNA PZR testinin yüksek duyarlılık ve düşük özgüllükte olduğu görülmüştür. Dokuda CMV DNA kantitasyonu için standardize yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır.
Yerli kara ve Doğu Anadolu kırmızısı ırkı sığırlarda calpastatin (CAST), leptin (LEP) ve büyüme hormonu reseptörü(ghr) genlerinin frekanslarının belirlenmesi
Bu çalışma, Yerli Kara (YK) ve Doğu Anadolu Kırmızısı (DAK) ırkı sığırlarda Calpastatin (CAST), Leptin (LEP) ve Büyüme Hormonu Reseptörü (GHR) gen polimorfizmlerinin frekanslarının belirlenmesi amacıyla yapılmıştır. Çalışmada yaş ve cinsiyet ayrımı yapılmaksızın 50 baş YK, 50 baş DAK ırkı sığır kullanılmıştır. Alınan kan örneklerinden PCR-RFLP yöntemi ile genotiplendirme işlemi gerçekleştirilmiştir. CAST geni S20T polimorfizmi açısından CC, GC ve GG genotiplerine ilişkin frekanslar sırasıyla YK'larda %56, %40 ve %4; DAK'da ise sırasıyla %26, %40 ve %34 olarak belirlenmiştir. GHR geni S555G polimorfizmi açısından hem YK'da (%56) hem de DAK'da (%38) en yüksek frekansın AG genotipi olduğu tespit edilmiştir. LEP geni A80V polimorfizmi açısından ise incelenen tüm ırklarda sadece TT genotipi görülmüştür. Sonuç olarak, incelenen YK ve DAK ırkı sığırların hedeflenen CAST ve GHR polimorfizmleri açısından varyasyon gösteriği; ancak LEP-A80V polimorfizmi açısından ise monomorfik olduğu tespit edilmiştir. Et verim ve kalitesine etkili olduğu düşünülen CAST ve GHR genlerindeki polimorfik yapının, YK ve DAK ırkı sığırlarda fenotipi ne düzeyde etkilediğine ilişkin gerçekleştirilecek çalışmaların gerekliliği açıktır. Mevcut çalışmanın yerli gen kaynaklarının korunması açısından literatüre katkı sağlayacağı düşünülürken; söz konusu çalışmalara da temel oluşturacağı öngörülmektedir.
Kütahya yöresinde kenelerde kırım kongo kanamalı ateşi virüsünün moleküler yöntemlerle araştırılması
Keneler zorunlu kan emici ektoparazitlerden olup birçok ölümcül hastalık etkenlerinin de vektörü olarak bilinmektedir. Bu hastalık etkenlerinden en önemlilerinden biri olan KKKA virüsü Bunyaviridae ailesinden Nairovirüs cinsinde yer almaktadır. Çalışmamızda, Kütahya yöresinde saha çalışmaları neticesinde çiftlik hayvanlarından toplam 228 olgun kene toplanmış ve bunların laboratuvar ortamında tür teşhisleri yapılmıştır. Hyalomma marginatum, Dermacentor marginatus, Rhipicephalus sanguineus, Rhipicephalus bursa, Rhipicephalus turanicus, Rhipicephalus (Boophilus) annulatus olmak üzere toplam altı tür saptanmıştır. Bu türlere ve cinsiyetlerine göre 88 havuz oluşturulmuştur. Bu havuzlardan virüs tespiti ve virüsün S segmentinin sekansını belirleyebilmek için Reverse Transkripsiyon Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) ve Nested PCR moleküler yöntemleri kullanılmıştır. 10 havuzda KKKA virüsünün varlığı saptanmış ve sadece H. marginatum türünde tespit edilmiştir. Pozitif bulunan izolatların filogenetik analizleri sonucunda, bu çalışmada izole edilen KKKA virüs izolatının Güneybatı Rusya, Kosova ve Türkiye'de önceden belirlenmiş suşlar ile aynı clusterda yer aldığı saptanmıştır. Anahtar Kelimeler: Keneler, KKKA virüsü, Nested-RT-PCR, S segmenti, Kütahya.
Tip 2 diabetes mellitus'lu hastalarda nefropati ile ilişkili miRNA değişikliklerinin değerlendirilmesi
Diyabetik nefropati, prevalansı ve mortalitesi artan diabetesmellitusun en ciddi mikrovasküler komplikasyonlarından biridir. Günümüzde böbrek fonksiyonu, albümin atılım hızı ve glomerüler filtrasyon hızı hesaplanarak değerlendirilmektedir. Diyabetik nefropatinin erken teşhisi, böbrek fonksiyonlarını iyileştirmede ve ilaçlarla hastalığın ilermemesini geciktirmede önemli bir role sahiptir. Böbrekle ilişkili yapısal değişiklikleri karakterize edebilen biyobelirteçlere ihtiyaç duyulmaktadır. Son yıllarda birçok hastalığın patogenezinde ve tanısında kullanılan mikrornalar tanımlanmıştır. Çalışmamızda retrospektif olarak sodyum glukoz kotransporter 2 inhibitörü olan dapagliflozin kullanan hastaların diyabetik nefropati ile ilişkili mikrornalar üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Diyabetik nefropati tanısı alan ve dapagliflozin kullanan 47 hastanın tedaviden sonraki 60.günde tedavi öncesine göre miRNA 21, miRNA 141 ve miRNA 377 düzeylerinde istatiksel anlamlılıkta azalma tespit edilmiştir (p<0.05).İncelenen mikRNA düzeyleri ile serum glukoz, hbA1C değeri, mikroalbüminri ve mikrototal protein düzeyleri arasında istatiksel bir anlamlı fark saptanmadı.
Obezitede Sitagliptin tedavisinin farklı dokularda LPIN 2 ve SIRT 6 gen ifadesinin analizi
Obezite en riskli hastalıklar arasında beşinci sıradadır. Tip 2 diyabet ve insülin direncine bağlı, bozulmuş glikoz toleransıyla bağlantılıdır. Pankreastaki beta hücrelerinin hasarı; iskelet kası, karaciğer ve yağ dokuları tarafından kullanılan glikozu etkileyen insülin eksikliğine yol açar. LPIN 2, hücresel lipid metabolizmasını, doğal bağışıklığı, serebellum fonksiyonunu ve bağırsak lipoprotein mekanızmasındaki fosfatidik asit fosfatazları etkileyen LPIN protein ailesinin bir üyesidir. LPIN 2 böbrek gastrointestinal kanallarında, akciğer, eritrositler, tükürük bezleri, adipoz doku ve lenfoid hücrelerinde bulunmaktadır. SIRT 6 ise DNA onarımı, telomerlerde, glikoz ve lipid metabolizmasını düzenleyerek hücresel homeostazı etkiler, böylece diyabet, obezite, kalp hastalığı, kanser gibi hastalıkları ve ayrıca enfeksiyon da dahil olmak üzere yaşlılıkla ilgili birçok metabolik yolu etkiler. Sitagliptin; DPP-4 inhibitörü olarak diyabet tedavisinde kullanılan antidiyabetik bir ilaçtır. Çalışmamızda deneysel hayvan modelleri oluşturarak Tip 2 diyabette kullanılan sitagliptini, obezite tedavisinde kullanarak farklı tedavi yöntemleri geliştirme amaçlandı. 32 wistar albino sıçanın, 16 tanesi normal yem ile beslenip 8 tanesine sitagliptin verildi, 16 tanesi yüksek yağlı diyetle obez yapılıdı ve obez yapılan sıçanların 8 tanesine sitagliptin verildi. Hayvanlar; Kontrol, Kontrol + Sitagliptin, Obez, Obez + Sitagliptin gruplarına ayrıldı. 32 wistar albino sıçanın 24'ünün karaciğer kas ve yağ dokularında LPIN 2 ve SIRT 6 genlerinin mRNA düzeylerine RT-PCR yöntemi ile bakıldı ve istatiksel olarak değerlendirldi.
Bağ dokusu hastalıklarıyla ilişkili interstisyel akciğer hastalığında human herpes virus 6'nın (HHV-6) rolü
Bağ Dokusu Hastalıkları (BDH), kronik inflamatuar multisistemik romatizmal hastalıklardır. Bu hastalıkta solunum sistemi sık bir şekilde tutulur. İnterstisyel akciğer hastalığı (IAH) bu tutulumlardan birisidir. Bağ Dokusu Hastalıkları ve bu hastalıklara bağlı interstisyel akciğer hastalığı etyolojisinde virüslerin de rol aldığı düşünülmektedir. Herpes virüsler suçlanan etkenlerden birisidir. Çalışmada Bağ Dokusu Hastalıklarına bağlı interstisyel akciğer hastalığında HHV-6'nın rolünü araştırmayı amaçladık. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Romatoloji Polikliniği'ne başvuran BDH tanısı ile takipli 60 hasta ve 26 sağlıklı kontrol çalışmaya dahil edilmiş olup, hastaların 29'u BDH (IAH olmayan), 31'i bağ dokusu hastalığına bağlı interstisyel akciğer hastalığı (BDH-IAH) olan hastalardan oluşmaktaydı. Çalışmaya katılan bütün bireylerden serum örneği toplandı. Ayrıca hastalardan steril kaba balgam örneği alındı. Çalışma Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarında yapıldı. Serum örneklerinde, ELISA yöntemiyle (Sunred Biological Technology, Şangay, Çin) HHV-6 IgG antikorlarına bakıldı. Tüm serum örneklerinde ve hastalardan alınan balgam örneklerinde HHV-6 DNA Real-Time PCR (Qiagen, Almanya) yöntemi ile araştırıldı. Pozitif bulunan örneklerde, virüsün replikasyon durumunu araştırmak için yine U42 ve U94 gen bölgeleri RT PCR ile mRNA'lar açısından ayrı primerler kullanılarak değerlendirildi. İlk PCR virüsün varlığını, ikincisi ise virüsün latentliğini ve reaktivasyon yapıp yapmadığının araştırılması için yapıldı. Çalışmada sağlıklı kontroller ile BDH ve BDH-IAH grupları arasında HHV-6 IgG serum titreleri karşılaştırıldığında anlamlı fark bulunmadı (p=0,108). Sağlıklı kontrol grubunun serum örneği analizlerinde HHV-6 DNA saptanmadı. Buna karşın hasta serumlarının 33'ünde(%55) HHV-6 DNA (U94 ve/veya U42 pozitif) pozitif saptandı ve kontrol grubuna göre istatiksel olarak anlamlı farklılık bulundu. (p=0,001). BDH-IAH ve BDH arasında ise serum HHV-6 DNA pozitifliği açısından anlamlı fark bulunmadı (p=0,979). Balgam HHV-6 DNA (U94 gen) pozitifliği, BDH-IAH'da 14(%45,2), BDH hastasında ise 5 örnekte (%17,2) tespit edildi. İstatiksel açıdan BDH-İAH'da balgam HHV-6 DNA (U94 gen) pozitifliği anlamlı olarak yüksek bulundu (p=0,020). HHV-6 DNA pozitif örneklerden sadece iki hastanın serumunda HHV-6 mRNA (U42 ve U94) pozitif saptanmış olup, bu hastalar BDH-IAH gelişen olgulardı. Bu çalışma sonuçları, bağ dokusu hastalıklarına bağlı interstisyel akciğer hastalığı ile HHV-6'nın ilişkili olabileceğini düşündürmekte olup, bu ilişkinin daha net anlaşılması için daha kapsamlı çalışmalara gereksinim olduğunu göstermektedir.
Beş yaş altı çocuklarda alt solunum yolu enfeksiyonlarına neden olan viral etkenlerin araştırılması
Amaç: Alt solunum yolu enfeksiyonları (ASYE) tüm dünyada çocuklarda mortalite nedenleri arasında önemli yer tutmaktadır. Çalışmamızda akut ASYE tanısıyla izlenen beş yaş altındaki çocuklarda viral etkenlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntemler: Bezmialem Vakıf Üniversitesi çocuk acil servisinde 1 Mart 2015-31 Ocak 2016 tarihleri arasında ASYE tanısı alan 1 ay-5 yaş arası çocuklardan nazofarengeal sürüntü örnekleri alınmıştır. Altta yatan kronik hastalığı olan olgular çalışma dışı bırakılmıştır. Alınan örneklerde gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle etken varlığı araştırılmıştır. Etken tespit edilen olguların yaş gruplarına ve mevsimlere göre dağılımı incelenmiştir. Klinik ve labaratuvar bulguları ile etken ilişkisi araştırılmıştır. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 95 hastanın 51 (%53,7)' i erkek, 44 ( %46,3) 'ü kız olup yaş ortalaması 26,3 aydır. Olguların %45'inin başvuru öncesi antibiyotik kullandığı öğrenilmiştir. Öksürük (%100) ve hırıltı (%70) en sık başvuru yakınmalarıdır. Ortalama lökosit sayısı 11,600/mm3, CRP 2.84 mg/dl bulunmuştur. Akciğer grafisinde en sık havalanma fazlalığı ve interstisyel infltrasyon (%33 ve %27) saptanmıştır. Virüs varlığı 51 olguda (%53,6) gösterilmiştir. En sık saptanan virüsler, rinovirüs (%22), insan bocavirüs (HBoV) (%21) ve respiratuvar sinsiyal virüs (RSV) (%19)'tür. İlk 1 yaşta en sık HBoV (%26) tespit edilirken 13-60 aylık çocuklarda rinovirüs (%26.4) başta gelmektedir. Çoklu viral etken birlikteliği 10 hastada saptanmış olup en sık HBoV ile gözlenmiştir. Respiratuvar sinsisyal virüs daha çok kış aylarında görülürken HBoV'un yıl boyu sürdüğü gözlenmiştir.Hastaların klinik ve laboratuar bulguları ile ajanlar arasında anlamlı ilişki saptanamamıştır Sonuçlar: Virüsler ASYE'de en sık bulunan etkenlerdir. Yaş grupları ve mevsimlere göre etkenler değişiklik göstermektedir. Klinik ve laboratuvar bulguları viral ve viral-bakteriyel birlikteliklerin ayırımında yeterli değildir. Anahtar Kelimeler; alt solunum yolu enfeksiyonu, polimeraz zincir reaksiyonu, viral enfeksiyon
Rekombinant yöntemlerle sentetik parathormon üretimi
Biyoteknoloji alanında üretilen ürünler içerisinde proteinler oldukça önem taşımaktadır. Rekombinant yöntemler kullanılarak sentetik olarak üretilen proteinler terapötik, endüstriyel ve bilimsel araştırma amaçlı üretimleri gerçekleştirilmektedir. Çalışmamızdaki amaç, rekombinant teknoloji kullanılarak terapötik kullanımını amaçladığımız parathormonu üretmektir. Parathormon (PTH) polipeptid yapısında 84 aminoasitlik (aa) tek bir zincir olarak paratiroid bezlerinden salgılanır. PTH'nin başlıca sorumluluğu, kemiklerden kalsiyum (Ca+2) emilimi ile plazma Ca+2 değerlerini düzenlemektir. Böbrekler ve bağırsaktan Ca+2 emilimi ve aynı zamanda fosfat (PO4−3) atılımınını sağlayarak, Ca+2-PO4−3 metabolizmasındaki homeostaziyi sağlamakta önemli bir role sahiptir. D vitamininin aktif formunun üretimi üzerine olan etkisi ile kalsiyumun bağırsaklardan emilimini kolaylaştırır. Hormonun az ya da çok salgılanması çeşitli sağlık sorunlarına neden olabilir. PTH'nin az salgılanmasıyla görülen en önemli endokrin rahatsızlık hipoparatiroidizm olarak adlandırılır. Çalışmamızda hipoparatiroidizme alternatif tedavi yöntemi olması planlanan sentetik PTH üretimi hedeflenmiştir. Bu çalışmada, hiperplazi dokudan alınan örnekten mesajcı ribo nükleik asit (mRNA) izolasyonu ve daha sonrasında komplementer deoksiribo nükleik asit (cDNA) eldesinin spesifik primerler ile DNA fragmentleri oluşturan, DNA polimeraz enzimi kullanılarak gerçekleştirilen polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) çalışmaları sonucunda PTH geni elde edilmiştir. Rekombinant PTH (rPTH) N-Terminal (1-84) kodlayan gen, PEGFP-N1(ökaryotik plazmid vektör) klonlama vektörüne sekresyon sinyalinin ardına yerleştirilip, moleküler klonlama teknikleri kullanılarak klonlanmıştır. Konak organizma olarak One Shot® Mach1™ T1R Escherichia coli kompetent suşu kullanılmıştır. Vektör içerisine aktarılan rPTH geni, hücre kültüründe HeLa (Henrietta Lacks, serviks kanseri) ve AGS (ATCC®CRL-1739™, Gastrik Adenokarsinoma) hücre hatlarına transfeksiyon ajanı ile 24 sa., 37 santigrat (˚C) ve %5 CO2 içeren etüvde inkübasyona bırakılmıştır. 24 sa.lik kültür sıvısından aktivasyon ölçümü ile PTH seviyesi ölçülmüş ve ekspresyon düzeyi sodyumdodesilsülfat poliakrilamid jel elektroforezi (SDS-PAGE) analizi ile değerlendirilmiştir. Bu çalışmada elde edilen sonuç ile medikal alanda çalışmaları sürdürülen sentetik PTH'nin elde edilmesi ile geliştirilen N- terminal (1-84) formülasyonu hipoparatiroidi tedavisi için umut verici olabilmesi ve rekombinant ilaç üretimi alanında bilimsel çalışmalara katkı sağlaması amaçlanmıştır.
PRP'den elde edilen lipid fraksiyonunun yara iyileşme tedavisinde etkisi ve ilişkili genlerin MRNA ekspresyon profillerinin değerlendirilmesi
Günümüzde yara iyileşmesi tedavisi olarak uygulanan birçok yöntem olmasına karşın yara kapanma hızını arttırmak, en az yara izi oluşumunun sağlamak ve hissedilen acıyı en aza indirgemek amacıyla yara üzerine çalışmalar devam emektedir. Son zamanlarda, içerdiği bileşenlerin rejenerasyonu arttırıcı etkisi ortaya konulan PRP (plateletten zengin plazma) tedavisi, yara iyileşmesi çalışmalarının da popüler konusu haline gelmiştir. PRP'nin içeriğini oluşturan protein ve lipid yapılı biyoaktif biyomoleküller yara iyileşmesini moleküler düzeyde uyararak iyileşmeyi hızlandırırlar. PRP'nin bileşenlerinden protein yapılı olanların yara bölgesinde bulunan proteaz aktivitesi ile yıkılarak işlevsiz hale geldiği bu sebeple PRP'nin iyileştirici etkisinin protein yapılı bileşenlerinden ziyade lipid yapılı olanların aktivitesi ile gerçekleştiği üzerine yapılan in vitro çalışmalar literatürde yer almaktadır. Söz konusu hipotezin in vivo olarak test edilmesi, tez çalışmamızın konusu olup, PRP'den elde edilen lipid fraksiyonunun yara iyileşmesi üzerindeki etkisi makroskopik ve moleküler olarak değerlendirilmiştir. Makroskopik anlamda yara alanlarına bağlı yara kontraksiyon hesaplamaları yapılırken moleküler anlamda ise yara iyileşmesiyle ilişkili olduğunu bildiğimiz 84 tane farklı genin mRNA ekspresyon seviyeleri analiz edilmiştir. mRNA protein sentezinde genetik şifreyi taşıyan RNA molekülü olup ekspresyon profillerinin değerlendirilmesi yara iyileşmesi süresince moleküler seviyede meydana gelen protein sentezi hakkında bilgi vermektedir. Çalışmamızın hayvan deneyleri, 20 tane Sprague Dawley türü sıçanların sırt bölgelerinde yaklaşık 1.2 cm çapında dairesel tam kat yaralar oluşturularak 4 faklı grup üzerinden tamalanmıştır. PRP, lipid fraksiyonu, DMSO ve SHAM grublarına ait yaralardan yara iyileşmesinin inflamasyon, proliferasyon ve olgunlaşma (yeniden şekillenme) evrelerine denk gelen 3., 7., ve 14. günde biyopsi örneği alındı. Alınan biyopsi örneklerinden yararlanılarak PCR array tekniği ile gerçek zamanlı PCR yapıldı ve yara iyileşmesi genlerine ait ekspresyon seviyeleri analiz edildi. 2ˆΔΔCT yöntemi ile kat değişimleri hesaplandı ve artış veya azalış gösteren genler belirlendi. Günlere göre regülasyon gösteren gen sayısı bakımından en fazla sayıda gen regülasyonu proliferasyon evresinde gözlenmiştir. PRP ve lipid fraksiyonu tedavi grupları inflamasyon, proliferasyon ve olgunlaşmada benzer regülasyonları gösterse de kat değişimleri açısından PRP daha fazla fark göstermiştir. Makroskopik değerlendirmelerde lipid fraksiyonu tedavi grubuna ait yaraların PRP'ye göre kapanma hızının daha az olduğu tespit edilmştir. PRP grubuna ait yara kontraksiyon bulguları T-test ile analiz edildi ve istatistiksel olarak anlamalı bulundu. PRP tedavi grubu ve lipid fraksiyonu tedavi grubuna ait RT-PCR verileri, moleküler seviyede benzerlik göstermeleri açısından PRP'den elde edilen lipid fraksiyonu, PRP'nin sahip olduğu içeriğe ve iyileştirici etkiye sahip olduğu ancak PRP'nin daha etkili olduğu sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler : Yara, Yara İyileşmesi, PRP, Lipid Fraksiyonu, mRNA Profili, PCR Array
Deneysel spinal kord yaralanmasının patofizyolojisinde mikroRNA21'in rolü ve metilprednizolone tedavisinin patofizyolojiye ve mikroRNA21'e etkisi
Spinal kord yaralanması artan nüfus ile birlikte özellikle gençlerde ciddi sağlık sorunu haline gelmiştir. Çalışmamızda spinal kord yaralanmasını takiben miRNA21 ekspresyonunun 1. ve 7. Günlerdeki düzeyi ayrıca metilprednisolone tedavisinin miRNA21 düzeyine etkisini incelemek amacıyla altı deney grubu (n=6) oluşturulmuştur. İlk ve dördüncü grup hariç tüm hayvan gruplarına anevrizma klip yöntemi ile spinal travma modeli uygulandı. Tedavi gruplarına (üçüncü ve altıncı grup) SKY sonrası metilprednisolone tedavisi verildi. Tedavi sonrasında ilk üç grup 1.günde son üç grup 7.günde tekrar operasyona alınmış ve real-time PZR inceleme için laminektomi sahasındaki spinal kord dokusu çıkarılmıştır. Real-Time PCR ile miRNA21 düzeyi ve astrogliozis, apopitoz ve inflamasyon parametreleri olarak GFAP, VIM, STAT3, FASLG, PTEN, BAX, BCL2, COX-2, IL6 düzeylerine bakıldı. Sonuçta; miRNA21 düzeyinin travma sonrası giderek arttığı ve metilpredinisolone tedavisinin erken dönemde miRNA21 düzeyini azalttığı görüldü. Metilprednisolone tedavisinin astrogliozis, apopitoz ve inflamasyon parametlerinde anlamlı bir etkisinin olmadığı görüldü. miRNA21'in SKY'deki rolünün kesin açıklanması için ek çalışmalara ihtiyaç olduğu düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Spinal kord hasarı, miRNA21, Metilprednizolon, real-time PCR
Genelev kadınlarında Chlamydia trachomatis enfeksiyonlarının tanısında ELİSA ve PCR'nun karşılaştırılması
ÖZET GENELEV KADINLARINDA CHLAMYDIA TRACHOMATIS ENFEKSİYONLARININ TANISINDA ELISA VE PCR'NUN KARŞILAŞTIRILMASI Bu çalışma bölgemizdeki 68 genelev kadınlarında asemptomatik olarak seyreden endosorvikal Chlamydia trachomatis (C.trachomatis) enfeksiyonlarının tanısında, PCR (16S rRNA + kriptik plasmit) ve direkt ELISA testinin tanı değerini karşılaştırmak amacıyla yapıldı. Çalışmamızda 16S rRNA'yı hedef alan primerlerin kullanıldığı PCR yöntoml ilo kriptik plasmide ait 215 baz çiftlik spesifik diziyi hedaf alan PCR ve ELISA yöntemi kıyaslandı. C.trachomatis'ln MOMP proteinine karşı tavşanlardan elde edilen monoklonal antikorlarla yapılan ELISA metodu kullanıldı. Çalışmamızda 68 genelev kadınlarından alınan endoservikal örneklerden 17 (%25)'sinde (16S rRNA + kriptik plazmid) PCR ile 10 (%14.7)'unda ELISA yöntemi ilo pozitif sonuç elde edildi. C.trachomatis'ln tanısında kriptik plasmiti hedef alan PCR yönteminin (%76.5) ELİSA'dan daha duyarlı (%58.8) olduğu görüldü. Anahtar sözcükler: C.trachomatis, PCR, 16S rRNA, kriptik plasmit
Domates bakteriyel kara leke hastalığının (Pseudomonas syringae pv. tomato) tanımlanması, ırklarının belirlenmesi ve kimyasal savaşıma alternatif yöntemlerin saptanması üzerinde araştırmalar
Bu çalışmada Pseudomonas syringae pv. tomato (PST)'nıın neden olduğu domates bakteriyel kara leke hastalığı fizyolojik, biyokimyasal, patojenite, ELISA ve PCR testleri ile tanımlanmıştır. Ontario 7710 fidelerinin kullanılmasıyla Türkiye'de PST ırk l'in varlığı bu araştırma ile belirlenmiştir. PST' nin toprakta yaşamını sürdüremediği fakat topraktaki infekteli bitki artıklarında ve tohumlarda yaşamını sürdürebildiği bulunmuştur. Bunlar Çukurova Bölgesinde PST' nin ilk inokulum kaynaklan olarak değerlendirilmişlerdir. Toplam 47 farklı domates tohum örneği in direkt immunofloresans (IFAS), yan seçici besi yeri kullanımı ve tohum çimlenmesinden sonraki 7 gün içinde kotiledonlar üzerinde tipik hastalık simptomlannın incelemeleriyle testlenmiştir. Sadece 1 tohum ömeği PST ile bulaşık bulunmuştur. Tohumdaki PST'yi elemine etmek için bronopol ve bakır asetat en etkili tohum uygulamaları olarak bulunmuştur. Ayrıca PST' ye karşı kimyasal kontrole alternatif kontrol yöntemler (biyolojik kontrol ve toprak solarizasyonu) araştınlmıştır. Toprak, tohum ve yeşil aksamdaki PST inokulumuna karşı bazı antagonistler (4Klf, MTD1) iyi etkiye sahip bulunmuşlardır. Toprak solarizasyonu toprağın 30 cm derinliğine kadar etkili olmuş, hastalık oluşumu % 77 azaltılmıştır ve PST' ye karşı etkili bir kontrol yöntemi olarak değerlendirilmiştir. Anahtar kelimeler : domates bakteriyel kara leke hastalığt, ELISA, PCR, IFAS, ırklar, yaşam, tohum uygulamaları, biyolojik kontrol, toprak solarizasyonu
Çukurova yöresinde HumvWa lokusu allel frekans dağılımı
ÖZET Çukurova Yöresinde HumvWA Lokusu Allel Frekans Dağılımı Short tandem repeat (STR) lokusları, insan genomunda 2-6 baz çifti uzunluğundaki DNA dizilerinin birbirlerine baş-kuyruk olacak şekilde ardarda tekrar ettiği bölgelerdir. Bu bölgeler tekrar ünite sayılarındaki varyasyonlara bağlı olarak uzunluk polimorfizmi oluşturmaktadır. STR lokuslarının polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve poliakrilamid jel elektroforezi (PAGE) ile analizi biyolojik vücut sıvı ve lekelerinin adli identifikasyonunda tercih edilmektedir, insan genomunda çok fazla miktarda STR lokusu bulunması, adli amaçlı kullanımda seçme şansını artırmaktadır. Amplifikasyon esnasında enzim kayması sonucu oluşan artık ürünlerin daha az olması nedeniyle, genellikle tetramerik STR lokusları kullanılmaktadır. Bu çalışmada Çukurova yöresinde yaşayan bireylerden alınan kan örneklerinde HumvWA lokusu allel frekans dağılımının saptanması ve veri tabanı oluşturulması amacıyla 110 kan örneği kullanıldı. Rastgele seçilen ve aralarında akrabalık bağı bulunmayan sağlıklı vericilerden alınan örneklerde; PCR, horizontal discontinuous PAGE ve gümüş boyama yöntemleri ile 8 (13-20) HumvWA alleli ile 23 farklı HumvWA fenotipi saptandı. Gözlenen fenotip frekans dağılımının Hardy-Weinberg Dengesine uyumu x2 testi ile değerlendirildiğinde, gözlenen fenotip frekans dağılımının Hardy-Weinberg Dengesi ile uyumlu olduğu saptandı (x2=8.9365, d.f=14, p>0.05). Ayrıca HumvWA lokusunun adli etkinlik değerleri (gözlenen heterozigotluk yüzdesi 0.7182, ortalama dışlama şansı 0.56822 ve ayırt etme gücü 0.92149) saptandı. İstatistiksel değerlendirmeler sonucunda, Çukurova yöresinde HumvWA lokusunun PCR'a dayalı allel frekans dağılımlarının kimliklendirme değerlendirmelerinde veri tabanı olarak kullanılabileceği düşünülmektedir. Anahtar Sözcükler: Adli etkinlik, Çukurova yöresi, HumvWA, PCR, populasyon genetiği. IX
Bakteriofaj T4 lizozim geninin (Gen e) plazmid vektörler ile klonlanması
ÖZET Bakteriofaj T4 Lizozim Geninin (Gen e) Plazmid Vektörler ile Klonlanması Lizozim (EC 3.2.1.17), prokaryotik hücre duvarlarının peptidoglikan heteropolimerlerinde bulunan N-asetil glukozamin (NAG) ve N-asetil muramik asit (NAM) arasındaki p-1,4 glikosidik bağlarının hidrolize olmasını katalizleyen bir enzimdir. Bu çalışmada, bakteriofaj T4 lizozim geninin (gen e) pUC18 ve pRS416 vektörlerini kullanarak Escherichia colFde klonlanması amaçlanmıştır. Gen e'nin T4 genomundan PCR ile amplifikasyonu için Bam HI tanıma dizisine sahip primerler dizayn edildi. Vektörlerin ve PCR ürününün Bam HI endonükleaz ile kesiminden sonra ligasyon reaksiyonu ile iki rekombinant plazmid oluşturuldu ve pUC18L ve pRS416L olarak isimlendirildi. Bu plazmidleri taşıyan rekombinant E. coli hücrelerinin gen e'yi eksprese ettiği ve lizozim E olarak adlandırılan aktif T4 lizozimini besi ortamına salgıladığı tespit edildi. Aynı zamanda lizozim E'yi üreten E. coli klonlarının L ve LB besi ortamlarında lize olmaksızın ürediği gözlendi. Fakat, kültüre alınan rekombinant bakteri hücrelerinin, non-iyonik su veya 10 mM'lık Tris pH 8.0 gibi osmatik dengeleyicilerin olmadığı hipotonik bir ortama alındıklarında ozmatik basınca dayanamayarak kolayca patladığı görüldü. Rekombinant E. co/fnin hücre duvarının, üretilen lizozim E'nin etkisi ile zayıflatılmış olabileceği fakat besi ortamındaki tuz konsantrasyonuyla oluşturulan ozmatik basıncın ise duvarı zarar görmüş hücreleri lize olmaktan korumuş olabileceği düşünülmektedir. Bu sonuçlar, gen e'yi taşıyan her hangi bir E. coli plazmid vektörü ile EDTA, lizozim ve SDS gibi hücre duvarı ve hücre zarını parçalayıcı ajanlar kullanmaksızın plazmid veya kromozomal DNA izolasyonunun kolaylaştırabileceğini göstermektedir. pRS416L bu amaca yönelik olarak geliştirilmiş bir prototip mekik vektördür. Anahtar Sözcükler: E. coli, T4 Lizozim geni, Klonlama, PCR, Plazmid vektörler IX
Irak'ta idrar yolu enfeksiyonu olan bireylerden izole edilen Pseudomonas aeruginosa türünün virülans faktörünün moleküler çalışması
Bu çalışma, idrar yolu enfeksiyonlarına neden olan Pseudomanas aeruginosa'nın saptanmasını ve bazı antibiyotiklere karşı direncini araştırmak amacıyla yapılmıştır. Çalışmada kullanılacak olan materyal, 18 Mart- 9 Ekim 2022 tarihleri arasında Bağdat'taki Yarmouk Eğitim Hastanesine başvuran 150 hasta (idrar yolu enfeksiyonu olan) ve 50 sağlıklı (kontrol) bireyden oluşmaktadır. Kontrol grubu, hasta bireylerin ailelerinde bulunan sağlıklı bireylerden ve sağlık personelinden oluşmakta olup yaşları 10-50 arasında değişmektedir. Bakteriyel izolatlar VİTEK 2 sistemi ile doğrulandı. Bakteriyel genlerin saptanmasında Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanıldı. Elde edilen veriler doğrultusunda, idrar yolu enfeksiyonlarının giderilmesinde en aktif rolün Piperasilin/tazobaktam, Sefepim ve Seftazidim antibiyotikleri olduğu tespit edildi. Ayrıca, AlgU geni örneklerin %88'inde pozitifken, PelF geni örneklerin %80'inde pozitif olarak bulundu. Elde edilen suşlar Ulusal Veri Bankası'nda (NCBI) tescil edilerek, PelF geni için OP353999 ve AlgU geni için OP345000 koduyla seri numarası alındı.
Türkiye'deki melez koyun ırklarında prion geni analizi
Scrapie koyun ve keçilerde görülen merkez sinir sistemine ait hücrelerin prion moleküllerini etkileyerek ölümle sonuçlanan bir bulaşıcı süngerimsi ensefalopati hastalığıdır. Hastalığın bulaşıcı olması ve hastalık etkeninin birçok dezenfektana dirençli olması engellenmesinin güç olmasına neden olmaktadır. Koyunda PrP genindeki polimorfizmler hayvanın hastalığa olan duyarlılığını belirler. Bu amaçla Avrupa Birliği Avrupa koyun ırkları için genotipleme ve seçici üreticilik programları oluşturmuştur. Türkiye'deki koyun ırkları için genotipleme çalışmaları ise yetersiz kalmıştır.Bu tezin amacı Türkiye'de bulunan ve Türk ırklarıyla yabancı ırkların melezlenmesiyle daha birçok iyi özelliği bünyesinde barındırması amaçlanan Siyah başlı Alman-Kıvırcık, Hampshire-Merinos ve Rambouillet-Dağlıç melezlerinin değerlendirilmesi ve risk gruplarının bulunmasıdır. Bu amaçla bu melez ırkların genotipleri PCR ve sekanslama ile belirlenmiştir.Çalışmamızda bulunan polimorfik alleller ARR, ARQ, ARK, ARL, TRR, TRQ, VRR ve 9 genotip ARR/ARR, ARQ/ARQ, ARR/ARQ, ARQ/TRQ, ARQ/ARL, ARR/VRR, ARR/TRR, ARK/ARK ve ARL/ARL'dur. Ayrıca PrP geni üzerinde M112T, K113N, A116E, A116D, M173V, S173N ve V179E ek polimorfizmleri bulunmuştur. Elde edilen veriler melez ırkların yüksek değişkenlikte ve dirençlilik açısından 1. ve 2. risk grubuna (dirençli) dahil olduğunu göstermiştir. Bu çalışma araştırılan koyunların klaisk scrapieye dayanıklılığının %100 düzeyde olmadığını göstermiştir.
Irak popülasyonunda romatoid artritli hastalarda PAD geninin ortak mutasyonunun analizi
Bu çalışmaya yaşları 25-35 arasında değişen 64 Romatoid Artrit (RA) hastası ve 32 sağlıklı kişi olmak üzere toplam 96 kişi katılmıştır. İncelemelerde kullanılacak kan örnekleri, Dhuluiya Genel Hastanesi'nde Mart-Mayıs 2022 tarihleri arasında alınmıştır. Romatoid artritli hastalar ile sağlıklı kontrol grubu arasında ortalama yaş ve cinsiyette önemli farklılıklar bulunmuştur. Romatoid artritli hastalar genellikle 31-35 yaşları arasında ve kadınlarda fazladır. Hasta grubunda tespit edilen ortalama anti-CCP ve PADI4 seviyeleri kontrol grubundan önemli ölçüde daha yüksektir. PADI 4 geninin polimorfizmi, gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) kullanılarak incelenmiştir. Elde edilen sonuçlar lojistik regresyon analizi kullanılarak, belirli aleller ve genotipler ile RA riski arasında anlamlı bir ilişki ortaya koymuştur. Ayrıca, Tetra ARMS-PCR yöntemi kullanılarak yapılan testlerde hasta ve sağlıklı kontrol grupları arasında önemli bir değişiklik görülmemiştir. RA'lı hastalarda, heterozigot CT genotip tekrar oranı, kontrol grubuna kıyasla %48,4'lük bir yüzde ile en yüksektir. Normal genotip oranı ise hasta grubunda %43,8 ile en düşüktür. Hasta grubunda mutant TT genotip %7,8 olarak belirlenmiştir. Alellerin sıklığına ilişkin bulgulara göre, hasta grubun mutant T aleli yüksek bir orana sahiptir. Ayrıca; TT, CT ve alel T genotipleri, romatoid artrit için risk faktörü olarak görülmektedir. Heterozigot CG genotipi RA hastalarında %60,9'dur. Normal genotip CC yüzdesi ise kontrol grubunda ise %40,6 olarak tespit edilmiştir. Mutant GG genotipi hasta grubunda %14,1 olarak belirlenmiştir. Alel frekansı açısından, hasta grubunda mutant G aleli oranı daha yüksek (%44,54) iken kontrol grubunda daha düşüktür (%35,9). Normal C aleli ise kontrol grubunda daha yüksek (%64,1) bulunmuştur. Elde edilen sonuçlara göre olasılık GG genotipi ve G aleli romatoid artrit için risk faktörü olarak görülmektedir.
Genetic study of hemophilia A in Iraqi teenager
Hemophilia A (HA) is caused by a deficiency in FVIII, an essential cofactor in the activation of the FX complex. In DNA, SNPs have a major role in gene alterations that disturb gene product sequencing. In this thesis, blood samples were taken to tube with EDTA from 60 patients ranging in age (6-24) years with severe, moderate, and mild deficiency of factor VIII. The samples were stored at -20℃ until using. All samples were obtained from the Medical City of Baghdad between the 13th of Jun 2021 to 28th of September of 2021. This research aims to study the clinical and biological factors and the extent of their impact on the F8 gene that causes HA. All were examined by conventional PCR and then sequencing for intron 18 specifically at SNP (rs4898352) located at chrX:154903815 (GRCh38.p13). The results showed severe HA 75% (45/60), moderate 15% (9/60), and mild 10% (6/60). The ages between (20-29) years (n=25) (41.6%) showed the major age range of severe HA. PCR sequencing confirmed the causative mutation for the hemophilic patients showed A>T Nucleotide Location (123909) transversion mutation. There is a strong relationship between family history and HA that caused traits to be passed to children, especially mothers. Our results indicated a big correlation among young ages with HA. Furthermore, early clinical examinations should be performed for early treatment.
Hepatit b virüslerinde hematoloji ve immünoloji göstergeleri ve bazı mutasyonların belirlenmesi
Bu tez çalışması, hematoloji ve immünolojinin göstergelerini doğrulamak amacıyla Mart 2021'den Temmuz 2021'in sonuna kadar Irak Cumhuriyeti Thi-Qar ilinde gerçekleştirilmiştir. Nasiriyah kentindeki ana kan bankasındaki kan bağışçılarına ve Thi-Qar ilindeki Al-Hussein Eğitim Hastanesine kabul edilen hastalara klinik öykülerini belirlemek amacıyla anket uygulanmıştır. Bu çalışma, Hepatit B virüsü ile enfekte olan erkek ve kadınlardan alınan 120 numuneyi içermektedir. Çalışma alanındaki Hepatit B virüslü erkek sayısı (84) ile %70, kadın sayısı (36) ile %30 olmuştur. Ayrıca enfeksiyonun yerleşim yerlerine göre oranına baktığımızda, Kırsal kesimde oran %46,67 iken kentlerde %53,33 olmuştur. Hastaların yaşları 20-69 yaş arasında değişmektedir. En yüksek hasta yoğunluğu %42 oranında 50-60 yaş kategorisinde ve en az %9'u ile 60 yaş üstü kategorisinde saptanmıştır. Hastaların öğrenim düzeylerine göre %45 enfeksiyon oranı ile eğitim düzeyi yüksek ve %55 enfeksiyon oranı ile eğitim düzeyi düşük olanlar olarak iki gruba ayrılmıştır. Kan gruplarıyla ilgili olarak, en yüksek enfeksiyon insidansının %27 ile O Rh+ kan grubu ve %17 ile O Rh- kan grubunda olduğunu, en düşük enfeksiyon yüzdesinin ise %8 ile ABRh+ kan grubu ve %5 ile AB Rh- kan grubu için olduğunu göstermiştir.